食管鳞状细胞癌 食管鳞状细胞癌(esophageal squamous cell carcinoma,ESCC,简称食管鳞癌)在我国占食管癌的90%以上。食管癌是发病率较高的恶性肿瘤之一,其发病率在全球范围内居恶性肿瘤第8位,在我国大陆居各类肿瘤第5位,其死亡率在全球范围居恶性肿瘤第6位,在我国大陆居第4位。(源自:中国早期食管鳞状细胞癌及癌前病变筛查与诊治共识,2015年,北京)。 环状核糖核酸环状核糖核酸即circRNA(Circular RNAs)是一类不具有5’末端帽子和3’末端poly(A)尾巴、并以共价键形成环形结构的非编码RNA分子。目前发现的circRNAs主要来源于基因外显子exon,但还有其他类型,比如来源于内含子intron,基因间intergenic,反义链antisense,重叠区sense overlapping。作为一类新型的非编码核糖核酸,circRNA由于反式剪切,大量存在于真核细胞的细胞质中(定位于细胞质是miRNA海绵机制研究的充分必要条件),少部分内含子来源的circRNA存在于核酸内,具有一定的组织特异性、时序和疾病特异性,非常适合做分子标志物,故此近年来在人类癌症研究中,引起了人们的广泛关注,但是circRNA在食管鳞状细胞癌中的作用(ESCC)仍不清楚。近日中山大学附属孙逸仙医院广东省恶性肿瘤表观遗传学和基因调控重点实验室,在由BioMed Central出版社发行的英国Molecular Cancer杂志上发表“circGSK3β promotes metastasis in esophageal squamous cell carcinoma by augmenting β-catenin signaling”。这项研究旨在识别调节ESCC进程中新的circRNA,并探索其在ESCC的调节机制和临床意义。该杂志影响因子10.679。(详情请见文末)文献内容该研究得出结论:circGSK3β对于ESCC转移有重要的促进作用,有可能成为ESCC的治疗新靶点。同时血浆中circGSK3β水平有可能作为ESCC一种新的诊断和预后指标检测的生物标志物。方法:使用微阵列方法筛选ESCC和临近正常组织之间表达有差异的circRNA。在体外和体内研究特定的差异表达的circRNA (circGSK3β)对肿瘤进展的影响。使用数字PCR方法对ESCC患者、良性病变患者和健康对照组血浆样本中circGSK3β分析,并对血浆样本中circGSK3β与ESCC检出率进行相关性研究。结果:证明circGSK3β的表达上调与晚期ESCC患者的临床分期和不良预后呈正相关。同时进一步揭示了circGSK3β通过与GSK3β的直接相互作用和抑制GSK3β活性对ESCC细胞的迁移和侵润有促进作用,展现一种circRNA在癌症进展中的新作用机制。更重要的发现是,血浆中circGSK3β的表达可作为ESCC和ESCC早期检测生物标志物,AUC分别为0.782和0.793。 文中描述的血浆中circGSK3β水平,使用数字PCR进行检测,方法描述如下所示:可复制此链接地址进行全文下载:https://molecular-cancer.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12943-019-1095-y Naica数字PCR平台法国Stilla Technologies Naica数字PCR平台是实现DNA/RNA绝对定量的技术工具,自动生成和组装单层平铺的微滴,进行单分子PCR扩增,通过高分辨率的三色荧光通道检测,自动QC质控,识别三色荧光中有效的阴阳性微滴,从而达到目的DNA/RNA的绝对定量检测。同时提供原始数据、单微滴追溯等功能,确保数据真实可靠。 只需一步加样操作,无需标准品和标准曲线是真正的绝对定量系统。通过对模板的有限稀释,耐受抑制剂能力强,更有利于临床、环境等复杂样本的检测。 有效微滴数~30000/样本,实现低浓度、低丰度的核酸样本进行准确定量。 闭式芯片设计,样本间独立,避免了加样交叉污染风险,同时防止扩增后的气溶胶污染,保证结果安全可靠和实验环境安全。北京深蓝云生物科技有限公司承担法国Stilla Technologies公司中国技术示范与服务中心职能,致力于为用户提供新型生命科学研究仪器和分析产品以及优化的整体解决方案。期刊介绍Molecular Cancer杂志主要接收靶向治疗、分子与细胞生物学、基因组学、遗传学、病理与肿瘤免疫学等领域相关的学术论文。在230本肿瘤学学SCI期刊中,Molecular Cancer杂志的SCI影响因子排名前11位。据WOS检索结果:Molecular Cancer在2017-2018年共发表357篇论文,已在2019年被引用4221次(2019.11.1),2017-2018年发表的论著、综述文章为351篇,即时影响因子为4221/351=12.026分。
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2019.11.29
昨日,Paul S.Mischel教授团队在Nature杂志上发表了名为Circular ecDNA promotes accessible chromatin and high oncogene expression的文章,该文章首次解析了ecDNA的结构与功能。那么什么是ecDNA呢?研究团队发现,其实大量的癌基因并不在染色体上,而是会从染色体上脱落下来,变成一种小型的DNA,称为染色体外DNA(extrachromosomal DNA,简称ecDNA)这种颠覆传统认知的发现到底意味着什么呢?文章指出ecDNA在肿瘤中普遍存在,同时由于缺乏着丝粒,导致其不遵照孟德尔定律进行遗传,是驱动肿瘤异质性的重要因素,也是导致肿瘤耐药性的诱因。这将对肿瘤的治疗带来极大的挑战。我们知道,由于肿瘤存在异质性,所以传统的组织活检已经不能全面的解析肿瘤的真面目了。随着技术的发展,液体活检这一检测方法逐渐成为检测癌症的新手段。液体活检是指取患者的体液(血液、尿液、脑脊液等),通过测序或者数字PCR等方法对其中的肿瘤标志物进行检测,从而确定患者是否罹患疾病。 目前,在液体活检方面做得较为出色的平台要数来自法国stilla technologies公司的Naica全自动微滴芯片式数字PCR系统了。 该系统是法国stilla公司开发的下一代核酸绝对定量技术。使用cutting-edge微流体创新型芯片——Sapphire芯片作为数字PCR过程的唯一耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中,可称作Crystal微滴。PCR扩增实验在芯片上实现。对微滴成像用以检测包含扩增片段的微滴。最后一步是对阳性微滴计数从而得到精准的核酸绝对数量。 该平台拥有强大的图像分析技术和直观可视的检测功能,从而达到了数字PCR定量卓越的置信水平,获得的数据真实可信。并且该系统目前为市面上最简单的数字PCR系统,可以实现3荧光通道检测的数字PCR平台,快速建立多重实验。 此外我们还为大家提供了Gene-π数字PCR学堂(www.cycloudbio.com数字PCR学堂快速入口),您可以选择感兴趣的应用教程,其中包含从实验设计到数据分析的详细工作流程。 您还可以通过搜索导航工具直接搜索特定的项目("dPCR的DNA准备","荧光溢出"等),或点击我们的"HOW TO" 选择您需要的部分(设计、分析、报告)。
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2019.11.22
北京深蓝云生物科技有限公司完成了Azure Biosystems高性能的两款产品SapphireRGBNIR和C400在中国中医科学院青蒿素研究中心的落户安装培训。感谢青蒿素研究中心老师及其团队的大力支持,使我们的产品能够顺利入驻大牛的实验室!中国中医科学院以青蒿素研究中心为依托,建立中医药行业内第一个国家重点实验室,构建开放的抗疟及青蒿素研究学术交流平台和展示窗口。其平台主要进行青蒿素抗疟作用及其机制研究 、青蒿素耐药机制研究 、青蒿素的体内、胞内代谢过程 ;青蒿素类药物的新适应症研究开发;对免疫性疾病、对肿瘤等功效评估 、青蒿素联合制剂的研发 、青蒿素资源研究等等。Sapphire™ 双模式多光谱激光成像系统Sapphire™双模式多光谱激光成像系统是市场上唯一一台同时具有激光近红外荧光,激光可见荧光,化学发光,可见光,磷屏成像功能的扫描成像系统。可对胶、印迹膜、2D胶、孔板、切片,动植物组织等成像。以其应用的多样性,优异的灵敏度和高质量的图像帮助客户完成多种应用并获取高质量可量化的数据。Azure C400分子成像系统 Azure C400成像系统配备3通道RGB光源,适用于Cy5/Cy3/Cy2可见荧光Westerm blot检测。同一系统中可使用高灵敏度的化学发光方法,无需胶片和暗室-仅需将样品放在成像系统中,点击采集按钮一键即可成像。Azure Biosystems生产的cSeries新一代多功能分子成像系统是唯一可升级至完成近红外分析的CCD分子成像系统。Azure Biosystems cSeries成像系统为您提供7款覆盖不同应用的可选机型,您可以选择适应现有需求的一款,后续需求增加时升级即可。 申请试用看了我们上面的介绍,是不是很心动,告诉你们一个好消息,我们的仪器可以申请试用哦!方法:关注Azure蛋白印象公众号,点击DEMO试用即可!
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2019.11.22
11月19日北京时间23:00(巴黎时间:17:00),欧洲分子生物学实验室研究员Moritz Kueblbeck将于Genomeweb平台在线分享“在CRISPR编辑的细胞系中使用数字PCR进行标记拷贝数评估”的相关知识。本网络研讨会将介绍如何使用dPCR快速定量CRISPR编辑的HeLa细胞中的绿色荧光蛋白拷贝数。讨论还将介绍dPCR的工作原理和采集后的数据分析方法。Moritz Kueblbeck在德国海德堡的癌症研究中心(DKFZ)做了八年的研究员。2014年,他加入了Jan Ellenberg在海德堡的欧洲分子生物学实验室,在不同实验室的项目中,他使用CRISPR/Cas9方法利用内源性的标记蛋白(在HeLa和U-2 OS细胞进行不同标签的纯合敲入)进行人类细胞系基因组编辑。内容简介• 荧光蛋白或自标记是使用荧光显微镜研究活细胞中蛋白质动力学的宝贵工具。然而,定量成像需要目标蛋白(POI)的生理表达水平,特别是当需要研究POI的化学计量相互作用。• CRISPR使研究人员能够标记几乎任何感兴趣的目标基因,使其可以研究相应POI的生理表达水平。然而,正确编辑细胞克隆的产生和选择——即标记等位基因的预期数量和缺乏额外的整合——需要对标记的拷贝数进行定量评估。• 探讨dPCR是一种快速、可靠的荧光标记CRISPR编辑细胞定量检测方法。
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2019.11.12
11月19日北京时间23:00(巴黎时间:17:00),欧洲分子生物学实验室研究员Moritz Kueblbeck将于Genomeweb平台在线分享“在CRISPR编辑的细胞系中使用数字PCR进行标记拷贝数评估”相关知识。本网络研讨会将介绍如何使用dPCR快速定量CRISPR编辑的HeLa细胞中的绿色荧光蛋白拷贝数。讨论还将介绍dPCR的工作原理和采集后的数据分析方法。Moritz Kueblbeck在德国海德堡的癌症研究中心(DKFZ)做了八年的研究技术员。2014年,他加入了Jan Ellenberg在海德堡的欧洲分子生物学实验室,在不同实验室的项目中,他使用CRISPR/Cas9方法利用内源性的标记蛋白(在HeLa和U-2 OS细胞进行不同标签的纯合敲入)进行人类细胞系基因组编辑。 内容简介l 荧光蛋白或自标记是使用荧光显微镜研究活细胞中蛋白质动力学的宝贵工具。然而,定量成像需要目标蛋白(POI)的生理表达水平,特别是当需要研究POI的化学计量相互作用时。l CRISPR使研究人员能够标记几乎任何感兴趣的目标基因,使其可以研究相应POI的生理表达水平。然而,正确编辑细胞克隆的产生和选择——即标记等位基因的预期数量和缺乏额外的整合——需要对标记的拷贝数进行定量评估。l 探讨dPCR是一种快速、可靠的荧光标记CRISPR编辑细胞定量检测方法。 注册页面点击链接注册报名:https://event.on24.com/eventRegistration/EventLobbyServlet?target=reg20.jsp&partnerref=stilla&eventid=2111188&sessionid=1&key=2206BD6DA2548F0F9C46911E3A71DDB4®Tag=&sourcepage=register
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2019.10.24
Azure Biosystems是一家创新服务于生命科学领域的公司,2013年推出全球首款即可做三色RGB荧光和双激光近红外的C系列多功能分子成像系统,2018年推出全球首款双模式多光谱激光成像,市场上唯一一台同时具有激光近红外荧光,激光可见荧光,化学发光,可见光,磷屏成像功能的扫描成像系统。以其应用的多样性,优异的灵敏度和高质量的图像帮助客户完成多种应用并获取高质量可量化的数据。2019年10月Azure产品全新升级,我们新推出的基于CCD的凝胶和蛋白荧光印迹多功能成像系统将客户所期望的高性能尖端技术与最新的严格标准定量方法相结合,全新升级系统,设计更紧凑,界面更时尚,性能更优越,定量更精准。特点如下:1. 仪器升级为13.3英寸 大尺寸触摸屏,交互软件,使用更方便2. 像素提升至900万,2min完成深度制冷,无需等待,开机即可使用3. 更时尚的用户界面,增加全蛋白定量功能的Q模块,定量更简单4. 可多达4通道荧光检查,多重检测效率更高效5. 化学发光和荧光都具有两个成像平台,检测更灵敏6. 可进行彩色marker成像,分子量查看更直观7. 像素合并具有6种模式,1X1,2X2,3X3,4X4,6X6和8X8,可以检测更低丰度蛋白8. 全面升级,配置更灵活MULTIPLEX SHOULDN’T BE COMPLEX
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2019.10.09
首发站点就设在上海啦!文末有彩蛋>>>但是忍不住想告诉大家怎么办正式发车时间为2019年11月8日。本届(第三届)现代临床分子诊断论坛之Gene π 实战课堂——数字PCR训练营直通车由复旦大学附属中山医院、中国医药生物技术协会基因检测技术分会、转化医学网主办,艾普拜生物科技(苏州)有限公司承办,北京深蓝云生物科技有限公司协办。该班次主题为数字PCR在临床领域的实验操作、质量控制、临床应用、科学研究等医生关心的核心内容,并且本班次列车将携中外知名学者、资深技术专家,为广大学员带来从理论到实战、从入门到精通的饕餮盛宴。数字PCR技术是第三代PCR技术,作为一种核酸分子绝对定量技术。无需标准品和标准曲线,可实现单细胞/单分子层面的绝对定量。因其出色的灵敏度和精确度,数字PCR已经被广泛应用到医学、生物学等各个领域,如低于2倍的浓度差异分析、基因表达微小差异分析、microRNA表达分析、稀有事件的准确定量、CNV与SNP分析、病原体载量检测等方面,在已知突变的癌症分子标志物的检测、传染病病原体检测、基因组三倍体分析和基因表达分析等领域展现了强大的优势。在肿瘤液体活检、无创产前筛查、感染性疾病早期诊断等临床检测应用方面具有显著优势。为更好地让广大临床、科研工作者了解数字PCR技术,训练营特别邀请了法国Stilla公司运营副总裁Caroline Charky博士、法国Stilla公司应用技术总监Alexandra Martin博士、艾普拜CTO 龚建博士就数字PCR技术进行沟通与交流。训练营列车上还准备了Hands-on环节,体验真刀真枪上战场的畅快,感受非一般的精彩哦!Alexandra Martin毕业于宾夕法尼亚大学,在欧洲最大生物医学公司之一的索林集团担任高级研究工程师;后来在欧洲顶级的研究型大学巴黎第七大学学习,获得了分子和生物分子电化学博士学位,毕业后在法国Stilla公司担任应用技术总监。Caroline Charky毕业于蒙特利尔高等商学院,获得技术创业管理硕士学位,在北美、欧洲和亚洲等地区的生命科学领域拥有超过20年的工作经验。Caroline于2016年加入法国Stilla公司,现担任运营副总裁。龚建博士拥有10年研发经验,对肿瘤、基因组学技术有深厚的研究经验,擅于提出新方法与新研究思路。在微流控与微分区的技术、质控、临床应用等方面有着丰富的实战经验,指导并开发了单细胞分离、肿瘤液体活检标志物、无创产前筛查、病原体分析、miRNA表达分析等30多种检测试剂(盒)。参与实施国家973、863等多项国家级课题研究,在国内外学术期刊发表多篇学术论文,已获得国家发明专利7项。- 首发车日期 -2019年11月8日- 首发车地点 -复旦大学附属中山医院- 合作单位 -☆ 转化医学网☆ 复旦大学附属中山医院☆ 中国医药生物技术协会—基因检测技术分会- 承办单位 -艾普拜生物科技(苏州)有限公司- 协办单位 -北京深蓝云生物科技有限公司培训费用:1800元/人费用包含:培训费、资料费、培训期间午餐费,报名成功后,会有工作人员联系您协调具体培训和缴费事宜。
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2019.09.26
据报道,截至目前两台“奶茶“Naica全自动微滴芯片式数字PCR系统正式在上海交大落户啦-上海交通大学生物医学工程学院和上海交通大学分析测试中心,感谢上海交大各位老师们的大力支持,顺利完成安装培训并启用!不需要标准品可以对低拷贝基因绝对定量,对微小差异的基因进行分析,对含抑制剂的样本进行准确定量等,弥补了二代PCR技术也就是荧光PCR的不足。目前数字PCR技术已经应用在肿瘤学研究、NIPT研究、液态活检、基因编辑、细胞治疗质控、用药及移植监控、致病微生物检测、食品安全、环境检测、核酸类标准物质定量等方面。此次“奶茶”Naica系统的顺利使用支持其科研团队在分子与纳米医学领域,聚焦重大临床早期诊断和疾病预后等专项科研成果的转化医学研究,攻克关键技术难题,推进 “产学研医”有机结合的科技成果产业化进程。“奶茶”Naica系统的落户可为核酸绝对定量、生物医学研究、水质检测、食品检测、转基因成分检测、环境污染物分析等多方面检测提供更精准,可靠的平台。非常感谢用户对我们的平台的认可,同时也希望”奶茶“Naica全自动微滴芯片数字PCR为越来越多的用户检测提供更便捷,更可靠的技术。更多“奶茶“Naica数字PCR信息可搜索:“Gene-π数字PCR学堂”,由法国Stilla Technologies公司开发Gene-π作为数字PCR学习交流平台,为您全方位解读数字PCR技术,为用户提供最新的数字PCR技术信息,您也可以选择感兴趣的应用教程,其中包含从实验设计到数据分析的详细工作流程。您还可以通过搜索导航工具直接搜索特定的项目("dPCR的DNA准备","荧光溢出"等),或点击我们的"HOW TO" 选择您需要的部分(设计、分析、报告)。
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2019.09.24
数字PCR网络研讨会通知亲爱的童鞋: 您好! 数字PCR网络研讨会即将来临,现将有关课程细则通知如下: 上课时间:2019年9月25日23:00 课程主题:数字PCR技术在基因检测和分析领域发展应用 10天倒计时,还未注册的童鞋,希望以下温馨提示,助您速速get起来!数字PCR天天向上学校2019年 09月16日导读篇:法国Stilla Technologies公司将于9月25日北京时间23:00(巴黎时间:17:00)进行网络在线研讨会,主讲人为根特大学Wim Trypsteen博士,此次研讨会与Nature Research共同合作,基于数字PCR技术在基因检测和分析领域的发展应用进行相关讨论。 主讲人:Wim Trypsteen博士是根特大学博士后研究员和根特大学数字PCR联盟的联合协调员,该联盟致力于开发数字PCR检测和数据分析工具。Wim Trypsteen于2012年获得生物医学硕士学位,2017年获得生物信息学学士学位,2018年获得健康科学博士学位。在博士期间,他评估了ddPCR在HIV病毒库定量方面的潜力,并为ddPCR阈值的测定开发了一个新的统计框架。内容篇:注册篇:扫描上方二维码进行注册
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2019.09.16
什么是鲤鱼疱疹病毒?鲤鱼疱疹病毒3(CyHV-3)是一种295kb的双链DNA病毒,是锦鲤疱疹病毒病(KHVD)的病原体。目前该病毒已经蔓延到全世界许多国家,并被公认为鲤鱼和锦鲤养殖业的一个重要问题。它在锦鲤和鲤鱼养殖中造成大量死亡,经常造成80%以上的损失。最新文章近日,研究人员发现将该病毒在细胞培养物中连续传代后,病毒能够通过突变体外进化,并可能导致毒力的丧失或增加。这一研究结果发表在知名期刊《Viruses》上(IF= 3.279)。为了验证这一假设,研究人员将CyHV-3 (KHV-T)分离株在鲤鱼脑(CCB)细胞中进行99次传代,通过感染鲤鱼的方式进行传代过程中病毒毒力的测定。结果显示,经过78次CCB传代后,病毒分离株的毒力明显低于原株,进一步研究发现在其ORF150处有一个1363bp的缺失。整合基因组观察(IGV)截屏显示了包含7个序列样本大缺失的区域。每个水平轨迹对应于映射到KHVJ参考基因组(AP008984)上的序列。白色区域表示没有读取,虚线表示删除边界。(P78 4次重复,P99 2次重复)但这一现象在0次和第99次传代中并未检测到。针对这一现象作者用传统PCR进行了验证。A图 :PCR引物位置,1代表覆盖整个ORF150引物,2代表缺失序列内设计的引物.B图 :检测结果,1引物扩增片段长度为2593bp,2引物扩增长度为500bp;P0/P78/P99代表传代次数.但是由于常规illumina测序和PCR扩增可能会受到多种因素的影响,导致检测结果有显著误差,特别是对于拷贝数非常低的序列的检测。因此研究人员又通过新一代数字PCR对该结果进行了验证。用数字PCR技术定量分析缺失和正常的单倍型。(A)分析设计的示意图;(B)预期的扩增产物大小;(C-F)数字PCR检测结果,红色通道反映undeleted和deleted单倍型浓度,蓝色通道代表undeleted单倍型浓度。研究结果表明P78确实存在一个1363bp的缺失,并且这种缺失很可能与P78的毒力下降或衰减有关,也许会成为治疗鲤鱼疱疹病毒的潜在靶点,具体的机制仍有待进一步探。该研究中应用的数字PCR检测平台为法国Stilla公司的Naica 数字PCR系统。该系统使用cutting-edge微流体创新型芯片——Sapphire芯片作为数字PCR过程的唯一耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中,PCR扩增实验在芯片上实现。该平台拥有强大的图像分析技术和直观可视的检测功能,从而达到了数字PCR定量卓越的置信水平,获得的数据真实可信。并且该系统目前为市面上最简单的数字PCR系统,也是首款可以实现3荧光通道检测的数字PCR平台。目前,该产品已经广泛应用于肿瘤学研究、NIPT研究、液态活检、细胞治疗质控、用药及移植监控、致病微生物检测、食品安全、环境检测、核酸类标准物质定量等方面。而且该研究中还用到由法国Stilla Technologies公司开发的Gene-π数字PCR技术交流平台解读实验数据。Gene-π作为数字PCR学习交流平台,为您全方位解读数字PCR技术,更多数字PCR技术可登陆Gene-π数字PCR学堂查看。
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2019.09.03
9月25日北京时间23:00(巴黎时间:17:00),根特大学Wim Trypsteen博士将于Genomeweb平台在线分享“数字PCR技术在基因检测和分析领域发展应用”,此次研讨会与Nature Research共同合作。点击链接注册报名:https://www.workcast.com/register?cpak=6756340196221166主讲人介绍:Wim Trypsteen博士是根特大学博士后研究员和根特大学数字PCR联盟的联合协调员,该联盟致力于开发数字PCR检测和数据分析工具。Wim Trypsteen于2012年获得生物医学硕士学位,2017年获得生物信息学学士学位,2018年获得健康科学博士学位。在博士期间,他评估了ddPCR在HIV病毒库定量方面的潜力,并为ddPCR阈值的测定开发了一个新的统计框架。内容简介:数字PCR平台的商业化在过去的十年里引发了一场核酸定量的革命,撼动了传统的终点或实时定量PCR的世界。数字PCR的强大之处在于,它结合了有限稀释、微流体、单个纳升级PCR反应的大规模并行化以及通过二进制读出的绝对定量。在本次网络研讨会的第一部分,我们将解释这项技术背后的原理,重建该领域的历史路径,并突出相对于qPCR的关键优势。在第二部分,我们将讨论目前主要的dPCR平台,阐明它们的优势,并探索一系列可能的应用,包括使用NaicaTM系统的3荧光通道多重HIV定量检测。最后,我们将简要介绍核酸定量和遗传分析这一前景广阔的新领域的未来发展方向。
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2019.08.14
基因(DNA)承载了生命的所有奥秘,分子诊断是打开精准医疗行业的金钥匙。第三届现代临床分子诊断论坛之Gene π 实战课堂——数字PCR训练营第一期将于2019年11月8日在上海召开。本期训练营由复旦大学附属中山医院、中国医药生物技术协会基因检测技术分会、转化医学网主办,艾普拜生物科技(苏州)有限公司承办,北京深蓝云生物科技有限公司协办。聚焦于数字PCR在临床领域的实验操作、质量控制、临床应用、科学研究等医生关心的核心内容,训练营将携中外知名学者、资深技术专家,为广大学员带来从理论到实战、从入门到精通的饕餮盛宴。分子诊断是将分子生物学技术应用于疾病诊断的医学分支学科,利用分子生物学技术研究人体内源性或外源性生物分子的存在、结构或表达调控变化,为疾病的预防、预测、诊断、治疗、预后和转归提供信息和决策依据。数字PCR是目前非常重要的核酸分子诊断技术之一。数字PCR技术是第三代PCR技术,作为一种核酸分子绝对定量技术。无需标准品和标准曲线,可实现单细胞/单分子层面的绝对定量。因其出色的灵敏度和精确度,数字PCR已经被广泛应用到医学、生物学等各个领域,如低于2倍的浓度差异分析、基因表达微小差异分析、microRNA表达分析、稀有事件的准确定量、CNV与SNP分析、病原体载量检测等方面,在已知突变的癌症分子标志物的检测、传染病病原体检测、基因组三倍体分析和基因表达分析等领域展现了强大的优势。在肿瘤液体活检、无创产前筛查、感染性疾病早期诊断等临床检测应用方面具有显著优势。为更好地让广大临床、科研工作者了解数字PCR技术,训练营特别邀请了法国Stilla公司运营副总裁Caroline Charky博士、法国Stilla公司应用技术总监Alexandra Martin博士、艾普拜CTO 龚建博士就数字PCR技术进行沟通与交流。训练营当然还准备了Hands-on环节,体验真刀真枪上战场的畅快,感受非一般的精彩哦!分享嘉宾(持续更新中):Alexandra Martin博士(法国Stilla公司应用技术总监)Alexandra Martin毕业于宾夕法尼亚大学,在欧洲最大生物医学公司之一的索林集团担任高级研究工程师;后来在欧洲顶级的研究型大学巴黎第七大学学习,获得了分子和生物分子电化学博士学位,毕业后在法国Stilla公司担任应用技术总监。Caroline Charky博士(法国Stilla公司运营副总裁)Caroline Charky毕业于蒙特利尔高等商学院,获得技术创业管理硕士学位,在北美、欧洲和亚洲等地区的生命科学领域拥有超过20年的工作经验。Caroline于2016年加入法国Stilla公司,现担任运营副总裁。龚建博士(艾普拜生物科技(苏州)有限公司CTO)龚建博士拥有10年研发经验,对肿瘤、基因组学技术有深厚的研究经验,擅于提出新方法与新研究思路。在微流控与微分区的技术、质控、临床应用等方面有着丰富的实战经验,指导并开发了单细胞分离、肿瘤液体活检标志物、无创产前筛查、病原体分析、miRNA表达分析等30多种检测试剂(盒)。参与实施国家973、863等多项国家级课题研究,在国内外学术期刊发表多篇学术论文,已获得国家发明专利7项。主办单位复旦大学附属中山医院中国医药生物技术协会基因检测技术分会转化医学网承办单位艾普拜生物科技(苏州)有限公司协办单位北京深蓝云生物科技有限公司培训时间地点时间:2019年11月08日地点:复旦大学附属中山医院培训日程:时间内容主讲人8:45—9:00签到-9:00-9:05开场辞王向东院长9:05-9:15Naica HT数字PCR新产品发布Stilla公司运营副总裁 Dr. Caroline 9:15—9:50数字PCR原理及数字PCR系统简介及实验操练说明应用专家9:50—10:30数字PCR实验实操全体学员10:30—10:40茶歇-10:40—11:40数字PCR技术在临床分子诊断中的应用及突破应用专家11:40—12:00液体活检应用专家12:00—13:30午餐及讨论-13:30—15:00实验结果分析及结果解析STILLA公司应用技术总监Dr. Alexandra Martin15:00—15:45数字PCR技术在临床科研文章的发表要素应用专家15:45—16:00颁发培训结业证书及合影全体人员 报名方式:扫描下方二维码报名参加训练营:培训费用:培训费用:1800元/人,包含培训费、资料费、培训期间午餐费,报名成功后,会有工作人员联系您协调具体培训和缴费事宜。动动手指报!名!啦!注:活动最终解释权归艾普拜生物科技(苏州)有限公司所有咨询方式:邮箱:info@cycloudbio.com
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2019.08.13
由中国药学会主办、四川大学生物治疗国家重点实验室和华西药学院共同承办的2019年中国药物化学学术会议(CMCS2019)将于2019年8月15日至18日在中国四川省成都市举行。根据中国药学会与欧洲药物化学联盟签署的合作框架协议,中-欧药物化学研讨会(CPA-EFMC International Symposium on Medicinal Chemistry, CPA-EFMC ISMC)将同期举行。本次会议的主题为“聚焦新靶标、新技术、新分子,助推原创药物研发和转化”,中欧药物化学专场会议议题为“探索肿瘤免疫治疗新方法”。届时邀请全国药物化学相关领域的海内外知名专家学者做大会报告和邀请报告,交流展示全国药物化学研究新成果,分析研讨国际药物化学的发展趋势和前沿动向,以及所面临的机遇、挑战和发展。为药物化学及相关领域的研究者提供一个良好的交流平台,促进交流与合作,推动药物化学的发展与应用。 由于一些癌症相关序列突变比例较低,常规方法难以检测,导致一些有效靶向治疗药物的开发遇到瓶颈。目前,数字PCR技术使得这一困难得到解决。来自法国Stilla公司的最新一代数字PCR技术平台-Naica自动化微滴芯片数字PCR系统广泛应用于药物生产质控,药物基因组学开发,测定癌症突变的变异程度,检测稀有突变,产前诊断,病原体检测等方面。产品特点● 有效微滴数~30000/样品● 封闭芯片设计,排除交叉感染● 自动化和使用简单● 同时三色的荧光检测● 数据质控和数据追溯分析此外我们还将会为您展示美国Azure公司最新研发的新产品Sapphire双模式多光谱激光成像系统。产品特点● 目前唯一可进行扫描式和CCD成像化学发光双模式成像系统● 使用3种检测器(APD,PMT和CCD)检测信号● 多达四个固态激光器激发● 动态范围宽,灵敏度更高,10-1000微米分辨率应用范围琼脂糖核酸凝胶成像 / 考染和银染蛋白胶 / 高灵敏化学发光 / 多通道荧光精准定量 / In/On cell western孔板检测 / 2D和2D-DIGE成像 / 动植物组织成像 / 切片成像。同时还有我们的ECHO正倒置一体显微镜,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;以先进的iPad Pro替代了传统目镜设计,进行操控,观察,传输,采集图像和管理,同时基于iOS的Echo app,使软件操作更加人性化。届时,北京深蓝云生物联合上海未峰生物将会携带相关产品与您相约成都。恭候您的参观咨询,不见不散哦!
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2019.08.07
大家都知道Western Blot时间周期较长,大致可以分为忙碌的第一天,和心痛的第二天,像极了爱情。人生若只如初见,何事秋风悲画扇。经历转瞬即逝的新手曙光后,便进入漫长的黑夜。第一天,从最一步的配胶,到最后一步的孵育膜都极细心像极了爱情的萌芽期,需要精心的呵护。第二天经过繁琐的洗膜,孵二抗,洗膜,都需要耐心,之后便迎来了验证奇迹的一刻:显影,皆大欢喜或者一切皆空。像极经历爱情的磨合期,也有两个极端走向,婚姻的殿堂,或者以分手草草了事。大多数实验室常用化学发光(ECL)方式,品牌,仪器众多,当然结果也良莠不齐。顿时回忆起当时做实验的点点滴滴,前面的工作繁琐而充实,一天下来觉得很满足,第二天既期待又紧张,期待有个完美的结果,但又担心事与愿违。大家怀揣着一颗忐忑不安的心走近暗室或者成像仪。随后便传来“为啥背景那么深,为啥没有目的条带,为啥分子量不对,被裁掉了̷”一系列咆哮不绝于耳,大家都习以为常,相视一笑,接着做自己的事。经过忙碌的两天,只能被迫接受这种情况吗?来比较下胶片和化学发光:化学发光的动态范围大于3.3OD,而胶片显影的动态范围仅有1.2OD,由此可以看出化学显影优于古老的胶片显影。对于那些蛋白分子量接近,化学显影背景深的又该如何?近红外荧光标记是western blot最理想工具目前国内实验室使用的仍是化学发光,而SCI期刊中则有很多使用荧光标记WB,为了紧跟时代的步伐,我们需要引进和创新。那荧光标记的好处在哪?化学发光的信号是动态的,二抗是酶标记,属于酶促动力学反应,信号随时间的变化而变化,信号不与目标蛋白浓度成线性比例关系。而荧光信号荧光是静态信号,不会随着时间的变化而变化,信号持久,可达到精准定量。PVDF膜或者NC膜在可见光区会产生自发荧光,而在近红外区是几乎没有自发荧光,进而消除了背景的干扰。选择在近红外区自发荧光较低的转印膜得到的,效果更好,背景更加干净,信噪比更高。化学发光和荧光标记western blot 各有所长,而Azure c600多功能分子成像系统兼顾化学发光的高灵敏和荧光检测的宽动态范围和精准定量,满足实验室各种需求。小巧的体格,却一应俱全,可以灵活控制多种应用程序,包括化学发光,荧光,DNA/蛋白胶。可以满足对实验室各种样品成像的要求。是目前市面上唯一的一款既可进行Cy3, Cy5, Cy2 多色荧光LED成像,又可在700和800nm处进行近红外激光定量荧光western 成像系统。这达到对成像最完美的要求,兼顾动态范围的荧光定量分析,以及高灵敏度的化学发光的定性分析。下面来看下具体的应用。white Light Imaging /UV Imaging / Blue化学发光RGB三色成像NIR成像植物组织成像小动物成像看了那么多结果图,有没有心动?Azure会帮助你顺利跨过实验的各种瓶颈,走向发SCI的康庄大道。
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2019.07.19
近日,中国学者熟知的PLOS ONE和PLOS Biology在投稿指南里指出,7月1日起,要求所有作者提供WB相关的原始数据,并存放在可用的数据库中,提供可查询的信息。在《JBC》的作者投稿要求中也需要提供原始数据作为评审的依据。如果稿件正在审核中,未按照要求提供或拒绝提供这些数据的作者的文章将成为拒收理由。在权威杂志《nature》的要求中,作者可能会被要求提交原始的,未经处理的图像。在《cell》作者须知里面也指出需要提供原始的未裁剪的原始数据,如果未按时提交,可能推迟发布或存在撤稿风险.以上列举了几种期刊关于提交原始图像的信息,因为WB由于其从原始数据到最后成文展示,本身即需要裁减排版,此过程中,造假的空间就会很大。还有很多知名期刊也有类似的要求,防止WB数据造假。Azure凝胶成像系统提供给客户最真实的原始的tiff图片,而不是经过软件自行修改,编辑的看着好看的图片,例如插值图片,插值图像灰度值有明显的不连续性,图像质量损失较大,会产生明显的马赛克和锯齿现象。自动优化图片,软件类似PS的手法,在形成图像时进行自动优化,消除背景等方法,这样会使图片丢失大量信息,影响数据的真实性。Azure公司秉承实事求是,尊重科研的态度,Azure凝胶成像系统提供给客户最原始的16bit的tiff图片,tiff是最复杂的一种位图文件格式。tiff是基于标记的文件格式,它广泛地应用于对图像质量要求较高的图像的存储与转换。由于它的结构灵活和包容性大,它已成为图像文件格式的一种标准。信息量大,真实反映实验结果。 以上和大家说了原始图片的期刊要求,我们看看关于定量数据的要求: JBC期刊杂志要求使用总蛋白定量,传统单一蛋白会有潜在的不稳定表达的风险,影响定量准确性.在《Nature》和《Cell》杂志中鼓励在一张印迹膜上进行印迹实验,平行胶因为体系和条件的不同会影响定量的准确性,荧光方法更符合。化学发光方法由于其自身的半定量和一次仅能进行单一的信号采集,所以才会有这么多学术造假的文章出现,化学发光检测的局限性就体现出来了。之后科学家为了寻求解决方法,荧光western blot检测应运而生。荧光Western blot使用荧光染料标记的二抗进行检测,膜上的靶标蛋白浓度与可见荧光信号强度呈线性关系,实现真实可靠的定量分析。荧光染料发射光谱不同,因此在一张印迹膜上可实现多重检测。在无需剥离和二孵育条件下,进行上样量质控,可以分析翻译后修饰蛋白。因此当您进行如下实验室,选择荧光检测方法,妥妥的:> 同时检测多种蛋白> 研究翻译后修饰蛋白> 同一印迹膜的上样质控> 精确定量western blot实验综上所述,采用现在动态范围更宽的多重荧光western blot检测方法来进行western blot检测,实现真正的定量要求,无需剥离膜和二次孵育,进行上样质控,目标蛋白和内参蛋白在同一张膜上,就不会发生和避免上面数据造假的情况发生,更容易被期刊杂志接收。Azure凝胶成像系统秉承实事求是,尊重科研的态度,提供给客户最真实的原始的数据。
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2019.07.03
在细胞中,端粒保护染色体的末端,并且在细胞不断分裂和复制它们的DNA时阻止染色体的末端融合在一起。端粒丢失可能导致癌症。在一项新的研究中,来自美国沙克生物研究所的研究人员在研究端粒与癌症之间关系的过程中取得了一项令人吃惊的发现:一种称为自噬的细胞回收过程通常被认为是一种生存机制,但是实际上它促进细胞死亡,从而阻止癌症发生。他们揭示出自噬是一种全新的肿瘤抑制途径,并且指出阻断这种过程的疗法本想是抑制癌症,但是很可能在无意中促进癌症更早地发生。细胞自噬过程(图源:华威大学)相关研究结果于2019年1月23日在线发表在Nature期刊上,论文标题为“Autophagic cell death restricts chromosomal instability during replicative crisis”。论文通讯作者、沙克生物研究所分子与细胞生物学实验室教授Jan Karlseder说道,“这些结果是令人吃惊的。有许多检查点阻止细胞在分裂时失去控制和发生癌变,但是我们并未想到自噬是其中之一。当细胞每次因分裂和生长而复制它们的DNA时,它们的端粒会就会变短一些。一旦端粒变得如此短以至于它们无法再有效地保护染色体时,细胞就会得到一个停止无休止分裂的信号。但是有时,由于致癌性病毒或其他因素,细胞不会获得这种信号并继续分裂。由于端粒危险性地变短或缺失,细胞进入一种称为危机(crisis)的状态,在这种状态下,未受保护的染色体能够融合在一起并发生功能失调---这是一些癌症的特征。左图:正在进行自噬的细胞中的23对染色体看上去正常且健康,没有出现结构或数量上的变化。右图:危机状态但没有发生自噬的细胞的染色体,结构和数量都发生了变化。(图片来源:Salk Institute)Karlseder及其团队想要更好地了解这种危机状态---这是因为这种状态经常会导致广泛的细胞死亡从而阻止癌前细胞继续成为充分发展的癌症,同时也是因为这种有益的细胞死亡机制尚未得到充分的理解。论文第一作者、Karlseder实验室博士后研究员Joe Nassour说道,“很多研究人员认为在危机状态下发生的细胞死亡是通过细胞凋亡发生的。细胞凋亡和自噬是两种类型的程序性细胞死亡。但没有人通过开展实验来验证是否真的如此。”为了研究这种危机状态和随后发生的细胞死亡,Karlseder和Nassour使用健康的人体细胞进行了一系列实验。在这些实验中,他们将正常生长的细胞与被迫进入危机状态的细胞进行了比较。通过让各种限制生长的基因(也称为肿瘤抑制基因)失去功能,他们能够让这些细胞放纵地增殖,它们的端粒在此过程中变得越来越短。为了了解是自噬还是细胞凋亡导致危机状态下的大量细胞死亡,他们研究了细胞凋亡和自噬的形态学和生化标志物。尽管这两种机制都是导致正常生长的细胞中发生少数细胞死亡的原因,但是自噬仍然是危机状态下细胞死亡的主要机制,它导致更多的细胞死亡。图片来源:《Nature》这些研究人员探究了当阻止处于危机状态下的细胞中的自噬时会发生什么。结果是令人吃惊的:当不能够通过自噬阻止细胞死亡时,处于危机状态下的细胞不知疲倦地增殖。此外,当他们观察这些细胞的染色体时,它们融合在一起并且发生变形,这表明在癌细胞中观察到的这种类型的严重DNA损伤在发生,并且揭示出自噬是一种重要的早期癌症抑制机制。最后,这些研究人员测试了当在正常细胞中诱导特定类型的DNA损伤(不论是在染色体末端,还是在染色体中间的区域)时会发生什么。端粒丢失的细胞激活自噬,然而DNA损伤在其他染色体区域发生的细胞激活细胞凋亡。这表明细胞凋亡不是破坏因DNA损伤而可能变成癌前细胞的细胞的唯一机制,并且端粒和自噬之间存在着直接的交谈。这项研究表明,自噬不是一种促进癌细胞不受控制生长的机制(通过吞噬其他细胞来回收原材料),相反,它实际上阻止这样的生长。如果没有自噬,那些失去其他安全措施(比如肿瘤抑制基因)的细胞,就会进入一种危机状态:细胞无法控制生长和大量的DNA损伤,最终往往会导致癌症产生。(正如2015年的一项发表在Molecular Cell期刊上的标题为“Small Molecule Inhibition of the Autophagy Kinase ULK1 and Identification of ULK1 Substrates”的论文所报道的那样,一旦癌症开始产生,阻断自噬可能仍然是一种让肿瘤挨饿的有效策略。)Karlseder补充道,“这项研究是令人兴奋的,这是因为它代表了许多全新的发现。在此之前,我们并不知道细胞能否在危机状态下存活下来;我们不知道自噬是否参与危机状态下的细胞死亡;我们当然不知道自噬如何阻止遗传损伤的积累。这开辟了一个我们渴望追求的全新研究领域。”接下来,这些研究人员计划更密切地研究细胞死亡途径的不同选择:染色体末端(即端粒)的损伤导致自噬,而染色体其他部分的损伤导致细胞凋亡。您知道吗?这篇轰动性的Nature文章,使用了Echo公司开发的Revolve正倒置一体显微镜(戳下图,看重点):市场上的显微镜有很多种,文章作者和研究机构为什么会独宠Echo Revolve 显微镜呢?这是因为:Revolve正倒置一体机兼具正置和倒置显微镜的优势,方便小巧,一机多能。镜头均搭配的是OLYMPUS平场半复消色差物镜,可以校正红、蓝两色光的球差和色差,在观察效果上远好于普通消色差物镜。可以支持明场观察、相差观察、荧光观察,广泛适用于组织切片、无色活细胞、荧光染料、多荧光叠加等多观察用途。可兼容活细胞观察,病理切片,免疫组化,免疫荧光,荧光原位杂交等。同时,Echo Revolve 显微镜基于Ipad pro的强大功能,可以扩展实现同步投屏、录屏、图像拼接等诸多功能。譬如:投屏和录屏功能,极大地减轻了教研工作者操作流程而备受青睐;图像拼接也很受矿业研究或动物科研人员的喜爱。Echo Revolve 显微镜,助力探索每一个重要的生物学领域,您的实验室,只差一个Ta.参考资料:《Nature》期刊,论文标题“Autophagic cell death restricts chromosomal instability during replicative crisis”
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2019.07.01
2019年6月16-21日,由国际拟南芥主委会、华中农业大学、中国科学院遗传与发育研究所,湖北省遗传学会,武汉大学,作物遗传改良国家重点实验室,杂交水稻国家重点实验室联合举办的“第30届国际拟南芥大会”在湖北武汉圆满落幕。 此次大会共开展了近200场学术报告,邀请了包括美国科学院院士Elliot Meyerowitz、董欣年、陈雪梅、邓兴旺、何胜阳、朱健康,中国科学院院士许智宏、李家洋和曹晓风等一批在全球具有卓越声望的科学家作报告。大会报告共分为7个专题,还有20个分会报告,主要议题有植物发育调控机制、植物抗病机制、植物激素、植物抗逆机制、植物基因组学、植物能源与代谢、植物信号转导以及从模式植物到作物研究等。会议现场参会代表科学家们现场作报告深蓝云生物公司作为应邀参展商,全程参与大会,为在场的科研工作者提供相关方面的咨询与服务。深蓝云生物自成立以来,一直致力于为科研工作者提供新型生命科学研究仪器和分析产品以及优化的整体应用解决方案。此次国际拟南芥大会的现场,北京深蓝云生物科技公司不仅吸引了全球范围内参会者的目光,并且受到各方专业人士的好评。深蓝云生物将继续依托国际领先的生命科学产品和解决方案,专注为用户提供分析产品和完善的售前咨询和售后服务。Naica Crystal微滴数字PCRNaica Crystal微滴数字PCR,以Sapphire芯片为唯一耗材,形成25,000-----30,000个微滴的2D阵列,以单层平铺方式进行PCR扩增实验。反应完成后对微滴进行三通道成像,从而得到精准的核酸绝对数量。两个半小时之内,可快速获得结果。详细信息可点击图片查看。Revolve正倒置一体显微镜Revolve展现了其非凡的灵活性,可以轻松地实现正置和倒置显微镜的转换,创新性地把正倒置显微镜合二为一,开启了显微镜Hybrid时代。详细信息可点击图片查看。REBEL 2 IN 1正置/倒置Hybrid显微镜REBEL 2 IN 1正置/倒置Hybrid显微镜兼具正置和倒置显微镜的功能,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;以先进的iPad Pro替代了传统目镜设计,进行操控,观察,传输,采集图像和管理,同时基于iOS的Echo app,使软件操作更加人性化。可远程调节粗/细调螺旋,轻松聚焦和拍摄图像;载物台嵌入可调高度的实验台,完全符合人体工程学。Azure Sapphire 双模式多光谱激光成像系统Azure Biosystems公司是一家创新型服务于生命科学和医学领域的公司,成像产品体现了创新、高技术和颠覆性的精神。在原来C系列成像的基础,我们推出了全新的Azure Sapphire双模式多光谱激光成像系统。> 4激光激发:488nm(蓝色)、520nm(绿色)、658nm(红色)、758nm(NIR);> 唯一的3种检测器设计:PMT、APD和CCD用于信号检测;> 扫描方式:同时成像,扫描更快速;> 分辨率更高:可达到10微米的分辨率,成像更清晰;> 动态范围更宽:同时定量低丰度和高丰度蛋白,定量更准确;> 双模式成像:具有扫描检测和CCD成像双模式,扫描模式用于荧光检测和磷屏成像,CCD用于高灵敏化学发光成像,实验更多选择。Azure 成像系统Azure Biosystems生产的新一代多功能分子成像系统是唯一可升级至完成双激光近红外的CCD分子成像系统。Azure Biosystems cSeries成像系统为您提供7款覆盖不同应用的可选机型,您可以选择适应现有需求的一款,后续需求增加升级即可。详细信息可点击图片查看。KeyPro™KP100生物污染紫外净化仪潜在的生物污染在实验室中普遍存在,特别是RNase A酶的污染,在缺乏长期热处理或刺激性化学物质的情况下很难完全失活。并且这些处理方法可能与普通实验室材料不相容,或使后续的生化反应复杂化。利用汞灯光源对RNase A酶进行快速、完全失活处理一直是很难实现的,因为光源波长的输出功率很低,灭活不彻底。常用技术花费时间长,成本高。KeyPro™KP100生物污染紫外净化仪采用SLM™专利技术将LED阵列,光学元件和热冷却技术集于一身,可最大限度地提高消毒和去污性能。进行污染的消除,无残留,免冲洗,可节省高达90%的化学去污时间和成本。只需将适用的试剂和溶液,在加入样品前进行净化即可。·RNase ·病毒 ·细菌 ·真菌 ·其他污染
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2019.06.21
Evagreen染料法数字PCRNacia数字PCR之EvaGreen®是一种结合于所有dsDNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。作为新一代的绿色荧光核酸染料EvaGreen®,具有如下三个优势:1对PCR 的抑制小,因此在实验中EvaGreen®可使用快速PCR 温度循环,同时可以使用较高浓度,提高亮度的同时也消除了“染料重新分布”;2稳定性极强,在储存、操作和PCR过程中不会被破坏,可以反复冻融;3降低了细胞膜透性,更加安全。染料法dPCR实验反应体系含有一对用于扩增目的序列的特异区段的PCR引物和用于扩增产物使用的EvaGreen®染料。EvaGreen®实验的步骤如下1引物和扩增子设计引物设计的原则在qPCR和digital PCR中是一样的。具体的设计原则可以参照前面发表的引物探针设计原则。2实验准备对于任何数字PCR实验需要准备:数字PCR仪及专用耗材PCR mix包含酶,dNTPs,buffer,Mg+EvagreendH2O普通PCR实验用品:tube chip 振荡器 离心机等。3反应体系按如下反应体系配置MIX:4反应条件*:根据实验引物的Tm值来决定5数据采集根据所使用的系统,数据采集将采用芯片成像的形式(Naica™系统、QuantStudio™3D数字PCR系统、CONSTELLATION®数字PCR系统……),或者类似于流式细胞术(QX200™液滴数字PCR系统、Raindrop™数字PCR系统),逐个读取分区。请按照制造商的说明执行此步骤。6数据分析在EvaGreen digital PCR实验中,只有一个荧光通道需要检查,因此数据将被表示为一维点图。其中每个点表示一个分区,y轴表示蓝色检测通道中各分区的荧光强度,x轴表示分析软件分配给各分区的指标编号。6.1数据质控根据数据采集的类型,数据分析软件可以提供不同的质量控制。应当仔细考虑两项标准:NTC:NTC只用阴性微滴总微滴数:大量的可分析分区将减少与测量浓度相关的不确定性在Naica™系统上,还可以可视化生成的分区:6.2阈值设置通常,阈值是由分析软件自动设置,阈值以上的分区为正,阈值以下的分区为负。因此,设置阈值是数字PCR对定量结果进行处理的一个强制性步骤。由于阈值设置是自动计算,我们建议您查看点一维图。但是,下面两种情况需要手动设置阈值:●当有非常少的正分区或非常少的负分区时;●当你观察到正负分区之间有很多雨滴时。6.3浓度计算设置阈值后,软件自动量化每个目标的正分区和负分区的数量。然后,使用泊松分布将这个数字读数转换为拷贝数。每个结果都有一个95%的置信区间,它反映了测量的精度。该方法的精度也可由“95%置信区间”值给出,越小越好!每个样本浓度的95%置信区间及其相关的相对不确定度由分析软件自动计算。如图:Evagreen数字PCR实验具有设计简单、条件建立快而且成本低等优点,但是 由于DNA结合Evagreen为非特异性结合双链DNA,所以Evagreen方法多用于低通量、单重实验。
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2019.06.14
第 30 届国际拟南芥大会(ICAR)将于 2019 年 6 月 16-21 日在湖北武汉欧亚会展国际酒店举行,北京深蓝云生物科技有限公司将携带相关产品亮相此次大会,我们将在25号展位恭候您的参观咨询。本次会议将召集在拟南芥研究领域的相关科学家分享新的知识、交流新的方法、展望未来的研究方向,以及促进科学家们的合作,帮助青年植物学者获得发展良机。此次会议也将为研究其他植物和作物提供理论基础和借鉴。Naica Crystal微滴数字PCR Naica Crystal微滴数字PCR,以Sapphire芯片为唯一耗材,形成25,000-----30,000个微滴的2D阵列,以单层平铺方式进行PCR扩增实验。 反应完成后对微滴进行三通道成像,从而得到精准的核酸绝对数量。两个半小时之内,可快速获得结果。详细信息可点击图片查看。 Revolve正倒置一体显微镜 Revolve展现了其非凡的灵活性,可以轻松地实现正置和倒置显微镜的转换,创新性地把正倒置显微镜合二为一,开启了显微镜Hybrid时代。详细信息可点击图片查看。 REBEL 2 IN 1正置/倒置Hybrid显微镜 REBEL 2 IN 1正置/倒置Hybrid显微镜兼具正置和倒置显微镜的功能,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;以先进的iPad Pro替代了传统目镜设计,进行操控,观察,传输,采集图像和管理,同时基于iOS的Echo app,使软件操作更加人性化。可远程调节粗/细调螺旋,轻松聚焦和拍摄图像;载物台嵌入可调高度的实验台,完全符合人体工程学。 Azure Sapphire 双模式多光谱激光成像系统 Azure Biosystems公司是一家创新型服务于生命科学和医学领域的公司,成像产品体现了创新、高技术和颠覆性的精神。在原来C系列成像的基础,我们推出了全新的Azure Sapphire双模式多光谱激光成像系统。> 4激光激发:488nm(蓝色)、520nm(绿色)、658nm(红色)、758nm(NIR);> 唯一的3种检测器设计:PMT、APD和CCD用于信号检测;> 扫描方式:同时成像,扫描更快速;> 分辨率更高:可达到10微米的分辨率,成像更清晰;> 动态范围更宽:同时定量低丰度和高丰度蛋白,定量更准确;> 双模式成像:具有扫描检测和CCD成像双模式,扫描模式用于荧光检测和磷屏成像,CCD用于高灵敏化学发光成像,实验更多选择。 Azure 成像系统 Azure Biosystems生产的新一代多功能分子成像系统是唯一可升级至完成双激光近红外的CCD分子成像系统。Azure Biosystems cSeries成像系统为您提供7款覆盖不同应用的可选机型,您可以选择适应现有需求的一款,后续需求增加升级即可。详细信息可点击图片查看。 KeyPro™KP100生物污染紫外净化仪 潜在的生物污染在实验室中普遍存在,特别是RNase A酶的污染,在缺乏长期热处理或刺激性化学物质的情况下很难完全失活。并且这些处理方法可能与普通实验室材料不相容,或使后续的生化反应复杂化。利用汞灯光源对RNase A酶进行快速、完全失活处理一直是很难实现的,因为光源波长的输出功率很低,灭活不彻底。常用技术花费时间长,成本高。KeyPro™KP100生物污染紫外净化仪采用SLM™专利技术将LED阵列,光学元件和热冷却技术集于一身,可最大限度地提高消毒和去污性能。进行污染的消除,无残留,免冲洗,可节省高达90%的化学去污时间和成本。只需将适用的试剂和溶液,在加入样品前进行净化即可。
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2019.05.30
华盛顿大学医学院儿科和加利福尼亚大学圣地亚哥分校医学院儿科的研究人员建立了一个稳定可靠的基于RNA磁珠提取和数字PCR的方法,可从粪便样本中检测与EE(热带肠病)关联的人mRNA,灵敏度可达20拷贝GAPDH mRNA/200mg粪便样本。已有报道表明病人粪便中存在人mRNA,可作为反应病人消化道病理状态的潜在标记物。然而以粪便为样本检测RNA必须克服两大挑战:一是粪便中含有大量PCR抑制剂,会严重影响PCR效率甚至PCR失败;二是粪便样本中的RNA绝大部分是微生物来源的,人mRNA含量极少。所以这项应用需要超灵敏的核酸分离检测技术。文中使用了数字PCR对大量冻存粪便样本中多达70多个基因的表达量进行了分析,其中以GAPDH为内参,探针以VIC标记,各目的基因以FAM标记。所有70个样本都已经双塘吸收测试法检测,同时随机抽取样本用数字PCR和RT-qPCR进行检测,比较结果显示,数字PCR相对于qPCR具有更高的灵敏度。基于数字PCR的粪便样本RNA检测手段可用筛选与消化道疾病相关的核酸标记。大家知道定量PCR是通过实时荧光信号的分析处理进而获得所谓Cq值,再根据Cq来对样品定量。Cq值容易受PCR效率,特别是PCR抑制剂影响,所以qPCR在检测靶标核酸丰度低及抑制成分高的样本时,灵敏度和准确度会大打折扣。而数字PCR通过PCR终点判断微滴阴阳性进而定量样本的方式,受PCR效率和抑制物影响非常小,特别适合诸如:1、以粪便、血液为样本的病原微生物检测、肿瘤标记物检测;2、以土壤、污水、淤泥、酒泥等为样本的环境生物学研究和病原微生物监测;3、经复杂工艺制作的含大量抑制物的食品材料中转基因成分、动植物成分鉴定和含量分析,及致病微生物的检测(CIQ/CDC);4、以骸骨、毛发、分泌物及排泄物,或者口腔脱离细胞、动物鳞片及皮肤,陈旧标本为样本的法医学、动物遗传多样性管理及野生动物保护等涉及核酸检测分析的应用。【Agapova S, Stephenson K, Manary M, Weisz A, Tarr PI, Mkakosya R, Maleta K, Shulman RJ, Manary M, Shaikn N. Detection of Low Concentration Host mRNA Transcripts in Malawian Children at Risk for Environmental Enteropathy. J Pediatr Gastroenterol Nutr.2012.】近年来在小RNA的研究方面长非编码RNA(long noncoding RNA,IncRNA)的研究成为热点,IncRNA是一类转录本长度超过200个核苷酸的RNA分子的总称。IncRNA的表达水平相对于编码蛋白的基因一般比较低,重要的是很多这些IncRNA虽然不直接参与基因编码和蛋白质合成,但是在基因转录后调控、剪切和修饰具有十分重要的功能,在很多生命活动中均起着举足轻重的作用,和疾病的发生、发展、诊断和治疗有着密切的关系,迅速成为当今分子生物学最热门的前沿研究领域之一。另外,IncRNA的亚细胞位置上也呈多样化,在细胞核、细胞质和细胞器均有分布,甚至某些IncRNA具有独特的亚细胞位置,有可能是全新的亚细胞构成。虽然研究甚少,但是人们逐渐认识到IncRNA具有重要的功能,因此,IncRNA的异常和疾病关系密切,将成为理解疾病、寻找疾病分子标记物、药物靶点的新的研究方向。最近美国科学家在NUCLEC ACID THERAPEUTICS 上发表了首篇将数字PCR应用于IncRNA研究的文献。文章通过绝对定量的方式,对IncRNA分子进行直接定量,从而大致判断其对基因表达的调控属于顺式还是反式作用;同时也对不同IncRNA以及管家基因在亚细胞水平上的表达做了分析。【David W, Dodd, Keith T. Gagnon, and David R. Corey. Digital Quantitation of Potential Therapeutic Target RNAs. NUCLEIC ACID THERAPEUTICS, Volume 23,Number 2,2013.】来自Fred Hutchinson癌症研究中心等处的研究员在《Nature Method》发表文章证明了数字PCR技术能用于不同情况下,准确,可重复性的血浆和血清microRNA(miRNA)量化检测,这将为miRNA及其它核酸用于循环生物标志物的检测铺垫了道路。文章的第一作者,Fred Hutchinson癌症研究中心人类生物学部Muneesh Tewari博士表示,“在循环系统miRNA诊断领域,数字PCR能帮助我们进行生物标记物研究,直接比较同一实验室跨天多次实验,甚至不同实验室之间的检测结果”实时定量PCR(qPCR)已被广泛用于血液样品miRNA的分析测试中。但是研究人员发现,血清或血浆中的miRNA qPCR测量出现了极高的差异性,无法用作稳定的血液生物标志物的检测标准,因此这一领域的研究人员一直在寻求一种能获得更可靠结果的新方法。数字PCR具有许多优于定量PCR的优点,比如无需标准曲线,以及不受不同样品和试验过程中PCR扩增效率变化的影响,就能获得绝对定量。为了评估每个工作流程的步骤,包括连续稀释准备,反转录(RT)和PCR扩增,Tewari博士和他的团队分别在三个独立的工作日中,通过数字PCR嵌套分析对比定量PCR,对水和血浆中6中不同的合成miRNA各稀释系列的cDNA进行分析,结果发现比较于qPCR,数字PCR在PCR特异性变化方面,具有更高的精确度(48-72%的更少变异系数)。接下来,研究小组进行血清miRNA的qPCR和数字PCR并列比较检测。他们收集了20例晚期前列腺癌患者,和20例年龄相匹配的男性对照血清样品,分析其中的miR-141丰度,miR-141是一种已被证明的晚期前列腺癌的生物标志物。研究人员分别在不同的三天里准备了qPCR和数字PCR分析的不同稀释浓度,并进行了检测,结果发现数字PCR相比于qPCR,能提高7倍不同一天里实验室的重复率,这在对照研究中也得到了证实:数字PCR的结果更为可信(p=0.0036 vs. p=0.1199)。【Christopher M Hindson, John R Chevillet, Hilary A Briggs, Emily N Gallichotte, Ingrid K Ruf, Benjamin J Hindson, Robert L Vessella & Muneesh Tewari Absolut Quantification by droplet digital PCR versus Analog real-time PCR. Nature Methods | ADVANCE ONLINE PUBLICATION doi:10.1038/nmeth.2633.】近期来自美国纽约西奈山医学院的科学家接连刊发了数字PCR应用于胚胎干细胞基因表达研究的最新研究成果。胚胎干细胞(embryonic stem cell,ESCs)简称ES细胞。ES细胞具有细胞全能性,在解除分化抑制的条件下能参与包括生殖腺在内的各种组织的发育潜力,即ES细胞具有发育成完整动物体的能力,可以为细胞的遗传操作和细胞分化研究提供丰富的实验材料。研究人员发现,MicroRNA-137(miR-137)在ES细胞分化为神经细胞的过程中发挥了重要的作用。科学家使用数字PCR和qPCR同时验证了在不同细胞周期条件下miR-137的表达水平,发现miR-137在细胞M期(metaphase)表达显著上调。联合其他实验证据可以表明,miR-137可以通过抑制下游转录调控因子的表达进而调节ES细胞的增殖和分化。【Ke Jiang, Chunyan Ren, Venugopalan D. Nair MicroRNA-137 Represses Klf4 and Tbx3 During Differentiation of Mouse Embryonic Stem Cells. Stem Cell Research (2013) 11,1299-1313.】
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2019.05.27
数字PCR技术是一项新的核酸检测和定量技术。空白检测限LOB (Limit of Blank)是判断数字PCR技术检测能力的重要参数。LOB(the limit of blank)是一项统计学实验参数。在可信度大于95%的概率下,对于不含有分析物的样品(空白样品),LOB是可能观察到的最高检测结果。换句话说就是最大的假阳性数。为什么要在数字PCR中计算LOB ?在数字PCR (dPCR)中,多种因素可以引起假阳性。定量核酸时确定假阳性的cutoff对dPCR检测的稳定性至关重要。为了定义这个cutoff,检测阈值通常设置在LOB值之上,而在检测校准期间必须首先为每个目标确定空白LOB值。此外,实验LOB值对于判断反应是正还是负以及计算LOD值都是必要的。95%置信度LOB如下表所示:R:重复次数,一般≧30μ和α:分别为假阳性个数的平均值和标准方差μcorr:校正平均值当μ=0(即假阳性永远不会出现),则LOB(95%)=0当LOB为非零时,可以用概率分布加权的“减去假阳性”的方法来校正实验样品中目标核酸的量。更多LOB值介绍可登陆北京深蓝云生物科技的官方网站,找到Gene-π数字PCR学堂统计工具查看,您也可以选择其他感兴趣的应用教程,其中包含从实验设计到数据分析的详细工作流程。 您还可以通过搜索导航工具直接搜索特定的项目("dPCR的DNA准备","荧光溢出"等),或点击我们的"HOW TO" 选择您需要的部分(设计、分析、报告)。
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2019.05.27
一步法反转录-PCR(RT-PCR)广泛用于RNA分析,如基因组表达、病毒检测,从生命科学研究到诊断的许多领域,都有所应用。一步法Crystal RT-数字PCR实现了直接对RNA样本进行多重靶标基因的检测(内参基因、多重目标基因)和病毒RNA的绝对定量,无需标准曲线,同时实现了基因表达的细微差异的精确检测。一步法Crystal RT-数字PCR技术(Crystal RT-dPCR)实现了同一个反应中,通过三个荧光通道进行三种不同的mRNA分析,可以显著且准确地区分1.5倍的基因表达差异(图1)。图1:一步法Crystal RT-数字PCR(Crystal RT-dPCR)对人总RNA中mRNAs进行绝对定量 对人总RNA进行1.5倍倍比稀释,浓度变化范围0.06ng/μl-3.6ng/μl,通过一步法Crystal RT-数字PCR对GUSB、ALB和TSN的三种mRNA进行三重绝对定量检测。使用1x qscript XLT One-step RT PCR Toughmix® 和FAM-、HEX和Cy5-标记的三种TaqManTM 探针。重复三次的实验结果显示每个靶标基因均具有良好的线性,准确性和再现性。GUSB = 588. 8 cp / ng:ALB = 96.5 cp / ng:TSN = 980.6 cp / ng 低表达水平转录子的定量检测对于背景高的总RNA中低丰度转录子的检测极具挑战,使用Crystal数字PCR技术在检测低比例的转录子定量检测具有出色的线性和重复性(图2A)。即使在高浓度总RNA背景的情况下荧光强度一致,反应效率不受影响(2μg-图2B)。图2:一步法Crystal RT-数字PCR绝对定量检测高浓度总RNA中的mRNA 对人总RNA进行2倍倍比稀释,浓度变化范围从2 μg 到125 ng,通过一步法Crystal RT-数字PCR对ALB的mRNA进行绝对定量。使用1x qscript XLT One-step RT PCR Toughmix®和HEX-标记的TaqManTM 探针。线性图显示重复三次实验结果的准确性和重复性(A),并且在微滴荧光散点图中未观察到荧光的变化(B)。 RFU:相对荧光单位。 *每次反应27μL。病毒RNA的绝对定量登革热1型病毒DEN-1和其他三种相近的血清型可以产生致命风险,如登革热出血热、登革热休克综合征。一步法Crystal RT-数字PCR,可以实现2.5个小时内,在无需标准品和标准曲线的情况下,对登革热病毒载量进行绝对定量检测,快速,友好且适用于所有实验室和工作流程。图3:一步法Crystal RT-数字PCR绝对定量DEN-1病毒载量将DEN-1病毒RNA(制造商通过数字PCR定量的标准品)中掺入300cp人总RNA作为背景,以ABL mRNA作为内参。使用1x qscript XLT One-step RT PCR Toughmix®,FAM探针检测DEN-1病毒,HEX探针检测ABL基因。线性拟合程度达0.99,重复性好。
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2019.05.22
人表皮生长因子受体2(Human Epidermal Growth Factor Receptor 2,HER2)检测是预测HER2靶向疗法(如曲妥珠单抗)潜在效果的生物标志。为了提高HER2检测有效性和临床实用性,美国临床肿瘤学会(American Society of Clinical Oncology,ASCO)和美国病理学会(College of American Pathologists,CAP)HER2检测专家组于2007年首次发布了推荐意见,并于2013年做出了更新。随着临床应用的增多,逐渐出现了一些新问题,如部分实验室和临床研究者报告了2013年指南更新对实验室检测和临床实践的影响,并且观察到不少检测结果模棱两可、难以解读的案例。针对临床应用中的相关问题,ASCO和CAP乳腺癌HER2检测专家组对2013年指南做出了更新,并于2018年5月30日在线发表于ASCO官方期刊《Journal of Clinical Oncology》。· 如何更加精准的定义免疫组化HER2检测结果为2+?按照最新指南意见,免疫组化中HER2+被定义为>10%的浸润性乳腺癌细胞呈现完整的细胞膜弱至中等程度着色。详见图1。通过Naica crystal数字PCR平台的三色荧光通道检测Her2基因拷贝数变异
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2019.05.21
基于EVAGREEN®方法的CRYSTAL数字PCR绝对定量检测EvaGreen®是一种无致突变性、无细胞毒性的DNA结合染料,NaicaTM Crystal全自动微滴芯片数字PCR仪系统可兼容EvaGreen®染料进行的数字PCR实验分析。 反应体系中游离的的EvaGreen®染料不发出荧光信号,但与双链DNA(dsDNA)结合后会发出很强的荧光。NaicaTM Crystal全自动微滴芯片数字PCR仪系统使用检测参比荧光(荧光素钠盐)相同的滤光片可进行EvaGreen®染料荧光信号的检测。 使用NaicaTM Crystal全自动微滴芯片数字PCR仪系统,EvaGreen®可以通过使用简单的引物来实现靶标绝对定量。使用我们的Sapphire芯片、基于EvaGreen®的方法可检测低至0.2copies/μL。图1:基于EvaGreen®染料方法的基因组DNA绝对定量对未进行片段化的人基因组DNA进行倍比稀释,浓度范围从1000-0.2copies/μL,使用NaicaTM Crystal全自动微滴芯片数字PCR仪系统进行绝对定量,使用1.5XEvaGreen®,1XPerfeCTa @ UNG Tough mix,扩增片段大小为104bp的EGFR基因片段。为了保证重复性和稳定性我们进行了三次重复(R2= 0.9977)。在NTC(无模板对照)孔中没有观察到阳性微滴。EVAGREEN®核酸绝对定量实验的建立当使用EvaGreen®方法进行数字PCR实验时,需要注意,加入PCR mix的模板dsDNA浓度过高将导致较高的背景荧光。此外,EvaGreen®染料与dsDNA具有较高的亲和力,但同时也与存在mix中的寡核苷酸有较低的亲和力,导致背景荧光的增加。 根据您所需定量的DNA类型和数字PCR反应体系,需要预估实际的动态范围。图2:EvaGreen®绝对定量散点图对未片段化的人类的基因组DNA进行倍比稀释后,浓度范围1000-0.2copies/μL,使用NaicaTM Crystal全自动微滴芯片数字PCR仪系统进行绝对定量,使用1.5XEvaGreen®,1XPerfeCTa @ UNG Tough mix,扩增片段大小为104bp的EGFR基因片段。灰色点:阴性微滴,蓝色点:阳性微滴。RFU:相对荧光强度。
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2019.05.20
通常生物学样本量有限,通过单次实验获得足够多的信息对于研究人员和诊断人员至关重要。NaicaTMcrystal数字PCR系统实现了单次实验中同时检测和定量多重生物标志物,并确保数据精准度和可信度,通过3个不同的荧光通道,非常明确地区分靶标位点。这种简单快速的技术平台能够兼容多种荧光染料组合,大大地扩展了实验设计的可能性。在NSCLC(非小细胞肺癌)治疗中,EGFR(表皮生长因子受体)是重要的药物作用靶点。EGFR活化突变位点,如L858R和L861Q用于预测TKIs(酪氨酸激酶抑制剂)药物药效,同时EGFR T790M突变用于一代TKIs药物耐药预测。为能够在单次实验中评估TKIs药物反应,在NaicaTMcrystal数字PCR系统上进行的多重数字PCR实验,实现了同时检测EGFR L858R、L861Q、T790M和野生型EGFR。在野生型背景下,可以成功并准确地检测到终浓度低至0.25 copies/μL的突变,对应的突变检测限为0.05% (Figure A,B,C)。
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2019.05.17
5月22日北京时间23:00(巴黎时间:17:00), Daniel Henaff博士和Stilla公司商业运营副总裁Caroline Charky将于Genomeweb平台在线分享“用于突变检测和治疗监测的数字PCR液体活检的工作流程”。本次网络研讨会将讲述利用Stilla公司的Naica数字PCR系统从无细胞DNA分离到突变检测的整个液体活检流程。演讲者将集中介绍EGFR、BRAF、NRAS和KRAS突变检测以及儿童和成人脑肿瘤的研究。主讲人介绍:Daniel Henaff博士是ID-Solutions公司的研发经理。2010年于蒙彼利埃分子遗传学研究所(Institute of Molecular Genetics of Montpellier)获得博士学位。之后在蒙特利尔大学的病原体和生物技术研究中心进行博士后研究工作。在从事病原生物学研究多年后,在ID-Solutions负责肿瘤领域的数字PCR和DNA分离开发。Caroline Charky毕业于蒙特利尔高等商学院,获得技术创业管理硕士学位,在北美和欧洲的生命科学创业公司拥有超过15年的经验。Caroline于2016年3月加入Stilla公司,担任商业运营副总裁。内容简介:● 了解EGFR、BRAF、NRAS和KRAS突变的液体活检过程;● 了解数字PCR平台与专用试剂盒相结合的好处;● 了解为什么数字PCR在突变检测、治疗监测和耐药性领域是一种特别有用的技术; ● 了解液体活检工作流程的不同步骤:从DNA分离到DNA定量鉴定和DNA基因分型,使用dPCR多重试剂盒。
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2019.05.06
数字 PCR( digital PCR ,dPCR ) 技术是一种核酸分子绝对定量技术。原理是将一个PCR 反应体系分配到大量微小的反应单元中,在每个微反应器中包含或不包含 1 个或多个拷贝的目标核酸分子 (DNA 模板) ,进行“单分子模板”PCR 扩增。扩增结束后,通过阳性反应单元( 通过终点荧光信号判断) 的数目和统计学方法计算原始样本中目标基因的拷贝数。无需依赖于对照样品和标准曲线就可以进行精确的绝对定量检测。 这种极其高灵敏的技术已经证明了其在绝对定量,稀有事件检测,拷贝数变异(CNV),基因表达和miRNA定量等应用中的可靠性。数字PCR正迅速成为实验室的主流技术,从学术界到生物技术,从制药到工业。 Gene-π作为数字PCR学习交流平台,由法国Stilla Technologies公司开发,为您全方位解读数字PCR技术,可以实现从新手到专家的进阶,适用于所有对数字PCR技术感兴趣的科学家们。该平台为用户提供最新的数字PCR技术信息,使用户能够学习数字PCR技术的基本知识,从实验设计,到实验分析,还有结果的判读,您需要的资料这里都有! 下面小编就给您整理一下Gene-π使用指南, 平台主要分为五大模块,包含: Tutorials,How to,Statistical tools,Training,Community,包含从实验设计到数据分析的详细工作流程,您还可以通过搜索导航工具直接搜索,或点击“HOW TO” 选择您需要的部分。欢迎加入我们,畅游在数字PCR技术的海洋。 法国Stilla Technologies 公司开发的Naica Crystal微滴数字PCR系统,以创新型微流控芯片作为唯一耗材,形成25,000-----30,000个微滴的2D阵列,以单层平铺方式进行PCR扩增实验,反应完成后对微滴进行三通道成像,从而得到精准的核酸绝对数量。两个半小时之内,可快速获得结果。
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2019.04.07
·RNase ·病毒 ·细菌 ·真菌 ·其他污染 潜在的生物污染在实验室中普遍存在,特别是RNase A酶的污染,在缺乏长期热处理或刺激性化学物质的情况下很难完全失活。并且这些处理方法可能与普通实验室材料不相容,或使后续的生化反应复杂化。利用汞灯光源对RNase A酶进行快速、完全失活处理一直是很难实现的,因为光源波长的输出功率很低,灭活不彻底。常用技术花费时间长,成本高。KeyPro™KP100生物污染紫外净化仪采用SLM™专利技术将LED阵列,光学元件和热冷却技术集于一身,可最大限度地提高消毒和去污性能。进行污染的消除,无残留,免冲洗,可节省高达90%的化学去污时间和成本。只需将适用的试剂和溶液,在加入样品前进行净化即可。 产品特点:> 触屏操作,简单易用 > 5分钟完成去污操作,通量高 > 完全灭活污染物 > 稳定,一致的效果 > 降低实验室耗材成本 > 工作流程集成化 KeyPro实验对比 适用物品高保真RNA文库构建,测序和PCR实验室中的微孔板去污、移液器、水、金属、陶瓷、塑料、玻璃等表面去污等,可去除RNase,病毒,细菌,真菌等污染物。
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2019.03.29
数字PCR系统作为一种常用且有效的生命科学研究工具被广泛接受并开始进军临床市场。法国Stilla Technologies公司发布高通量数字PCR系统-Naica HT,配合新型的Opal芯片,较Naica数字PCR系统的通量有效提高四倍。 此外,该公司发布6色数字PCR检测系统的开发项目,增强系统的检测能力,并寻求与诊断领域和诊断试剂制造商的合作机会。 Stilla公司商业运作副总裁Caroline Charky在2019年2月的SLAS大会(Laboratory Automation and Screening Conference)会议上发布高通量数字PCR系统Naica HT和新型的Opal芯片,每天能检测≥240个样本,并在这次会议上获得了NPA新产品大奖。 Charky介绍道“Opal芯片采用了与第一代Naica系统相同的微流控技术,在芯片内部生成微滴。高通量Naica HT平台和Opal芯片与第一代Naica系统相比,提高了样本容量,并且在价格方面更有竞争力。” Naica数字PCR系统由三部分组成:Geode装置包括自动化的微滴生成和PCR扩增步骤,在自组装的微滴阵列上进行PCR扩增大约需要1小时。Prime3微滴阅读分析系统,可以读取三色荧光,10分钟可以读取12个样本。Crystal Miner数据分析,能够自动识别三色荧光中每个阴阳性微滴,最终计算出目的DNA的绝对含量。 “Naica 数字PCR系统使用的Sapphire芯片是第一代芯片,能够运行4个样本,每次可运行3张芯片,每天可以做≥60个样本。然而,在欧洲,亚洲,美国很多客户有高通量的需求,现在配合Naica HT高通量数字PCR系统,在与Sapphire同样大小的Opal芯片上可以同时进行16个样本,一次反应可以运行48个样本。”Charky说。 Stilla公司进行市场调研时,发现某些实验室特别是食品检测,肿瘤领域的应用中,如肿瘤病人的伴随诊断和用药监控以及需要数字PCR对阴性结果验证的大型qPCR实验室,都有高通量的需求。 Naica HT高通量数字PCR系统也能够进行三色多重反应,每次实验时间2.5小时,每天可以做五轮实验,Charky说道:“Naica HT高通量数字PCR系统每天可以做240个样本检测,也就是可以进行720个目的基因的检测。” 与Sapphire芯片相比Opal芯片反应体积更小。 “在Opal芯片中我们将反应体积从25μL降到了8μL。”Charky说。“你可以用更少的试剂”她说,对于要求更高灵敏度的实验,Opal芯片有一个集合两到三个密闭反应孔的策略,在95%的置信区间,灵敏度可达0.2copies/25μL。高通量Naica HT数字PCR系统兼容Sapphire芯片和Opal芯片。Naica数字PCR系统可以通过升级到高通量Naica HT数字PCR系统。 雅培实验室的快速诊断部门高级科学家Aric Joneja正在使用Stilla公司的Naica数字PCR系统进行产品研发。他们两年前购买了Naica数字PCR系统用于微滴PCR和微滴RT-PCR。他们计划开始使用Naica HT和Opal芯片。Joneja认为Naica系统人工操作少,耗材少并且操作简便。同时指出,Stilla具有数据回溯查看功能,很容易进行数据质控,查看数据原始结果。Joneja指出实验室肯定不会已经发现了三色检测系统还买两色检测系统。 在后续的访谈中Charky指出Stilla的专利完全不同于Bio-Rad。“每一个部分都是不同的,”她说,“是完全不同的技术。” 同时,Stilla公司正在开发六色检测的数字PCR系统,进行多重目标基因的数字PCR检测,“我们是全球第一家开发六色数字PCR系统的公司”Charky说。 正如之前的报道,2017年发表了用三色数字PCR检测EGFR突变,本月在O ncotarget杂志上发表了使用六色数字PCR检测非小细胞肺癌相关的突变,特别是EGFR基因的致敏和耐药突变的液态活检方法。 “六色数字PCR系统目前还在测试阶段,Stilla预计在2020或2021年发布,”Charky说,“我们公司作为仪器厂商,正在与用Naica开发和优化试剂的公司共同开发试剂,”Charky说,“一家使用Naica系统的德国研发公司,正在开发一种转基因生物的数字PCR检测方法,Stilla计划与这家公司合作推出完整的解决方案,另一家位于蒙彼利埃的公司正在开发用于CE-IVD的CTC、液体活检试剂盒。同时公司也自行开发临床项目,”Charky说,“已经有研发项目的产品能够最终获得CE-IVD。” 自从2016年发布Naica系统,公司已经历3年时间,Charky说,最近获得了illumina的融资。同时也是欧盟与皇家飞利浦主导的“改善癌症护理的液体活检和成像即LIMA”项目的合作方。 去年Stilla获得了巴黎39家医院联盟的公开招标,这39家医院将在接下来四年内完成Naica系统的采购。为了支持企业快速发展,公司正在扩大,在今年底将扩大三倍面积,Charky说。
新品
2019.03.22
去年11月,Illumina领投知名数字PCR厂商Stilla Technologies 1600万欧元的A轮融资。同在11月,在美国召开的分子病理学协会年会上,罗氏报告了自家数字PCR仪的研发进展。今年年初,第37届摩根大通医疗保健大会上,凯杰宣布已经从波士顿公司Formulatrix手中收购了数字PCR技术。2月中旬,伯乐数字PCR系统获批FDA。外企动作频出,国产厂商也相继发力。 外企动作频出,国产厂商也相继发力。新羿生物、锐讯生物、臻准生物等国内厂商也相继推出数字PCR系统。 近两年来,国内数字PCR厂商已涌现10余家,数字PCR市场开始迸发活力!数字PCR为何如此多娇,引各路厂商竞折腰?数字PCR为何如此多娇,引各路厂商竞折腰?仪器信息网特别策划了数字PCR专题。本期,我们邀请到知名生命科学仪器代理商深蓝云数字PCR产品经理李冰,了解他对于数字PCR市场的观点和看法。深蓝云数字PCR产品经理 李冰 仪器信息网:请您谈一下您对数字PCR技术的看法。 李冰:数字PCR技术是真正的核酸绝对定量技术,让生命科学人能够不受标准品和标准曲线的限制,提高核酸定量的灵敏度和特异性。另一方面,数字PCR技术解决了高背景核酸下目标核酸的精准检出,能够满足科学家对核酸序列的低丰度和低表达差异的检测需求,是分子生物学中不可或缺的研究工具。同时数字PCR技术对PCR反应中存在抑制物的耐受力更强,能够进行复杂样本的检测。 仪器信息网:贵公司区别于其他数字PCR仪产品的核心技术是什么? 李冰:深蓝云公司独家代理的法国Stilla NaicaTM微滴芯片式数字PCR技术的核心优势在于创新型的微流控芯片设计:(1)结合芯片式和微滴式数字PCR技术的优点;2)AI智能识别的可视化数据质控。该系统能够进行自动一体化微滴生成和微滴扩增,并将微滴随机排布在芯片中形成单层的微滴阵列结构,保证了微滴分布的随机性和一致性;(3)改善PCR热扩散效应;(4)同时实现自动化和数据可视化质控。Naica crystal微滴芯片数字PCR系统 仪器信息网:您对数字PCR市场的前景有什么看法?看好的细分领域有哪些? 李冰:数字PCR技术是核酸绝对定量的唯一工具!数字PCR仪在疾病相关核酸检测领域具有巨大的市场需求,是续荧光定量PCR技术和测序技术之后,核酸检测工具有利的补充。 数字PCR仪主要创新发展方向在自动化程度、数据质控体系、多重分析能力、检测样品通量和更具成本效应。NaicaTM微滴芯片式数字PCR系统创新迭代的目的就是为了有效解决上述方向问题。据我们得到的消息,Naica系统在目前三荧光通道的基础上,将于2020年至2021年间推出六色通道的数字PCR产品。目前已发表6荧光通道技术的应用文章。 数字PCR技术本身的技术特点和优势与精准医疗非常契合,特别是在液态活检领域有着独特且卓越的表现和应用前景,包括疾病早期筛选、伴随诊断、靶向治疗、术后监控和传染病诊疗等方面。现在艾普拜生物基于NaicaTM微滴芯片式数字PCR系统已经有多种试剂盒用于肿瘤靶向药筛选和伴随诊断,药效监控,免疫治疗监控等方面。同时在食品安全和环境安全等领域,由于标准品、时效性和抑制物等限制因素,所以数字PCR的应用也将大放异彩。 仪器信息网:您认为数字PCR仪真正走进应用领域需要克服哪些困难? 李冰:与其他技术类似,数字PCR技术进入应用领域的尚待解决的问题,主要是建立标准化体系、建立可质控体系和建立规范化标准。NaicaTM微滴芯片式数字PCR系统创新性在于自动化操作和可视化质控,更易于数字PCR技术的标准化体系和可质控体系的建立,可快速实现检测标准化。在规范化层面将积极配合政府部分和应用领域的项目需求,以自主开发和项目合作的形式促进应用领域的快速转化。 为方便广大数字PCR用户交流、探讨,我们设立了“数字PCR用户交流群”。在群里你可以和各路大神零距离沟通,欢迎广大数字PCR圈内人士加入交流~ 添加小编微信,备注上单位及姓名,小编会拉你进群哦~以下小编微信二维码,心动不如行动,快快加入吧!
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2019.03.20