2023-10-19 16:16
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日立-基因测序仪/基因分析仪-DS3000
型号: DS3000
产地:
品牌: 日立
¥ 50万 - 100万
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在Sanger测序中,时有在开始读取的区域中无法获得峰波形,或者出现读取错误的情况。这是由于填充在毛细管中的电泳介质 (聚合物) 有无法正确检测,分离短DNA的情况。此实验是使用DS3000 Compact CE Sequencer,提高了开始读取区域的数据质量1的示例。为了改善,使用了加尾引物。尾部是添加到测序引物5’末端的任意碱基序列。由于尾部可延长反应产物,因此可通过电泳分离。当添加40个碱基至尾部时,可从测序引物的3’末端下游第1个碱基的DNA开始无错误地读取。另一方面,显示出读取碱基的长度缩短了相当于尾部的长度。在添加尾部时,请参考本报告,事先确认必要的分析区间。
DS3000 Compact CE Sequencer(DS3000)已添加新功能。 使用新型DS3000,可以单 独设定用于分析的荧光染料和Size Standard Protocol,并可以使用更多种试剂盒。 为了验证新功能,使用旧型DS3000不支持的的荧光染料组合,实施SNaPshotTM (Thermo Fisher Scientific)。 SNaPshotTM是一种利用单碱基的延伸反应,同时鉴定与引物邻接的碱基的技术。 通过改变各反应产物的泳动速度,可以同时检测多个SNP。 在本次实验中,利用DS3000的新功能,可一次性检测了6个SNP。
GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit (Applied BiosystemsTM)是常用于DNA分析的试剂包之一,可通过单一/多重PCR扩增包括European Standard Set和CODIS (Combined DNA Index System) 推荐的基因座集的24个标记。本报告检测出从DS3000 Compact CE Sequencer上的GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit中获得的样 品的数据质量。通过分析灵敏度、精度、重复性,得出了DS3000 Compact CE Sequencer的性能满足使用GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit实现DNA分析的结论。
在下一代测序分析中检测出的基因组上的突变(以下简称NGS),由于分析的简便性,通过Sanger测序可以检测出来(参考文献(1)。在此,介绍用 DS3000 Compact CE Sequencer以下简称DS3000)、进行NGS变体分析的实例。最初,通过从人类结肠癌细胞株(HCT116)中提取的基因组DNA,对12个单碱基替换进行了分析。DS3000的碱基识别程序可以检测出所有单碱基替换。此外,通过用Mutation Surveyor ver. 5.1.2, SoftGenetics公司)分析在DS3000中获取的波形数据,可以检测出突变率的定量、碱基的插入或缺失。 本仪器是研究专用仪器,并未获得基于药事法的医疗仪器的认证。因此,此仪器不可用于诊断。