2024/08/28 15:08
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布鲁克 D8 达芬奇 X射线衍射仪
型号: D8 Advance
产地: 德国
品牌: 布鲁克
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突然看到飞机上的某位同学在那么努力的看文献。敬业的精神着实很难得..几日前讲课,突然想到自己的学生和工作过往,发出也许是故作深沉的感慨:Boring again。从学校到公司,从一份工作到另一份工作,在某个时间点突然开始Boring起来。也许工作本就如此,大多数时间被无聊的事情的占据着,我们能做的无外乎自己努力地保持着Active的心态罢了。
出现反常
不过听课的老师,倒是觉得20多年来,总是遇到不同的东西,不会觉得Boring。是呀,遇到新的问题,解决了,才会有成就感。但之后的体力劳动着实更加费时间。可能有同学会问我,我说的是做什么?晶体学吗?对,我说的是结构精修… 所以,我经常跟很多同学说,尊重下科学,尊重下帮你解决问题的老师们。可能因为你只追求好看而去挑刺的结果,给帮助你的人带来了很多负面的情绪。其中的过程,你可能无法知道死了多少脑细胞。
在Routine的工作里,寻找反常,也许是消除这些Boring的好方式。然而大多数结果是,你在跟同学们讨论这是很有趣的结果是,他的答案会是:“我不要反常,这和我的预期结果不一致,能改一改吗?能消除吗?”… 好吧,我又忍不住开始吐槽了…
“反常”晶体分析
近期的半年里发现的“反常”晶体,依旧遵循着有意思的扎堆定律。我开始想这样的晶体是如何生长出的,自然界里是不是有相同的共生?确实近期发生的概率有点大。
也许是固定习惯思维的影响,看到这些晶体,可能一个反应是,这不就是自己PPT里的孪晶吗?然后在继续做的时候,就充满了困惑了。亦或是自己仔细一点就会发现,这只是看起来很像罢了。
因为现在APEX5 Determine Unit Cell的Domain功能很方便,也许在拆完一个domain之后,也就自动的让它找第二个Domain了。然而结果会让你大失所望,怎么不按套路来了呢?第二个Domain并没有覆盖到多少剩余的衍射点,而且和预想的并不符合。
难道做错了,然而不管从哪个角度去分离衍射点,得到的结果都是这样。
既然Domain功能并没有达到预期,肯定是有原因的。回到起初学习的方式,按部就班的手动分离衍射点下来,并且把共有的衍射点都分配到两组衍射点里。自然发现了其中的问题所在。
第二个domain 独自定出的晶胞,与一个晶胞有相同的体积,然而β角却几乎是90°,接近于正交的晶胞。所以这并不是一个刚看到时以为的Twinning。自然Cell_now, Domain也都不会找到正确的结果。有意思的是,用两个不同的晶胞都可以分别解出相应的结构,只是无法精修的更好。因为毕竟有50%的overlap。此时APEX5的Ignore功能可能会有些作用,但是完整度会缺失很多,所以并没有解决问题。结构没有发表,就不展示了。
接受反常,变有趣
那么这个晶体是怎么回事呢?猜测下来,这可能是一个inter-grow的共生晶体,从一个共同的面上长出了两种不同的晶型。当然也无法从晶体中剥离其中的一个。具体怎么解决这样的问题,还在尝试之中。如果有谁曾经有过处理的经验,可以教教我。突然想起,其实5年前就遇到过了,当时只是认为学生挑错了晶体… 好吧,看来并不是。
反常的东西,反而会变的更有趣一点。接受反常,给出合理的解释,也许才能在Boring中找到新的感兴趣的点。
-转载于《布鲁克X射线部门》公众号
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