2023-10-19 16:18
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日立-基因测序仪/基因分析仪-DS3000
型号: DS3000
产地:
品牌: 日立
¥ 50万 - 100万
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富含鸟嘌呤 (G) 与胞嘧啶 (C) 的序列 (GC-rich序列) 通常多出现在转录调控区域等的基因 组上功能重要的位置。在GC-rich序列中,时有发生聚合酶的延伸反应被阻碍,而在PCR与循环测序反应中,导致无法获得目标产物的情况。可以考虑到的原因是由于鸟嘌呤-胞嘧啶形成比腺嘌呤-胸腺嘧啶更稳定的碱基对,所以双链DNA不能很好地被解链。因此,可添加促进DNA解链的添加剂 (PCR添加剂)。代表性的PCR添加剂有甲酰胺 (FA) 与甜菜碱 。 在此实验中,使用GC-rich序列,针对FA与甜菜碱的浓度及添加时间进行了研究。结果是,通过添加PCR添加剂,即使在GC含量高于70%的情况下,也可获得PCR产物。另一方面,在循环测序中如果添加PCR添加剂,不仅会降低信号强度,还会在波形数据中混入干扰峰,碱基的错误读取 (读取错误) 也有所增加。
DS3000 Compact CE Sequencer(DS3000)已添加新功能。 使用新型DS3000,可以单 独设定用于分析的荧光染料和Size Standard Protocol,并可以使用更多种试剂盒。 为了验证新功能,使用旧型DS3000不支持的的荧光染料组合,实施SNaPshotTM (Thermo Fisher Scientific)。 SNaPshotTM是一种利用单碱基的延伸反应,同时鉴定与引物邻接的碱基的技术。 通过改变各反应产物的泳动速度,可以同时检测多个SNP。 在本次实验中,利用DS3000的新功能,可一次性检测了6个SNP。
GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit (Applied BiosystemsTM)是常用于DNA分析的试剂包之一,可通过单一/多重PCR扩增包括European Standard Set和CODIS (Combined DNA Index System) 推荐的基因座集的24个标记。本报告检测出从DS3000 Compact CE Sequencer上的GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit中获得的样 品的数据质量。通过分析灵敏度、精度、重复性,得出了DS3000 Compact CE Sequencer的性能满足使用GlobalFilerTM Express PCR Amplification Kit实现DNA分析的结论。
在下一代测序分析中检测出的基因组上的突变(以下简称NGS),由于分析的简便性,通过Sanger测序可以检测出来(参考文献(1)。在此,介绍用 DS3000 Compact CE Sequencer以下简称DS3000)、进行NGS变体分析的实例。最初,通过从人类结肠癌细胞株(HCT116)中提取的基因组DNA,对12个单碱基替换进行了分析。DS3000的碱基识别程序可以检测出所有单碱基替换。此外,通过用Mutation Surveyor ver. 5.1.2, SoftGenetics公司)分析在DS3000中获取的波形数据,可以检测出突变率的定量、碱基的插入或缺失。 本仪器是研究专用仪器,并未获得基于药事法的医疗仪器的认证。因此,此仪器不可用于诊断。