SRM/MRM肽段标准品中SRM/MRM肽段检测方案(液质联用仪)

技术简报 技术简报0应用Xevo TO-S、MNassLynx和Skuline开发高灵敏度的自动化SRM/MRM肽段检测方法 目的 结合Skyline SRM/MRM软件和XevoTQ-SMS开发方法，直观、快速且无缝地开发多SRM/MRM肽段通道和检测方法。 背景 靶向LC-MS/MS SRM/MRM验证是连接蛋白质生物标志物发现和验证分析的关键技术。潜在生物标志物通常是在较小规模的相对定量发现研究中被发现。此类研究的典型瓶颈是如何选择合适的特征性肽段用于SRM/MRM定量，，以及如何开发与三重四极杆质谱仪联用的LC/MS方法进行验证。在实验很复杂的情况下，软件在正确选择目标蛋白质的特征肽段上十分重要。 利用分析得到的母子离子的通道检测目标肽段，通常会针对每种肽段进行优化。本技术简报将介绍使用Skyline为Waters@Xevo TQ-S质谱仪选段肽段和通道并进行方法开发的过程，同时包括分析复杂合成基质中的致敏肽段标准品的结果。Skyline是一款开源文档编辑器， 可用于创建和分析靶向蛋白质组学实验1。 使用可靠易用的软件选择肽段通道、自动建立MS方法并获得直观的数据，帮助我们迅速由蛋白质组学发现研究转向基于SRM/MRM的定量验证。 图1.模拟消化并碎裂目标致敏蛋白质，生成候选通道。使用Skyline预测产物离子(每种肽3或4个)，并据此选择肽段通道。所有五种肽的最终通道数量=17。随后，使用Skyline输出方法编辑器生成Xevo TQ-S方法文件，该方法检查了不同的碰撞能量，具有最优设置。 解决方案 在基质中加入五种致敏肽段的标准品，使用Skyline预测最佳候选通道。Skyline是一款用于建立SRM/MRM定量方法和分析所得的质谱数据的软件。Skyline具有供应商中立性，专为大规模研究中的目标方法创建和迭代改良而开发。我们创建了排好顺序的SRM/MRM方法，为所有肽段独立优化碰撞能量。用Skyline的内置模型预测保留时间，使用观察到的保留时间作为线性保留时间预测和曲线优化/调整的输入/标识。 Waters 图1显示了目标致敏蛋白质的预测通道，以及使用Skyline输出方法编辑器创建的按保留时间对齐的Xevo TQ-S碰撞能量优化实验。软件创建了一组共11个碰撞能量(范围为-5V到+5V)，并根据每种肽段的实验结果给出了最优预期碰撞能量。创建的方法可使用MassLynxI"软件的实验设置SRM/MRM方法编辑器直接读取并进行编辑，如图2所示。软件将基于平均色谱峰宽自动计算驻留时间。实验运行结束后，在MassLynx或Skyline软件中均可查看结果。图3是其中一个目标肽段的11个SRM/MRM实验结果的叠加图。在本例中，最优碰撞能量比预测值低2V，，与分析肽段标准品获得的MassLynx软件数据的观察值一致。 总结 我们使用Skuline开源软件展示了如何开发用Xevo TQ-S分析加标到复杂合成基质中的五种致敏肽段标准品的SRM/MRM方法。 ( 参考文献 ) 1. MacLean et al. Bioinformatics. 2010 Apr1；26(7)：966-8. 扫一扫，关注沃特世微信 THE SCIENCE OF WHAT'S POSSIBLE. Waters和Xevo是沃特世公司的注册商标。 The Science of What’s Possible和MassLynx是沃特世公司的商标。其它所有商标均归各自的拥有者所有。 Experimeent Setup-f\technical briefs\skyline skyline.protacqudb\collision energyop che..回区File Edit View Options Toclbars Functions Help 0c日a欧xSIR 欧MRM MS Scan Parents DaughtersNeutral LossSurveyScanwaveMSScanwave DSPhosphopetidePoints Per Peak：6.700 Total Run Timee10.00 No Inhormabior RMf 5.11一mnass Time +(P00000mmmmmm in fitFI nas mass +((BPo RMM of3ass pairs. 1Time ，ES++(PO mass + (P00 M of3mass I，ES++((Ppoo IRM of 3mass paireTi ES+ (POL FitPIp io M 0f4 M 014 121t m，E8m++(FPULmmmm mMof4 miass t06.11.ES+(PO( 14.47，，ES++(POM ： 4.47.，ES+(PO 47 to 4.47，58+fan 1117FFAttf 147 fitFI laITS ime ： 4.47，7.ES+(Pom M014mass paira M of 4mass bime 3.47 to 4.47，ES+(P0( e 3. 4.47，C，ES+ (PO( M 014 3.47 tm14.47.7.ES+ 000 Mft miff i 3.47 to 4.47.ES+ Mo0f44ml 4.47，Es+ M0f33 mass to 66.1，ES+ 5.09 to 6.10.].ES+i+(POI M of 3mas 5.09 t06.101，ES+mm 3 1.E8++(PO0 5.09 to 6.10， ES+(P000 5.09h1n 1to 6.10，Fit masspairs 9.09mm imee 5. 一时5.09 tom 6.10m时 +(POC ，ES+ (PUI ，ES++(P 09 to 6.10.).E8++(P00 RMof 5.09to8.19..ES+ 1211 7.58 to 8.58fit mmi M of .ES+ 014 7.58 to 8.58. +((FPo0 IRM of4 mass pairs ime7.58 to 8.58.ES+++(PO M of4 7.58 to 8.58，，ES+(P0( M 0f4 7.58 to 8.58.1，ES++(PO4 M of4 8.5I.ES++(PO0 1211 7.58t +FH if mass 75mi1iiFit IRM 01 4 alTS RM 014mamss pairs.1m 8108.58.13，ES++re .58 to 8.58，E，ES+ (P00000 MIRRM of 4masss pairs， I 7.58 to 8.58，ES+ (P00000 MRM 014 mass pairs， Time 7.58 to 8.58，ES+ (P00000 NUM 图3.Skyline通道评估浏览器。使用图2中建立的方法收集数据后，可评估SRM/MRM数据以确认哪个通道和碰撞能量可获得最佳SRM/MRM响应。图中展示了其中一种肽段的一个目标通道的MRM/SRM谱图，以及11种不同测试碰撞能量对此通道的影响。 THE SCIENCE OF WHAT'S POSSIBLE. O沃特世公司。中国印刷。H LB-PDF 利用分析得到的母子离子的通道检测目标肽段，通常会针对每种肽段进行优化。本技术简报将介绍使用Skyline为Waters Xevo TQ-S质谱仪选择肽段和通道并进行方法开发的过程，同时包括分析复杂合成基质中的致敏肽段标准品的结果。Skyline是一款开源文档编辑器，可用于创建和分析靶向蛋白质组学实验。