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结构相关的耗材

  • 微结构加工服务 激光微加工 微结构激光刻蚀
    上海屹持光电技术有限公司专业提供各种微纳结构加工服务典型案例: FIB加工微纳结构 紫外光刻微纳结构单晶硅反应离子刻蚀图片 ICP刻蚀微纳结构纳米压印点线图微流控细胞打印EBL 刻写微纳阵列FIB用于器件电极沉积激光直写图案激光直写器件微纳结构加工主要设备1,电子束曝光系统;2,聚焦离子束/ 扫描电子显微镜双束系统;3,双面对准接触式紫外光刻机;4,单面对准紫外光刻机;5,金属高密度等离子体刻蚀机;6,硅刻蚀高密度等离子体刻蚀机;7,反应等离子体刻蚀机;8,纳米压印机。
  • 不分流衬管,鹅颈结构
    5支装,硅烷化去活,不分流衬管,鹅颈结构,99 mm × 5.0 mm × 3.4 mm(L × O.D. × I.D.),适用于Shimadzu (14, 15A, and 16)及 SPL-14 进样头
  • 不分流衬管,PTV专用,鹅颈结构
    5支装,硅烷化去活,不分流衬管,PTV专用,鹅颈结构,88 mm × 2.0 mm × 1.0 mm(L × O.D. × I.D.),适用于PerkinElmer PTV Injector

结构相关的仪器

  • 别墅改造加固施工工艺 现浇工艺: 根据现场结构设计图、弹线定位、开槽、制模、钻孔、洗孔、钢筋处理、植筋、固化养护、抗拉力试验、绑钢筋、浇筑混凝土。 1、根据现场拟定结构设计图---根据现场实际情况,结合原始结构设计图,专业的设计出适合与每个户型的现浇平面设计图及钢筋配置图。 2、弹线定位的目的是,确定施工的完成高度与内空高度,一般选择现在的水平仪,或水平管确定水平基础线,再根据水平基础线,以墨斗+卷尺放画出施工所需求的基准线。 3、开槽,因为要与原始的墙体进行完美的结构性结合,必须将原墙上的沙灰保护层凿掉,隐约能见到原始钢筋为佳,使其新生混泥土能与原始混泥土进行结合。 4、制模,制模是现浇混泥土的技术性的第一个关隘,它能确定整个完成的平整度,美观度。 5、钻孔,钻孔是现浇施工的核心技术之一,简单两个字却能确定现浇工程的牢固性,与抗震能力。 6、洗孔,用专业的工具将孔清洗干净后方能进行植筋。 7、植筋,植筋是现浇工程的核心体现的关键,植筋能决定该项目的质量合格标准,标准现浇质检技术中有一项叫做“抗拉力试验”或“钢筋抗拔试验”合格的钢筋植入原墙,必须接受22千牛以上的拉力试验。 8、固化养护,钢筋植好后必须等植筋胶完全凝固后方能进行拉拔试验,否则会影响结构性。 9、绑扎钢筋,必须拉拔试验质检合格后方能进行钢筋绑扎,或下一步工序。 10、浇筑混泥土,严格按照国家要求配比,进行现场浇筑。地基如何处理防潮做法: 如为混凝土结构,即可起到自防潮作用,不必再作防潮处理;如为砖砌体结构,墙基应设置防水砂浆防潮层。防水做法: 可采用防水混凝土、卷材防水、涂料防水,以及水泥砂浆等对地基做防水处理。农村房屋建成后必须做散水,以防地面水灌入地基。防蚁做法: 墙外基础沟和室内地基回填土前,对残留未经清理或现浇混凝土结构之后无法拆除的木模板,以及含纤维类杂物的基础沟,应喷浇药液。墙外基础沟回填土后(填平未经夯实),在沿外墙面50cm宽度范围内喷浇药液。防鼠做法: 深挖地基,如果地基太浅,老鼠会从地基之下打洞而过;墙体如果是砖的,即使再严密,也难免有缝隙。因此,地基最好是建造成混凝土结构。封好建筑物地基或外墙的裂缝和洞,对地平面以下的破裂地基及时修补。烟台、威海、青岛别墅扩建,公司提供设计、安装制作、施工全流程服务专业团队,免费上门测量设计、施工、安装,详情咨询—全网搜《烟台房工》烟台银光工程公司主营业务:混凝土楼板工程,钢结构隔层工程,防水工程,保温工程,建筑加固工程,房屋加建工程,楼梯改造工程,二次结构改造工程烟台别墅住宅房屋改造,别墅改建扩建,别墅土建现浇混凝土,别墅加建,别墅加层,别墅地下室改造扩建挖建,别墅阁楼搭建加层,别墅现浇混凝土烟台阳台露台加建扩建,现浇楼板,楼顶加层加建,基础结构改造,屋顶防水,屋顶保温,烟台钢结构楼梯制作,钢结构楼板,钢结构二层夹层搭建,厂房写字楼钢结构二层隔层,公寓商铺夹层施工,钢结构阁楼制作烟台混凝土墙切割加固,楼板拆除加固,建筑物及构筑物拆除,墙体开洞加固,混凝土切割,烟台建筑体、土建、楼房、平房、民房、别墅、厂房、地下室、新建、重建、翻新、加建、加固、房屋改造增层搭建工程。公司专业团队,免费上门测量设计、施工、安装,全流程贴心服务,我们不做非标工程,不用非标不合格钢筋水泥,只做合格优质工程。详情点击本网站联系方式咨询或全网搜《烟台房工》也会找到我们
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  • 结构疲劳是指在交变载荷作用下结构中裂纹的形成过程。  疲劳和断裂往往结合在一起,不能截然分开,断裂主要指裂纹的扩散过程。疲劳研究包括疲劳分析和疲劳试验两个方面,主要内容是,交变载荷作用下结构中裂纹形成、扩展的规律,带裂纹结构的残余强度,估计结构寿命和设计延长寿命的方法。开创疲劳研究的是德国的A.沃勒,他在19世纪五六十年代早得到表征疲劳性能的S-N曲线,并提出疲劳极限的概念。  根据标准规范对结构进行疲劳分析时,一般包括以下五个方面:  1、疲劳载荷的确定  结构所承受的载荷可以分为三种:  基本载荷,主要指设备在正常工作情况下通常出现的载荷(如结构自重、物料载荷、永久性动载等)   附加载荷,主要指设备运行或停止时可能断续出现的载荷(如设备工作风载、摩擦阻力、运行阻力、非永久性动载等)   特殊载荷,是指在设备工作和非工作状态时不应产生,但又无法避免的载荷(如非工作风载、结构碰撞、地震载荷等)。  疲劳计算时只需考虑基本载荷,而且对于物料载荷或其它的基本载荷,有的标准规范中还规定了疲劳计算时载荷的缩小系数。  2、循环次数的确定  同一结构,所考虑的疲劳载荷不同时,其循环次数也不尽相同,这主要是因为不同的疲劳载荷产生的原因是不同的。例如,对于堆取料机来说,考虑物料载荷的扰动影响时是指传送皮带上物料的有无 而考虑永久性动载的扰动影响时则是指设备在工作过程中的正常启、制动,即便是同一结构的同一载荷,针对不同的工作工艺流程,其循环次数也是不同的。所以,设备的工作工艺流程是不同载荷循环次数计算的决定性因素。当载荷的循环次数确定后,首先应该判断其对结构的循环扰动作用是否足够多,当循环次数N≤103(104)(低周疲劳)时,无需对结构进行疲劳校核。  3、构件焊接形式的选择  工程中的钢结构多为焊接结构,构件的疲劳强度除取决于结构使用的材料外,还与接头的形状和制造方法密切相关。被连接件的形状和连接方法会影响到应力集中的形成,从而使构件的疲劳强度大为降低。不同的标准规范在经过大量试验的前提下,给出了针对不同的焊接接头形式的构件疲劳强度(如图1,为AS4100-1998标准中所列举的针对载荷循环次数为2×106构件的焊接形式及其许用应力幅值,左边的数字便为其疲劳强度值,单位为MPa)。因此,如何根据结构的实际焊接形式恰当地对照标准中的焊接类型来确定结构具体部分的疲劳强度值,也需要一定经验的积累。  图1 构件不同焊接形式的疲劳强度  4、有限元计算时应力的取值  结构按不同计算工况用有限软件计算完毕后,在后处理中可以选择的应力有很多种,究竟以哪种应力作为疲劳强度校核时的参考应力很值得探讨。在美国钢结构设计规范中明确提出,对于整个应力范围内全部承受压应力的结构,无需考虑结构的疲劳强度,因为这种情况下裂纹不会扩展出焊缝残余拉应力以外的范围。由此,应力的取值应该区分出正负值,所以原则上来说,针对不同的结构部位,只有主应力才能够严格地区分出结构局部承受的应力是拉应力还是压应力。按板壳单元计算结构的应力时,还有点的应力应该取值于板的顶面、中位面还是底面的问题。由于板壳的同一点在同一工况下当其在顶面上表现拉应力时,而底面上则可能表现为压应力,所以对于同一点,校核其疲劳强度时,该点的大应力及小应力值的取面应该保持一致。  5、许用疲劳应力的确定  就目前不同的设计标准规范来说,疲劳计算常用方法可分为两种:  应力比法,一般无较大残余应力的结构,如已消除残余应力的焊接结构或用螺栓、铆钉等连接的非焊接结构,适合用应力比法确定其疲劳特性(目前采用应力比法的有GB3811、ISO5049、FEM、DIN、BS等规范)。  应力幅法,对有较大焊接残余应力、较多焊接初始缺陷的焊接结构,应力幅法比应力比法更能反映其疲劳的实际状态(目前采用应力幅法的有GB50017、AS、AISC等规范)。  由二者的名称,可以明显看出其区别所在,应力比法疲劳强度确定的关键是结构某点小主应力与大主应力的比值 而应力幅法疲劳强度确定的关键是结构某点大主应力与小主应力的差值。采用应力比法确定结构疲劳强度具有代表性的标准是FEM起重机设计规范和ISO5049移动式连续散料搬运设备钢结构设计规范 而采用应力幅法确定其疲劳强度具有代表性的标准是AS4100-1998和GB50017-2003钢结构设计规范。
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  • 结构体共振 400-860-5168转1451
    结构体共振PASCO的结构体系统能完美地展示复杂系统的共振现象。塑料材质的"I"型梁能清晰地显示两种不同的弯曲瞬间,也可以连接在一起构成多种多样的结构。 这个建筑物框架由包含平面单元的高级结构装置组成。额外质量可以加到泡沫芯层(未包括在内)。 振动塔 75 cm 高。 组合的I型梁1.2 m高 长的塑料&ldquo I&rdquo 型梁由来自高级结构装置的组件建成。它是由机械波驱动器SF-9324来驱动,以及由函数发生器PI-8127 来显示三个最低的谐波。由一个5N称重传感器测量加速度把称重传感器的一端连接到结构体,在另一端附加质量。结构体振动时其加速度被实时测量。 设备如下所示: 高级结构装置 ME-6992B 函数发生器 PI-8127 机械波驱动器 SF-9324 大型号有沟槽质量装置 ME-7566 5N称重传感器 PS-2201 45cm 不锈钢棒 ME-8736 大型号杆基座 ME-8735
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  • 【资料】苯的结构

    苯是有机化学工业基本原料之一,是在1825年由英国物理学家和化学家法拉第(Michael Faraday,1791-1867)通过分离煤焦油而首先发现的。1834年,德国科学家E• F• 米希尔里希(Mitscherlich,1794-1863)将此液体命名为苯。随后,苯的分子量和分子式也由化学家相继确定,但是如何确定苯的结构式却成了一个难题。  德国化学家凯库勒(Friedrich August Kekule,1829-1896)是一位极富想象力的学者,他曾提出了碳原子四价学说和碳原子之间可以相连成-C-C-链状结构这一重要学说。在此基础上,于1865年,他提出了苯的环状结构学说,他认为苯的结构可想象为6个链形碳原子闭合而成。他在提出了多种开链式结构而又因其与实验结果不符而被一一否定之后,终于悟出闭合链的形式是解决苯分子结构的关键,他先以(Ⅰ)式表示苯结构,1866年他又提出了(Ⅱ)式,后简化为(Ⅲ)式(图2),也就是我们现在所说的凯库勒式,由此确定了苯的结构。  苯的结构理论的确立,促进了近代结构理论的发展,对有机化学的贡献是巨大的。

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  • 颜宁等点评:AI 精准预测蛋白质结构,结构生物学何去何从?
    p style="text-indent: 2em "12 月 1 日,谷歌旗下的 DeepMind 公司宣布,其strong新一代 AlphaFold 人工智能系统/strong在国际蛋白质结构预测竞赛(CASP)上击败了其余的参会选手,strong精确预测了蛋白质的三维结构/strong,strong准确性可与冷冻电子显微镜(cryo-EM)、核磁共振或 X 射线晶体学等实验技术相媲美。/strong/ppbr//pp style="text-indent: 2em "(详见《解决生物学 50 年来的重大挑战!生物界「AlphaGo」精准预测蛋白质结构》)这一消息引发了全球媒体关注,前 Genentech 首席执行官 Arthur D. Levinson 博士盛赞这一成就是strong「划时代的进步」/strong。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "人工智能的「进击」对生物学、对其他学科会有什么影响?网络上有人提出:strongAI 都能解蛋白质结构了,结构生物学家是不是该失业了?/strong/ppbr//pp style="text-indent: 2em "《返朴》总编、结构生物学家颜宁特邀几位同仁对这一新闻各抒己见, 回答大家的疑问。/pp style="text-align: center text-indent: 2em "img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 558px height: 618px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/73bb911a-86ca-490b-a90a-f01fb76aa418.jpg" title="微信图片_20201204191414.jpg" alt="微信图片_20201204191414.jpg" width="558" height="618"//pp style="text-align: center text-indent: 2em "span style="font-size: 12px "by Asier Sanz | https://asiersanz.com//span/ppbr//pp style="text-align: center text-indent: 2em "strongAlphaFold2 是个大突破,但我们还有努力的方向/strong/ppbr//pp style="text-align: center text-indent: 2em "张阳/pp style="text-align: center text-indent: 2em "(ITASSER 创造者,美国密歇根大学教授)/ppbr//pp style="text-indent: 2em "AlphaFold2 显然是蛋白质结构预测领域的重大突破。这可能是从 1969 年第一篇 Journal of Molecular Biology 用比较建模方法预测蛋白质结构发表 51 年以来最大的突破。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "这个领域过去 20 年来,进展一直比较缓慢,但最近几年,随着共同进化、接触图预测以及引入深度学习之后,很多软件,比如 I-TASSER 和 Rosetta 等,都有了很大进步。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "就 I-TASSER 来讲,两年前在第 13 届 CASP(CASP13)时,它能够正确预测的非同源蛋白数目比其六年前在 CASP11 上提高了 5 倍。这次 CASP14 也比 CASP13 的预测能力提高了很多。但 AlphaFold2 这次比上次进步更大,和两年前的上一个版本相比, AlphaFold2 的主要变化是直接训练蛋白质结构的原子坐标,而不是用以往常用的、简化了的原子间距或者接触图。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "传统上,蛋白质结构预测可以分成基于模板和从头预测,但是 AlphaFold2 只用同一种方法 —— 机器学习,对几乎所有的蛋白质都预测出了正确的拓扑学的结构,其中有大约 2/3 的蛋白质预测精度达到了结构生物学实验的测量精度。这说明,至少是在单结构域的蛋白结构,他们接近解决了这个问题。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "谷歌这次为什么能够取得如此大的成功?/ppbr//pp style="text-indent: 2em "这首先与它们拥有强大的人力和计算资源有关。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "计算机上,他们使用 TPU(据他们的宣传是比 GPU 快 15 倍),学术界的实验室只有 CPU 或者 GPU,而很多实验室都还没有 GPU。他们对媒体宣传中说 Alphafold2 最后只用相当于 100 个 GPU 的资源训练了两周就产生了最后的模型,学界大多数实验室都可以做到,这是不客观的。因为产生一个新的想法,到训练成功的模型,中间起码要反复测试重复 100 次甚至 1000 次。这就像吃了十个馒头的饿汉一 样,不能说吃了最后一个馒头吃饱了,就觉得只吃最后一个馒头就够了。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "另外,他们可以高薪招聘大量专业人才,集中精力攻关一件事,不需要担心基金申请、教学和学生毕业论文等等。这些人力和计算资源上的差别是谷歌 DeepMind 这样的工业研究机构比起学术界在攻关科学或者工程问题上的最大优势。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "当然,学术界在蛋白质结构预测这么多年的积累,也给 AlphaFold2 的成功奠定了基础。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "我自己很高兴他们取得了这么大突破。这个工作首先证明了蛋白质结构预测问题是可以被解决的。这其实不是一个简单的问题,因为蛋白质结构和序列的复杂关系,常常让人们 —— 特别是做结构预测的人 —— 怀疑,蛋白质折叠这个问题是不是可解, 或者有没有唯一解。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "我们在 15 年前的一篇 PNAS 论文中提到,用 PDB 库中的模板,在理论上可以解决 “单结构域蛋白质结构预测” 这个问题,但那是一个基于模板的传统解法, 难点是如何找到最好的模板。谷歌他们这次用「暴力」的机器学习,「暴力」地解决了这个问题。这个做法的成功会对很多相关领域都产生深远影响。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "有人说这个 AlphaFold2 会让很多相关行业的人失业。我认为恰恰相反,它给很多领域提供了解决问题的新途径和新思维,因而会极大推动相关领域的发展,因此会产生更多更大的机会。即便是在蛋白质结构预测这个相对较小的领域,我们还有很多事情要做。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "AlphaFold2 这次只有 2/3 的蛋白预测做到实验精度,还有 1/3 做不到,是否还有更快更好的途径来产生更高精度结构的算法?基于商业或其它考虑,我相信谷歌可能不会公开代码或 Server。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "所以,最终可能还得学术界的同行共同努力,完善和推广这一技术,让其真正惠及生物医学研究以及普通公众的健康需求。/ppbr//pp style="text-align: center text-indent: 2em "strong共赢大于竞争/strong/ppbr//pp style="text-align: center text-indent: 2em "龚新奇/pp style="text-align: center text-indent: 2em "(中国人民大学数学科学研究院教授,清华大学北京结构生物学高精尖中心合作研究员)/ppbr//pp style="text-indent: 2em "2020 年第 14 届国际蛋白质结构预测竞赛(CASP14)共有 84 个常规(Regular)题目,其中有 14 个题目因为生物实验没给出确定结构等原因被取消或延缓,其他 70 个题目的单体和复合物蛋白质所含有的氨基酸个数从 73 到 2180 不等。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "19 个国家的 215 个小组参加了 CASP14。最终,谷歌旗下 DeepMind 公司的人工智能系统 AlphaFold2 在 2018 年的 Alphafold 基础上迭代创新,超常发挥,一枝独秀,基本解决了「从氨基酸序列预测蛋白质结构」这个困扰人类 50 年的生物学第二遗传密码问题。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "AlphaFold2 的成功表现在三个方面:/pp style="text-indent: 2em "1.不少结构的预测精确度跟实验晶体结构相当,可以替代晶体结构;br//pp style="text-indent: 2em "2.一些含有多个结构域的复杂超长的单链结构也达到了可以跟实验结构比较的程度;/pp style="text-indent: 2em "3.帮助解析了竞赛中涉及到的、实验多年没拿到的 X 射线晶体和 cryo-EM 冷冻电镜结构,比如 T1058 的膜蛋白是用了 Alphafold2 的预测模型之后,才跟原有晶体学数据综合成功解析了结构。br//pp style="text-indent: 2em "AlphaFold2 团队的 John Jumper 报告表明,他们使用了基于注意机制的神经网络,动态调整网络中节点的顺序和链接;依靠的是端到端的优化整体构建结构,而不是氨基酸距离;网络中内置了大量的序列、结构和宏基因组等多重比较信息;还依赖分子模拟软件优化去掉了原子的堆积碰撞。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "在 AlphaFold2 的摘要作者名单里,交叉团队的 30 位作者中有 19 位都被标记为相同贡献的第一作者。他们将近 8 分钟的宣介视频,记录了团队成员在新冠疫情期间精诚合作、攻坚克难的宝贵场景。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "CASP 组织者 John Moult 指出,计算下一步还有更困难的问题要解决:超大复合物结构、动态构象变化、蛋白质设计、药物设计等等。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "除了我们蛋白质结构预测小同行对 AlphaFold2 的成功很欣喜之外,社会上还有多个不同方向的学术界、产业界和新闻界对它寄予了厚望。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "在欣喜的同时,蛋白质结构预测小同行也有一些保留意见:/pp style="text-indent: 2em "1.工程化明显,依赖于强大的 GPU 计算资源和代码优化团队;br//pp style="text-indent: 2em "2.谷歌公司几乎可以收集全球所有网络信息,虽然看起来 AlphaFold2 的自动化程度很高,但他们在人工操作中使用了哪些信息值得关注;/pp style="text-indent: 2em "3.预测对了结构,但不等于明白了蛋白质折叠过程和原理。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "strong生物实验科学家也有不少看法:/strong/pp style="text-indent: 2em "1.算出结构只是生物学规律发现的第一步;/pp style="text-indent: 2em "2.计算的多个 models 中,有时打分排序不准;/pp style="text-indent: 2em "3.开放 AlphaFold2 的 server 之后,使用效果不一定那么好;/pp style="text-indent: 2em "4.只是在已有蛋白质结构数据集上训练得到的模型,尚不能计算其它构象或其它类别的分子结构。/pbr/p style="text-indent: 2em "还有关心这个领域的其他方向的专家也提出了问题:怎么理解这个算法成功的原理?怎么跟原有的热力学、物理学等基本原理相融相通?/ppbr//pp style="text-align: center text-indent: 2em "我认为 AlphaFold2 是个大突破,后续可能性很多,会替代一些简单的结构生物学实验,但对当下科学家追求的前沿生物学来说,共赢大于竞争;对生物学、数学和计算机学等学科而言,则会带来新的机遇。br/br/strong技术服务于科学探索,结构生物学早就进入新时代/strongbr/颜宁/pp style="text-align: center text-indent: 2em "(美国普林斯顿大学雪莉?蒂尔曼终身讲席教授,美国科学院外籍院士)/ppbr//pp style="text-indent: 2em "首先,简单说一下,什么是生物学里的「结构」。/pbr/p style="text-indent: 2em "用个不太恰当的类比:变形金刚。比如擎天柱是辆车还是个机器人,这就是不同的结构了,机器人能打架大车做运输,功能也不一样。而不同的汽车人组成成分可能差不多,都有合金、玻璃、橡胶,但是形态各异,特长也不一样。br/生物分子的组成成分和基本单元就那么几种,但是组装起来,不同的序列不同的结构,于是功能各异、五花八门。这个结构不是静止的,每一个生物大分子基本都像个小机器,比变形金刚更复杂、更变化多端。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "因为结构决定了生物大分子的功能,所以解析高分辨率结构在过去几十年一直是理解生物大分子工作机理最有力的工具。但是一直以来,因为技术局限,对于绝大多数生物大分子的结构解析困难重重。所以,一批科学家另辟蹊径,试图在已有的知识基础上,绕开劳心劳力又劳财的实验步骤,从蛋白质的序列直接通过计算预测出它们精准的三维结构。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "蛋白结构预测并不是一个新鲜学科,一直以来就是结构生物学的一个分支,很多科学家不断开发算法,希望根据序列预测出来的结构越来越准确。br/这个领域在过去十几年进步迅速,并且与实验结构生物学融合度越来越高。比如,自从进入电镜时代,看到一堆黑白灰的密度,如果其中某些部分没有同源结构,通过软件预测一个大致的结构模型,放到密度图里面做框架,再根据实验数据调整,已经是个常规操作。/ppbr//pp style="text-indent: 2em "这次人工智能赢得 CASP 的新闻亮点有两个,一是 AI,二是准确度高。这确实是突破,但是有了两年前的新闻(注:2018 年,DeepMind 开发的第一代 AlphaFold 首次参加 CASP 并且拔得头筹)做铺垫,现在这次委实是意料之中。br/至于衍生出来的所谓「结构生物学家都要失业了」的调侃 —— 如果你对结构生物学的理解还停留在 20 年前,那这么说也不是不行。但是结构生物学自身一直在发展着,一场冷冻电镜的分辨率革命更是令结构生物学不同往日了。br/我在 2015 年主持一个学术研讨会的时候曾经评论过:结构生物学的主语是生物学,是理解生命、是做出生物学发现。br/但是,在 X - 射线晶体学为主要手段的时代,获得大多数研究对象的结构本身太难了,于是很多研究者把「获得结构」本身作为了目标,让外行误以为结构生物学就是解结构。但我从进入这个领域之初,就被教育得明明白白:结构本身只是手段,它们是为了回答问题、做出发现。而电镜使得「发现」二字尤为突出。br/br/看到结构本身、知道你的研究对象长啥样,倒也可以称之为发现,但我刚刚说的「发现」,特指那些超乎想象的、通过结构才揭示出来的、自然界里神奇的存在或者令人叹为观止的机理。/pbr/p style="text-indent: 2em "我讲课最喜欢举的例子之一就是施一公组的剪接体结构。为啥呢?因为它集合了结构生物学发现里几乎所有的精彩要素和挑战。br/br/第一,在剪接体结构出来之前,有很多剪接体的组分甚至是未知的。不同于传统的结构生物学,先知道你要研究对象是啥,再吭哧吭哧地去把它们的结构解出来 —— 剪接体的电镜分析是看到了密度图之后,完全不晓得这是啥,需要通过质谱等手段去鉴定组分。我从 2015 年就预测:电镜与质谱组合,将会变成一个重要的生物学研究发现手段。在电镜时代,这样的例子越来越多。比如清华大学隋森芳老师组的那个巨大的藻胆体结构,靠质谱都不够了。为了搞明白组分,他们甚至先做了基因组测序。br/br/第二,几十上百个蛋白如何众星捧月地把那么几条貌似简单的 RNA 掰成与几个小小的金属离子配合的核酶反应中心,在茫茫碱基中,在正确的时间正确的地点牵线搭桥,剪掉 intron(内含子),连接 exon(外显子)?就为了这一「剪子」 一「钩针」,为了几毫秒的过程,这么个庞然大物的几十上百个组成部件却要分分合合,这个过程是真神奇。/ppbr//pp style="text-align: center text-indent: 2em "img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/202012/uepic/72bc97e7-d254-461b-b199-1156f73a37c8.jpg" title="微信图片_20201204191624.jpg" alt="微信图片_20201204191624.jpg"//pp style="text-align: center text-indent: 2em "span style="font-size: 12px "施一公实验室报道的首个酵母剪接体的结构/span/pp style="text-align: center text-indent: 2em "span style="font-size: 12px "(图源:生物化学经典教材 Lehninger Principles of Biochemistry(第七版)封面)/span/pp style="text-align: center text-indent: 2em "span style="font-size: 12px "br//span结构生物学目前的实验手段只能获得静止的 3D 照片,为了揭示这部电影,就要不断获得中间态的 3D 照片,帧数越多,电影越精准。但即便如此,这个过程中的动力学问题,简单说,就是变化速度,依旧不是现在的结构生物学实验手段可以揭示的,需要借助更多生物物理技术、计算生物学手段去探索。br/我自己的工作虽然没有剪接体那么酷炫,但是电压门控钠离子通道如何感受膜电势的变化,开门关门,就这么个过程,听着简单,我们死磕三年了,依旧束手无策。另外,我们今年发的两篇 PNAS 论文其实代表了结构生物学的另一个努力方向:在实验操作过程中对生物大分子施加外力(电场、磁场、各种长度的波......)。br/也许是受到我自身专业领域的局限,AlphaFold 迄今带给我的震撼还赶不上冷冻电镜的革命,后者将我们从技术挣扎中解放出来,可以专注于结构带来的生物学发现本身。br/br/AlphaFold 目前最成功的预测是针对单链分子,当然将来预测复合物的高精结构也应该不在话下。相比于对蛋白折叠的贡献,我倒是更希望 AI 能够助力 Molecular Dynamics Simulation(分子动力学模拟)。对结构生物学而言,这个领域才是亟需进步的。br/br/我个人认为生命是地球上最神奇的存在,那么多未知要探索,任何一次技术进步都是契机。该考虑的是如何把新技术为我所用,去问出、去探索更有意思的问题。br/最后,当 AI 能够成功预测我们正在孜孜以求的生物大分子动态、原位高分辨率结构的时候,那失业的一定不止是结构生物学家、或者生物学家了 :pbr/br/strong各抒己见/strong/pp style="text-indent: 2em "strongbr//strong根据现在披露的结果,AlphaFold2 已经基本达到实验解析结构的精度。前天 AlphaFold2 团队的报告展示了新冠病毒 SARS-COV-2 的预测结果,说明 RNA 聚合酶这么大的蛋白也能基本预测准确。/pbr/p style="text-indent: 2em "理论上,这会对结构生物学有很大冲击,尤其是以后单颗粒 cryo-EM 的实验方法上,是否还需要把分辨率做得那么高?低分辨率的电子密度图,甚至 SAXS 数据结合预测结果应该就能解决问题了。br/但是,现实中的冲击不会那么大。这是因为,AlphaFold2 模型的创新性非常高,其中结合的 2D transformer 和 3D equivariant transformer 都是 AI 领域的前沿技术,模型的训练难度很大。/pbr/p style="text-indent: 2em "DeepMind 的训练方法在学术界很难复现,估计学术界要花几年的时间才能跟上,因此短期内 AlphaFold2 对结构生物学的影响会比较有限。DeepMind 可能会和个别实验室合作,预测蛋白质结构。/pbr/p style="text-align: right text-indent: 2em "—— 龚海鹏(计算生物学家,清华大学结构生物学高精尖创新中心研究员)/pbr/br/p style="text-indent: 2em "AlphaFold 为结构生物学家提供了除晶体学、冷冻电镜、NMR 以外的另外一种手段,用于揭示生物大分子发挥作用的分子机制。/pbr/p style="text-align: right text-indent: 2em "—— 张鹏(结构生物学家,主要利用晶体学和冷冻电镜技术;中科院分子植物科学卓越创新中心研究员)/pbr/br/p style="text-indent: 2em "AlphaFold 目前还不能预测复杂的分子机器,主要是因为蛋白 - 蛋白相互作用非常复杂,存在极多的可能性。实验手段所揭示出来的蛋白 - 蛋白相互作用方式还只是冰山一角,更何况在不同生理条件和过程中的结构变化。因此,未来对有特定功能的、多个成分组成的、生物大分子复合体的结构解析,以及体内的结构分析,将成为结构生物学实验研究的主要内容。无论有没有 AlphaFold,结构生物学也正在朝这个方向发展。/pp style="text-indent: 2em "Rosetta(注:从头蛋白结构建模算法)也好,AI 也罢,结构预测都是基于已有的实验数据够大。没有足够的数据积累,这些基于统计和数据库的预测就无法实现。完全基于物理学和化学第一性原理的结构预测还没有出现。br/实验科学永远是探索未知的必要手段。新的软件算法应该是成为实验科学家的更有力工具,而不是取代实验科学。/ppbr//pbr/p style="text-align: left text-indent: 2em "—— 王宏伟(cryo-EM 专家,清华大学结构生物学高精尖创新中心执行主任,清华大学生命科学学院院长)br/br/br/br/ 最近两年,结构生物学领域经历了与围棋界类似的故事。Alphago Fan 版本时围棋界并不认为它能够战胜人类顶尖高手,可是 Alphago Lee 后整个围棋界甘拜下风,并且转向 AI 拜师学艺。2018 年 Alphafold 出现时,实验结构生物学领域认为被战胜的仅仅是传统的结构预测领域,2020 年 Alphafold2 之后,实验结构生物学领域应该开始思考如何与之共存以及如何「拜师学艺」了。/pp style="text-align: left text-indent: 2em "br/ 目前阶段人工智能在围棋上已经远远超过人类顶尖棋手,但是人类围棋比赛并未因此取消,如同汽车发明后奥林匹克仍然在进行田径比赛一样。原因之一是人工智能虽然超越了人类,但并未解决围棋的最终解。同样的道理,对于复杂的结构生物学问题,预测手段本身还不能号称完全解决了问题。/pp style="text-align: left text-indent: 2em "br/ 实验结构生物学领域接下来需要做的一个事情是要拥抱变化,更好地与预测方法结合以及共同发展。/pbr/p style="text-align: right text-indent: 2em "—— 周强(cryo-EM 专家,西湖大学生命科学学院特聘研究员)/ppbr//ppbr//pp style="text-indent: 2em "蛋白质体系越大,结构的解析越难仅依赖计算方法。Cryo-ET (冷冻电镜断层成像) 技术擅长解析体外难表达的大分子机器结构、细胞中的原位蛋白结构等复杂体系,因此很难被脱离实验手段的方法取代。目前,由于体系过于复杂,使用分子动力学模拟整颗病毒尚未实现,要模拟细菌、细胞、组织,还要很长的路要走。/ppbr//p
  • 微观世界|第26期 贝壳结构中的电子显微结构
    序 言贝壳做为水边软体动物的外壳,由软体动物的一种特殊腺细胞的分泌物所形成的钙化物,具有保护动物本身的作用。一、贝壳的种类说到贝壳的种类,可以说是五花八门,主要分为五大纲:腹足纲(有法螺宝螺、蜒螺)、头足纲(鹦鹉)、多板纲、撅足纲(似象牙)、双壳纲(俩壳)。其形态也是千差万别,但是最有名的要数四大名螺了:万宝螺、唐冠螺、凤尾螺和鹦鹉螺。图1、四大名螺:万宝螺、唐冠螺、凤尾螺和鹦鹉螺二、贝壳的成分虽然贝壳的形态各自不同,但是其主要成份基本相同,分为95%的碳酸钙和少量的壳素。贝壳一般主要分为三层,褐色的角质层(壳皮),薄而透明,有防止碳酸侵蚀的作用,由外套膜边缘分泌的壳质素构成;中层为棱柱层(壳层),较厚,由外套膜边缘分泌的棱柱状的方解石构成,外层和中层可扩大贝壳的面积,但不增加厚度;内层为珍珠层(底层),由外套膜整个表面分泌的叶片状霰石(文石)叠成,具有美丽光泽,可随身体增长而加厚。图2是虎斑贝贝壳,可以看出斑点状的花纹。图2、虎斑贝贝壳三、台式电镜下的贝壳那么现在就让我们用coxem台式扫描电镜对我们常见的鲍鱼壳进行显微结构的观察,进一步了解其微观结构吧。图3是我们进行观察的鲍鱼壳,可以看出存在多个孔洞,表面显现出彩色的花纹。图3 、我们选择观察的鲍鱼壳的光学照片进一步我们用coxem台式电镜对鲍鱼壳的截面进行观察,可以看出片层状的结构(图4所示)。进一步放大可以看出片层状的文石结构以及不定形的有机结构颗粒。可以看出贝壳是由片层结构之间相互重叠组成的,其片层结构厚度大约为400nm(图5)。这些无机的片层状的结构的主要成份是CaCO3,提供了贝壳的强度性能,而存在于层状结构间隙的非定形结构的有机蛋白提供了贝壳的韧性,因此,这种砖块加水泥型的微观结构,造成了贝壳的既有一定的强度又有一定的韧性的特征。图4、贝壳的片层状图5、贝壳的片层结构的放大图后 记经过对贝壳的微观结构的观察,可以看出生物材料中的为微纳米结构的特殊排布,可以对材料的性能产生重要的影响,也使我们认识到应该进一步向自然界学习。下期有什么精彩内容呢?敬请期待吧!
  • 网络讲座:二维材料界面结构与性质的原子力探针显微学研究(4)- 界面插层结构
    Interfacial Structures and Properties of 2D Materials with Atomic Force Microscopy(4)- Intercalated Structures讲座内容简介: 近年来,由于其潜在的巨大应用价值,关于二维层状材料的基础和应用研究方兴未艾,核心工作是理解和控制其多种多样的有趣性质。之前的研究工作主要集中在二维材料的面内结构,多种多样的层间相互作用在调控其力学、电学、热学以及光学等性质方面也有重要作用。虽然已有许多实验和理论研究工作来表征和理解这些界面结构,但对于界面行为是如何影响其物理与化学行为的仍然不是特别清楚。一个重要原因是,内部界面结构的直接微观成像和性质研究在实验技术上是相对比较困难的。石墨烯内部界面水分子插层的高分辨成像研究 在之前,报告人已经针对的AFM的基础知识、基本模式以及功能化AFM探测模式进行了介绍。本系列报告,将基于我们在原子力显微术的技术研究工作,利用多种先进原子力显微术针对二维材料的本征界面、异质界面以及材料/基底界面开展的研究工作。在每次报告中,我们首先将在较为详细地介绍主要使用的先进AFM模式的基本原理、技术实现及其相关应用。在此基础上,介绍我们利用该AFM模式所开展的关于二维材料界面结构与性质方面的研究工作。希望通过本系列报告有助于相关AFM使用者能够利用比较复杂的AFM功能模式开展研究工作。 本次报告是《二维材料界面结构与性质的原子力探针显微学研究》系列的第四次报告。在本次报告中,将介绍我们通过发展和利用多频原子力显微术,针对二维材料体系的内部界面插层结构等的高分辨成像表征和力学性质探测开展的一些工作。 #主讲人介绍 程志海,中国人民大学物理学系教授,博士生导师,基金委优青,中国仪器仪表学会显微仪器分会理事,中国硅酸盐学会微纳米分会理事。2007年,在中国科学院物理研究所纳米物理与器件实验室获凝聚态物理博士学位。2011年8月-2017年8月,国家纳米科学中心(中科院纳米标准与检测重点实验室),任副研究员/研究员。曾获中国科学院“引进杰出技术人才计划”(技术百人计划)和首届“卓越青年科学家”,卢嘉锡青年人才奖获得者,青年创新促进会会员并获首届“学科交叉与创新奖”等。目前,主要工作集中在先进原子力探针显微分析技术方法及其在低维材料与表界面物理等领域的应用基础研究。网络讲座时间:北京时间 2021年11月29日 上午10:00-上午11:00申请方法:请关注“Park原子力显微镜”公众号查看首页内容,即可参与。
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