DS3000应用|微卫星不稳定性(MSI)分析在一胰腺癌切除术临床案例术后长期肿瘤基因型追踪分析中的应用

使用了DS3000 Compact CE Sequencer的短DNA的读取精度的提高

在Sanger测序中，时有在开始读取的区域中无法获得峰波形，或者出现读取错误的情况。这是由于填充在毛细管中的电泳介质 (聚合物) 有无法正确检测，分离短DNA的情况。此实验是使用DS3000 Compact CE Sequencer，提高了开始读取区域的数据质量1的示例。为了改善，使用了加尾引物。尾部是添加到测序引物5’末端的任意碱基序列。由于尾部可延长反应产物，因此可通过电泳分离。当添加40个碱基至尾部时，可从测序引物的3’末端下游第1个碱基的DNA开始无错误地读取。另一方面，显示出读取碱基的长度缩短了相当于尾部的长度。在添加尾部时，请参考本报告，事先确认必要的分析区间。

使用DS3000 Compact CE Sequencer的GC-rich序列的解析实例

富含鸟嘌呤 (G) 与胞嘧啶 (C) 的序列 (GC-rich序列) 通常多出现在转录调控区域等的基因 组上功能重要的位置。在GC-rich序列中，时有发生聚合酶的延伸反应被阻碍，而在PCR与循环测序反应中，导致无法获得目标产物的情况。可以考虑到的原因是由于鸟嘌呤-胞嘧啶形成比腺嘌呤-胸腺嘧啶更稳定的碱基对，所以双链DNA不能很好地被解链。因此，可添加促进DNA解链的添加剂 (PCR添加剂)。代表性的PCR添加剂有甲酰胺 (FA) 与甜菜碱 。 在此实验中，使用GC-rich序列，针对FA与甜菜碱的浓度及添加时间进行了研究。结果是，通过添加PCR添加剂，即使在GC含量高于70%的情况下，也可获得PCR产物。另一方面，在循环测序中如果添加PCR添加剂，不仅会降低信号强度，还会在波形数据中混入干扰峰，碱基的错误读取 (读取错误) 也有所增加。

使用DS3000 Compact CE Sequencer新功能进行SNaPshot TM分析

DS3000 Compact CE Sequencer(DS3000)已添加新功能。 使用新型DS3000，可以单 独设定用于分析的荧光染料和Size Standard Protocol，并可以使用更多种试剂盒。 为了验证新功能，使用旧型DS3000不支持的的荧光染料组合，实施SNaPshotTM (Thermo Fisher Scientific)。 SNaPshotTM是一种利用单碱基的延伸反应，同时鉴定与引物邻接的碱基的技术。 通过改变各反应产物的泳动速度，可以同时检测多个SNP。 在本次实验中，利用DS3000的新功能，可一次性检测了6个SNP。

DS3000 Compact CE Sequencer上GlobalFiler TM Express PCR Amplification Kit的性能

GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit (Applied BiosystemsTM)是常用于DNA分析的试剂包之一，可通过单一/多重PCR扩增包括European Standard Set和CODIS (Combined DNA Index System) 推荐的基因座集的24个标记。本报告检测出从DS3000 Compact CE Sequencer上的GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit中获得的样 品的数据质量。通过分析灵敏度、精度、重复性，得出了DS3000 Compact CE Sequencer的性能满足使用GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit实现DNA分析的结论。