流体结构相互作用

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  • Viridis SFC 超流体色谱柱
    产品特点:■ 用于超临界流体色谱(Supercritical Fluid Chromatography,SFC)分离制备■ 沃特世在色谱颗粒的合成生产方面的丰富经验与品质追求确保了Viridis柱的可靠与稳定■ 色谱柱规格涵盖从4.6mm i.d.分析柱到50mm i.d.制备柱■ OBD制备柱设计使Viridis制备柱在使用过程中更为稳定耐用■ Viridis目前有两种固定相:Viridis SFC 2-乙基吡啶 和 Viridis SFC 硅胶■ Viridis SFC 2-乙基吡啶柱:2-乙基吡啶固定相因其保留、峰形与选择性特性已成功用于大量的非手性SFC应用,能提供高度可靠性与可重现性。具有优秀峰形与高载量。■ Viridis SFC硅胶柱:硅胶颗粒受严格的质控指标限制并具有极低的金属杂质含量,以确保其高度重现和行为可预测性。提供了相对于2-乙基吡啶的互补选择性,对极性官能团的相互作用更强。 固定相颗粒孔径比表面积孔容含碳量封端 形状(Å )(m2/g)(cc/g)(%) 2-乙基吡啶*球形1003400.98封端硅胶球形1003400.9n/an/a订货信息:规格粒径Viridis SFC2-乙基吡啶基Viridis SFC硅胶4.6 x 50 mm 5&mu m1860049351860049084.6 x 100 mm 5&mu m1860049361860049094.6 x 150 mm 5&mu m1860049371860049104.6 x 250 mm 5&mu m18600493818600491110 x 50 mm 5&mu m18600493918600491210 x 100 mm 5&mu m18600494018600491310 x 150 mm 5&mu m18600494118600491410 x 250 mm 5&mu m186004942186004915OBD 19 x 50 mm 5&mu m186004943186004916OBD 19 x 100 mm 5&mu m186004944186004917OBD 19 x 150 mm 5&mu m186004945186004918OBD 19 x 250 mm 5&mu m186004946186004919OBD 30 x 50 mm 5&mu m186004947186004920OBD 30 x 75 mm 5&mu m186004948186004921OBD 30 x 100 mm 5&mu m186004949186004922OBD 30 x 150 mm 5&mu m186004950186004923OBD 30 x 250 mm 5&mu m186004951186004924OBD 50 x 50 mm 5&mu m186004952186004925OBD 50 x 100 mm 5&mu m186004953186004926OBD 50 x 150 mm 5&mu m186004954186004927OBD 50 x 250 mm 5&mu m186004955186004928
  • ES Industries 超临界流体SFC色谱柱 SFC柱(GreenSep)
    GreenSep 超临界流体SFC色谱柱许多 SFC 分离采用“较老的正相 HPLC 类型”固定相(如未改性的硅胶、二醇基、氨基和氰基)。这些固定相很难适应 SFC,并且对 SFC 分离存在一系列限制,包括容量低、选择性差和峰形不佳。另一方面,我们的 GreenSep™ 固定相系列产品专门针对 SFC 分离而设计,在设计中密切关注键合覆盖率、密度和所有导致高容量固定相的因素,具有出色选择性和峰形。许多为碱性和酸性化合物而设计的 GreenSep 固定相无需流动相添加剂,而其他品牌的固定相通常需要流动相缓冲盐。GreenSep 系列产品具有多种选择性,可以互相补充。所有这些填料均提供分析型、半制备型 (10 mm) 和制备型(20 mm、30 mm 和 50 mm 内径)的规格。此外,还提供全面的技术和方法开发辅助服务。下文是开发 SFC 分离的色谱柱选择指南,其中 GreenSep Pyridyl Amide 是首选色谱柱,然后是其他色谱柱。产品优势专为高性能 SFC 分离而设计,与适用于 SFC 的传统正相HPLC 填料相比,具有更好的分离作用、选择性、峰形和进样容量采用我们严格的键合程序生产的具有出色重现性的高效色谱柱在相同的介质上实现直接从分析到制备的扩展,简化纯化步骤并最大限度地提高运行效率许多固定相经官能团化学专门设计,已不需要流动相缓冲盐(如三乙胺)GreenSep Pyridyl AmideGreenSep Pyridyl Amide 固定相是开发超临界流体色谱分离时的首选色谱柱,在不使用添加剂的情况下,其对酸类、胺类和中性化合物分离性能总体而言极为出色。在常规固定相(硅胶、氰基、二醇基)上分离的化学物质类型通常需要向流动相中添加 TFA 或胺作为峰形调节剂。然而,GreenSep Pyridyl Amide 无需添加这些添加剂。它是同时含有碱性胺基团和酸性基团的化学物质的理想选择。GreenSep Pyridyl Amide 可以为 SFC 色谱分析人员带来极高的灵活性,无需使用胺类添加剂,即能大大简化流动相组成和馏分收集。GreenSep BasicGreenSep Basic 基于咪唑化学键合,为此固定相提供了高碱性的特性。GreenSep Basic 让色谱分析人员极其灵活地进行开发分离的工作,并且其为 SFC 色谱柱,非常适合含有胺基化学物质的保留和快速分离。GreenSep Basic 是保留和快速分离含有强胺基团化合物的首选色谱柱,无需使用添加剂。GreenSep Basic 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,并提供卓越的性能。GreenSep Ethyl PyridineGreenSep Ethyl Pyridine 是一种封端固定相,已被证明在分离选择性、峰形和进样容量方面优于传统固定相(如二醇、氰基等)。所示的色谱图(右图)是使用 GreenSep Ethyl Pyridine 色谱柱进行 SFC 分析获得的优异峰形性能的主要实例。在该色谱图中分离的化学物质类型(胺基官能化)通常需要向流动相中添加胺。然而,乙基吡啶固定相无需加入这些峰形调节剂。在不使用氨基添加剂的情况下,可以极大简化流动相组成和馏分收集。与 GreenSep Ethyl Pyridine II 相比,GreenSep Ethyl Pyridine 对胺类物质提供了更好的分离。GreenSep Ethyl Pyridine IIGreenSep Ethyl Pyridine II 基于乙基吡啶化学键合,可以为该固定相提供独特的性质。GreenSep Ethyl Pyridine II 非常适合在没有添加剂的情况下保留和快速分离含有酸根的化学物质。此固定相为非封端,与 GreenSep Ethyl Pyridine 相比,提供更出色的酸类化合物分离。GreenSep Ethyl Pyridine II 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,提供卓越性能。GreenSep NitroGreenSep Nitro SFC 是一种基于硝基芳烃的固定相,已被证明在分离选择性和进样容量方面优于传统固定相(如二醇、氰基等)。GreenSep Nitro 具有独特选择性,专门设计用于分离几何异构体和非对映异构体。其为分离含有芳香基团、可极化电子、卤代基团和共轭体系化合物的首选色谱柱。GreenSep NaphthylGreenSep Naphthyl 是一种基于萘的 SFC 填料,由于其刚性结构而具有较高键合密度和固有的碱性去活性,从而使得许多非对映体分离所需的形状选择性成为可能。其表现出很强的 π-π相互作用和电荷转移相互作用,对非对映体和非极性化合物有很好的分离效果。GreenSep Naphthyl 的独特性能使其在石墨化碳和烷基型固定相之间具有选择性。GreenSep DiolGreenSep Diol 专为 SFC 设计,覆盖高密度二醇涂层表面,确保分离效果比传统非键合硅胶更好,更具重现性。GreenSep Diol 特别适合酸性和碱性分析物。该固定相提供了硅胶的选择性,而不具有其反应性。GreenSep FluoroBasicGreenSep FluoroBasic 基于氟化咪唑化学键合,为此固定相提供了高碱性和氟化的特性。将含氟基团添加到此固定相中可用于增强亲氟保留机制,从而可针对氟化物提供改进的保留能力。亲氟保留机制在药物化学和药物发现中极为有用,超过三分之一的新批准小分子药物中含有氟。GreenSep FluoroBasic 非常适合在没有添加剂的情况下保留和快速分离含有胺和酸性基团的化学物质。GreenSep FluoroBasic 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,提供卓越性能。GreenSep 4-Ethyl PyridineGreenSep 4-Ethyl Pyridine 是 GreenSep Ethyl Pyridine(2-乙基吡啶)的替代品,可以提供与其不同的选择性。该封端固定相在分离选择性、峰形和进样容量方面优于常规固定相(如二醇和氰基固定相)。GreenSep 4-Ethyl Pyridine 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,同时提供卓越性能。与 4-Ethyl Pyridine II 相比,GreenSep 4-Ethyl Pyridine 对胺类物质提供了更好的分离。GreenSep 4-Ethyl Pyridine IIGreenSep 4-Ethyl Pyridine II 基于乙基吡啶化学键合,非封端,可以为该固定相提供独特的性质。GreenSep 4-Ethyl Pyridine II 非常适合保留和快速分离含有酸根的化学物质。GreenSep 4-Ethyl Pyridine II 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,提供卓越性能。此固定相可提供针对 GreenSep Ethyl Pyridine II 的替代选择性。此固定相为非封端,与 GreenSep 4-Ethyl Pyridine 相比,提供更出色的酸类化合物分离。GreenSep NP-9GreenSep NP-9 是 ES Industries 色谱柱研发的产品,该公司致力于开发专用于处理复杂天然产物样品分离的产品。GreenSep NP-9 已经过专门优化,用于从大麻中分离 THC 和 CBD。所示色谱图(右图)突出显示了仅使用 2% 乙醇的 THC-Delta 9、CBD 和 CBN 的优化分离结果。在流动相中使用少量乙醇,可以从色谱分离产物中快速回收 CBD、THC 和 CBN 分离物。GreenSep NP-9 经过优化,可提供 CBD 和 THC 之间的最大分离α,并极适合去除 THC。GreenSep NP-9 用于分离 CBD 和 THC 时具有更短的循环时间。然而,如果需要更高分辨率,则应使用 GreenSep NP-10。此外,GreenSep NP-10 比 GreenSep NP-9 具有更高的进样容量。GreenSep NP-10GreenSep NP-10 是 ES Industries 色谱柱研发的产品,该公司致力于开发专用于处理复杂天然产物样品分离的产品。GreenSep NP-10 已经过专门优化,用于从大麻中分离 THC 和 CBD。所示色谱图(下图)突出显示了仅使用 2% 乙醇的 THC-Delta 9 和 CBD 的优化分离结果。在流动相中使用少量乙醇,可以从色谱分离产物中快速回收 CBD 和 THC 分离物。GreenSep NP-9 用于分离 CBD 和 THC 时具有更短的循环时间。然而,如果需要更高分辨率,则应使用 GreenSep NP-10。此外,GreenSep NP-10 比 GreenSep NP-9 具有更高的进样容量。GreenSep NP-IIGreenSep NP-II 是 ES Industries 色谱柱研发的产品,该公司致力于开发专用于处理复杂天然产物样品分离的产品。GreenSep NP-II 已经过专门优化,用于从大麻中分离 THC 和 THCV。其还能够以快速循环时间去除 THC 和 THCA。GreenSep NP-IIIGreenSep NP-III 是 ES Industries 色谱柱研发的产品,该公司致力于开发专用于处理复杂天然产物样品分离的产品。GreenSep NP-III 已经过专门优化,用于从大麻中快速分离 CBDA 和 THCA。其具有与 2-乙基吡啶相似的分离特性,2-乙基吡啶是传统上用于分离 THCA 和 CBDA 的固定相和色谱柱。然而,GreenSep NP-III 能够使用最少量的乙醇作为 SFC 中使用的 CO2 流动相改性剂溶剂来快速分离 THCA 和 CBDA。传统的 2-乙基吡啶色谱柱 (GreenSep Ethyl Pyridine) 需要使用高含量乙醇,才能实现与新 GreenSep NP-III 色谱柱类似效果的分离。GreenSep NP-III 色谱柱仅使用 10% 乙醇改性剂就能更好地分离大麻类混合物,并在不到 9 分钟内洗脱 CBDA(如右图所示)。传统乙基吡啶固定相需要使用 20% 乙醇,且仅能产生较低质量的分离,而 CBDA 对洗脱时间为 9 分钟。此外,去除 10% 乙醇更加快速和容易,从能能够快速纯化 THCA 和CDBA,节省时间和成本。GreenSep PFPGreenSep PFP 是一种氟化芳香族固定相,为 SFC 分离提供了高选择性特征。其专门设计用于几何异构体和非对映异构体的分离。GreenSep PFP 为分离含有芳香基团、可极化电子和共轭体系化合物的首选色谱柱。此外,其还可用于卤化物的分离。在许多情况下,与 GreenSep Nitro 相比,GreenSep PFP 可以提供补充分离。GreenSep PFP 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,提供卓越性能。GreenSep Cyano与用于 HPLC 的常规氰基固定相相比,GreenSep Cyano 专为SFC 设计,具有高表面积的氰基键合填料,可以获得更高的表面积负载。氰基官能团可以提供增强的偶极相互作用以获得替代选择性。GreenSep DEAPGreenSep DEAP 是一种二乙基氨基丙基固定相,与传统氨基固定相相比,具有更高的选择性和更好的峰形。GreenSep DEAP 可使色谱分析人员采用简单的流动相,减少对添加剂的需求,并使馏分收集更容易。其特别适用于醇类和酰胺类物质的分析。GreenSep DEAP 可以轻松取代 SFC 中使用的传统固定相,提供卓越性能.GreenSep AmineGreenSep Amine 是一种专为 SFC 设计的高密度 NH2 键合填料,可为制备用途提供更高进样量。该固定相可用于含有醇和胺的化合物。GreenSep SilicaGreenSep Silica 专为 SFC 开发。GreenSep Silica 是一种不含金属的超高纯度色谱介质,压力稳定,专为高性能 SFC 分离而设计。对表面进行处理以产生极大 SFC 分离相互作用和进样容量,同时保持多种药物化合物的优异峰形性能。GreenSep Silica 可对化学物质进行分离,其峰形优于典型的 HPLC Silica 色谱柱。
  • HiCapt Diol (二醇基)
    Diol是以硅胶为基质的二醇基萃取柱。通过极性作用,从非极性溶液中萃取极性样品。其分离性质类似于硅胶,重复性比纯硅胶基质更好,在需要使用极性溶剂对极性吸附剂进行活化的萃取方法中,与硅胶相比,Diol是更好的选择。保留机理:强极性相互作用。应用样品类型:非极性有机溶液,油类,脂类。典型应用:1)分离生物流体中药物及其代谢物等,如从尿样等溶液中提取THC、前列腺素的分离等;2)区分结构异构体等结构相似的化合物;3)疏水性样品的提取。 HiCapt Diol订货信息规格包装(支/盒)货号100mg/1mL10008-01001500mg/3mL5008-05003500mg/6mL3008-050061000mg/6mL3008-1000610g/瓶 08-00010100g/瓶 08-00100

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  • Creoptix总部位于瑞士。拥有基于光栅耦合干涉技术(Grating-Coupled Interferometry ,GCI)的光学生物传感器专利,以及外置的微流控的设计和Google公司研发的自动化软件。Creoptix致力于提供高质量的动力学数据,拥有业内高度灵敏准确的WAVE 系统,使全球生物科学研究者可以做以前不可能做的事情,看到以前看不见的数据。避开了SPR的限制,突破无标记技术的局限。Creoptix公司于2022年1月被马尔文帕纳科公司收购。WAVE分析互作仪 创新的无标记检测技术配合防堵塞微流控芯片和自动化检测软件,为您提供高质量的结合动力学数据,并适用于多种样品类型。高信噪比&灵敏度专利的光栅耦合干涉(Grating-Coupled Interferometry,GCI)技术,赋予WAVE系统超越传统SPR技术的检测灵敏度和时间分辨率。不同于SPR技术,Creoptix WAVE GCI产生的消逝波(evanescent field)仅在芯片表面与样品溶液接触,并且延长了其与样品相互作用的长度,以确保更低的信噪比(0.015pg/mm2)。凭借WAVE分子相互作用仪的低检测限,可轻松获取无标记互作分子高精度的动力学速率,亲和常数及浓度数据。即使检测丰度较低的样品,仍可确保数据不失真。创新型微流控芯片防堵塞设计微流控芯片适用于多种不同类型样品,确保样品活性和生物学特性,节约了纯化步骤所需时间以其他设备脱机、堵塞等问题可能耗费的时间。高时间分辨率准确的表征解离速率大于10s-1的分子间相互作用的动力学。灵活的组合兼容48,96,384板任意组合,120h无人值守运行。智能软件从方案建立,数据分析到报告生成的每一步均可利用向导设计来简化,让您工作更加轻松高效。应用范围 分析领域:分子相互作用模式的研究;动力学常数的测定;亲和常数测定,浓度的测量及构象变化的速率等。 生命科学研究领域:蛋白质组学研究、癌症研究、新药研发、信号传递、分子识别、热力学分析、免疫调节、免疫测定、疫苗开发、瞬时结合、配体垂钓、结合特异性、结构与功能的关系及酶反应等。 分析样品类型:小分子化合物、多肽、蛋白质、寡核苷酸、寡聚糖到类脂、脂质体,噬菌体、病毒样颗粒和细胞等。
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  • 仪器简介:FT-SPR 可以检测多层生物膜组装过程,可以检测更大或更小的分子与微粒。其动态检测范围在所有 SPR 检测仪中最为广泛。 FT-SPR 除了可以获得分子相互作用的信息,还可以配置完整的傅立叶红外光谱功能:可进行 ATR、DRIFT、PMIRRAS、VCD、Raman 等测试;通过 FTIR 中的不同检测模块可检测到相关的红外光谱,获取生物样品分子结构的信息。甚至可以与液相色谱联机检测。主要特点:赛默飞世尔分子光谱部以其近四十年傅立叶变换红外(FTIR)技术结晶结合最新的 SPR 专利技术【U.S. Patent No. 6330062】成功的发展了傅立叶变换型等离子共振技术(FT-SPR),并以此为基础推出了崭新的 FTSPR 检测模块 — SPR 100。利用成熟的傅立叶变换红外光谱仪在多通道技术与波数精度方面的优势使 SPR 检测很容易达到传统的基于角度变化的 SPR 检测所无法企及的高灵敏度与快速测试。通过检测由折射率变化引起的波长变化可以监测到吸附层大约 1 Å 的有效膜厚变化。甚至,需要超高灵敏度的亚单分子层测试也可通过 FT-SPR 技术实现。
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  • 8 通道Octet R8 系统提供了一种先进的无流路分析方法,配合各种现成的浸入即读生物传感器,适用于快速结合动力学和定量分析。该系统利用赛多利斯的非标记生物层干涉技术(BLI),可直接检测特定蛋白和其他生物分子——甚至是在细胞培养上清液和裂解液等复杂混合物中。Octet R8 凭借其独特的检测方式,可在0.5 至2.5 小时内对多达96 个样品进行定量和动力学分析。配合微孔板防蒸发盖可显著减少样品的损耗。非破坏性检测有助于实验之后将珍贵样品回收并用于其他测定。产品主要特点与优势• 高质量动力学筛选和亲和力表征• 非流路的浸入即读检测可缩短测定时间并降低维护成本• 八个平行的独立通道,充分展现高速、灵敏和灵活等特性• 可检测分析从小分子到病毒等各种生物分子• 非破坏性检测,珍贵样品可被保留用于其他测定• 兼容粗样品,无需进行样品预处理,节约宝贵的时间• 配合使用防蒸发盖,可实现长达 12小时的无人值守运行• 样品板具备降温功能,适合温度敏感型蛋白的测定• 可灵活地升级为 GMP 系统,从而满足监管合规要求• Octet R8 GMP 数据包配备齐全,可在监管环境下操作• 易于学习,方便使用• 集成式数据采集分析软件,无需依赖其他外部软件
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  • 【讨论】亲水相互作用柱(HITIC)性能

    用过亲水相互作用柱(HITIC)的老师能不能说说目前市面上都有哪些公司的哪些牌号的亲水相互作用柱(HITIC)每种柱都有哪些特点,键合的基团都是什么。稳定性如果,最关键的使用中的性能如何。谢谢

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  • 对于人类蛋白质相互作用网络的结构解析
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Nat. Struct.上的文章,Towards a structurally resolved human protein interaction network,该文章的通讯作者是瑞典斯德哥尔摩大学的Petras Kundrotas、Arne Elofsson和欧洲分子生物学实验室的Pedro Beltrao。蛋白质-蛋白质相互作用(PPIs)的表征对于理解形成功能单位的蛋白质组和细胞生物学研究的基础是至关重要的。同时,蛋白质复合物的结构表征是理解蛋白质的功能机制、研究突变的影响和研究细胞调控过程的关键步骤。最近,基于神经网络的方法已经被证明了准确预测单个蛋白质和蛋白质复合物的结构的能力;然而,其在大规模预测人类复杂结构中的应用尚未得到有效测试。在此,本文测试了应用AlphaFold2在预测人类蛋白质相互作用结构上的潜力和局限性,并通过实验提示了界面残基中潜在的调节机制。除此之外,本文还提供了使用预测的二元复合物来构建高阶组装的案例,以此拓展了对于人类细胞生物学的理解。人类蛋白质相互作用的结构预测本文基于AlphaFold2的FoldDock管道对65484对来源于HuRI与hu.MAP V.2.0数据库中实验测定的PPIs的结构进行预测。文章合并了一个pDockQ分数,该分数可以根据置信度对模型进行排序。结果显示,已知相互作用蛋白的pDockQ往往高于随机集;对于hu.MAP数据集显示出平均比HuRI数据集更高的可信度,这表明,高可信度模型集中在具有高亲和力和直接相互作用的蛋白质相互作用区域。实验表明,AlphaFold2可以预测大型复合物中直接相互作用的蛋白对的结构(图1)。图1 | AlphaFold2复合物预测在大规模人类PPIs数据集上的应用影响预测置信度的特征如图1a所示,相较于HuRI和hu. MAP数据库中的蛋白质对,出现在蛋白质数据库(PDB)中的蛋白质对更加富集于高分模型部分。为了更好地理解这种差异,本文首先研究了一个由大型(10链)异质蛋白复合物构建的额外数据集。通过实验,结果显示直接相互作用对与间接相互作用对之间pDockQ分数的差异是显著的,这表明与间接相互作用对相比,即使直接相互作用对是大型复合体的一部分,也往往能够被预测。除此之外,由于HuRI数据库中的许多蛋白质间相互作用很可能是短暂的,而AlphaFold2无法可靠地预测这种相互作用(图2)。图2 | 影响预测置信度的蛋白质和相互作用特征:不同数据集的分析预测的复合物结构在化学交联上的验证化学交联结合质谱分析是一种识别蛋白质对中邻近的活性残基的方法,可以用来帮助确定可能的蛋白质界面。为了确定预测的复合物结构是否满足这种正交空间约束,本文获取了528对具有预测模型的蛋白质对的残基对的交联集合。在此章节中,文章提供了多个案例证明了化学交联验证的有效性(图3)。图3 | 对于预测复合物模型的化学交联支持复合物界面上与疾病相关的错义突变与人类疾病相关的错义突变可以通过多种机制改变蛋白质的功能,包括破坏蛋白质的稳定性、变构调节酶活性和改变PPIs。为了确定预测结构的有效性,本文汇编了一组位于界面残基上的突变,这些突变之前曾被实验测试过对于相应相互作用的影响。文章使用FoldX预测突变时结合亲和力的变化,并观察到破坏相互作用的突变强烈影响了结合的稳定性;另外,本文就在一系列生物学功能中具有界面疾病突变的蛋白质网络簇进行了举例说明(图4)。图4 | 蛋白质复合物界面残基的疾病突变蛋白质复合物界面的磷酸化调节蛋白质磷酸化可以通过改变修饰残基的大小和电荷来调节结合亲和力来调节蛋白质的相互作用,将磷酸化位点定位到蛋白质界面可以为它们在控制蛋白质相互作用中的功能作用产生机制假说。本文使用了最近对人类磷酸化蛋白质组26的鉴定,在高置信度模型中鉴定出了界面残基上的4,145个独特的磷酸化位点。实验表明,某些界面可能受到特定激酶和条件的协调调控。虽然不是所有界面上的磷酸位点都可能调节结合亲和力,但这一分析为特定扰动后的相互作用的潜在协调调控提供了假设(图5)。图5 | 界面残基上磷酸化位点的协同调控来自二元蛋白质相互作用的高阶组装蛋白质既能够同时与多个伙伴相互作用组成更大的蛋白复合物,又能够在时间和空间上分离。这也反映在文章的结构特征网络中,即蛋白质可以在群体中被发现,如蛋白质相互作用全局网络视图所示(图6)。由于使用AlphaFold2预测更大的复合物组装可能受到计算需求的限制,文章测试了蛋白质对的结构是否可以迭代结构上对齐。文章在上述网络中覆盖的一组小的复合物上测试了这一过程,并将一个实验确定的结构与预测的模型进行对齐,展示了该过程的潜力和局限性。受测试例子的鼓励,本文定义了一个自动化过程,通过迭代对齐生成更大的模型。总之,文章发现可以迭代地对齐相互作用的蛋白质对的结构来构建更大的组装,但同时也发现了目前限制这一过程的问题。图6 | 对高阶组装的蛋白质复合物的预测结论本文通过一系列的实验评估了应用AlphaFold2预测已知人类PPIs的复杂结构的潜力与局限性。分析结果表明,由亲和纯化、共分馏和互补的方法组合支撑的蛋白质相互作用能够产生更高置信度的模型。文章证明,可以使用模型指标(如pDockQ评分)对高置信度模型进行排序,为大规模PPIs和稳定复合物的详细研究提供支持;而来自交联质谱实验的数据为进一步验证这些预测提供了理想的资源。除此之外,本文用疾病突变和磷酸化数据证明了蛋白质界面的结构模型对于理解分子机制以及突变和翻译后修饰的影响至关重要;最后,文章提出了从预测的二元配合物出发构建更大的组件结构模型的想法。后续仍需要更多的工作来确定确切的化学计量学,设计方法和评分系统来构建如此更大的复杂组件,以及预测具有弱和瞬态相互作用的蛋白质之间的相互作用。参考文献(1) Burke DF, Bryant P, Barrio-Hernandez I, et al. Towards a structurally resolved human protein interaction network [published online ahead of print, 2023 Jan 23]. Nat Struct Mol Biol. 2023 10.1038/s41594-022-00910-8. doi:10.1038/s41594-022-00910-8
  • 了解糖蛋白结构异质性和相互作用:来自native Mass的见解
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Current Opinion in Structural Biology上的文章,Understanding glycoprotein structural heterogeneity and interactions: insights from native mass spectrometry,通讯作者是英国牛津大学化学系的Carol V . Robinson教授。  蛋白质糖基化的过程会产生具有多种组成、连接和结构的聚糖,这些聚糖具有多种生物学功能。哺乳动物的主要两类糖基化修饰为 N糖和粘蛋白型O糖(图1 a,b)。N-聚糖的分支结构、单糖延伸、岩藻糖基化和唾液酸化是主要特征 粘蛋白型O-聚糖根据其核心结构分为四类。解读聚糖异质性对于了解糖蛋白的结构和功能至关重要。高分辨率nMS在完整水平上提供聚糖组成的全景图,并且将糖蛋白结构的异质性与相互作用的化学计量和功能联系起来。这篇文章集中讨论了利用nMS阐明糖蛋白结构异质性和生物分子功能的最新进展。  图1 糖基化特征可以用native MS方法表征  一、描绘糖型组成异质性  糖蛋白的主要特征包括聚糖占据、N-聚糖分支/延伸、岩藻糖基化和唾液酸化。通过native MS 和糖蛋白组学的方法表征人胎球蛋白糖型,native MS确定全局宏观和微观异质性,而糖蛋白组学描述了位点特异性糖基化信息,可以根据特定于位点的信息对蛋白native MS谱中每种糖型的详细组成进行注释(图1c)。  使用凝集素的亲和纯化质谱(AP-MS)有助于靶向分析糖蛋白上具有感兴趣结构的糖型。例如,特异性识别α1-3岩藻糖残基的凝集素 (AAL),揭示了人类α1-酸糖蛋白(AGP)上的 α1-3岩藻糖残基的化学计量 使用与糖基β1-6分支相互作用的凝集素PHA-L,表明 β1-6 分支在所有 AGP 糖型上的普遍存在。  外切糖苷酶处理在糖组学中广泛用于区分具有不同键的单糖残基。一项最近的工作使用了α-神经氨酸酶、β-半乳糖苷酶、β-N-乙酰氨基葡萄糖苷酶和α-岩藻糖苷酶的组合外切糖苷酶,揭示了 AGP 在完整糖蛋白水平上核心和触角岩藻糖基化的化学计量。对于同时具有 N-连接和 O-连接聚糖的高度糖基化生物治疗药物,例如依那西普、使用外切糖苷酶、内切糖苷酶和蛋白酶的综合酶处理对于全面了解糖蛋白的整体异质性至关重要(图2)。  图2 (a) 依那西普的结构 (b) 唾液酸酶(一种外糖苷酶)和PNGase F(一种内糖苷酶)处理的依那西普的native MS。  2、描绘结构异质性  蛋白质O-糖基化在许多细胞表面蛋白质中普遍存在,如 SARS-CoV-2 刺突蛋白受体结合域 (S-RBD),该蛋白具有核心 1 和核心 2 粘蛋白型O糖。最近的一项突破将软着陆 MS 和扫描隧道显微镜 (STM) 相结合,能够对单个聚糖的构象和结构进行成像。  以前的报告表明,N-聚糖分支和核心岩藻糖基化受到糖基化位点局部构象的限制,远离蛋白质表面的唾液酸化和末梢岩藻糖基化被认为受蛋白质骨架结构的影响较小。随着 nMS 分辨率的进步,通过比较位点特异性和全局异质性直接重新审视这一假设是可行的。如果每个位点上的糖基化事件是独立的,那么全局异质性应该与位点特异性信息一致。对于核心岩藻糖基化IgG和携带简单 N糖的人胎球蛋白,位点特异性糖基化完美地解释了整体异质性。然而,最近对高度分支和唾液酸化的 rhEPO 和 S-RBD 的研究表明,糖基分支上唾液酸化打破了native MS 和糖蛋白组学数据之间的这种相关性。因此,这些情况表明唾液酸化并非完全独立于所有糖基化位点。  3、破译N聚糖生物合成途径 监测N-聚糖宏观和微观异质性提供了对其生物合成途径的见解。N-聚糖分支由一系列N-乙酰胺基葡萄糖转移酶催化,它们将单糖依次连接到糖基的不同分支上。对敲除了个别N-乙酰胺基葡萄糖转移酶基因的细胞表达的糖蛋白进行分析,可以揭示糖基的生物合成偏好。除了N聚糖的分支合成以外,岩藻糖基化过程也可以通过native MS揭示。人类AGP最多能携带11个岩藻糖, 用连续的外切糖苷酶消化和native MS来区分 AGP 上的核心和分支岩藻糖基化N-聚糖,揭示了岩藻糖基化在完整糖蛋白水平上的联系和化学计量(图3)。  图3 (a)人AGP结构。(b)外切糖苷酶处理可区分AGP上N糖的核心和分支岩藻糖基化。(c) 外糖苷酶消化的AGP的native MS揭示了在完整糖蛋白水平上岩藻糖基化的联系和化学计量学。  四、将糖的异质性与糖蛋白相互作用联系起来  通过保留完整的蛋白质与配体/药物的复合物,nMS 为蛋白质相互作用的化学计量和动力学提供了信息。AGP 与抗凝药物华法林的研究表明,单岩藻糖基化可减弱蛋白质-药物相互作用(图4)。  图4 (a)人 AGP在其疏水袋中特异性结合抗凝药物(华法林)。 (b) 将 AGP-华法林复合物的native MS绘制为华法林浓度的函数 (c)华法林浓度和与华法林结合的非岩藻糖基化AGP或单岩藻糖基化AGP的百分数的对应曲线。非岩藻糖基化为蓝色,单岩藻糖基化为红色。 (d) 不同糖型解离常数的比较表明,N-聚糖分支和岩藻糖基化降低了 AGP 对华法林的亲和力。  native MS的分辨率革命已经使糖组学、糖蛋白组学和top-down MS之间建立了联系,以揭示糖基的宏观异质性。未来,蛋白质糖基化的数学模型和多组学方法的整合将为我们理解“不可解析”的糖蛋白复合物提供新的思路。
  • 小编精选|大分子相互作用仪导购篇
    生物分子的活性功能是通过分子之间的相互作用来实现的,研究生物分子间的相互作用,可以从分子水平上了解生命现象,从而阐明生命活动的机理,发现生命的本质。大分子相互作用仪作为分子互作的重要研究工具,在生命科学、临床医学、食品安全、环境检测和药物筛选及相关药物动力学检测等研究中发挥了重要作用。随着检测分子间相互作用技术的迭代与创新,市面上出现了各种品牌型号的大分子相互作用仪,其技术原理主要包括表面等离子共振技术(SPR技术)、生物膜干涉技术(BLI技术)和微量热泳动技术(MST技术)等,那么如何挑选一款真正符合自己需要的大分子相互作用仪成为了一道难题,接下来,小编根据检测技术进行分类,遴选推荐一些靠谱品牌型号,以飨读者。首先是基于表面等离子共振(Surface Plasmon Resonance, SPR)技术研发的大分子相互作用仪。1.Biacore 8K/8K+生物分子相互作用分析系统▲Biacore 8K/8K+生物分子相互作用分析系统( 点击查看 )Cytiva(思拓凡)公司推出的Biacore 8K/8K+生物分子相互作用分析系统正是基于SPR技术研发的,该产品能够满足化药于生物新药的高通量筛选及表征,16组检测通道,8根进样针平行分析;高灵敏度,可用于小分子量样品、超低偶联和低浓度样品的分析检测;8K可实现60小时无人值守作业,8K+可实现72小时无人值守作业;4-40℃样品仓控温,支持96/384孔板。自1990年至今,Biacore经历了30多年的发展,已成为分子互作的“金标准”和基础科研及药物开发的工具。2.HORIBA OpenPlex表面等离子体共振成像仪▲HORIBA OpenPlex 表面等离子体共振成像仪( 点击查看 )法国HORIBA scientific公司将等离子体共振技术、成像技术和微阵列芯片技术进行结合,研发出一次能够获取百种生物分子相互作用的信息的HORIBA OpenPlex表面等离子体共振成像仪。该产品采用阵列式检测,突破了传统通道式测量的局限,特别适用于快筛及实时成像的应用需求。此外可实时监测相互作用并获得动力学参数。 外置部件选择性灵活,可选附件包括蠕动泵、注入系统、自动脱气装置等。3.多参数表面等离子体共振分析仪 MP-SPR 220A▲多参数表面等离子体共振分析仪 MP-SPR 220A( 点击查看 )芬兰BioNavis公司的多参数表面等离子共振技术MP-SPR起源于芬兰国家技术研究中心,该技术技术突破了传统SPR技术的局限性,它不仅测量分子间的相互作用,而且也测高性能金属,石墨烯等材料。MP-SPR 220A可用于检测埃米至微米厚的薄层间相互作用和结构信息,并且具有附加波长的选项。4.BI-4500 表面等离子体共振仪▲BI-4500 表面等离子体共振仪( 点击查看 )全新的BI-4500表面等离子体激元共振(SPR)仪具有多通道流动模式,有助于对固定量低和分子量小(100 Da)的分析物的精准检测。BI-4500配备了BI-DirectFlowTM (BI-直流技术) 后,将精确的进样和几近零扩散的传质过程结合起来用于快速动力学的研究并有效地消除各种表面现象的干扰。用户可机动灵活地选择多种巧具匠心的分析模块从事诸如生命科学、电化学、气相或液相传感等研究。5.SPRm 200表面等离子体共振显微镜▲SPRm 200表面等离子体共振显微镜( 点击查看 )美国Biosensing Instrument公司研发的细胞原位分子互作动态分析系统SPRm 200,巧妙地将表面等离子体共振技术和光学显微镜结合为一体。SPRm200无需对观察目标进行标记,可以实时定量的进行检测,并且可同时可视化观察细胞结构和局部结合活性。此外无需提取细胞膜蛋白,即可在正常活细胞状态下观察和测量药物和膜蛋白的实时相互作用。样本容量为384*2,具有5条通道,进样体积最低为1μL。6.便携式4通道SPR仪-P4SPR▲便携式 4通道SPR仪-P4SPR( 点击查看 )加拿大Affinité Instruments基于SPR技术开发出新一代非标记分子相互作用分析仪P4SPR,仪器小巧,易于携带,可在用于各种户外环境中的现场检测。适用于小分子化合物、核酸、多肽、蛋白、脂类、多糖、纳米颗粒、病毒、微生物、细胞等各种样品,可4通道同时检测,实时扣除背景,自动做重复,获得可信数据。10分钟验证是否结合,并且获得亲和力和结合/解离速率,此外还可与其它仪器(HPLC,MS等)联合使用。7.Inter-Bio英柏表面等离子共振检测仪MI-S200▲Inter-Bio 英柏表面 等离子共振检测仪MI-S200( 点击查看 )北京英柏生物科技有限公司基于SPR技术研发的表面等离子共振检测仪MI-S200,荣获2019年度中国分析测试协会科学技术奖BCEIA金奖。MI-S200能够在各种条件下通过实时监控分子之间相互作用的全过程,从而获取结合解离动力学的过程和相关的结合解离常数等重要数据。该产品具有高灵敏度的柱面一体式传感器,自主研发的中英文控制及数据分析软件,支持个性化定制实验流程。8.表面等离子体共振仪SPR▲表面等离子体共振仪 SPR( 点击查看 )KEI公司成立于2012年,专注于设计并制造SPR 仪器和软件,并将其与分子间相互作用的电化学表征 (ESPR) 相结合。KEI 公司的表面等离子体共振仪SPR采用变化频率为76Hz的扫描镜改变入射光角度的方法,使光线产生4000m°的变化范围,另外配备分辨率达0.05 m°的检测器,提供更精确的测量结果。偏移角可以通过旋转手柄实现手动调节,以获得最广的动态角度范围。KEI SPR 采用开放式设计,可连接到任何其他恒电位仪/恒电流仪,同时采用进样针进样,对管道和样品无污染。其次是基于生物膜干涉(Bio-Layer Interferometry, BLI)研发的生物分子相互作用仪器。9.赛多利斯OctetR8生物分子相互作用分析系统▲赛多利斯 OctetR8 生物分子相互作用分析系统(点击查看)赛多利斯基于BLI技术研发的OctetR8生物分子相互作用分析系统,在基础研究、生物制药发现与开发、药物质量控制等应用中展现更高的灵活性,并实现更广的功能性。进行定量分析,使用浸入即读TM的生物传感器提供实时的结合常数ka、解离常数kd以及亲和力常数KD。亲和力检测范围更广,从mM(毫摩尔)至pM(皮摩尔),可实现从片段、小分子、核酸、蛋白,到病毒、细菌、细胞等各类生物分子亲和力的检测。没有液流系统,不存在堵塞风险,即可即用,无需对仪器进行清洗和复杂维护,大大降低维护成本。兼容粗提样本,无需进行样品预处理(如纯化、标记等)。近年来,基于微量热泳动(MicroScale Thermophoresis, MST)技术开发的大分子相互作用仪也开始纷纷亮相。10.NanoTemper 新一代生物分子互作检测仪 Monolith▲NanoTemper 新一代生物分子互作检测仪 Monolith( 点击查看 )德国 NanoTemper 公司于2020年推出的新一代生物分子互作检测仪Monolith系列,提供更加简捷、快速并精准分析生物分子相互作用的分析方法。新一代Monolith系列是基于MST技术研发的新平台,能够实现24个样品的同时检测,精确的温度控制(20-40 °C +/-0.5 °C),具备灵活的检测方式,根据样品随意切换检测灵敏度,仅微量样品,即可在溶液中直接测定,无需固定,速度快,10分钟之内即可获得亲和力数据。随着科学技术发展,涌现了一系列新技术,比如光栅耦合干涉(GCI)技术、组分-梯度多角度光散射(CG-MALLS)技术和微流控扩散测量(MDS)技术等。近年来,基于这些新技术原理开发的大分子相互作用仪纷纷崭露头角,或能成为市场“黑马”。11. Creoptix分子相互作用仪 WAVE delta▲Creoptix 分子相互作用仪 WAVE delta( 点击查看 )Creoptix(瑞士)公司基于光栅耦合干涉技术(Grating-Coupled Interferometry , GCI)搭配微流体独特设计和Google公司研发的自动化软件研发出WAVE分子间相互检测系统,突破了SPR技术的局限性,Creoptix WAVE 系统产生的消逝波(evanescent field)仅在芯片表面与样品溶液接触,并且延长了其与样品相互作用的长度,以确保更低的信噪比(0.015pg/mm2)。凭借WAVE的低检测限,可轻松获取无标记互作分子高精度的动力学速率,亲和常数及浓度数据。即使检测丰度较低的样品,仍可确保数据不失真。兼容48,96,384板任意组合,120h无人值守运行。12.Calypso生物大分子相互作用分析仪▲Calypso 生物大分子相互作用分析仪( 点击查看 )美国Calypso是一个以组分-梯度多角度光散射(CG-MALLS)为基础的生物大分子间相互作用分析系统,可以快速、自动、无损、定量的表征大分子间的相互作用,具有重复性高、灵敏度高及无需样品修饰等诸多优点。Calypso分析系统无需对样品进行修饰(荧光标记、固定化等),且在溶液环境中测量,因此可以最大程度的保证样品的天然状态,得到最真实的结果,样品方便回收。该产品不仅具备智能化配样,消除了手动配样时的误差问题,而且具有快速的测定时间,半小时即可测得实验结果。13. fluidity one-W微流控扩散测量仪▲fluidity one-W 微流控扩 散测量仪( 点击查看 )Fluidity One-W是Fluidic Analytics公司开发的第二款产品,于2019年11月18日发布。基于微流控扩散测量(MDS)技术开发的全新技术平台,能够在溶液中、在天然状态下分析蛋白质的相互作用,不需要通过结合表面、基质或电离。Fluidity One-W测量的流体动力学半径可用于分析蛋白质复合物的结合比例,能够为疾病诊断、治疗开发和个人健康领域的研究提供很大的帮助。技术参数:测量范围(流体动力学半径)0.7-20nm范围(分子量)0.5kDa-14MDa精度±10%准确度CV10%灵敏度1nM Alexa Fluor™ 488运行参数上样量5μL运行时间小分子量蛋白质和多肽-8分钟大分子蛋白质-14分钟适用缓冲液兼容纯缓冲液以及溶菌物原液试剂盒运行容量96尺寸40*40*43cm检测方式荧光适合标记物GFP,EITC,Alexa Fluor™ 488及同等产品 以上,就是小编为大家整理的大分子相互作用仪选型推荐相关内容,更多仪器,请点击进入“大分子相互作用仪”专场。 找靠谱仪器,就上仪器信息网【选仪器】栏目。它是科学仪器行业专业导购平台,旨在帮助仪器用户快速找到需要的仪器设备。栏目囊括了分析仪器、实验室设备、生命科学仪器、物性测试仪器、光学仪器及设备等14大类仪器,1000余个仪器品类。
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