艰难梭菌（Clostridioides（C.）difficile），是一种厌氧性产毒芽孢杆菌，是人类肠道中的正常菌群。该菌群多因抗生素的应用导致过度生长即艰难梭菌感染（C. difficile infections，CDI），引发轻度至重度腹泻，甚至发展成危及生命的症状，如伪膜性结肠炎、结肠穿孔或毒性巨结肠症等。CDI 是腹泻最常见原因之一，美国仅在2022年就有超过20万相关住院数据，成为严重的医疗负担。抗生素治疗后的肠道微生物菌群失调，有利于艰难梭菌孢子发育、生长并分泌强效AB型蛋白毒素，即毒素A（TcdA）和毒素B（TcdB），它们是CDI症状的主要毒力因子。与其他菌株相比，艰难梭菌的高毒力菌株分泌更强效的TcdA和TcdB，并对氟喹诺酮类等抗生素表现出高耐药性。此外，这些菌株还分泌艰难梭菌转移酶毒素（C. difficile transferase ，CDT），一种肌动蛋白ADP-核糖基化毒素，破坏肌动蛋白细胞骨架。从而，高毒力菌株可能引发更严重的症状、更高的复发率及死亡率。德国乌尔姆大学的Maria Braune-Yan等人研究发现，宿主细胞因子Hsp70在细菌AB型毒素易位中的作用至关重要，Hsp70活性是TcdB进入胞质溶胶并导致细胞中毒所必须的。除了已知的VER-155008 (VER)以外，最近，在FDA批准的药物库中又检索到一种新型Hsp70活性抑制剂多潘立酮（Domperidone，Dom）。Maria Braune-Yan等人对Dom保护人体细胞免受TcdB中毒的机理进行了研究，并探索了其潜在的抑制机制，成果以“Domperidone Protects Cells from Intoxication with Clostridioides difficile Toxins by Inhibiting Hsp70-Assisted Membrane Translocation”为题发表在《toxins》上。本研究采用德国innoME公司的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统，高频次、长时间动态监测HeLa细胞或Vero细胞在毒素作用下随时间的动态变化过程。细胞的圆形化是TcdB对Rho蛋白的细胞内修饰引起的，代表了一个高度特异性的中毒终点。作者通过获取的图片绘制细胞圆形率或中毒率随时间变化的曲线，以此来评估Hsp70抑制剂Dom对细胞的保护作用。研究发现，在中毒2小时后，仅用TcdB处理的HeLa细胞出现了大量的圆形细胞，如果在TcdB中毒之前用Dom处理细胞，则Dom对TcdB中毒具有抑制作用。Dom以时间依赖性方式减少了TcdB诱导的细胞摄入，显著延迟了HeLa细胞的TcdB中毒，HeLa细胞TcdB中毒的延迟在中毒后长达8小时可见（图1中绿色曲线）。图1 HeLa细胞TcdB中毒的时间过程此外，艰难梭菌高毒力菌株除了分泌TcdB和TcdA外，还分泌ADP核糖基化CDT毒素，导致细胞中毒变圆，研究表明Dom也显示出对细胞CDT中毒的抑制作用。与单独使用CDT处理的细胞相比，用高浓度的Dom和CDT处理的Vero细胞出现较少的圆形细胞，表明Dom可抑制细胞中毒。圆形细胞的定量数据也证实了Dom可保护细胞免受CDT中毒（图2中绿色曲线）。图2 Vero细胞CDT中毒的时间过程综上所述，本研究结果确定Hsp70是对抗严重艰难梭菌感染所需的潜在的新药物靶点， Hsp70抑制剂Dom减少了细胞的TcdB中毒，也减少了由高毒力菌株分泌的二元CDT毒素的毒性， Dom有可能具有治疗这些毒素引起疾病的潜力。德国InnoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统，基于非标记、非侵入方法，原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧，耐温耐湿，可在细胞培养箱内长时间连续工作；通过24个显微成像镜头，对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量图像、视频、统计学曲线和定量数据，实现细胞增殖／增殖抑制、细胞培养质控／培养优化、迁移／侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。 环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl大中华区独家代理商，负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接：https://doi.org/10.3390/toxins15060384▼更多 zenCELL owl 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

急性肾损伤（Acute kidney injury，AKI）是一种危及生命的疾病，发病率和死亡率都很高，而缺血是肾脏损害的主要原因之一。缺血性损伤（Ischemic renal injury，IRI）可引起近端肾小管上皮细胞（Proximal tubular epithelial cells，PTECs）变性、坏死，从而导致急性肾损伤。越来越多的证据表明，急性肾损伤的核心病理特征是线粒体功能的改变。线粒体NAD+依赖性酶Sirtuin 5（SIRT5）则是线粒体结构和功能的关键调节因子，可调节能量代谢，并促进包括肾脏在内的高代谢需求器官的线粒体功能。Sirtuin 5已被证明可以增强人体内的心脏、大脑能量代谢，在缺血期间具有保护作用，但其在急性肾损伤中的作用尚不清楚。英国伦敦大学Haschler等人对此进行了研究，试图确定SIRT5在体外人PTECs（hPTECs）缺血诱导的线粒体功能障碍中的作用，相关成果以“Sirtuin 5 depletion impairs mitochondrial function in human proximal tubular epithelial cells”为题发表在《scientific reports》上。线粒体膜电位（ΔΨM）是线粒体结构的核心决定因素之一，是线粒体ATP合成的重要调节因子，因此确定SIRT5的抑制是否会影响ΔΨM进而减少线粒体ATP的产生至关重要。本研究中，作者采用美国Orflo Technologies公司的Moxi GO快速流式细胞仪来评估hPTECs的ΔΨM变化。研究人员通过RNAi（RNA干扰，RNA interference）技术构建了SIRT5抑制hPTECs实验组SIRT5 RNAi，并以非靶向siRNA（小干扰RNA，Small interfering RNA）构建的hPTECs为对照组（Control RNAi），进行了对比研究。四甲基罗丹明甲酯（TMRM，一种可吸附活性线粒体探针，用于测定ΔΨM的变化）被用作荧光指示剂。Moxi GO的测定结果显示，SIRT5 RNAi的TMRM荧光强度更低，表明SIRT5抑制降低了ΔΨM，进而影响了细胞的能量代谢。5个独立的重复实验都呈现出高度一致性的结果（如图1所示）。图1.  Control / SIRT5 RNAi的ΔΨM变化结果左图为以TMRM作为荧光指示剂，使用Moxi Go流式细胞仪测定的荧光强度曲线，右图为5组重复实验的TMRM荧光强度统计结果结合其他相关实验，本研究证明了SIRT5是hPTECs中正常线粒体功能所必需的一种关键性缺血诱导酶，可调节hPTECs的线粒体结构和功能，促进代谢稳态，保护线粒体免受破碎和降解，并降低对氧/营养缺乏模型诱导的线粒体功能障碍的易感性；SIRT5耗竭损害了ATP的产生，降低了ΔΨM，并引发了hPTECs中的线粒体碎裂。Moxi GO IIMoxi GO目前已升级为Moxi GO II，该产品采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量，同时采用488nm激光光源，结合两个PMT通道，525/45nm通道和561nm/LP（或者646nm/LP，可根据需要更换），进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便，无需预热，开机即用，预设程序，触屏操控，运行后10秒即可给出测试结果，使用后也无需清洁维护。无论是经验丰富的流式专家，还是初试身手的实验小白，Moxi Go II都可以助您轻松完成实验。美国Orflo Technologies公司是一家非常专业的细胞分析仪器研发和制造企业，拥有多项专利技术，产品以库尔特原理的高精细胞计数仪和超快流式细胞仪为主。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。作为Orflo Technologies中国地区独家代理，环亚生物科技有限公司全权负责Orflo Technologies产品在中国地区的推广、销售，为广大用户提供专业的技术咨询和产品服务。更多资讯请访问文献全文链接：https://doi.org/10.1038/s41598-021-94185-6▼更多 Moxi GO II产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

口腔鳞状细胞癌（OSCC）是最常见的口腔癌，占所有口腔癌的90%，中度患者5年生存率约为50%，晚期患者低于20%，手术、放疗和化疗是目前治疗OSCCs的一种常规方法。OSCC的诊断主要依靠临床检查、影像学检查和对可疑部位进行组织学分析，但OSCC的病变位置多发生在隐藏部位，使得早期的癌变难以被诊断。有报道表明诱导血管的生成，可促进肿瘤的发展和转移，其中血管内皮生长因子（VEGF）、血管生成素（ANG）和血小板源性生长因子（PDGF）是OSCC 的可能潜在靶点。此外，有研究发现锌离子和钙离子依赖性蛋白水解酶-基质金属蛋白酶（MMPs）可促进肿瘤的转移。因此，研究血管生成因子和基质金属蛋白酶在OSCC中的作用至关重要。与血液类似，唾液是一种复杂的体液，唾液直接接触口腔黏膜和癌变病变，对于OSCC的筛查是一种可行、便捷和无创的有效方式。 已经证明，唾液是评估远处恶性肿瘤的有用诊断工具，包括乳腺癌、肺癌和干燥综合征。血管生成因子和基质金属蛋白酶（MMPs）在OSCC组织中高表达，但它们在唾液中的表达模式尚不清楚，本研究旨在寻找OSCC可能的非侵入性诊断和潜在预后标志物的靶点。该文章于2022年5月发表在BMC Cancer杂志，作者来自广州医科大学的口腔医学重点实验室。作者首先对OSCC组织以及邻近正常组织（ANT）进行了HE的染色分析，结果显示与邻近正常组织（ANT）相比，在肿瘤组织中的血管内皮细胞标志物CD31以及增殖细胞标志物CK18高表达，参与血管形成的相关因子（VEGF、ANG、PDG、FHGF以及PIGF）表达也显著增高。为了进一步论证，作者使用蛋白芯片对组织裂解液和唾液中的血管生成因子的表达水平进行检测，采用法国Innopsys生物芯片扫描仪对试验后的蛋白芯片进行荧光扫描分析，结果与免疫组化结果一致，见图1。图1.通过蛋白阵列分析OSCC和ANT中血管生成标志物的蛋白水平 (A)含有代表性蛋白因子的荧光结果图（B-J）蛋白阵列图像中对(B)血管生成素、(C) ANG-2、(D)肝细胞生长因子 HGF、(E) PIGF、(F) 血管内皮生长因子VEGF、(G)血小板源性生长因子 PDGF-BB、(H) 胎盘生长因子bFGF、(I) 肝素结合性表皮生长因子HB-EGF和(J)瘦素leptin表达的定量分析。数据以平均±标准差，n=8表示。与ANT组相比，有显著性差异，*p综上所述，本研究结果显示血管生成因子HGF、PIGF、VEGF在OSCC患者的OSCC组织和唾液中过表达，特别是HGF可能成为口腔鳞状细胞癌非侵入性诊断、预后评估以及治疗的潜在生物标志物。原文链接：https://doi.org/10.1186/s12885-022-09630-0Innopsys 成立于1999年。总部位于法国，一直致力于生物医学领域相关仪器和软件的自主研发和生产。Innoscan系列扫描仪，采用先进的共聚焦PMT检测器和多激光扫描光路，可以同时进行多通道荧光检测。不仅有效降低了荧光光漂白现象以及信号损失，还可以有效缩短扫描时间。在基因组和蛋白组表达，基因突变，SNP检测，CGH，细菌病毒检测，肿瘤特异性标志筛查，病理组织筛查等方面都有非常广泛的应用。 环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Innoscan大中华区代理商，负责Innoscan产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 Innoscan系列产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

苏州普芯生命科学技术有限公司成立于2021年，其前身为美国的Plexera公司。该公司的核心业务是销售高通量、无标记的生化相互作用分析仪，同时开发与仪器配套的各类生物芯片，应用领域包括：个性化免疫治疗（包括细胞免疫治疗和疫苗免疫治疗）、大分子和小分子药物发现和生命科学研究。苏州普芯应用表面化学处理技术对玻片进行修饰，然后使用英国ArrayJet公司的生物芯片点样仪在玻片表面，进行高密度固定小分子化合物（如下图左），仪器一次可进样2304种样品，点印100张玻片，同时配备质控相机对结果进行质控。为了满足不同样本的点样要求，仪器配有环境控制模块，可对点样的温度和湿度进行调节。公司CEO与ArrayJet厂家工程师进行仪器方面交流（如下图中），点样结果使用荧光扫描仪进行检测（如下图右）仪器型号：Marathon Argus（升级为新型号：Mercury 100）Arrayjet位于英国爱丁堡，成立于2000年，专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务，致力开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台，该系统于2006年上市，用户遍布全球27个国家。2022年升级为全新Mercury系列产品，采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样，专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染，更低的上样体积可有效减少样品损失，使您的珍贵样品物尽其用。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为ArrayJet大中华区代理商，负责ArrayJet产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 Mercury系列产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

随着三代测序技术的发展和普及，全基因组测序技术也取得了长足发展。基因组DNA文库的制备质量直接影响测序结果，因而基因组DNA的质控越来越受到重视。而实验室常规的琼脂糖凝胶电泳只能分离20kb以下的DNA分子，当DNA分子大于20kb时，就无法实现有效分离。针对超长DNA片段的分离和质控，美国Sage Science公司拥有超高性价比的Pippin Pulse脉冲场电泳系统。Pippin Pulse使用简单，无专用耗材，自带预设程序，能很好的电泳分离0.5Kb到430Kb的基因组DNA片段。Pippin Pulse具有一个简单的软件界面，自带6种预设程序，可以直接分离多种不同大小范围DNA长片段，此外，软件还支持自定义模式，用户可以自编程分离不同范围的DNA片段。Pippin Pulse包括电源、电泳槽、操控仪器的电脑和用户手册，无特殊耗材，使用成本低，经济耐用。Pippin Pulse脉冲场电泳系统Pippin Pulse脉冲场电泳系统预设程序Pippin Pulse脉冲场电泳系统结果图示Pippin Pulse脉冲场电泳系统应用案例（部分展示）1. Pippin Pulse 与PacBio三代测序仪联用，控制文库片段分布，充分发挥长片段测序优势Takeuchi, Tadashi, et al. "Fatty acid overproduction by gut commensal microbiota exacerbates obesity." Cell Metabolism (2023).Hadzhiev, Yavor, et al. "The miR-430 locus with extreme promoter density forms a transcription body during the minor wave of zygotic genome activation." Developmental Cell 58.2 (2023): 155-170.Kurokochi, Hiroyuki, et al. "Telomere-to-telomere genome assembly of matsutake (Tricholoma matsutake)." DNA Research 30.3 (2023): dsad006.Hixson, Kim K., et al. "Annotated genome sequence of a fast-growing diploid clone of red alder (Alnus rubra Bong.)." G3: Genes, Genomes, Genetics (2023): jkad060.Field, Matt A., et al. "The Australian dingo is an early offshoot of modern breed dogs." Science Advances (2022): eabm5944.Pootakham, Wirulda, et al. "A Chromosome-Scale Genome Assembly of Mitragyna speciosa (Kratom) and the Assessment of Its Genetic Diversity in Thailand." Biology 11.10 (2022): 1492.Rahman, M. Julhasur, et al. "LINE-1 retrotransposons facilitate horizontal gene transfer into poxviruses." Elife 11 (2022): e63327.Zhao, Qing, et al. "The reference genome sequence of Scutellaria baicalensis provides insights into the evolution of wogonin biosynthesis." Molecular plant 12.7 (2019): 935-950.2. Pippin Pulse 与 Nanopore三代测序仪联用，质控更长、更高质量的DNA，进一步提升测序长度Long, Meng, et al. "Comparative genomic analysis provides insights into taxonomy and temperature adaption of Aeromonas salmonicida." Journal of Fish Diseases 46.5 (2023): 545-561.Keraite, Ieva, et al. "A method for multiplexed full-length single-molecule sequencing of the human mitochondrial genome." Nature Communications 13.1 (2022): 5902.Ong, Chian Teng, et al. "Adaptive sampling during sequencing reveals the origins of the bovine reproductive tract microbiome across reproductive stages and sexes." Scientific reports 12.1 (2022): 15075.Wunderlich, Stephanie, et al. "Targeted biallelic integration of an inducible Caspase 9 suicide gene in iPSCs for safer therapies." Molecular Therapy-Methods & Clinical Development 26 (2022): 84-94.Russo, Alessia, et al. "Low-input high-molecular-weight DNA extraction for long-read sequencing from plants of diverse families." Frontiers in Plant Science 13 (2022): 1494.Player, Robert A., et al. "A novel Canis lupus familiaris reference genome improves variant resolution for use in breed-specific GWAS." Life science alliance 4.4 (2021).Young, Amy E., et al. "Genomic and phenotypic analyses of six offspring of a genome-edited hornless bull." Nature biotechnology 38.2 (2020): 225-232.Belser, Caroline, et al. "Chromosome-scale assemblies of plant genomes using nanopore long reads and optical maps." Nature plants 4.11 (2018): 879-887.3. Pippin Pulse 与 Bionano分子光谱仪联用，确保HMW DNA，保证分析结果准确性Secomandi, Simona, et al. "A chromosome-level reference genome and pangenome for barn swallow population genomics." Cell Reports 42.1 (2023): 111992.Dahn, Hollis A., et al. "Benchmarking ultra-high molecular weight DNA preservation methods for long-read and long-range sequencing." GigaScience 11 (2022).Palmada-Flores M, Orkin J D, Haase B, et al. A high-quality, long-read genome assembly of the endangered ring-tailed lemur (Lemur catta)[J]. GigaScience, 2022, 11.Canaguier A, Guilbaud R, Denis E, et al. Oxford Nanopore and Bionano Genomics technologies evaluation for plant structural variation detection[J]. BMC genomics, 2022, 23(1): 1-17.Shukla H, Suryamohan K, Khan A, et al. Near-chromosomal de novo assembly of Bengal tiger genome reveals genetic hallmarks of apex-predation[J]. bioRxiv, 2022.Rhie, Arang, et al. "Towards complete and error-free genome assemblies of all vertebrate species." Nature 592.7856 (2021): 737-746.Belser, Caroline, et al. “Telomere-to-telomere gapless chromosomes of banana using nanopore sequencing.” Communications biology 4.1 (2021): 1047.Zheng, Yuting, et al. "Rapid prenatal diagnosis of Facioscapulohumeral Muscular Dystrophy 1 by combined Bionano optical mapping and karyomapping." Prenatal Diagnosis 40.3 (2020): 317-323.环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司Pippin Pulse脉冲场电泳系统在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往地支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin Pulse 产品详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

在这个金色的九月秋季，法国Innopsys公司总裁Laurence Bouet女士不远万里来到上海，访问了上海环亚生物科技有限公司。访问期间，环亚生物介绍了自合作以来，在Innoscan荧光生物芯片扫描仪在中国市场开拓方面所做的销售、市场以及售后等各方面工作，获得了Laurence Bouet女士的赞许和感谢。作为Innopsys公司在中国地区主要代理商，环亚生物已与Innopsys公司有多年深入合作。Innopsys公司现有主要产品Innoscan系列荧光生物芯片扫描仪，主要聚焦在生物芯片扫描这一细分领域。利用激光共聚焦技术，以全世界芯片扫描相关产品中最高的分辨率和高通量的扫片能力为广大用户所认可。高性能玻片扫描仪Innoscan具有以下技术亮点：1.高分辨率激光共聚焦扫描目前市场上大多数芯片扫描仪都是采用CCD整体拍照的方式来获取芯片信息，这种方式速度较快，但存在一个比较致命的问题——清晰度较低。尤其是在遇到一些表面平整度较差的样本时会存在失焦的问题。为了解决该问题，Innoscan采用激光共聚焦扫描的方式，保证每一个位置都能获得最佳的成像效果。最高分辨率甚至能够达到0.5 μm/pixel，满足超高密度芯片扫描（图1）。图1 相较于非共聚焦成像（右图），激光共聚焦可以精准聚焦样本所在位置，保证最佳成像效果（左图）。2.超大的动态范围传统扫描仪一般采用16-bit图像，其最大灰度值为65535，而Innoscan特有的专利核心软件采用20-bit成像，最大灰度值可达1048576，在高信号值不过曝的情况下检测到较低信号值,提高实验准确性（图2）。图2 利用核心软件可保留所有低信号值的点，同时避免高信号值的点过度饱和3.超高通量对于一次需要扫描大量芯片的用户来说，每一张芯片单独扫描是一个十分浪费时间的过程，Innoscan特别内置了24片自动载架，让用户一次完成多片扫描，提高工作效率（图3）。图3 自动载架，满足用户多片扫描需求Laurence Bouet女士到访上海环亚Innopsys 成立于1999年。总部位于法国，一直致力于生物医学领域相关仪器和软件的自主研发和生产。Innoscan系列扫描仪，采用先进的共聚焦PMT检测器和多激光扫描光路，可以同时进行多通道荧光检测。不仅有效降低了荧光光漂白现象以及信号损失，还可以有效缩短扫描时间。在基因组和蛋白组表达，基因突变，SNP检测，CGH，细菌病毒检测，肿瘤特异性标志筛查，病理组织筛查等方面都有非常广泛的应用。 环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Innoscan大中华区代理商，负责Innoscan产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 InnoScan 产品详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

传染性疾病的个性化诊断：需要持续监测疾病的动态发展，目前推荐的临床策略即收集患者的关键生物标志物的多重数据，并对其进行纵向频繁监测。现在诸多技术，如流式细胞术、静态显微镜等，都可以进行样本监测分析，但是检测量有限，无法满足生物标志物多重检测的需求，而且设备操作和数据处理都很复杂。我们需要一种设计简洁，数据处理简单，可同时针对多种物种的生物标志物靶向的检测方案。作为一种迭代性的工具，阻抗细胞术设计简洁，可直接或间接对微米及纳米级样本颗粒进行检测而不破坏样本，已广泛应用于多个领域，尤其是细胞状态评估和疾病诊断。然而， 该技术在识别多个物种时，需要在准确性和快速分析之间进行权衡。这对于复杂疾病进行个性化患者分层，需要同时多重生物标志物检测来讲，仍然存在困境。来自新泽西州立大学的Brandon K Ashley团队研究了一种新的多路阻抗细胞术机制，采用电敏感微粒，使用单一检测源靶向、识别白细胞上的膜受体，相关研究成果以“Antibody-functionalized aluminum oxide-coated particles targeting neutrophil receptors in a multifrequency microfluidic impedance cytometer“为题，于2022年发表在《Lab chip》上。这项研究使用了一种涂有不同厚度金属氧化物（10nm和30nm的Al2O3）的Janus颗粒（metal oxide-coated Janus particles，MOJPs），当它进入电场时，会置换相同体积的电介质液体，改变系统的阻抗，产生可量化检测的阻抗偏移。每个MOJP在不同的输出频率下都有一个特定幅度的偏移，使用多频阻抗细胞术，可以通过一种共面电极方案快速测量和区分这些颗粒。研究者用CD11b抗体功能化10nm厚度的MOJPs，用 CD66b抗体功能化30nm厚度的MOJPs，然后将颗粒与分离的中性粒细胞结合以测量受体的表达，所得结果同时与流式细胞检测结果进行对比。研究发现包括多元分析、监督机器学习和无监督机器学习在内的数据分析技术的组合能够准确区分样本，准确率高达91%。本研究中流式分析检测采用了Orflo Technologies公司的Moxi Go II快速流式细胞仪。按照厂商提供的protocol，将20μL等分的FITC-CD66b抗体或PE-CD11b抗体溶液加入到100μL  1X PBS（约1.0x105个细胞/mL）稀释的中性粒细胞中，避光孵育。在Moxi Go II上选择“Open Flow Cytometry”，选择FITC通道和PE通道，在设备完成自动校准后，上样60μL样品。检测结果如图1和表1所示。图1. Moxi Go II检测结果：CD11b表达（用藻红蛋白或PE染色）和CD66b表达（用异硫氰酸荧光素或FITC染色）的流式细胞检测散点图No expression (Q1) CD11b+ only (Q2)CD66b+ only (Q3)CD11b+ & CD66b+ (Q4)35.3%27.7% 4.3%32.7%表1.  Moxi Go II检测结果：CD11b、CD66b受体单独表达或都表达的中性粒细胞百分比这项概念研究证明了氧化物涂层颗粒对特定白细胞计数的潜力，不同的涂层厚度或不同的金属氧化物材料，有望在同一样品中测量不同的细胞和不同的细胞受体。此系统样本处理简单，可以更快速，更自动化地分析生物标志物，具有更高的多重分析潜力，可能会改善重症监护中的疾病诊断。Moxi GO II采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量，同时采用488nm激光光源，结合两个PMT通道，525/45nm通道和561nm/LP（或者646nm/LP，可根据需要更换），进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便，无需预热，开机即用，预设程序，触屏操控，运行后10秒即可给出测试结果，使用后也无需清洁维护。无论是经验丰富的流式专家，还是初试身手的实验小白，Moxi Go II都可以助您轻松完成实验。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Orflo Technologies大中华区独家代理商，负责Orflo产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接：https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2022/lc/d2lc00563h▼更多 Moxi GO II 产品详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

长片段DNA回收全系列解决方案——基于脉冲场电泳技术，从百bp到百kb长片段DNA，即高分子量DNA（high molecular weight DNA，HMW DNA），目前在测序领域的应用备受关注。然而，提取后的长片段DNA容易断裂，现有的常规方法很难获得高纯度、高质量的HMW DNA。因此，长读长测序用户迫切需要找到一种有效回收HMW DNA的方法。针对长片段DNA的特殊性，美国Sage Science公司推出了一系列基于脉冲场电泳技术的全自动DNA片段回收设备，涵盖了从数十个bp到2MB碱基范围内各种DNA片段的全自动回收，用户可以根据自己的需要选择最适合自己研究的设备。1、几百bp-kb：全长转录组测序文库型号： Blue Pippin、Pippin HT“Blue Pippin的片段选择显著增加了神经元转录组的读取长度”引自2023年《Cell》期刊文章：Alfonso-Gonzalez, Carlos, et al. "Sites of transcription initiation drive mRNA isoform selection." Cell 186.11 (2023): 2438-2455.2、10-25kb：PacBio HiFi测序文库型号： Blue Pippin 、Pippin HT、Sage ELFPacBio HiFi测序对DNA文库的长度均一性要求较高，最佳片段范围为10-25kb。Sage Science产品中的Pippin HT、Blue Pippin、Sage ELF皆满足该测序要求，而且Sage ELF还可将一样本中不同长度的片段同时回收，最大限度利用样本。Sage ELF同时精准回收一个样本中不同长度的片段今年，Sage Science产品在原有功能基础上升级了全新“Range+T”回收模式，此模式的优点包括：（1）有效去除设置起点外的小片段DNA；（2）更精准控制回收片段的上限；（3）更细化调整文库分布的宽度。Blue Pippin/Pippin HT全新“Range + T”模式，对HiFi文库的精细条件优化不同样本的回收起点均设置为15kb，回收时间分别设置为13/15/17/20/30min，得到不同的文库分布宽度3、10+kb：Nanopore常规测序文库型号： Blue Pippin 、Pippin HTBlue Pippin 、Pippin HT程序中自带的High Pass模式，即设定好回收的起点，系统可以自动回收起点以上的所有片段，干净彻底的去除小片段DNA，有效提高Nanopore测序效率和质量。4、 50+kb以上 Nanopore超长（Ultra-long）测序文库型号： HLS系列Ultra-long DNA片段回收的一个重要应用是在ONT三代测序，可以最大发挥ONT测序长度长的优势。Sage Science公司针对超大片段文库的制备，推出了Sage HLS型号，最大可回收2Mb的DNA片段。下图所示PromethION同Sage HLS联用，N50最大可到143.3kb。Sage HLS片段筛选后Nanopore测序，N50 高达 143.3 kb5、长片段DNA样本质控型号： Pippin Pulse脉冲场电泳仪对于长片段DNA样本质控，Sage Science公司的Pippin Pulse脉冲场电泳仪使用简单，无特殊耗材，使用成本低，是实验室长片段DNA样本质控高性价比之选。Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Sage Science 产品详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

近日，Origins高分辨率潜水电泳落户苏州农业职业技术学院，使用人员反馈仪器操作方便，提供多种预制胶，运行高通量、高分辨率、高重复性的核酸凝胶电泳，可实现相差几个bp DNA片段分离的需求，提升实验体验、保证实验结果。Origins高分辨率潜水电泳主机Origins高分辨率潜水电泳附件Origins高分辨率潜水电泳来自瑞士Elchrom Scientific公司，集成了整体的温度控制系统，即通过半导体元件和自动温度控制系统，精准控制电泳过程中的温度。同时整合循环泵系统，确保整个电泳区域温度和pH值恒定，形成均匀的、线性电场。这使得该设备具有高分辨率和高重复性，在8 cm的凝胶上可以分辨1 bp的碱基差异且条带笔直锐利，无“微笑”现象。另外，Origins还具有高通量特性，一次运行多达400个样品（可定制），也适合高通量研究和工业应用。Origins高分辨率潜水电泳是一种先进、易于使用的仪器，旨在最大限度地提高凝胶电泳的再现性、分辨率以及通量。其结合多种预制胶，可以实现多种应用，比如微卫星分析（STR）；简单序列重复区间扩增多态性分析（ISSR）；低温单链构象多态性分析（cold-SSCP）；限制性片段多态性分析（RFLP）；PCR产物检测；随机扩增多态性分析（RAPD）；寡核苷酸、miRNA分析；RNA 分析；人类白细胞抗原（HLA）分型等。Origins高分辨率潜水电泳结果期待更多用户体验Origins高分辨率潜水电泳系统的高性能！更多详细信息请联系：▼更多 Origins 产品详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

2023年5月，世卫组织宣布新冠疫情逐步结束。然而回顾疫情的这几年， 世界各国都投入了大量的资源去开发相关的疫苗、药品和检测试剂。由于新冠病毒不断变异成新的毒株，尤其是奥密克戎（Omicron）变异株，其刺突蛋白含有30多个突变，在受体结合域至少有15个突变，极大降低了已有研发疫苗的中和抗体效果，即疫苗的有效性受到挑战。虽然病毒的中和抗体试验是评价疫苗效力的金标准，但该试验需要在生物安全3级(BL-3)设施中进行，操作繁琐且耗时。因此，寻找更佳的替代方法是目前研究努力的方向。该文章于2022年9月发表在Proteomics杂志，作者来自于上海交通大学陶生策教授团队。在这项研究中，作者将病毒的中和实验与肽芯片结合起来，找到了一种利用芯片方式来检测疫苗效力的新方法。在本研究中，作者招募了14名接种过3剂BBIBP-CorV疫苗的志愿者，采集了16个时间节点的血清样本用于检测血清中和滴度（NT50）和评估IgG、IgA和IgM抗体的免疫应答，并进一步比较两种检测结果的相关性。作者使用英国Arrayjet公司的Marathon Argus生物芯片点样仪(升级为新型号Mercury 100)将肽-BSA偶联物、受体结合域（RBD）蛋白、S蛋白、S1蛋白、阴性对照(BSA)以及阳性对照(Human IgG和IgM)点印在PATH玻片上，并于-80℃保存。使用时将芯片恢复至室温，并与待测血清样本孵育（4℃过夜），洗涤后使用含有荧光标记的二抗进行孵育，最后使用荧光扫描仪进行信号检测和分析，具体见图1。图1：工作流程图--14名接种了3剂灭活病毒疫苗BBIBP-CorV的志愿者参与了本研究，在一年的16个时间点收集每个供体血清样本，包括第一次剂量前、第一次剂量后、第二次剂量后和第三次（增强剂）剂量。然后对蛋白/肽芯片进行IgG、IgA和IgM反应分析，并对SARS-CoV-2病毒，即WT株、Delta变异和Omecor变异进行中和试验。通过微阵列信号来预测病毒中和试验的NT50来评估疫苗的有效性。结果显示在接种第三剂疫苗后，样本血清中抗体的NT50有显著升高，在对不同毒株的免疫效力测试中，相比于野生型和德尔塔型毒株，奥密克戎型的NT50相对较小，这与其他研究的结果一致，表明现有疫苗对该毒株的免疫效力相对较低。但是第三针疫苗对于三种毒株都是十分必要的，能够显著提升疫苗的效力，延长疫苗的保护时间。原文链接：https://doi.org/10.1002/pmic.202200306Arrayjet位于英国爱丁堡，专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务。自2000年公司成立即致力于开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台，该系统于2006年上市，目前用户遍布全球27个国家。Mercury系列产品采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样，专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染，更低的上样体积可有效减少样品损失，使您的珍贵样品物尽其用。▼更多 Mercury系列产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

糖尿病作为全球性的慢性疾病，其患者数量每年激增，并导致一定死亡率， 多与心血管异常有关，可引发严重肢体缺血和截肢。血管缺陷是由机体现有的血管系统恶化和血管生成障碍共同引起的。血管生成的主要调节因子之一是缺氧诱导因子（HIFs），其β亚基又称芳烃受体核转运子（aryl hydrocarbon receptor nuclear translocator，ARNT），与糖尿病的发展和进展有关。血管生成主要由内皮细胞(ECs)驱动，整体和EC特异性ARNT缺失都与胚胎致死有关。内皮细胞中的ARNT缺失加剧了糖尿病介导的缺血诱导血管生成损伤。在糖尿病背景下，ARNT在内皮中的表达减少，可能解释了为什么糖尿病是导致血管内皮功能障碍和组织修复以及再生延迟的最大危险因素，并最终表现为严重的血管并发症。来自美国芝加哥大学研究团队，对内皮芳烃受体核转运体（ecARNT）介导2型糖尿病小鼠外周血缺血血管生成反应进行研究，相关研究成果于2021年6月发表在Frontiers in Cell and Developmental Biology上。这篇文章研究了在2型糖尿病小鼠中， ecARNT的表达下降与血管生成缺陷之间的关系。研究人员采用了一种携带可诱导的EC特异性ARNT敲除突变的小鼠模型（Arnt△EC,ERT2），发现这种小鼠在非糖尿病和糖尿病条件下都出现了血流恢复受损的情况，但糖尿病动物的损伤程度更大。此外，研究还发现，通过siRNA介导的ARNT活性敲低可以减少在高葡萄糖条件下培养的人脐静脉内皮细胞（HUVECs）中的管状形成和细胞存活。Arnt△EC,ERT2突变还降低了小鼠骨骼肌微血管内皮细胞（MVECs）的细胞存活率，同时增加了活性氧（ROS）的产生。当这些细胞在高糖浓度下接受ROS抑制剂处理时，Arnt△EC,ERT2 MVECs的存活率增加。这表明在高糖条件下，ARNT保护细胞免受ROS产生造成的损伤。文章中有关细胞存活率统计采用细胞凋亡实验进行测定，并使用Moxi GO II 快速流式细胞仪(Orflo Technologies)进行测定。实验方案如下：转染ARNT-siRNA或对照siRNA后，HUVECs (1.1 × 105)在不含FBS的培养基中孵育6小时，然后在高糖（HG）或正常葡萄糖（NG）培养基中孵育。使用0.25%胰蛋白酶从皿中收集HUVECs，并使用Moxi GO II 每24小时计数一次，连续计数3天。HG或NG处理48小时后，通过细胞凋亡测定HUVECs和MVECs的细胞存活率。用PBS洗涤细胞，使用Annexin V和PI试剂盒(Orflo Technologies)FITC偶联的Annexin V和PI进行双染色，继而通过Moxi GO II 进行细胞凋亡检测。图1 在高糖(HG)或正常培养基(NG)条件下，ARNT表达对细胞活力和细胞活性氧(ROS)产生的影响。(A)如所示，HUVECs中存在HG或NG培养基时，处理组用siRNA转染诱导ARNT敲低，对照组为control-si。(B)高糖条件下，处理组Arnt△EC,ERT2 和对照组Arntfl/fl WT小鼠分离的MMVECs中ROS水平。(C) Mito-TEMPO抑制ROS对细胞活力的影响。从处理组Arnt△EC,ERT2 和对照组Arntfl/fl WT小鼠中分离的MMVECs在HG培养基中培养48 h，然后给予0.5μM的Mito-TEMPO 24 h。使用Moxi GO II测定细胞活力。数据以mean±SEM表示(每组n = 6-8)。*P ＜0.01. (D)内皮细胞ARNT在糖尿病血管生成中的作用示意图。文章中采用Orflo Technologies公司的Annexin V和PI试剂盒以及Moxi GO II快速流式细胞仪，进行细胞凋亡检测，区分活细胞、凋亡细胞和坏死细胞，并定量分析各自所占比例。对诱导的EC特异性ARNT缺失HUVECs以及MVECs的细胞活力进行统计分析。从图1中可以看出，通过siRNA介导的ARNT活性敲低，能够降低在高葡萄糖条件下培养的HUVECs管状结构形成和细胞存活率。Arnt△EC,ERT2突变会降低MVECs的存活率，同时增加活性氧（ROS）的产生。当这些细胞在高葡萄糖浓度下接受ROS抑制剂处理时，其存活率得到了提高。本研究首次建立了ecARNT与糖尿病血管生成受损之间的联系，并证明了在糖尿病中，ecARNT缺乏通过增强ROS的负面作用来加剧血管生成受损的作用机制。Moxi GO II快速流式细胞仪传统流式细胞仪设备体积大，构造复杂，价格昂贵，通常作为平台产品仪器使用。仪器操作复杂，维护繁琐，对操作者要求较高，往往需要进行专业操作培训，具备专业知识技术才能使用。同时平台产品排队周期长，限制了科研人员的使用。针对这种情况，美国Orflo Technologies公司将行业公认的细胞计数和大小测量金标准——库尔特原理（Coulter Principle）与荧光流式检测技术相结合，推出的新一代快速流式细胞仪——Moxi GO II，满足了研究人员对细胞凋亡检测的需求。美国Orflo Technologies公司是一家非常专业的细胞分析仪器研发和制造企业，拥有多项专利技术，产品以库尔特原理的高精细胞计数仪和超快流式细胞仪为主。作为中国地区独家代理，环亚生物科技有限公司全权负责Orflo Technologies产品在中国地区的推广、销售，为广大用户提供专业的技术咨询和产品服务。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。更多资讯请访问文献全文链接：https://doi.org/10.3389/fcell.2021.691801▼更多 Moxi GO II 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

前两期我们介绍了Sage系列产品在Small RNA、ChiP-seq、cffDNA和ctDNA测序中的应用，本期我们将介绍Sage系列产品在RAD seq和甲基化测序中的应用。RAD-seq 相关应用RAD-seq技术，是广泛用于遗传多样性测序技术的一种。利用限制性内切酶消化以降低基因组的复杂度，对特定酶切片段进行NGS高通量测序，实现基因分型的技术。RAD-seq不仅实验操作简单，性价比高，更为重要的是他并不依赖参考基因组的信息，一次测序即可获得数以万计的多态性遗传标记，已广泛应用于生态学、遗传学、基因组学等研究领域。在ddRAD-seq实验流程中，Pippin 系列全自动DNA片段回收仪，可以降低片段选择过程对相同位点在文库间代表性的影响，另外通过实验初期的监测，可以评估样品的酶切片段均匀度，排除转座子等高频出现的片段。图1 某研究中研究人员开发的两次回收构建RAD seq文库的方法相关文献：1Jiang, Ning, et al. "A highly robust and optimized sequence-based approach for genetic polymorphism discovery and genotyping in large plant populations." Theoretical and Applied Genetics 129.9 (2016): 1739-1757.2Auteri, Giorgia G., and L. Lacey Knowles. "Decimated little brown bats show potential for adaptive change." Scientific Reports 10.1 (2020): 3023.3Rubi, Tricia L., L. Lacey Knowles, and Ben Dantzer. "Museum epigenomics: Characterizing cytosine methylation in historic museum specimens." Molecular ecology resources 20.5 (2020): 1161-1170.4Kim, Han-Na, et al. "The Origin and Invasion Pathway of Brown Rats Rattus norvegicus on Dok-Do Island Revealed by Genome-Wide Markers from 3-RADseq Approach." Animals 13.7 (2023): 1243. 5Gargiulo, Roberta, Tiiu Kull, and Michael F. Fay. "Effective double‐digest RAD sequencing and genotyping despite large genome size." Molecular Ecology Resources 21.4 (2021): 1037-1055.6Goodall, Jake, et al. "RAD sequencing of common whelk, Buccinum undatum, reveals fine‐scale population structuring in Europe and cryptic speciation within the North Atlantic." Ecology and Evolution 11.6 (2021): 2616-2629.甲基化测序（MeD-seq）应用甲基化测序是一类专门分析DNA分子中胞嘧啶（C）甲基化水平的测序分析技术。其主要原理是通过将DNA中非甲基化的胞嘧啶转化为尿嘧啶（U），继而进行测序的技术手段。由于正常情况下胞嘧啶的配对碱基是鸟嘌呤（G），而尿嘧啶的配对碱基是腺嘌呤（A）。这样就可以在生成配对序列时产生不同的序列，进一步通过测序分析和参考链比较，以了解哪些部位发生了甲基化。目前，减少代表性亚硫酸氢盐测序（Reduced Representation Bisulfite Sequencing ，RRBS）覆盖了大部分的基因启动子和CpG岛，但是对CpG周围和其他有生物学意义的基因间区域的覆盖却不足。因此有越来越多的研究人员开发了增强减少代表性亚硫酸氢盐测序技术（Enhanced Reduced Representation Bisulfite Sequencing ，ERRBS）。ERRBS技术可以在在产生的数据中有覆盖更多的CpG，并增加了所有待测基因组区域的覆盖率，因此改善了RRBS在甲基化测序中的缺陷。其中在Garrett-Bakelman等人设计的ERRBS方法，通过利用Pippin Prep回收135-410bp的DNA片段，可以高效回收25ng以上的DNA并用于构建DNA文库，经过验证是一种可行的甲基化测序技术。图2 Garrett-Bakelman的方法文献中针对甲基化的文库构建参数相关文献：1Garrett-Bakelman, Francine E., et al. "Enhanced reduced representation bisulfite sequencing for assessment of DNA methylation at base pair resolution." JoVE (Journal of Visualized Experiments) 96 (2015): e52246.2Smit, Kyra N., et al. "Genome-wide aberrant methylation in primary metastatic UM and their matched metastases." Scientific Reports 12.1 (2022): 42.3Shankar, Anusha S., et al. "Kidney organoids are capable of forming tumors, but not teratomas." Stem Cells 40.6 (2022): 577-591.4Siamoglou, Stavroula, et al. "Genome-wide analysis toward the epigenetic aetiology of myelodysplastic syndrome disease progression and pharmacoepigenomic basis of hypomethylating agents drug treatment response." Human Genomics 17.1 (2023): 1-12.5Siamoglou, Stavroula, et al. "Genome-wide analysis toward the epigenetic aetiology of myelodysplastic syndrome disease progression and pharmacoepigenomic basis of hypomethylating agents drug treatment response." Human Genomics 17.1 (2023): 1-12. 6Wang, Maojun, et al. "Multi-omics maps of cotton fibre reveal epigenetic basis for staged single-cell differentiation." Nucleic Acids Research 44.9 (2016): 4067-4079.7Wilbanks, Elizabeth G., et al. "Metagenomic methylation patterns resolve complex microbial genomes." bioRxiv (2021): 2021-01.环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司DNA片段回收系列产品在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往地支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin系列 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

上期我们介绍了small RNA测序和ChiP-seq技术中Sage产品的应用，本期我们将介绍Pippin系列产品在ctDNA和cffDNA检测中的应用。ctDNA文库测序ctDNA（circulating tumor DNA）是由肿瘤细胞坏死、凋亡或者正常分泌到血液中的 DNA 片段，其携带了癌症相关的基因变异信息，可以用于癌症的早期筛查，是肿瘤精准医学的重要组成部分。然而，由于ctDNA在血液中含量极低，且与非突变DNA片段大小偏差极小，很容易出现假阴性结果。Pippin系列产品可以精准回收ctDNA含量最高的90-150bp范围片段，富集最有可能来自肿瘤来源的ctDNA，从而提高目标DNA的相对浓度，进而提升ctDNA的检测灵敏度。(图1)。图1 ctDNA回收前后样本中丰度对比相关文献：1Deveson, Ira W., et al. "Evaluating the analytical validity of circulating tumor DNA sequencing assays for precision oncology." Nature biotechnology 39.9 (2021): 1115-1128.2Mouliere, Florent, et al. "Enhanced detection of circulating tumor DNA by fragment size analysis." Science translational medicine 10.466 (2018): eaat4921.3Filippova, Darya, et al. "The Circulating Cell-free Genome Atlas (CCGA) study: size selection of cell-free DNA (cfDNA) fragments." J Clin Oncol 37 (2019).4Chen, Sujun, et al. "The cell-free DNA methylome captures distinctions between localized and metastatic prostate tumors." Nature Communications 13.1 (2022): 6467.NIPT ：cffDNA检测无创产前诊断（NIPT），区别于以往羊膜穿刺等有创检测，利用孕妇外周血检测胎儿游离DNA（Cell-free fetal DNA ,cffDNA），可以无创快速诊断唐氏综合征等遗传疾病，实现优生优育的目标。但与ctDNA检测类似，胎儿游离DNA在孕妇外周血中含量极低，且与母体DNA片段大小偏差极小，因此富集胎儿cfDNA就成了检测准确的关键因素。2010年，来自“NIPT之父”，香港中文大学卢煜明教授研究团队发表在Science转化医学子刊的一篇文献中指出：胎儿cfDNA与母体cfDNA在片段大小分布上最显著的区别是胎儿cfDNA在166bp峰值处的含量较低，但在143bp处存在一个突出的峰，提示胎儿cfDNA含有更多比母体DNA小约20bp的DNA分子（见图2左）。因此，研究人员就可以利用Pippin系列产品定向收集长度为143bp的片段，实现胎儿cfDNA的富集，提高检测准确率(图2右)。图2 左：胎源cfDNA和总cfDNA 的片段分布；右：某客户使用pippin HT定向富集孕妇外周血后胎儿DNA浓度比较相关文献：1Sillence, Kelly. Cell-free fetal DNA (cffDNA) enrichment for non-invasive prenatal testing (NIPT): a comparison of molecular techniques. Diss. Plymouth University, 2016. 2Suwannakhon, Narutchala, et al. "Non-invasive prenatal screening & diagnosis of β-thalassaemia in an affected foetus." Indian Journal of Medical Research 157.5 (2023): 447-452.环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司DNA片段回收系列产品在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往地支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin系列 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

二代测序（NGS）以其无与伦比的高测序精度和高通量优势，广泛应用于各个生物学研究领域，包括全基因组测序、全外显子测序、目标区域测序、mRNA测序、small RNA测序、Lnc RNA测序、circle RNA测序、单细胞测序、Chip测序、甲基化测序等。在测序文库的制备中，片段长度是文库的一个重要指标。对于以Illumina为代表的二代测序而言，测序的片段长度一般是几十至几百bp。因此，保证测序文库的片段长度符合测序要求，成为获得好的实验结果的关键指标。如果文库片段长度过短，会产生大量无用数据且浪费测序仪的测序潜力；片段过长，又会随着读长延长导致测序的错误率升高。不仅如此，对一些特殊类型的样本进行测序，由于其片段长度集中在某一特定长度区间，因此精准回收相应长度的DNA片段，可相对富集这类DNA确保实验成功。目前实验室常规DNA片段回收方式，如手工切胶回收、磁珠回收等方式，在回收精确度、重复性等多个方面无法达到要求。基于上述背景，为帮助研究人员实现DNA片段精准回收，美国Sage Science公司提供以Blue Pippin为代表的一系列全自动DNA片段回收产品，其优秀的性能表现，得到全球超过3000家客户的认可，国内装机数量400台左右，同时多达2万篇应用文献，包括众多Nature、Science、Cell系列等一线主刊的文章，现已成为DNA片段筛选回收领域的行业金标准。Blue Pippin可以精准回收小到几十至几百bp（二代测序应用），大到几十kb的片段（三代测序应用）。研究人员只需要在软件中输入回收范围的bp值，仪器自动精准的回收目标DNA片段。鉴于二代测序文库种类众多，我们将分数期介绍Pippin系列产品在不同文库构建中的应用，本期我们先介绍其在small RNA和chip seq测序建库中的应用。Small RNA文库测序Small RNA是一类长约20～30个核苷酸的非编码RNA分子，包含miRNA 、siRNA和piRNA等，是一大类调控分子，几乎存在于所有的生物体中。因此如何准确回收small DNA，减少其他非目标DNA就成为实验的关键因素。small RNA文库加上adapter接头后其长度一般在140-150bp左右，前后存在大量杂带，用Blue Pippin系列产品可以精准回收相关片段，将杂带彻底去除干净，有效提高测序质量和效率。（图1）图1 某研究中small RNA回收效果比较相关应用文献： 1 Mayo-Muñoz, David, et al. "Type III CRISPR-Cas provides resistance against nucleus-forming jumbo phages via abortive infection." Molecular cell 82.23 (2022): 4471-4486. 2 Lee, Min Young, et al. "Distinct profiles of cell-free microRNAs in plasma of veterans with post-traumatic stress disorder." Journal of Clinical Medicine 8.7 (2019): 963. 3 Emilie Cardona, E., et al. "Circulating miRNA diversity, origin and response to changing metabolic and reproductive states, new insights from the rainbow trout." bioRxiv (2021): 2021-04. 4 Dinh, Phuong-Uyen C., et al. "Inhalation of lung spheroid cell secretome and exosomes promotes lung repair in pulmonary fibrosis." Nature communications 11.1 (2020): 1064. 5 Toden, Shusuke, et al. "Cancer stem cell–associated miRNAs serve as prognostic biomarkers in colorectal cancer." JCI insight 4.6 (2019).  6 Mills, Mary Katherine, et al. "microRNA Expression Dynamics in Culicoides sonorensis Biting Midges Following Blood-Feeding." Insects 14.7 (2023): 611. 7 Anastasakis, Dimitrios G., et al. "A non-radioactive, improved PAR-CLIP and small RNA cDNA library preparation protocol." Nucleic Acids Research 49.8 (2021): e45-e45. 8 Hamilton, Matthew, et al. "Assessing spermatozoal small ribonucleic acids and their relationship to blastocyst development in idiopathic infertile males." Scientific Reports 12.1 (2022): 20010.ChiP-seq相关应用将ChIP与第二代测序技术相结合的ChIP-Seq技术，能够高效地在全基因组范围内检测与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段。ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。对于ChiP-seq测序，常规的切断方法有酶切和超声打断，而DNA与组蛋白复合物往往集中在150-350bp，通过Pippin系列产品对这些对应的片段进行定向富集和回收，可以显著提高测序结果信噪比。相关应用文献：1Wilbanks, Elizabeth G., et al. "A workflow for genome-wide mapping of archaeal transcription factors with ChIP-seq." Nucleic acids research 40.10 (2012): e74-e74.2Tao, Fang, et al. "An optimized chromatin immunoprecipitation protocol using Staph-seq for analyzing genome-wide protein-DNA interactions." STAR protocols 3.4 (2022): 101918.3Fitz, Nicholas F., et al. "Genome-wide alteration of histone methylation profiles associated with cognitive changes in response to developmental arsenic exposure in mice." Toxicology Reports 9 (2022): 393-403.4Li, Yichao, et al. "Differential gene expression identifies a transcriptional regulatory network involving ER-alpha and PITX1 in invasive epithelial ovarian cancer." BMC cancer 21.1 (2021): 1-18.5Hogg, Simon J., et al. "Distinct modulation of IFNγ-induced transcription by BET bromodomain and catalytic P300/CBP inhibition in breast cancer." Clinical Epigenetics 14.1 (2022): 1-15. 6Papale, Ligia A., et al. "Gene by environment interaction mouse model reveals a functional role for 5-hydroxymethylcytosine in neurodevelopmental disorders." Genome Research 32.2 (2022): 266-279.7Abraham, Brian J., et al. "Small genomic insertions form enhancers that misregulate oncogenes." Nature communications 8.1 (2017): 14385.环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司DNA片段回收系列产品在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往地支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin系列 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

腹主动脉瘤(AAA)是一种常见的老年疾病，65岁以上人群中，男性腹主动脉瘤患病率为4-7%，女性为1-2%。全球每年约有20万人死于动脉瘤破裂，由于AAA在发生破裂前通常无症状，因此为了评估腹主动脉瘤破裂的风险，一些国家建议对65岁以上的人群进行超声筛查。目前还没有一种生物标志物可以作为临床筛查和监测AAA的工具，从而寻找潜力的AAA生物标记物是目前预防和治疗的迫切需求。这篇文章于2022年12月发表在《biomolecules》杂志，作者来自于北京协和医院。在本研究中，作者利用了蛋白质组学和免疫学两种方法分析了目前常见的440种细胞因子，并从中找到了AAA生物标志物的潜力因子。实验中所有阳性样本均来自于协和医院AAA患者，对照样本均来自于协和医院体检患者。作者利用商品化的细胞因子芯片，分析440种主要细胞因子在患者和对照组之间的差异。具体步骤是：1.在室温下封闭抗体阵列1 h，然后每孔中添加60μL三倍稀释的待测血浆，并在4℃下孵育过夜。2.将孵育过夜的样本彻底洗涤后，加入生物素标记的抗体孵育2 h并再次洗涤。3.加入80μL Cy3标记的链霉亲和素并室温孵育1h。4.待反应完成后，用法国Innopsys公司生产的微阵列芯片扫描仪InnoScan 300（现升级为新型号InnoScan 710）检测荧光信号，后续使用Q-Analyzer Software分析荧光强度，如下图。在对22例AAA患者和10例正常对照患者进行高通量抗体阵列分析后，共鉴定出39个差异表达蛋白，其中12个血浆蛋白表达上调，27个血浆蛋白表达下调(图1A)。同时进行OPLS-DA分析，结果显示，AAA和HC之间的蛋白质表达谱存在显著差异(图1B)。而GO分析结果表明，在疾病和生物功能类别中，差异表达蛋白主要与细胞活化、细胞迁移、慢性炎症性疾病、血细胞相互作用、细胞凋亡、细胞因子和趋化因子介导的信号通路、上皮细胞系的细胞运动和坏死的相关功能有关(图1C)。pathway分析结果显示，差异蛋白主要与STAT3、IL-17、促红细胞生成素、动脉粥样硬化、HMGB1、网格蛋白介导的内吞、糖皮质激素受体、HIF1α、树突状细胞与自然杀伤细胞之间的交互作用等相关信号通路有关(图1D)。图1 生物信息学分析AAA患者与健康对照之间的差异表达分析基于上述结果，作者对39个差异表达的蛋白质进行ROC分析，以确定潜在的生物标志物，并最终筛选出可作为新型AAA诊断生物标志物的关键蛋白Legumain (LGMN)。为了验证LGMN作为诊断标志物的潜在价值，作者用ELISA进一步验证，结果表明，ELISA结果与蛋白芯片结果完全一致--与对照组相比，LGMN在AAA组中显著高表达。同时结合生信分析结果，作者还发现了3个有潜力作为AAA诊断生物标志物或治疗靶点的生物标志物( DLL1, ERBB3和DPPIV)，有望成为未来AAA的诊断和治疗依据。更多资讯请访问文献全文链接：https://www.mdpi.com/2218-273X/12/12/1853Innopsys 成立于1999年。总部位于法国，一直致力于生物医学领域相关仪器和软件的自主研发和生产。Innoscan系列扫描仪，采用先进的共聚焦PMT检测器和多激光扫描光路，可以同时进行多通道荧光检测。不仅有效降低了荧光光漂白现象以及信号损失，还可以有效缩短扫描时间。在基因组和蛋白组表达，基因突变，SNP检测，CGH，细菌病毒检测，肿瘤特异性标志筛查，病理组织筛查等方面都有非常广泛的应用。 环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Innoscan大中华区代理商，负责Innoscan产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 Innoscan系列 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

三阴乳腺癌是指雌激素受体ER、孕激素受体PR和原癌基因HER-2均为阴性表达的乳腺癌，在所有乳腺癌中发病占比10-20%。由于缺失乳腺癌靶向治疗中的这三个最重要、最成熟的治疗靶点，三阴乳腺癌缺乏针对性的靶向治疗方案，而常规化疗等治疗方式，预后很差，故而三阴乳腺癌又被称为乳腺癌之王。肿瘤电场治疗(Tumor Treating Fields, TTFields)是近年来兴起的一种新型癌症治疗方法，其原理是通过应用低强度的交变电场来干扰癌细胞的生长和分裂过程，从而达到治疗的目的。目前TTField疗法主要采用单一的“最佳”电场频率来最大限度的杀死靶向细胞，而不影响其他细胞。然而，由于有丝分裂过程中细胞大小、形状和倍数的差异，细胞对TTFields的适应调节等因素，这种理想的最佳电场频率可能并不存在。来自克莱姆森大学的Austin R. Smothers等人通过调节电场频率，来研究调频（frequency-modulated，FM） 肿瘤电场治疗对三阴性乳腺癌症细胞的疗效，并与人乳腺上皮细胞做对比，相关研究成果以“Optimization of tumor-treating field therapy for triple-negative breast cancer cells in vitro via frequency modulation”为题，于2023年6月发表于《Cancer Cell International》。本研究中，单独培养和共培养人乳腺癌细胞（TNBC）MDA-MB-231和人乳腺上皮细胞MCF-12，分别接受非调频（unmodulated，UM）TTFields和FM TTFields（150kHz，调频范围±10 kHz）的作用，同时设置不做任何处理的阴性对照和400μM顺铂处理的阳性对照。在作用24h，48h和72h后，采用Orflo Technologies公司的Moxi Go II快速流式细胞仪分别检测各组细胞的凋亡情况。在UMTTFields和FM TTFields处理24h后，TNBC表现出明显的粒径减少（图1a，细胞早凋的一个明显标志）和活率降低（图1b），FM TTFields处理下的TNBC凋亡率明显升高（图1c）。而上皮细胞受影响相对较小。72h后，在FM TTFields作用下，TNBC基本全部死亡，而乳腺上皮细胞基本无影响。共培养的细胞，在UM TTFields和FM TTFields作用24h后，其结果与单独培养的细胞结果相类似（图3）。该文章显示，FM-TTFields可有效抑制TNBC的生长，同时对上皮细胞几乎无影响。FM-TTFields通过调频来解决异质性的肿瘤细胞，同时还防止细胞对治疗脱敏。文中仅对FM-TTFields进行了初步探讨，还有很多工作，比如其对于不同细胞系的作用，对于3D培养细胞的作用，以及TTFields其他参数的调节优化等等，都需要进一步的深入研究。Moxi GO IIMoxi GO II采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量，同时采用488nm激光光源，结合两个PMT通道，525/45nm通道和561nm/LP（或者646nm/LP，可根据需要更换），进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便，无需预热，开机即用，预设程序，触屏操控，运行后10秒即可给出测试结果，使用后也无需清洁维护。无论是经验丰富的流式专家，还是初试身手的实验小白，Moxi Go II都可以助您轻松完成实验。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Orflo Technologies大中华区独家代理商，负责Orflo产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接：https://doi.org/10.1186/s12935-023-02959-x▼更多 Moxi GO II 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

2023年8月22日，由中国遗传学会植物与基因组专业委员会主办，山西师范大学、中国科学院遗传与发育生物学研究所承办的第二十二届全国植物基因组学大会圆满落下帷幕！ 环亚生物科技有限公司（简称环亚生物）作为参展商在B39号展位，现场携片段回收专利产品—sage science公司的高速高通量片段回收仪、超长DNA片段回收仪和脉冲场电泳仪，以及Grundium公司的便携式数字扫描显微成像系统亮相会场，吸引众多老师莅临展台交流咨询。  环亚生物的销售经理及技术人员同新老用户及感兴趣的科研工作者交流了片段回收技术在测序领域的应用场景、相关设备的使用技巧和心得等。在展会现场，我们非常荣幸邀请到华中农业大学张启发院士和中国农业大学巩志忠教授莅临展位进行交流，两位老师对我们的工作提出宝贵指导意见。张院士实验室是Pippin产品在国内早期客户之一，产品一直稳定运行，并与illumina、BGI等测序仪配合使用，为实验室在水稻基因组学方面的研究贡献了一份力量。目前Sage Science公司的全自动DNA脉冲场片段回收设备，在中国农大、华中农大、华南农大、东北农大、西北农林、云南农大、南京农大、江西农大、福建农林、山东农大、中国科学院、中国农科院、中国林科院、中国热带农业科学院、三亚南繁中心等科研单位都有广泛装备，是植物基因组学研究的重要工具，并有几百篇NCS级别（Nature、Cell、Science主刊及子刊）研究论文中引用该设备。本次大会为全国植物领域的各位专家学者和企业提供了一个互相学习交流和合作的机会，为大家加强交叉合作和资源共享，启迪专业思维，创新实验技术，提供良好的平台。环亚生物衷心感谢各位老师和朋友的支持与厚爱，我们将继续努力，为支持信任我们的老师朋友提供更优质的产品和服务。环亚特色产品：Pippin HT高通量全自动DNA脉冲场回收系统HLS2超长基因组DNA文库/靶向超长DNA回收系统 — 美国Sage Science • 自动化DNA片段分选回收领域的标配设备和金标准脉冲场分选回收大片段DNA • 二代测序文库制备，大量用于三代测序长片段文库制备，也可用于常规分子生物学PCR片段、酶切片段回收 • 超万篇学术文献引用Ocus便携式数字扫描显微成像系统 — 芬兰Grundium • 目前全球最小巧的切片扫描系统，适用于多种场景 • 扫描速度快，成像清晰，色彩还原度高 • 系统极致优化，中英文操作系统，操作便捷 • 全玻片快速扫描和拼接，数字化保存 • 广泛用于临床科研，大学，研究所，政府和企业用户▼更多产品详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

藻类是海洋生态系统中极为重要的初级生产者，同时也是海洋食物链的基础。藻华现象作为海洋浮游植物增殖的短暂事件，全球每年常有发生，往往占地数千平方公里。在藻华结束时，大部分藻类固定的碳会通过草食性捕食者或异养细菌进行代谢循环，一小部分会沉降到深海中。藻华现象的终止影响着相关微生物种群和碳的循环，病毒感染是导致藻华停止的常见原因。然而，目前仍然缺乏对病毒如何在藻华期间改变微生物组成和影响碳的循环进行定量评估。同时，海洋藻华的不可预测性使得在高时间分辨率下监测其微生物演替具有一定的挑战性，而中型生态系统实验由于接近海洋微生物生态系统的复杂性，因此是研究浮游生物生态学的一个重要手段。该文章于2023年1月发表在Nature Communication杂志，作者来自于以色列魏茨曼科学研究所植物与环境科学系，为了定量的研究病毒感染对海洋碳流动的影响，作者设计了一个中型生态系统实验来研究钙化微藻的藻华动态过程，7个大型的围栏建在挪威卑尔根附近的一个峡湾中，内部充满了1.1万升海水，同时含有自然浮游生物群落，并连续几天给予含有氮和磷的营养物质诱导藻华现象产生，同时记录监测过程中各微生物群落之间的动态变化，结果显示，不同围栏中总病毒载量与宿主（E. huxleyi）和食草动物（纤毛虫）的浓度呈显著负相关，但与微纳米浮游生物或细菌丰度不相关。藻华可覆盖超过10万平方公里的海洋，占光合浮游植物的75%，其形成的钙化球石藻外壳对海洋碳循环和碳酸钙的形成有着深远的影响。透明胞外聚合颗粒物(transparent exopolymer particles,TEP)是一类主要成分为酸性多糖的高黏性有机微凝胶，TEP是海洋中普遍存在的一种有机颗粒物,其生产速率可达海洋初级生产的5-10%，是海洋颗粒有机碳(POC)的重要组成部分，除此之外，钙化产生的颗粒无机碳（PIC）对碳循环也有着深远的影响。因此，为了研究病毒感染对碳释放的影响，作者采用芯片技术来对TEP和PIC定量，首先从钙化外壳中提取多糖，然后使用英国ArrayJet生物芯片点样仪进行碳水化合物微阵列点样，样品点印在0.45微米孔径的硝化纤维素膜上，每个样本一个重复，点样环境20摄氏度、50%湿度，每个微阵列使用一种糖特异性单克隆抗体进行检测，随后对结合信号进行分析，结果表明，病毒感染导致球石藻释放的碳（TEP和PIC）增加2-4倍，见图。图.a.碳水化合物芯片分析，随着时间的推移，颗粒有机质（POM）中藻酸盐和脱氧半乳聚糖的丰度。BAM1、2、6和7为糖特异性单克隆抗体，用于测量POM提取物中已识别的多糖表位的相对丰度；b.TEP建模方案，作为浮游植物数量和降解速率的函数，可以预测球石藻对TEP的贡献；c阿尔新蓝染色测定TEP的浓度；d.预测TEP在每个袋中的总病毒载量函数；e.预测感染和未感染的球石藻细胞的TEP分泌量；f.藻华演替过程中PIC的相对丰度；g.预测球石藻细胞的PIC在每个袋中总病毒载量的函数；h.预测感染和未感染的球石藻细胞PIC的产生量。综上所述，在藻华期间，只有高水平的病毒感染，自由生活的细菌和真核生物种群的组成才会发生显著变化，并且在病毒感染后，真核生物作为有机物质的潜在回收者会与细菌进行竞争，同时球石藻细胞释放的酸性多糖和颗粒无机碳增加2-4倍，这不仅表明了自然藻华过程的生物复杂性，也为病毒感染对碳循环的影响提供了强有力的证据。原文链接：https://www.nature.com/articles/s41467-023-36049-3Arrayjet位于英国爱丁堡，专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务。自2000年公司成立即致力于开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台，该系统于2006年上市，目前用户遍布全球27个国家。Mercury系列产品采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样，专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染，更低的上样体积可有效减少样品损失，使您的珍贵样品物尽其用。▼更多 Mercury系列产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

zenCELL owl，每个养细胞的课题组都值得拥有的活细胞动态监测设备。下面就给大家展示一下zenCELL owl系统在客户端实际使用过程中，细胞培养监测、获得生长曲线的表现：北京某三甲医院课题组，采用zenCELL owl监测小胶质细胞BV2的生长增殖过程，拍摄间隔2h，监测总时长4天；下图展示了从细胞接种开始0h-60h细胞生长的部分时间点图片，视野清晰，细胞生长分裂、增殖过程、神经细胞整体形态等一目了然。1、整个实验过程无需投入大量精力在细胞间，只需将细胞接种于24孔板，置于培养箱内仪器上，在控制电脑上简单设置监测程序，实验期间无需取出细胞，直接于电脑终端查看细胞动态。更换培养基等操作按常规进行。2、整个实验结果数据丰富，每孔的细胞均产生49个时间点图片，软件分析每个监测点的细胞计数原始数据（CSV格式）、细胞汇合度、自动绘制细胞生长汇合度曲线，并可导出细胞生长的动态视频。3、监测过程获取的完整数据和视频，可指导传代培养的最佳时间点，且细胞可继续用于培养进行下游提蛋白等应用，不浪费细胞。不同时间点的细胞图片增殖曲线和细胞图片监测视频（点击图片，观看视频链接）用户评价非常满意，用zenCELL owl进行细胞增殖实验的监测，其生长曲线的细胞来源于同一批细胞，即同一批细胞采集得到不同时间点的数据，一块24孔板即可完成整个实验。仪器小巧可放入培养箱内，在软件上操作，使用方便，做计数和增殖曲线的细胞后面还可以继续提蛋白，节省细胞、节省实验人员时间。德国InnoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统，基于非标记、非侵入方法，培养箱内原位记录细胞实时生长状态，并输出定量的分析数据，绘制生长曲线。zenCELL owl体积小巧，耐温耐湿，可在细胞培养箱内长时间连续工作；通过24组独立的光源镜头和相机，同时监测24个样品；自动生成增殖/增殖抑制曲线，兼容各种品牌培养板，无需专用耗材，24孔高通量监测/无清洁死角/无机械移动，为用户提供高质量图像、视频、统计学曲线和定量数据，实现细胞增殖／增殖抑制、细胞培养质控／培养优化、迁移／侵袭/吞噬等诸多活细胞动态过程的监测。zenCELL owl，一台可以放入培养箱内，实时监测细胞动态变化的猫头鹰，在细胞划痕/迁移、细胞吞噬方面也有优秀表现，后面我们还有更多应用展示，欢迎感兴趣的老师持续关注！环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl产品大中华区独家代理商，负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 zenCELL owl 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

头颈部鳞状细胞癌（Head and neck squamous cell carcinoma，HNSCC）是一种原发性恶性肿瘤，作为全球第七大最常见的癌症，2020年新诊断的患者数预计超过870000例，并且还在继续上升。HNSCC的治疗方式包括手术、放疗（Radiotherapy，RT）、放化疗（Chemoradiotherapy，CRT）等。HNSCC的预后很差，超过一半的晚期患者会局部复发或转移，患者长期生存率低，原因之一就在于癌细胞的耐药性。包括HNSCC在内的多种肿瘤中，凋亡抑制蛋白(Inhibitors of apoptosis proteins，IAPs)通常会过量表达，导致癌细胞的凋亡逃避，进而引起凋亡通路的失调，导致病患的癌症复发或转移。癌细胞的IAP活性可被拮抗蛋白抑制，如内源性拮抗剂SMAC（the Second mitochondria-derived activator of caspase），它与IAP重复结构域结合，激活下游半胱天冬酶，促进凋亡信号传导。在过去的20年里，SMAC模拟物已成为治疗HNSCC的潜在靶向药物。SMAC模拟物Xevinapant是一种新型强效小分子IAP拮抗剂，被认为可以增强抗癌治疗的效果，恢复癌细胞对凋亡的敏感性，增加癌细胞的凋亡。但Xevinapant的作用目前尚不完全清楚，大多数的临床前数据集中在Xevinapan与化疗联合治疗上，而很少有关于Xevinapat与放疗联合治疗的数据，特别是在HNSCC的体外研究中，相关研究数据尤为匮乏。德国埃尔朗根-纽伦堡大学的Julia Fleischmann等人对此进行了研究，相关成果以“The Effect of Xevinapant Combined with Ionizing Radiation on HNSCC and Normal Tissue Cells and the Impact of Xevinapant on Its Targeted Proteins cIAP1 and XIAP”为题于2023年6月17日发表在《Cells》杂志上。在本研究中，德国innoME公司的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统被用来监测9种细胞系（7种HNSCC细胞系：Cal33、CLS-354、Detroit 562、HSC4、RPMI-2650、UD-SSC-2、UM-SSC-47，2种健康组织细胞系：01-GI-SBL、SBLF9）在经Xevinapan、电离辐射（Ionizing radiation，IR）单独或联合处理下的动态变化过程，获取相应的图片、生长曲线等数据，并据此计算、评估“倍增时间”这一重要指标。作者首先研究了不同浓度Xevinapan处理后细胞的生长状态，并绘制生长曲线（图A、B），筛选出低（8.4μM）、中（13.3μM）、高（16.7μM）三个浓度进行深入研究。结果表明，低、中、高浓度药物对癌细胞的作用效果呈现明显差异和趋势，所有细胞系在三种浓度的Xevinapant单独作用以及与IR联合处理后的倍增时间均呈现在图C中。在几乎所有的细胞系中，无论是单药作用还是联合IR共同作用，低浓度的Xevinapant对细胞生长都具有明显的抑制作用，与未经处理或单独IR处理的对照组相比，倍增时间均有所增加，且Xevinapant与IR表现出明显的协同抑制作用。对于健康组织细胞系SBLF9，Xevinapant效果最弱，倍增时间没有明显的增加。当Xevinapant浓度增加到16.7μM时，除SBLF9外，所有细胞系的倍增时间都呈现负值（图C中负值表示细胞减少到当前数量一半所需的时间），表明在此浓度下，Xevinapant强烈的细胞毒性抑制细胞生长，致使细胞数量减少。这种效应几乎在Xevinapant给药后即立即开始，并在zenCELL owl整个监测过程中持续存在（图D）。13.3μM的Xevinapant对几乎所有的细胞系也表现出类似的效果，细胞生长被强烈抑制，倍增时间也呈现负值，但与高浓度药物相比，细胞毒性的产生不强烈也不迅速。本研究结果表明，IAP抑制剂Xevinapant在较高浓度下能够使所有HNSCC肿瘤细胞失活，并且对正常组织细胞的影响较小，尤其在与IR联合作用后，对肿瘤细胞产生明显的协同抑制作用，预示着Xevinapant可能是HNSCC联合治疗的有效药物。德国InnoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统，基于非标记、非侵入方法，原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧，耐温耐湿，可在细胞培养箱内长时间连续工作；通过24个显微成像镜头，对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量图像、视频、统计学曲线和定量数据，实现细胞增殖／增殖抑制、细胞培养质控／培养优化、迁移／侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl大中华区独家代理商，负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接：https://doi.org/10.3390/cells12121653▼更多 zenCELL owl 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

随着精准医学的发展，越来越多的生物标志物需要在异质、复杂的溶液中同时检测，例如血液样本。为了满足这一需求，有人提出对条形码水凝胶珠进行免疫检测，但条形码的编码和解码过程十分复杂。因此找到一种高效、经济，同时能够对大量样本进行编码，并可以准确识别的技术是医学检测的迫切需求，在这个大背景之下，一种全新的检测方法应运而生。该文章于2022年发表在ACS APPLIED material & interfaces杂志，作者来自德国弗莱堡大学微系统工程系。文中提出了一种高效制备条形码功能化水凝胶微球方法。在该方法中，作者利用微流控技术，将水凝胶微球制备、荧光编码待测物质和检测蛋白添加在一个步骤中完成，最后利用德国Sensovation公司的SensoSpot Microarray Analyzer生物芯片扫描仪，高效、便捷、准确地检测和分析了样本中多个分子标志物指标，为水凝胶式的多重分子标志物检测提供了依据。目前已开发出多种新型检测平台。一类是采用微阵列方式，将捕获分子(例如抗体或适配子)点印到基材表面，用于检测目标分析物。然而，基材的二维表面会导致探针密度受到空间位阻和淬火的限制。另一类是悬浮测定(在悬浮固体珠上进行测定)，这类方法可产生更高的探针密度，同时透明的水凝胶在数据读取过程中，可以避免重叠珠子对实验结果的影响。因此，如何对水凝胶微球进行编码，则是实际应用这类方法需要解决的核心问题。目前的编码方法主要有三种：光学编码、物理编码以及图形编码。但在实际应用过程中既要对方法不断优化，又要使用遮光膜等器具，大大降低了编码系统的便利性。为了解决这些问题，作者研发了一种新型的水凝胶微珠标记技术，并将其应用在了莱姆病的检测中。与常见的光学标记不同，作者对水凝胶微珠的标记是通过两种物质共同实现的。一种是绿色荧光PMMA粒子，它作为微米级的编码物质，在水凝胶珠中成颗粒状；另一种是绿色荧光三聚氰胺粒子，其颗粒是纳米级，因其超过了设备的检测极限，因此在图像中仅呈现为背景色。在此原理上，就可以根据每个微珠中背景荧光强度和PMMA颗粒数目的不同而实现对水凝胶珠编码。作者使用了 [0;1;2] mg/mL的三聚氰胺和[0;0.4;0.8] mg/mL的PMMA颗粒，从而实现了3x3共9种编码（图1）。而每一种编码类型都可以根据研究人员的需要，与不同的检测样本一一匹配，从而实现样本高通量的多重分析。图1 水凝胶微珠标记原理：(a)使用纳米和微米级荧光颗粒的混合物对水凝胶珠进行染色编码。(b)荧光强度值和每个水凝胶珠的粒子数可以转化为一个数字代码CXY，该代码可以表示特定的捕获抗体。标记的微珠使用Sensovation公司研制的SensoSpot Microarray Analyzer生物芯片扫描仪进行检测（图2），结果显示可以精确地将水凝胶珠分为9种不同的类型。图2 SensoSpot Microarray Analyzer编码扫描结果 (a)分别在[0,0.6,1.2]和[0,1,2]mg/mL浓度下，水凝胶珠的荧光扫描结果。(b)对条形码矩阵进行统计分析，并对同一编码的微球进行标准误差分析，(n = 24)。为了验证编码的有效性，作者使用免疫学方法进行检测，首先将水凝胶微珠与待测血清孵育，然后使用羊抗人IgG DyLight 650进行荧光标记，最后使用SensoSpot Microarray Analyzer进行分析（图3）。红色荧光越强，说明待测物质浓度越高。图3 莱姆病患者血清与水凝胶微珠反应后使用SensoSpot Microarray Analyzer进行分析 (a)绿色荧光用来识别不同编码。虚线描绘的微球为没有荧光颗粒的阴性对照。(b)水凝胶珠与不同血清孵育后的扫描结果。利用这种方法，作者成功将莱姆病患者血清与正常人的血清做到了准确识别，检测效率相较其他方法也大大提升，同时避免了编码荧光与检测荧光的干扰问题。水凝胶双重编码微珠结合SensoSpot Microarray Analyzer分析仪，经济、高效地实现复杂样本高通量多重检测，完全省去使用流式细胞仪等昂贵设备的需求，大大降低检测成本，也为未来多重快速分析检测提供了新的思路。Sensovation 成立于2000年。总部位于德国，一直致力于研发和生产科学级成像设备。Sensovation多因子检测芯片扫描仪可对兼容96孔板和各种生物芯片，也可与自动进样装置和液体处理工作站进行整合。在基因组和蛋白组表达，基因突变，病毒微生物检测，肿瘤特异性标志物筛查，自身免疫抗体分析等领域都有非常广泛的应用。 环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Sensovation的大中华区代理商，负责Sensovation产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接：https://doi.org/10.1021/acsami.2c04361▼更多 Sensovation 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

Cell顶级期刊：BluePippin+LRS（Long-read sequencing）揭示转录起始位点调控mRNA亚型的机制近日，来自德国马普研究所的Valerie Hilgers团队在顶级期刊《Cell》上上发表了题为Sites of transcription initiation drive mRNA isoform selection的文章，揭示了在mRNA可变剪接过程中，转录起始位点（TSSs）通过表观遗传方法调控多聚腺苷酸位点（PASs）的详细分子机制。背景知识：在mRNA合成过程中，任何一步出现变异都会影响成熟转录本的编码区和非编码区。可变剪接（AS）和选择性多聚腺苷酸化（APA）可以产生不同编码区（CDS）或者不同长度3'端非编码区（3'UTR）的mRNA。可变3'UTR区通过调控相关microRNA转录本和RNA结合蛋白（RBPs）互作的序列和结构元件，继而调控编码蛋白的丰度、定位以及蛋白复合体的组装。而APA则依据环境不同、基因不同以及细胞类型不同来调节蛋白功能。APA参与多种细胞过程，广泛影响细胞功能。研究发现，肿瘤和神经紊乱在内的许多人类疾病都与APA失调有关。APA的组织或环境特异性调控，是通过转录因子或RBPs等效应物的活性所介导的。在不同细胞环境下，转录延伸因子和转录终止因子与可变剪切和多聚腺苷酸化（CPA, the cleavage and polyadenylation）机制的相互作用，可以增强或抑制mRNA 3'端的加工。然而，APA的基因特异性调控机制尚不清晰，虽然已有多项研究表明启动子的转录调控可能与APA相关联，但是转录起始位点（TSS）是否会影响poly(A) 位点（PASs）的选择仍然未知。研究人员期待更多方法帮助挖掘转录起始、可变剪接、APA、3'UTR区之间的调控关系。上述关于转录起始、剪接和终止位点选择的调控机制研究，面临的主要挑战是如何将单个转录本的不同区域相互关联。特别是同一mRNA中相距几千碱基的5'端和3'端。到目前，该领域仍没有能够确定单个转录本的完整起始和终止位点、并完成测序的方法。这阻碍了对转录起始和终止之间调控关系的系统分析。而传统LRS测序文库片段通常分布在1-2 kb，其获得的mRNA亚型长短不一且不具代表性，还会存在5'或3'端的碱基偏差。由于无法获取完整的全长 mRNA 亚型，也就无法量化同一基因的不同 TSS 对3'端序列的影响。实验方法：本研究中，结合Sage Science公司BluePippin全自动DNA片段回收仪，开发了一个研究策略Combined Isoform Assembly（CIA）来准确评估和量化长或者超长mRNA异构体，显著提升mRNA亚型发掘效率和质量（图1）。以果蝇大脑组织（具有丰富的mRNA多样性以及超长mRNA）为例，使用BluePippin富集＞3kb的DNA片段，显著提升read长度（图2），从而提升read的完整转录本覆盖率（图3、4）。图1 mRNA亚型组装流程图2. 使用BluePippin 进行片段选择后显著增加了ONT cDNA的read长度（A），并优化了神经元转录本的回收，其长度（B）超过了没有进行片段选择的LRS实验的覆盖范围（灰色）图3. 不同组织使用不同LRS测序获得read长度分布情况。BluePippin片段选择后（下图中的红色图表）显著提高了全长转录本的覆盖率图4. 在片段筛选之前（上图）和之后（下图），果蝇头部的纳米孔测序cDNA和PacBio Iso-seq的每个read的全长转录本覆盖率，筛选后有显著提升（对于每个read，显示所覆盖的目标转录本的分数；根据目标转录本的长度对读数进行分组）从分析结果来看，通过 BluePippin片段筛选后，获得的转录本3'端碱基分布更具真实性，没有过多的A碱基背景噪音（图5A）。且获得的转录本长度/数量远高于先前注释的转录本（图5B）。借助BluePippin全自动片段回收仪，CIA策略生成了果蝇mRNA亚型图谱，产生了59970个高置信度的全长转录本，其中包含多个新的mRNA亚型，显著提升mRNA亚型发掘效率和质量。图5.（A）被丢弃3'端碱基序列与CIA方法获取3'端碱基序列比较（B）随着获取转录本长度增加，新转录本数量也急剧攀升实验结果：在不同的细胞中，通常是通过可变剪切产生不同的mRNA亚型来调节基因的表达和功能。本研究评估了转录起始、可变剪切和3'末端位点选择之间的调控关系。借助长读长测序（LRS）精确获取超长转录本的两端序列，明确果蝇组织中的mRNA亚型数量，特别是转录情况复杂的神经系统。研究发现，在果蝇头部以及人类大脑器官中，转录起始位点(TSS)广泛影响3'末端位点的形成。“显性启动子”具有特定的表观遗传特征如p300/CBP结合，其通过施加转录限制来决定剪接和多聚腺苷化类型。体内“显性启动子”缺失或过表达以及p300/CBP的缺失，都会改变了3'末端的序列。研究表明，TSS的选择对转录本多样性和组织特性的调控具有重要影响。文献原文阅读：Alfonso-Gonzalez, Carlos, et al. "Sites of transcription initiation drive mRNA isoform selection." Cell 186.11 (2023): 2438-2455.Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 BluePippin 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

随着基因组学的发展，短读长测序技术在解析复杂基因组区域、检测结构变异以及表观遗传学研究等方面，其序列拼接常常导致缺失和错误，从而激发了各种长读长测序策略的发展，也让研究者更加期望可以一次完整获取目标全长序列，从而获取更准确、更全面的序列信息。来自美国Sage Science公司研发生产的HLS超长（Ultra-long）DNA片段回收系统, 整合了脉冲场电泳，直接从提取的基因组样品中完成DNA超大片段的分选回收，或者从细胞样本中提取、纯化DNA并完成DNA超大片段的分选回收，用于制备百kb以上的文库，结合长片段测序可以进一步提高read长度，提高测序质量和效率，挖掘新的序列信息。超长核酸片段回收仪（50kb-2Mb DNA片段）HLS可回收50kb-2Mb DNA片段，用于超长DNA测序文库制备，更好的服务于基因组组装和结构变异测序的研究。此外，Sage Science公司联合美国国家基因组研究所共同开发出独有的长片段DNA靶向获取技术：HLS-CATCH技术，该技术使用Cas9基因编辑技术从基因组上直接靶向获取50-400kb的完整大片段DNA序列，用于下游序列分析。HLS还可以应用于染色体外DNA的回收，比如线粒体DNA回收等。1.超长片段回收HLS超长（Ultra-long）DNA片段回收功能，广泛应用于三代测序领域。例如，ultra-long Nanopore library制备过程中，经过HLS自动化片段筛选后，可以将短片段DNA过滤掉，最大限度保留长片段DNA，充分发挥Nanopore测序仪长读长测序优势，获取更全面的基因组信息。经过HLS片段筛选，reads N50 length可达143.3kb（数据来源：武汉未来组Nanopore测序）HLS用于制备ultra-long Nanopore library文献：序号文献日期物种测序平台1Huang, Zhen, et al. "Evolutionary analysis of a complete chicken genome." Proceedings of the National Academy of Sciences 120.8 (2023): e2216641120.2023年鸡Oxford Nanopore Technologies2Guo, Xing, et al. "The genome of Acorus deciphers insights into early monocot evolution." Nature Communications 14.1 (2023): 3662.2023年菖蒲Oxford Nanopore Technologies3Wang, Qing, et al. "Draft genome of the oriental garden lizard (Calotes versicolor)." Frontiers in Genetics 14 (2023): 1091544.2023年蜥蜴Oxford Nanopore Technologies4Morita, Shinichi, et al. "The draft genome sequence of the Japanese rhinoceros beetle Trypoxylus dichotomu s septentrionalis towards an understanding of horn formation." Scientific Reports 13.1 (2023): 8735.2023年昆虫Oxford Nanopore Technologies5Ma, Fengjiao, et al. "Gap-free genome assembly of anadromous Coilia nasus." Scientific Data 10.1 (2023): 360.2023年线圈虫Oxford Nanopore Technologies6Wang, Bo, et al. "High-quality Arabidopsis thaliana genome assembly with nanopore and HiFi long reads." Genomics, proteomics & bioinformatics 20.1 (2022): 4-13.2022年拟南芥Oxford Nanopore Technologies7Li, Baiyuan, et al. "Genomic Island-mediated horizontal transfer of the erythromycin resistance gene erm (X) among bifidobacteria." Applied and Environmental Microbiology 88.10 (2022): e00410-22.2022年双歧杆菌Oxford Nanopore Technologies8Bao, Zhigui, et al. "Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploid potato." Molecular Plant 15.7 (2022): 1211-1226.2022年马铃薯Oxford Nanopore Technologies9Buitrago, Diana, et al. "Impact of DNA methylation on 3D genome structure." Nature Communications 12.1 (2021): 3243.2021年酵母 Oxford Nanopore Technologies2.HLS-CATCH技术该方法利用HLS联合CRISPR-Cas9基因编辑技术，获取长片段完整基因，长度范围50kb-400kb。其原理如下图：在HLS上直接裂解细胞，使用CRISPR-Cas9基因编辑技术获取目标片段，再通过HLS回收目标长片段，可直接获取高质量完整的目标长片段。后续可以匹配Nanopore、Pacbio、Illumina等测序平台进行序列分析。HLS-CATCH技术原理图视频：HLS-CATCH技术原理（请直接点击图片，查看视频链接）HLS-CATCH技术文献：序号文献日期测序平台1Mikhaylov, Veronika, et al. "Targeted Phasing of 2-200 Kilobase DNA Fragments with a Short-Read Sequencer and a Single-Tube Linked-Read Library Method." bioRxiv (2023): 2023-03.2023年Illumina2Vogelaar, Ingrid P., et al. "Large cancer pedigree involving multiple cancer genes including likely digenic MSH2 and MSH6 lynch syndrome (LS) and an instance of recombinational rescue from LS." Cancers 15.1 (2022): 228.2022年Illumina3Walsh, Tom, et al. "CRISPR–Cas9/long-read sequencing approach to identify cryptic mutations in BRCA1 and other tumour suppressor genes." Journal of medical genetics 58.12 (2021): 850-852.2021年Pacific Biosciences4Zhou, Bo, et al. "Complete and haplotype-specific sequence assembly of segmental duplication-mediated genome rearrangements using targeted CRISPR-targeted ultra-long read sequencing (CTLR-Seq)." bioRxiv (2020): 2020-10.2020年Oxford Nanopore Technologies5Shin, GiWon, et al. "Targeted short read sequencing and assembly of re-arrangements and candidate gene loci provide megabase diplotypes." Nucleic acids research 47.19 (2019): e115-e115.2019年Illumina3.线粒体DNA富集传统mt DNA富集方法是氯化铯密度梯度离心法，其整个富集流程所需试剂多，操作繁琐且耗时。Sage HLS超长核酸片段回收仪提供一种快速高效mt DNA富集方法，其原理如下图所示：线粒体DNA富集原理图Sage Science是全球领先的全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 HLS 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

单细胞测序技术首次问世于2009年，十几年来不断完善和发展，尤其在近几年出现爆发式突破和应用普及。不同于传统的多细胞层面，单细胞测序技术聚焦于单个细胞，是对单个细胞在基因组、转录组、表观基因组及蛋白组等水平进行测序分析的技术，反映了细胞间的异质性。此外，单细胞平台一次性可以分离、分析几千个单细胞，有助于分类或定义新的细胞类型。单细胞测序技术的发展和更新，为研究解析单个细胞的行为、机制、与机体的关系等提供了方向，为早期检测、诊断疾病及疾病个体化治疗提供指导。与传统测序相比，单细胞测序技术更为困难和复杂，存在样本量小、RNA降解快、噪声和批次效应等问题，需要特殊的实验设计、数据处理和分析方法，每次实验都会耗费大量的时间、费用以及无形的机会成本。因此单细胞测序平台都非常强调样品制备的重要性，包括精确测量细胞浓度、活率以及确定样本组成等，这些参数决定了下游实验的成败。Moxi GO II快速流式细胞仪美国Orflo Technologies公司将行业公认的细胞计数金标准——库尔特原理（Coulter Principle），与荧光流式检测技术相结合，推出的新一代快速流式细胞仪——Moxi GO II，提供超准确的细胞计数、细胞活率检测，以及超高分辨率的细胞粒径测量，可用于评估样本纯度、准确的细胞核计数和细胞表型分析，非常适用于单细胞测序中细胞样本制备的质控。图1. Mxoi GO II何为库尔特原理？细胞/颗粒和缓冲液导电性不同，在恒定电流设计的电路中，悬浮在缓冲液中的颗粒/细胞随缓冲液通过小孔管时，取代相同体积的缓冲液，从而导致小孔管内外两电极间电阻发生瞬时变化，产生电位脉冲。脉冲信号的大小和次数与颗粒的大小和数目成正比。图2. 库尔特原理视频，请点击图片链接库尔特原理对颗粒个体进行逐个三维测量，不但能准确测量颗粒的粒径分布，更能进行粒子绝对数目和浓度的测量。由于检测时不受激光衍射、散射因样本颜色或浓度变化的影响，库尔特原理所测粒径大小更接近真实。Moxi Go II的性能卓越的细胞计数和活率检测能力采用库尔特原理的Moxi GO II系统可对样本中的细胞进行逐个计数和体积测量，几秒钟内计数多达40000个细胞，数据统计的准确性和可靠性远高于成像类细胞计数仪（每次只检测几百个细胞）。此外，Moxi GO II还配备了488nm激光激发光源及两个PMT荧光检测通道，能够进行基于碘化丙啶（PI）荧光染料的细胞活率检测，其检测灵敏度、准确度与流式细胞仪相当，远高于成像类细胞计数仪（如图3所示）。Moxi GO II细胞计数和活率测量结果的准确性和一致性，为单细胞测序中细胞样本的质控提供了可靠依据。图3. 不同检测系统的计数和活率检测CV值无与伦比的粒径分辨率成像类细胞计数仪基于2D图像分析，通过软件算法识别细胞边界以确定细胞直径，这种方法依赖成像效果，不确定因素多，易出现“误判”，如将碎片识别为细胞等。Moxi GO II根据库尔特原理，采用的是3D立体测量，获得更为真实的细胞大小信息，提供高分辨率的细胞粒径分布图。如图4所示，将5种不同大小的微珠（4.1μm，6μm，7.9μm，10.1μm，和 16μm）混样，分别用Moxi GO II和成像类细胞计数仪检测，结果发现，Moxi GO II能够很好的区分5个峰，而成像类设备只能区分两个峰，前面的4个峰无法区分开来（图4红框内）。图4. Moxi GO II提供高分辨率直方图图5. 健康和不健康样本结果叠加比较提高粒径分辨率能为研究者提供细胞状态的评判参考，保证单细胞测序实验顺利进行。如图5所示，研究者用Moxi GO II内置的结果叠加比较功能，将“健康”Jurkat细胞（绿色曲线）与缺氧、室温环境下处理的“不健康”Jurkat细胞（灰色曲线），进行粒径分布比较，发现二者粒径分布差别较大。“不健康”细胞小颗粒（此实验中4-9μm）数量明显增加，总平均细胞粒径减少（图5 红框内），这些变化可能与细胞破碎有关。不健康的样品含有细胞破碎产生的游离DNA/RNA，会干扰和影响测序结果，所以根据该粒径信息可快速选择符合要求的细胞样品。图6. 聚集和非聚集样本结果叠加比较高分辨率的直方图结果，也可用于评估细胞样本的聚集程度，研究者可据此评估是否需要在后续操作之前对样本进行调整。单细胞测序技术要求样本为单细胞悬液，以确保每个油滴中仅捕获一个细胞。细胞聚集状态会对下游实验造成重要影响。如图6所示，在Moxi GO II系统中，将聚集的HEK-293细胞结果直方图（灰色曲线）与单分散的单细胞样本结果直方图（绿色曲线）叠加比较，发现灰色曲线不仅峰值分布的偏斜（长尾）的显著增加，而且还显示了模态峰值的增加，因为样本主要由多峰（细胞簇）组成。样品纯度评估指标在单细胞测序技术样本制备过程中，关键部分是将单个细胞包裹进油包水的微液滴中。图7. PBMC纯度，RBC污染图8. 磁珠纯化因此，当研究人员研究特定类型细胞时，尽可能最大限度提高含有该类型细胞的液滴比例。Moxi GO II可通过粒径和荧光测量来评估样品纯度，如图7所示。图中红色直方图是粒径分布图叠加。研究者可通过粒径门控计算RBC“污染”程度（黄色箭头所指为RBC峰），还可通过荧光标记，进行第二维度的纯度检测（黄色框内是通过PE-CD45（HI30）抗体标记的白细胞）。单细胞测序技术常用磁珠来纯化细胞。图8展示了初始PBMC样本（灰色曲线）与磁珠分离后的单核细胞（绿色曲线）粒径直方图比较，分离后，去掉了较小的淋巴细胞峰。Moxi GO II高分辨率粒径测量为研究者带了便利，可通过无标记的粒径分布来验证样品纯度。精确的细胞核计数单细胞测序技术中，当样本为细胞核，需要对其进行精确计数和测量。由于细胞核体积较小（直径通常为4-9μm），成像类细胞计数仪难以提供可靠的结果。而Moxi GO II可分辨低至3μm的颗粒，对细胞核进行快速可靠的计数。同时，还可通过PI染色，增加细胞核分辨率。如图9所示，图9a为完整PBMC细胞检测结果（活率vs粒径散点图），图9b为裂解后细胞核检测结果，计数结果相同（1.23e5/ml）。分离的细胞核样本粒径减少，荧光信号增强，符合预期。图9. 细胞核计数细胞表型分析单细胞测序中，使用细胞表面免疫标记进行表型分析，即用于基因组分析之前简单地确认或鉴定细胞组成（例如，PBMC样品中CD8阳性T细胞的百分比），也可以用于样品纯度检测（例如，在T细胞分选或磁珠分离后使用CD3来确定T细胞纯度）。Moxi GO II具有488nm激光器和两个PMT，可同时检测两个荧光团（例如FITC和PE），进行精确的计数和粒径测量。如图10所示，具有FITC抗人CD8（HIT8a，BioLegend）和PE抗人CD3（OKT3，BioLegend）的双重标记。使用Moxi GO II象限门控可轻松圈定阳性与阴性群体的荧光，使研究人员能够区分细胞群体。对于分选后的纯度检测，第一PMT/通道（525/45nm）可用于纯化细胞的独特抗体标记。第二通道646nm/LP可用于测量PI染色（活率）。通过这种设置，研究者一次测试，可获得了多个质控信息：表型纯度、尺寸分布（例如聚类）、浓度和活力。图10. 细胞表型分析总结：单细胞测序技术独特复杂，成本昂贵，因此样本处理制备就显得尤为重要，是下游实验成败的基础。Orflo的Moxi GO II系统非常适用于细胞样本的全程监测。 Moxi GO II采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量，同时采用488nm激光光源，结合两个PMT通道，525/45nm通道和561nm/LP（或者646nm/LP，可根据需要更换），进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便，无需预热，开机即用，预设程序，触屏操控，运行后10秒即可给出测试结果，使用后也无需清洁维护。Moxi GO II功能多样，简单易用，为广大研究者提供了一个非常实用的检测工具。通过Moxi GO II，无论是经验丰富的流式专家，还是初试身手的实验小白，都可以轻松完成实验。美国Orflo Technologies公司是一家非常专业的细胞分析仪器研发和制造企业，拥有多项专利技术，产品以库尔特原理的高精细胞计数仪和超快流式细胞仪为主。作为中国地区独家代理，环亚生物科技有限公司全权负责Orflo Technologies产品在中国地区的推广、销售，为广大用户提供专业的技术咨询和产品服务。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。▼更多 Orflo产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

脑膜炎奈瑟菌又称为脑膜炎双球菌，是流行性脑脊膜炎和脓毒症的主要病原菌。该病原菌大多寄居在人体鼻咽部，通过呼吸道传播，年轻人患病率为10-35%，但在婴儿和青少年病患中，可高发为侵袭性脑膜炎。目前，疫苗接种仍是减少相关疾病负担和限制长期后遗症的唯一有效方法。脑膜炎球菌外膜囊泡（OMV）已被用于研发流行性脑膜炎相关的多种疫苗。外膜囊泡（OMVs）是由革兰氏阴性菌分泌的纳米尺寸的天然囊泡，它包含外膜蛋白,脂多糖及核酸等多种物质，能够被树突状细胞（主要的抗原呈递细胞）有效识别和摄取。此外，OMVs拥有丰富的病原体相关分子模式（PAMPs），可强烈刺激先天免疫系统，促进抗原呈递和 T 细胞活化，因此，OMVs是理想的疫苗纳米载体。脑膜炎疫苗4CMenB主要含有3种重组蛋白（rMenB）:因子H结合蛋白变异体(FHbp)、奈瑟菌黏附素A和奈瑟菌肝素结合抗原以及含有孔蛋白A(PorA)的外膜囊泡。4CMenB在人体中诱导的保护性反应主要归因于孔蛋白A（PorA），然而，是否有其他蛋白抗原也参与免疫应答过程仍有待阐明。该文章于2023年4月发表在NPJ VACCINES杂志（IF:9.399），作者来自于意大利博洛尼亚大学药学和生物技术系。在这项研究中，作者分析了脑膜炎疫苗4CMenB中OMV成分的抗原在小鼠和人类中的免疫原性。同时收集了一些菌株的功能性数据，并评估了30种OMV特异性蛋白抗原在脑膜炎奈瑟菌B株中的作用。使用ArrayJet Marathon Argus（ 已升级新型号为Mercury 100）生物芯片点样仪制备囊泡重组蛋白芯片，利用蛋白微阵列测定不同OMV抗原的免疫特征。结果显示：其中三种蛋白OpcA、NspA和PorB，触发机体产生了对几种脑膜炎奈瑟菌菌株具有杀菌作用的抗体，同时证明了接种OpcA和PorB疫苗后，婴儿血清中诱导了功能性免疫应答反应，如图1。图1.人和小鼠血清蛋白免疫芯片显示了具有应答作用的OMV外膜蛋白（OMPs）a: 不同种类的疫苗四次注射前后收集的婴儿血清，在含有重组蛋白的微阵列上进行检测，重组蛋白混合在40%的甘油缓冲液中，使用ArrayJet点样仪进行点样，点样体积200pl/点，点样温度18℃，湿度： 50-55%.b:免疫前和免疫后的小鼠血清（免疫前，rMenB组，4CMenB组，OMV组），通过使用大肠杆菌合成并释放的囊泡蛋白微阵列进行探测。根据不同OMV中抗原的相对丰度对样本进行排序，如三角形所示。每个着色块代表筛选的血清样本的平均反应性，结果用MFI值表示，当信号MFI大于5000时，认为为阳性，以荧光标记二抗检测后的荧光强度加上标准差的10倍进行计算。低（5000≤MFI作者同时采用血清杀菌实验进行验证，重组蛋白与小鼠血清混合，终浓度1500mg/mL，使用含有0.25%葡萄糖的培养液在37℃下进行菌落培养，菌落终数量104-105CFU/mL，将混合后的血清样本与菌落进行孵育60分钟，随后统计杀灭50%菌落的血清滴度，具体结果见图2。图2. PorA、OpcA、PorB和NspA对不同菌株的特异性杀菌实验使用GMMA-PorA (a)、GMMA-OpcA (b)、rPorB (c)和GMMA-NspA (d)统计的血清杀菌滴度直方图。包括12种自然菌株和1种敲除突变体的阴性对照.rSBA滴度≥16被认为是阳性（虚线）,图标中所有分析使用的血清均来自于8只小鼠。结论：作者发现了两种新的OMV抗原，其在4CMenB疫苗诱发的免疫反应中展现出对脑膜炎奈瑟菌强有力的抑菌作用。原文链接：https://doi.org/10.1038/s41541-023-00651-9Arrayjet位于英国爱丁堡，专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务。自2000年公司成立即致力于开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台，该系统于2006年上市，目前用户遍布全球27个国家。Mercury系列产品采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样，专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染，更低的上样体积可有效减少样品损失，使您的珍贵样品物尽其用。▼更多 Mercury系列 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

3D（三维）细胞培养相较传统的2D细胞培养，更真实地模拟细胞在体内存活的环境特征，更好地反映细胞在体内的生理状态和细胞与细胞、细胞与细胞外基质、细胞与器官之间的作用机制。3D细胞培养模型已应用于诸多研究领域，比如神经科学（脑科学）。3D神经元培养模型，模拟细胞体内生存的环境，保持细胞间的相互作用及更接近真实的生理生化反应，成为研究神经/神经退行性疾病的一个重要手段。天然大脑组织的弹性模量较低（30-500Pa），所以强度高、刚度大的材料不适合用于大脑软组织器官的构建。生物材料--水凝胶基质被证实可用于脑类器官的培养，并为其自组装提供营养环境。然而传统水凝胶组分单一，机械性能差，无法有效模拟人体软组织的力学行为。因此，寻找具备一定机械性能的水凝胶用于中枢神经系统3D培养模型的建立，具有迫切性和挑战性。此外，脑细胞外基质（ECM）含有多种基质组分，这些组分在基底膜、神经元周围基质网络和神经间质的诸多基质内有所不同，同样可能对构建3D神经元培养模型产生一定影响。德国维尔茨堡大学Carmen Villmann教授团队结合早期开发的PCL超细纤维框增强Matrigel 模型，合成配制一种基于硫醇化透明质酸（HA-SH）的超软基质，并使用超微纤维框架（MEW）予以增强，建立了一种稳定且可重复的纤维强化水凝胶模型（弹性模量95Pa）。这种纤维强化的HA-SH使得建立新的3D模型，用以研究神经/神经退行性疾病成为可能，如图1所示。作者所使用的超微纤维框架，平均厚度为 141.4±5.7 μm，即单个poly(ɛ-caprolactone) (PCL)纤维层的空间允许水凝胶流动渗透、神经元细胞的突起生长（轴突和树突）。图1相关研究成果以“Reinforced Hyaluronic acid-based Matrices promote 3D Neuronal Network Formation”为题于2022年8月22日发表在《Advanced Healthcare Materials》上。在二十多年研究进程中，Matrigel已作为神经科学中3D细胞培养的“金标准”基质。本文研究者将Matrigel、Glycosi、藻酸盐、以及自主合成的HA-SH进行了多组比较（HA-SH是基于透明质酸 (HA)与高分子量的聚（乙二醇）二丙烯酸酯 (PEGDA) 交联而成）。研究者将小鼠皮层神经元从胚胎期 E15-17 中分离出来，分别接种到超微纤维框架增强的 Glycosil和Matrigel中，之后监测神经元细胞活力。此外，还向Glycosil中加入多种补充剂，监测神经元细胞活力的变化，然后又监测在星形胶质细胞存在的情况下，神经元细胞活力的变化。经过比较评估，发现Glycosil形式的透明质酸不是Matrigel的可行替代品。之后作者又尝试了藻酸盐及其氧化形式的ADA和交联明胶 (ADA-GEL)，以及纤维增强的HA-SH，发现星形胶质细胞支持的 HA-SH最适合用于皮质神经元的培养。后续，研究者还分别测试了PCL-frame、HA-SH 和PCLframe/HA-SH三种框架以证实PCL 框架能够有效增强HA-SH的稳定性。同时免疫细胞染色分析，证明HA-SH与星形胶质细胞层相结合，能够显著支持神经元细胞存活，允许神经元成熟和功能性神经网络形成。在本次研究中，研究者使用zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统，对超细纤维加强的HA -SH中3D皮层神经元和2D星形胶质细胞的共培养，进行间隔5分钟、总时长两天的实时监测。监测所得视频（如视频1、视频2）表明了HA-SH同Glycosil和ADA-GEL环境中有着相同的细胞共培养行为，即在星形胶质细胞存在的超微纤维框架增强的模型内，星形胶质细胞会从2D层迁移到水凝胶中，并朝向神经元附近生长；而皮层神经元形成树突时会朝向星形细胞体生长。视频1:星形胶质细胞及皮层神经元在HA-SH中共培养（点击图片转至环亚官网查看视频）‍绿色箭头：星形胶质细胞从2D层迁移到HA-SH中，并朝向神经元附近；黄色箭头：皮层神经元形成树突并朝向星形胶质细胞体；视频2:星形胶质细胞及皮层神经元在HA-SH中共培养（点击图片转至环亚官网查看视频）绿色箭头：星形胶质细胞从2D层迁移到HA-SH中，并朝向神经元附近；黄色箭头：皮层神经元形成树突并朝向星形胶质细胞体；本研究采用3D MEW框架增强HA-SH，与神经元和星形胶质细胞构建了一个可重复模型，为研究神经和神经退行性疾病的致病机制提供了一个新的选择。zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统德国InnoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统，基于非标记、非侵入方法，原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧，耐温耐湿，可在细胞培养箱内长时间连续工作；通过24个显微成像镜头，对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量图像、视频、统计学曲线和定量数据，实现细胞增殖／增殖抑制、细胞培养质控／培养优化、细胞形态变化、位置迁移／侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl产品大中华区独家代理商，负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接：https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/adhm.202201826  ▼更多 zenCELL owl 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

Ⅰ型糖尿病（T1D）是一种慢性、常见的自身免疫性疾病，由自身免疫系统攻击和破坏胰岛β细胞导致胰岛素分泌不足引起。一般来说，外源性胰岛素是糖尿病治疗的主要方法，可以控制血糖、延缓糖尿病并发症的发生。然而，长期使用外源性胰岛素，会引起患者胰岛素产生抵抗并存在低血糖风险，不能从根本上抑制糖尿病的病理发展或减少相关并发症。因此，为了改善糖尿病的症状，防止糖尿病并发症的发生和恶化，需要新的、有效的糖尿病治疗方法。近年来，脐带间充质干细胞（UcMSC），作为临床治疗糖尿病的主要来源间充质干细胞，不仅能增强胰岛β细胞的抗凋亡能力，刺激其再生，还能分化为胰岛β细胞，弥补胰岛素分泌不足。除了UcMSC在糖尿病治疗中的广泛应用外，从育龄妇女月经血中提取的月经血源性子宫内膜干细胞（MenSC）最近也在再生医学领域引起了高度关注。MenSC可每月连续收集，而且无创收集方法（月经杯）不会给供体带来生理或心理负担。此外，关于干细胞的丰富度，原发性MenSC约占月经血样本中细胞总数的3%-5%，在数量上支持了其在临床中的广泛应用。同时有研究表明MenSC移植，对链脲佐菌素（STZ）诱导的T1D小鼠可积极治疗，在临床糖尿病治疗中具有一定的应用前景。该文章于2022年发表在World Journal of Stem Cells杂志，作者来自于新乡医科大学干细胞与生物治疗技术研究中心。在本研究中，作者通过注射STZ建立T1D动物模型，该方法可有效、特异性地损伤胰腺β细胞，抑制胰岛素分泌，导致血糖水平升高，诱导T1D症状。研究结果显示：MenSC和UcMSC移植均显著改善了T1D模型小鼠的血糖和血清胰岛素水平。免疫荧光分析显示，与对照组相比，MSC处理的小鼠胰腺中胰岛素+和CD31+细胞的数量显著增加。蛋白印迹分析显示，与对照组相比，MSC处理的小鼠胰腺组织中血管内皮生长因子（VEGF）、Bcl2、Bcl-xL和增殖细胞核抗原（PCNA）显著上调。同时使用法国Innopsys公司的生物芯片扫描仪InnoScan 300对蛋白芯片微阵列进行扫描分析——MenSC和UcMSC移植显著下调模型小鼠血清干扰素（IFN-γ）和肿瘤坏死因子（TNF-α）水平，上调血清白细胞介素（IL-6）和VEGF水平。此外，组织学和免疫组化分析显示，MSC的移植系统地改善了T1D模型小鼠的肝、肾、脾的形态和功能。MenSC的移植可显著改善T1D模型小鼠的症状，并对其主要器官发挥保护作用。图1: 间充质干细胞移植促进链脲佐菌素诱导的1型糖尿病小鼠胰腺再生并调节免疫稳态A: 20种细胞因子阵列示意图和检测结果；B、C：WB检测小鼠胰腺血管内皮生长因子、Bcl2、BCL-xL和细胞增殖相关抗原表达水平，使用ImageJ软件定量目标蛋白的相对表达量；D-G：根据芯片荧光强度评估细胞因子浓度的变化。UcMSC：脐带来源的间充质干细胞；MenSC：月经血液来源的子宫内膜干细胞；IFN：干扰素；TNF：肿瘤坏死因子；IL：白细胞介素；VEGF：血管内皮生长因子；PCNA：增殖细胞核抗原。总结：本研究旨在评价MenSC和UcMSC移植对STZ诱导的T1D小鼠的治疗效果，以及MSC治疗T1D的潜在机制和评估对主要器官的影响。综合比较，MenSC和UcMSC移植对T1D治疗的影响，月经血源性子宫内膜干细胞移植的治疗效果与脐带源性间充质干细胞相同，MenSC由于其可无创进行收集、同时具有优越的增殖能力和高免疫调节能力，因此，有望成为一种有前途的临床糖尿病治疗的替代方案。原文链接：https://dx.doi.org/10.4252/wjsc.v14.i1.104Innopsys 成立于1999年。总部位于法国，一直致力于生物医学领域相关仪器和软件的自主研发和生产。Innoscan系列扫描仪，采用先进的共聚焦PMT检测器和多激光扫描光路，可以同时进行多通道荧光检测。不仅有效降低了荧光光漂白现象以及信号损失，还可以有效缩短扫描时间。在基因组和蛋白组表达，基因突变，SNP检测，CGH，细菌病毒检测，肿瘤特异性标志筛查，病理组织筛查等方面都有非常广泛的应用。 环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Innoscan大中华区代理商，负责Innoscan产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 InnoScan 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

冠状病毒是有包膜的单链RNA病毒，其刺突蛋白（S蛋白）可与动物身体上的受体细胞结合，继而入侵到动物体内。猪肠道冠状病毒（PECs）是商业猪群中高发的一类冠状病毒，主要包括：流行性腹泻病毒（PEDV）、传染性肠胃炎病毒（TGEV）和猪三角冠状病毒（PDCoV）。目前PECs主要通过RT-PCR、免疫组化和病毒中和检测等方法进行鉴别和诊断。尽管PECs在致病性上存在差异，但它们在临床和组织病理学上都难以区分，因此利用其遗传特性开发新的快速检测手段至关重要。在单个反应体系中同时检测多个标记物，对于快速识别和分类相关病原体是一种尝试手段。S蛋白氨基末端S1亚基的受体结合域是血清学诊断的高敏感性和特异性抗原靶点，本研究则描述了一种基于病毒特异性重组S1蛋白的ELISA样多重平面免疫分析方法，蛋白点印在微孔板底部，同时检测血清样本中的PEDV、TGEV和PDCoV。工作原理与ELISA相似，样本结合强度与阵列中特定病毒抗原靶标的抗体水平相关。该文章发表在Journal of Immunological Methods杂志，作者来自于美国爱荷华州立大学兽医学院。ELISA对多个病原体的抗体水平检测涉及到多个工作流程，不仅耗时而且也增加了成本和错误风险。使用多重平面免疫分析法，可同时对三种主要的PECs（PEDV、TGEV和PDCoV）进行血清学诊断。微阵列中样本矩阵的独特设计，同比色法相比，不仅减少了试剂消耗也降低了检测成本，而且更快速、更高灵敏度。具体方法：S1蛋白的结构域编码区在质粒载体和HEK293细胞中表达，进行纯化后，分别使用SDS-PAGE和Western blot进行表达结果验证，实验中480份血清样本批次接种PEDV、TGEV（Purdue和Miller亚型）和PDCoV的第（-7、0、7、14、21、28、35和42）天，在微孔板中进行孵育，随后加入特异性识别IgG的酶标抗体，以及底物四甲基联苯胺（TMB）进行显色，并使用德国Sensovation的多因子检测芯片扫描仪进行数据读取和分析，实验设计流程见图1。图1：A.首先使用葡聚糖对康宁96孔板进行功能化包被，然后对纯化的重组S1蛋白（TGEV，PEDV，PDCoV）和IgG（阳性对照）抗体在板底进行三个重复的点印 B.血清样本在特定的缓冲液中以1：100稀释，100μL/孔加入微孔板，37°C下以300 rpm孵育1小时；用含有0.1%吐温20的PBS洗涤三次（200μL/孔）；每孔中加入100 μL偶联缓冲液，在37°C的避光环境中孵育1小时；洗涤后，每孔加入50 μL不溶性的TMB底物，避光孵育15 min；每孔200μL超纯水洗涤；最后使用Sensovation扫描仪进行单个孔的图像扫描成像。结果显示：PEDV S1的诊断敏感性为92%（44/48阳性），TGEV S1为100%（95/95阳性），PDCoV S1为98%（47/48阳性），见图2。图2：A.不同时间截点血清样本IgG反应的检测结果（平均值和标准误差）B.病毒特异性S1抗原（PEDV S1、TGEV S1和PDCoV S1）的血清样本结果分布。结果表明，AgroDiag PEC多重免疫分析法是一种有效、可靠检测PECs的血清学诊断方法。Sensovation 成立于2000年。总部位于德国，一直致力于研发和生产科学级成像设备。Sensovation多因子检测芯片扫描仪可对兼容96孔板和各种生物芯片，也可与自动进样装置和液体处理工作站进行整合。在基因组和蛋白组表达，基因突变，病毒微生物检测，肿瘤特异性标志物筛查，自身免疫抗体分析等领域都有非常广泛的应用。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Sensovation的大中华区代理商，负责Sensovation产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 Sensovation产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼

PacBio 独有的HiFi测序技术，可同时实现长读长和高准确性的DNA测序，在解析复杂的基因组区域、检测结构变异、揭示罕见变异和研究表观遗传学等多个领域有广泛应用。为了确保HiFi测序的产量和质量，需要将DNA文库大小控制在15-18kb范围内。因此，高精度的片段筛选是PacBio HiFi测序的关键步骤之一。Sage Science公司提供的Pippin系列全自动DNA片段回收仪--基于脉冲场电泳，可以实现上述需求，现已成为HiFi文库构建的金标准和建库必备工具之一。为了获得更高质量的HiFi文库，Sage Science公司不断优化筛选方法，并于今年6月推出了全新的长片段回收模式“Range+T”。结合相对应的预制胶试剂盒，“Range+T”模式可有效提高9-30kb范围内片段筛选的分辨率，协助用户更精准的控制HiFi文库大小，实现片段读取长度和质量间的平衡，得到更好的基因组组装结果。运用“Range+T”模式，只需设置回收范围起点DNA的bp值，以及回收时间（一般5-30min）即可，例如：15kb+10min。此模式的优点包括：（1）有效去除设置起点外的小片段DNA；（2）可以更精准的控制文库回收的上限；（3）可以更精准调整文库分布的宽度。近日，Sage Science公司携手亚利桑那大学基因组研究所，以植物基因组为样本，共同测试了“Range+T”模式对于增加PacBio HiFi文库平均读长的能力。由于植物基因组的复杂性更高（多倍体、重复序列、大小差异大等），因此更长的HiFi读取长度对植物基因组研究更重要。“Range+T”片段筛选模式增加PacBio HiFi平均读长研究成果：1. 不同回收时间对回收得率和回收范围的影响小麦基因组DNA经打断仪处理后，使用PippinHT回收目标片段。使用“Range+T”回收模式，不同样本的回收起点均设置为15kb，回收时间分别设置为13-30min。图1“Range+T”模式回收的精确性回收后检测结果显示，不同泳道回收起点的位置相同，回收的终点与设置的回收时间长短相关，设置30min的回收时间可以回收样品中更多的HWM DNA。2. 小片段去除效果图2“Range+T”模式小片段去除结果如图2所示，SC28+29样品混合后（蓝色），PippinHT “Range+T”模式设置为13kb+30min进行片段回收，回收后样品有效去除回收起点以下的小片段DNA（红色），结果也在Pacbio测序结果中reads长度分布图（图2中测序结果图）得以体现。3. 重复性测试8个木薯样本的基因组DNA被打断成13-25kb（平均长度18kb），“Range+T”模式设置为13kb+30min进行片段回收，回收得率在33-45%之间，回收后平均片段长度在19-20kb之间，HiFi reads结果长度保持一致。表1 “Range+T”模式重复性测试结果图3 “Range+T”模式重复性测试Femto Pulse检测结果4. 长片段回收能力以3个玉米样本为例，基因组DNA打断成15-35kb片段（平均长度23-25kb）。“Range+T”模式回收起点分别设置在17kb-20kb，回收时间均为30min。结果表明DNA回收得率从17%到41%不等，可检测的最大片段长度约为50kb，提高回收起点会得到更大的片段分布，从而产生更长的平均HiFi read长度。图4 “Range+T”模式长片段回收测试结果5. 对测序质量影响为了研究测序结果在产量、read质量和平均HiFi read长度之间得到更好的平衡，作者对比了PippinHT 之前软件版本9-13kb筛选模式的测序结果（图5中的蓝色符号）与最新“Range+T” 模式的测序结果（图5中的橙色符号）。使用“Range+T”模式，回收起点设置为15kb，其产生的reads平均长度在21-22kb以上，且30-40kb长度reads数量有显著提高。更重要的是，数据（图5a）表明在13kb至22kb的范围内，随着平均HiFi read长度的增加，HiFi测序数据产量几乎没有下降。由于PacBio测序中聚合酶读取长度有限，短的SMRTbell文库比长文库具有更高的QV分数，但此次实验中较长文库的最低平均QV分数仍然相当好，为28。88%的较长文库（橙色符号）的平均QV得分在30以上（图5.b-c）。图5 不同设置HiFi测序产量及QV结果为了更好地说明较长文库的质量结果，图6显示了一个平均subreads长度为22.6kb的玉米样本的reads质量分布，其中约40%的reads得分在Q30以上。图6 玉米文库Read质量分布结果，平均长度为22.6kb为了体现更长read对基因组组装的影响，作者组装了三个数据集。数据来自基于“Range+T”模式的PacBio-HiFi文库（表1的玉米样本）。文库的覆盖率为18×，平均HiFi read长度为20.6kb。生成了以下三个具有不同特征的数据集（表2）：“Small”数据集：从所有reads的3'端删除4000个bp。这使得reads保留了原始分布形状，但reads长度整体被缩短，平均长度为16kb。“Long”数据集：将原始的20kb文库测序覆盖率调整为~14.5×，以匹配“Small”数据集的数据量。“Narrow”数据集：所有最长reads被截断至约17kb，用以模拟窄分布的SMRTbell文库。为了与其他两个数据集相匹配，总体覆盖率也有所降低。“Small”数据集代表PacBio文库制备的当前标准，而“Long”数据集结果证明了“Range+T”模式的优势。与其他数据集相比，“Long”数据集具有最低的contigs数量、最高的平均contigs长度和最高的Nx值（表2）。此外，开发“Narrow”数据集是为了研究更长read对改进组装效果的贡献。表2 玉米M组装统计数据集结论：测试结果说明PippinHT最新的“Range+T”模式，可以更加灵活地选择PacBio HiFi文库的大小。“Range+T”模式具备较好的重复性，可以有效去除短片段，且使平均read长度超过当前标准。此外，新模式可以控制文库片段范围的上限，更长的文库并没有影响测序质量和产量。与较小的HiFi文库相比，更有助于大而复杂基因组的连续组装。目前PippinHT “Range+T”模式的新版软件已经发布，Blue Pippin也将在近期发布，详细信息请联系：▼环亚生物科技有限公司▼地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家，拥有美国技术专利，各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收，广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商，自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内，一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训，技术支持与售后维护工作，赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。

细胞凋亡（Apoptosis）是一个由多基因严格控制，高度调节的细胞死亡过程，是细胞程序性死亡（Programmed cell death）的一种，是组织内细胞状态维持的主要生物学机制。作为一种基本的生物学现象，细胞凋亡不会触发免疫反应，它是为了更好的适应生存环境而主动争取的一种有序的死亡过程，在生物体的进化、内环境的稳定以及多个系统的发育中起着重要作用。凋亡过程的紊乱，可能与许多疾病的发生有关。研究者对细胞凋亡进行研究，对疾病机制的阐明，疾病疗法的探索以及治疗药物的研究方面都有着重要意义。细胞凋亡的变化是多阶段的，包括一系列的细胞形态学和生物化学的改变。检测细胞凋亡的方法也有很多，如显微镜下的形态学观察，DNA的琼脂糖凝胶电泳等。其中流式细胞术是很常用的一种手段。而流式细胞术检测细胞凋亡的方法也有很多，其中又以Annexin V/PI双染色法最为重要。Annexin V/PI双染色法细胞凋亡时，位于细胞膜内侧的磷脂酰丝氨酸（Phosphatidylserine，PS）翻转至细胞膜外侧。Annexin V（膜联蛋白-V）是一种对PS高度亲和的Ca2+依赖性磷脂结合蛋白，能特异性识别凋亡细胞表面的PS。所以可以用FITC偶联Annexin V作为探针，鉴别凋亡细胞和活细胞（如图1左）。图1. Annexin V/PI染色坏死细胞的PS也会由细胞膜内侧翻转到细胞膜外侧，Annexin V也能与之结合，所以Annexin V无法区分坏死细胞和凋亡细胞。PI作为一种核酸染料，能够与细胞内的DNA结合，但它不能通过完整的细胞膜，故PI可以标记坏死细胞（如图1右），从而将活细胞和坏死细胞区分开来。将Annexin V和PI同时使用，利用流式细胞仪就可以明确区分活细胞、凋亡细胞和坏死细胞，并可以定量分析各自所占比例。Moxi GO II快速流式细胞仪传统流式细胞仪设备体积大，构造复杂，价格昂贵，通常作为平台产品仪器使用。仪器操作复杂，维护繁琐，对操作者要求较高，往往需要进行专业操作培训，具备专业知识技术才能使用。同时平台产品排队周期长，限制了科研人员的使用。针对这种情况，美国Orflo Technologies公司将行业公认的细胞计数和大小测量金标准——库尔特原理（Coulter Principle）与荧光流式检测技术相结合，推出的新一代快速流式细胞仪——Moxi GO II，满足了研究人员对细胞凋亡检测的需求。图2. Mxoi GO II应用展示喜树碱是一种细胞凋亡诱导剂，Jurkat细胞在20mM喜树碱中预处理4个小时，然后与50%热杀细胞（坏死细胞）混合，用Moxi GO II进行细胞凋亡检测，其输出结果如图2所示，散点图中细胞分群清晰。除散点图外，Moxi GO II还以表格和柱状图展示象限门控数据，为用户进行数据解析提供了极大的便利。图2. 细胞凋亡结果输出Moxi GO II系统还内置对比功能，可快速叠加比较两种检测结果。如图3所示，用喜树碱处理Jurkat细胞，分别处理0小时（t=0）和6.5小时（t=6.5）后进行Annexin V-FITC荧光检测，并将两次检测的散点图结果及荧光直方图结果叠加比较。图3. 两种检测结果对比输出图3直观的显示出经过6.5小时处理后，Annexin V+的细胞百分比显著增加，细胞平均大小相应减少。这是细胞凋亡的显著特征。通过库尔特原理对细胞进行大小测定，这种对细胞大小变化的区分在传统流式细胞仪上是无法实现的。近日，武汉某生物技术服务公司将293T细胞进行药物处理后，分别用Moxi GO II系统和传统台式流式细胞仪CytoFLEX S对细胞凋亡情况进行检测评估（图4和图5），经对比后发现，两个系统由于上样体系、检测原理等差异，散点图展示有所不同，但数据分析结果一致（红色框选）：细胞状态良好，与对照组相比，实验组凋亡率并无明显差异。图4图5客户评价：Moxi GO II系统对细胞分群明确，561nm/LP通道补偿调节合适。在采用646nm/LP通道进行PI检测时，无需进行补偿调节，检测结果与传统流式细胞仪基本一致。整个仪器预设检测应用，直接调用即可，操作非常简单，散点图及相应数据结果在几秒内即可得出，无需再次软件分析，使用便利，适合单个实验室使用。Moxi GO II采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量，同时采用488nm激光光源，结合两个PMT通道，525/45nm通道和561nm/LP（或者646nm/LP，可根据需要更换），进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便，无需预热，开机即用，预设程序，触屏操控，运行后10秒即可给出测试结果，使用后也无需清洁维护。Moxi GO II功能多样，简单易用，为广大研究者提供了一个非常实用的检测工具。通过Moxi GO II，无论是经验丰富的流式专家，还是初试身手的实验小白，都可以轻松完成实验。美国Orflo Technologies公司是一家非常专业的细胞分析仪器研发和制造企业，拥有多项专利技术，产品以库尔特原理的高精细胞计数仪和超快流式细胞仪为主。作为中国地区独家代理，环亚生物科技有限公司全权负责Orflo Technologies产品在中国地区的推广、销售，为广大用户提供专业的技术咨询和产品服务。环亚生物，生命科学产品全国性代理商，不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。▼更多 Orflo产品 详情，请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址：上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话：021-54583565邮箱：info@apgbio.com网址：www.apgbio.com▼更多精彩内容，请扫码关注我们▼