DS3000 Compact CE Sequencer上GlobalFiler TM Express PCR Amplification Kit的性能

使用了DS3000 Compact CE Sequencer的短DNA的读取精度的提高

在Sanger测序中，时有在开始读取的区域中无法获得峰波形，或者出现读取错误的情况。这是由于填充在毛细管中的电泳介质 (聚合物) 有无法正确检测，分离短DNA的情况。此实验是使用DS3000 Compact CE Sequencer，提高了开始读取区域的数据质量1的示例。为了改善，使用了加尾引物。尾部是添加到测序引物5’末端的任意碱基序列。由于尾部可延长反应产物，因此可通过电泳分离。当添加40个碱基至尾部时，可从测序引物的3’末端下游第1个碱基的DNA开始无错误地读取。另一方面，显示出读取碱基的长度缩短了相当于尾部的长度。在添加尾部时，请参考本报告，事先确认必要的分析区间。

使用DS3000 Compact CE Sequencer的GC-rich序列的解析实例

富含鸟嘌呤 (G) 与胞嘧啶 (C) 的序列 (GC-rich序列) 通常多出现在转录调控区域等的基因 组上功能重要的位置。在GC-rich序列中，时有发生聚合酶的延伸反应被阻碍，而在PCR与循环测序反应中，导致无法获得目标产物的情况。可以考虑到的原因是由于鸟嘌呤-胞嘧啶形成比腺嘌呤-胸腺嘧啶更稳定的碱基对，所以双链DNA不能很好地被解链。因此，可添加促进DNA解链的添加剂 (PCR添加剂)。代表性的PCR添加剂有甲酰胺 (FA) 与甜菜碱 。 在此实验中，使用GC-rich序列，针对FA与甜菜碱的浓度及添加时间进行了研究。结果是，通过添加PCR添加剂，即使在GC含量高于70%的情况下，也可获得PCR产物。另一方面，在循环测序中如果添加PCR添加剂，不仅会降低信号强度，还会在波形数据中混入干扰峰，碱基的错误读取 (读取错误) 也有所增加。

使用DS3000 Compact CE Sequencer新功能进行SNaPshot TM分析

DS3000 Compact CE Sequencer(DS3000)已添加新功能。 使用新型DS3000，可以单 独设定用于分析的荧光染料和Size Standard Protocol，并可以使用更多种试剂盒。 为了验证新功能，使用旧型DS3000不支持的的荧光染料组合，实施SNaPshotTM (Thermo Fisher Scientific)。 SNaPshotTM是一种利用单碱基的延伸反应，同时鉴定与引物邻接的碱基的技术。 通过改变各反应产物的泳动速度，可以同时检测多个SNP。 在本次实验中，利用DS3000的新功能，可一次性检测了6个SNP。

用DS3000 Compact CE Sequencer 检查下一代测序分析数据

在下一代测序分析中检测出的基因组上的突变（以下简称NGS），由于分析的简便性，通过Sanger测序可以检测出来（参考文献（1）。在此，介绍用 DS3000 Compact CE Sequencer以下简称DS3000）、进行NGS变体分析的实例。最初，通过从人类结肠癌细胞株（HCT116）中提取的基因组DNA，对12个单碱基替换进行了分析。DS3000的碱基识别程序可以检测出所有单碱基替换。此外，通过用Mutation Surveyor ver. 5.1.2, SoftGenetics公司）分析在DS3000中获取的波形数据，可以检测出突变率的定量、碱基的插入或缺失。 本仪器是研究专用仪器，并未获得基于药事法的医疗仪器的认证。因此，此仪器不可用于诊断。