Nature子刊：测序分析进入新阶段

　　高通量测序平台产生的读取数据大多比较短，容易丧失遗传学变异的相位信息，但有时候了解这样的信息是至关重要的。怎样才能拼接好这些短序列呢?这是测序分析进入的一个新阶段。

　　定相(Phasing)分析旨在确定测序读取彼此是如何连接的。对于人们广泛使用的短读取测序而言，定相分析一直比较困难。一般的定相方法依赖于计算机模拟，主要是与大型数据库或者参考基因组进行比较。也有一些新的高通量测序技术，尝试将单分子分配到标有条码的孔中。不过这些方法都存在这样或那样的缺陷。

　　瑞典皇家理工学院的Afshin Ahmadian带领研究团队开发了一种新的定相技术。他们开发了包括微珠和条码寡核苷酸的乳化PCR系统，通过单分子测序实现可靠的相位分析。这项研究发表在近期的Nature Communications杂志上。

　　乳化PCR(emulsion PCR)是一种在乳化溶液中进行的高通量PCR技术。该技术主要是把水相PCR溶液与油混合，建立微小的悬浮水滴乳液。每个液滴都是一个PCR“反应器”，可以实现平行的多重反应体系。

　　研究人员构建了一个连有微珠的引物文库，微珠上标记了条码序列。随后他们把微珠和单分子DNA放在一起，让目标序列与条码相连。“条码可以帮助我们确定一段序列是处于上游还是下游，”文章共同作者，David Redin说。

　　研究人员在四种已知基因组的细菌混合物和真实生物学样本中，验证了这一技术的有效性。研究表明，该技术用于短读取的测序平台，可以帮助人们研究复杂的样本，不损失长DNA的相位信息。

　　虽然乳化PCR需要一些经验和技巧，对初学者来说有一定的挑战。但这是一种比长读取测序还要精确的高通量技术，能够真正达到单分子分辨率，而且不受样品复杂性的影响。这一技术能够准确检测高度类似的序列区域，比如不同细菌的rRNA。