原始芯片数据中胃癌RNA检测方案(试剂盒)

今天我们介绍的是由南京医科大学的研究人员发表的关于胃癌和lncRNA的一篇文章：A novel long noncoding RNA HOXC-AS3 mediates tumorigenesis of gastric cancer by binding to YBX1 ，这篇文章发表在《Genome Biology》杂志上，影响因子13.214分。 技术路线图： 下面我们来看文章的具体内容： 1. 作者从GEO数据库下载原始芯片数据进行分析，通过胃癌RNA表达谱分析发现HOXC-AS3明显高表达，为了验证这个结果，又对TCGA数据库中分析胃癌lncRNA的RNA-seq数据，发现HOXC-AS3在组织中依然高表达； 2. 作者收集了112例胃癌患者的样本，运用race技术确定HOXC-AS3的完整序列，HOXC-AS3在胃癌组织中表达高度上调，且与临床病理因素例如组织学分级、肿瘤浸润深度、淋巴结转移以及预后不良有关； 之后作者想要探讨HOXC-AS3高表达的机制，运用生物信息学的网站分析后得出结论：在HOXC-AS3的启动子区发现H3K4me3和H3K27Ac高富集和重叠峰，通过CHIP实验分析，发现H3K4me3和H3K27Ac在HOXC-AS3启动子区与正常组织相比在胃癌组织中有所增加。这表明H3K4me3和H3K27的增加可部分激活HOXCAS3导致其在胃癌组织中高表达； 3. 接下来就是普遍的关于肿瘤癌症的研究思路，作者进行了细胞实验，通过过表达/敲除HOXC-AS3检测细胞凋亡与增殖，结果表明：HOXC-AS3过表达会促进癌细胞增殖，敲除HOXC-AS3会诱导癌细胞凋亡； 4. 然后作者又构建了动物模型，经过动物实验证明HOXC-AS3对癌细胞增殖和迁移的调节； 5. 如果实验做到这里，那也没什么好讲的，就是研究非编码RNA与癌症之间联系的普遍套路嘛，接下来，重点来了！这也是文章的加分项！ 作者对HOXC-AS3的作用机制进行了探讨并做实验来加以验证，作者首先推测HOXC-AS3在顺式细胞中起作用，做了敲除实验后发现数据未显示，亚细胞分裂定位分析显示HOXC-AS3在细胞核中的表达与胞浆相比显著增加，说明HOXC-AS3可能在转录水平上起主要调节作用； 之后作者选取了已知的有重要作用的转录因子YBX1为研究对象，并做了三次独立的RNA pull-down实验来验证HOXC-AS3与YBX1之间具有相互作用，并进行RNA免疫沉淀实验来验证这个结论； 结果表明HOXC-AS3可能与YBX 1结合，通过转录调控其他基因参与胃癌的发生； 6. 作者的研究没有就此止步，而是再次设计实验来验证上面得出的结论：HOXC-AS3与YBX 1结合是否通过转录调控其他基因来参与胃癌的发生； 作者敲除了HOXC-AS3 / YBX1，结果显示有3122个基因被显著上调或下调，又对这些结果进行了GO分析和GSEA分析，发现其能抑制多个细胞增殖的相关基因表达，又通过CHIP实验证实敲除HOXC-AS3后，YBX1与大多数调节基因启动子之间的结合减弱。结果表明HOXC-AS3可能是通过调节YBX1与其靶基因启动子区域之间的关联来发挥调控作用的； 7. 最后作者又选取变化显著的HOXC-AS3 和 YBX1的共同靶标HDAC 5进行进一步的分析，结果表明HOXC-AS3与胃癌组织中HDAC5的表达呈正相关。分别设置了HOXC-AS3敲除实验、YBX1敲除实验以及HDAC5敲除实验，结果表明HOXC-AS3至少部分通过调节HDAC5表达发挥功能。 这样，一篇13分的文章就新鲜出炉了。小博不得不感慨，实验内容是真的多啊，不仅多，研究还深入。 对于非编码RNA与肿瘤癌症之间联系的研究来说，普通的套路就是对其进行验证，看其是否促进或抑制癌症细胞增殖或凋亡，之后对作用机制进行推测和探讨，再做个敲除实验或者动物实验什么的验证一下就完了。 今天我们介绍的是由南京医科大学的研究人员发表的关于胃癌和lncRNA的一篇文章：A novel long noncoding RNA HOXC-AS3 mediates tumorigenesis of gastric cancer by binding to YBX1 ，这篇文章发表在《Genome Biology》杂志上，影响因子13.214分。技术路线图：                                               下面我们来看文章的具体内容：1. 作者从GEO数据库下载原始芯片数据进行分析，通过胃癌RNA表达谱分析发现HOXC-AS3明显高表达，为了验证这个结果，又对TCGA数据库中分析胃癌lncRNA的RNA-seq数据，发现HOXC-AS3在组织中依然高表达；2. 作者收集了112例胃癌患者的样本，运用race技术确定HOXC-AS3的完整序列，HOXC-AS3在胃癌组织中表达高度上调，且与临床病理因素例如组织学分级、肿瘤浸润深度、淋巴结转移以及预后不良有关；之后作者想要探讨HOXC-AS3高表达的机制，运用生物信息学的网站分析后得出结论：在HOXC-AS3的启动子区发现H3K4me3和H3K27Ac高富集和重叠峰，通过CHIP实验分析，发现H3K4me3和H3K27Ac在HOXC-AS3启动子区与正常组织相比在胃癌组织中有所增加。这表明H3K4me3和H3K27的增加可部分激活HOXCAS3导致其在胃癌组织中高表达；3. 接下来就是普遍的关于肿瘤癌症的研究思路，作者进行了细胞实验，通过过表达/敲除HOXC-AS3检测细胞凋亡与增殖，结果表明：HOXC-AS3过表达会促进癌细胞增殖，敲除HOXC-AS3会诱导癌细胞凋亡；4. 然后作者又构建了动物模型，经过动物实验证明HOXC-AS3对癌细胞增殖和迁移的调节；5. 如果实验做到这里，那也没什么好讲的，就是研究非编码RNA与癌症之间联系的普遍套路嘛，接下来，重点来了！这也是文章的加分项！作者对HOXC-AS3的作用机制进行了探讨并做实验来加以验证，作者首先推测HOXC-AS3在顺式细胞中起作用，做了敲除实验后发现数据未显示，亚细胞分裂定位分析显示HOXC-AS3在细胞核中的表达与胞浆相比显著增加，说明HOXC-AS3可能在转录水平上起主要调节作用；之后作者选取了已知的有重要作用的转录因子YBX1为研究对象，并做了三次独立的RNA pull-down实验来验证HOXC-AS3与YBX1之间具有相互作用，并进行RNA免疫沉淀实验来验证这个结论；结果表明HOXC-AS3可能与YBX 1结合，通过转录调控其他基因参与胃癌的发生；6. 作者的研究没有就此止步，而是再次设计实验来验证上面得出的结论：HOXC-AS3与YBX 1结合是否通过转录调控其他基因来参与胃癌的发生；作者敲除了HOXC-AS3 / YBX1，结果显示有3122个基因被显著上调或下调，又对这些结果进行了GO分析和GSEA分析，发现其能抑制多个细胞增殖的相关基因表达，又通过CHIP实验证实敲除HOXC-AS3后，YBX1与大多数调节基因启动子之间的结合减弱。结果表明HOXC-AS3可能是通过调节YBX1与其靶基因启动子区域之间的关联来发挥调控作用的；7. 最后作者又选取变化显著的HOXC-AS3 和 YBX1的共同靶标HDAC 5进行进一步的分析，结果表明HOXC-AS3与胃癌组织中HDAC5的表达呈正相关。分别设置了HOXC-AS3敲除实验、YBX1敲除实验以及HDAC5敲除实验，结果表明HOXC-AS3至少部分通过调节HDAC5表达发挥功能。这样，一篇13分的文章就新鲜出炉了。小博不得不感慨，实验内容是真的多啊，不仅多，研究还深入。对于非编码RNA与肿瘤癌症之间联系的研究来说，普通的套路就是对其进行验证，看其是否促进或抑制癌症细胞增殖或凋亡，之后对作用机制进行推测和探讨，再做个敲除实验或者动物实验什么的验证一下就完了。