实时荧光定量PCR:在PCR反应体系中加入荧光基团(探针或染料),利用荧光信号积累实时监测整个PCR反应过程,最后通过Cq或Ct值和标准曲线对起始模板进行绝对定量或相对定量分析。而评估荧光定量PCR反应效果好坏,可以从以下几个方面来评估:1.扩增效率及相关系数良好的PCR扩增是指数级的,理论上以100%的效率进行,但实际上并不是所有的PCR反应都表现出相同的高效率,所以需要验证实际的扩增效率E。当计算评估PCR扩增效率时,至少需要做3次平行重复,并至少做5个数量级倍数(5logs)连续梯度稀释模板浓度,得到线性方程Cq= -klgX0+b、扩增效率E=10(-1/k)-1。并且E在0.9-1.1之间,即扩增效率在90-110%,被认为此扩增接近理想情况;相关系数R2值大于0.98时,说明两个数值之间相关的可信度很好,可用来计算。▲ 图1. 5个梯度稀释液的扩增曲线及标准曲线。图源:Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统2.精确度(Precision)指多个复孔Cq值之间的接近程度,且重复孔之间的标准偏差不大于0.2,说明实验的重复性较好。▲ 图2. 96孔重复的扩增曲线,Cq Mean=19.1,CV=0.002图源:Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统3. 重现性(Reproducibility)指不同批次之间或不同实验室之间的结果变化,通常通过SD或者CV来评估。▲ 图3. 4台独立的Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统同时检测GAPDH,Cq Mean=20.11,SD= 0.0024. 灵敏度(Sensitivity)通常灵敏度表示为检测限(limit of detection, LOD),可通过梯度稀释样品来确定最低检测限。分析灵敏度是指一个样本可通过实验精确测量的最小拷贝数。5. 准确度(Accuracy)指测量值与真实值的接近程度。针对低拷贝样本,由于受采样概率的影响,可能会导致结果不准确。为了更可靠地检测低拷贝,可以增大平行实验的重复数,来统计显著性。▲ 图4. 低拷贝样本采样概率符合泊松分布图源:网络,侵删6. 特异性(Specificity)指qPCR实验中只可以检测到目的基因,引物特异性扩增靶序列,而不会扩增其他基因序列。可通过凝胶电泳检测扩增产物是否为单一条带,或通过qPCR反应,根据溶解曲线是否具有单峰来判断。▲ 图5. 溶解曲线单峰图源:Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统通过这六个方面就可以评估实时荧光定量PCR反应效果。你学会了吗?实验数据是好是坏快来自检吧。Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,可为您提供3/6检测通道,根据实验需求灵活配置。这款产品采用高能LED作为光源系统,可保证光源强度高,光源一致性好;高品质的帕尔贴温度模块作为温控系统,升降温速率快,可设置12列跨度30°C的温度梯度;CMOS拍照+光纤信号传输作为检测系统,CMOS检测灵敏度高,光纤传输速度快,无光损失和噪音干扰,无需ROX校准。Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统可为您的科学研究提供高精准度、高灵敏度和高可靠性的实验结果。
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2021.12.14
实验室的小师妹,天天一脸崇拜的的跟着师兄学实验,“师兄,实时定量PCR曲线好完美啊”“师兄,Western Blot条带好漂亮啊,都没有杂带”……,这样下去,我师姐的威信如何立得住,师姐在实验室这么多年,也不是白学的,必须在小朋友面前秀秀我高大上的组织免疫荧光的片子,怎么也得让他们崇拜一下,接下来就和大家分享下免疫荧光相关的经验!什么是免疫荧光免疫荧光是在免疫学,生物化学和显微技术的基础上建立的一项技术,再用荧光抗体(或者)抗原作为探针检测细胞或组织内相应的抗原(或抗体)。利用荧光显微镜可以看见荧光在细胞或者组织的表达,从而确认抗原或抗体的性质和定位。常用的方法有直接法和间接法。间接法实验步骤说明冰冻切片为例:1.切片固定:冰冻切片从冰箱拿出来复温,晾干水分,冷丙酮固定10min,待丙酮完全干后于PBS(PH7.4)中在脱色摇床上晃动洗涤3次,每次5min。2.抗原修复:组织切片置于盛满EDTA抗原修复缓冲液(PH8.0)的修复盒中,于微波炉内中低火5min进行抗原修复。自然冷却后将玻片置于PBS(PH7.4)中在摇床上晃动洗涤3次,每次5min。3.封闭:切片稍甩干后用组化笔在组织周围画圈(防止抗体流走),在圈内滴加3%BSA均匀覆盖组织,室温封闭30min。4.加一抗:甩掉封闭液,在切片上滴加配好的一抗,平放于湿盒内4°C孵育过夜(湿盒内加少量水防止抗体蒸发)。5.加二抗:玻片置于PBS(PH7.4)中在摇床上晃动洗涤3次,每次5min。切片稍甩干后在圈内滴加与一抗相应种属的荧光二抗覆盖组织,避光室温孵育50min。6.DAPI复染细胞核:玻片置于PBS(PH7.4)中在摇床上晃动洗涤3次,每次5min。切片稍甩干后在圈内滴加DAPI染液,避光室温孵育10min。7.封片:玻片置于PBS(PH7.4)中在脱色摇床上晃动洗涤3次,每次5min。切片稍甩干后用抗荧光淬灭封片剂封片。8.镜检拍照:切片于Echo Revolve Gen2正倒置荧光显微镜下观察并采集图像。显微镜在最后结果的呈现中发挥重要作用,我用的Echo Revolve Gen2正倒置荧光显微镜那是其他小伙伴羡慕的对象。第一:高颜值,2021缪斯(MUSE)国际设计奖铂金奖 。第二:独有的实时DHR数字处理技术,通过数字化图像处理,在镜下实时显示高分辨图像,清晰展现样本细微结构,颠覆传统成像效果。第三:Z轴高精度自动层扫,配合实时DHR数字降噪技术,在保持高分辨率的同时,对较厚样本进行全景深扫描合成,实现全景深观察。下面秀一秀师姐的荧光图部分图源:网络,侵删
应用实例
2021.12.10
随着针对PI3K通路的新疗法的批准,PIK3CA突变的检测已成为HR+/HER2- 转移性乳腺癌 (MBC) 治疗管理的关键因素。法国雷恩第一大学尤金马奎斯癌症中心在《Scientific Reports》上发表了一篇文章,该文章采用naica®微滴芯片数字PCR系统开发了多重PIK3CA突变检测技术。该技术可同时检测21种PIK3CA突变,并进行绝对定量,解决了当前对乳腺癌患者的21种PIK3CA致病突变进行快速、高灵敏、有效检测的难题。亮点1.在naica®微滴芯片数字PCR平台,使用液体活检技术对21种PIK3CA突变进行定量检测。2. 通过对大量的肿瘤实体样本和cfDNA样本进行检测验证,获得了83.1%的一致性,确定了此方案的临床有效性。3.naica®微滴芯片数字PCR系统检测方法的高灵敏度和稳定性,能够快速、经济、有效地对乳腺癌中最常见的PIK3CA致病突变进行绝对定量,覆盖率达90%。检测方式利用naica®微滴芯片数字PCR系统(Stilla Technologies),结合Drop-off检测方法,设计了一种可以同时检测21个PIK3CA突变的方法。在阳性分析案例中可精确识别PIK3CA突变。通过分析来自213个 HR+/HER2- MBC样本的血浆循环游离DNA (cfDNA) 以及从89名患者的97个可用匹配肿瘤中提取的DNA,确定了此方案的临床有效性,并在cfDNA分析和相应肿瘤样本分析之间获得了83.1% 的一致性。该技术采用两种Assay配合三步诊断策略(图1,图2),首先进行PIK3CA突变初步筛选,如果没有PIK3CA突变,则认为标本为阴性。在阳性结果的情况下,进行第二步检测集中于四种最常见的PIK3CA突变,并进行WT-MUT Duplex联合分析确定阳性突变位点。图1左:PIK3CA突变检测的两种多重检测方法设计图。(a) PIK3CA Assay n°1设计图:使用四对引物(灰色箭头)同时扩增N345K、C420R、 H1047L和H1047R。使用Drop-off方法检测542-546突变。(b) Drop-Off 542-546检测原理: WT序列由HEX标记的Drop-off探针和cy5标记的reference探针检测,产生一簇HEX-Cy5双阳性微滴(2D点图上为黄色簇);而542 - 546密码子上带有突变(MUT,红色叉)的序列则无法与Drop-off探针结合,只和reference探针结合,生成单阳性微滴(2D点图上的红色簇) (c) PIK3CA Assay n°2设计图:使用两对引物同时扩增两个序列,使用FAM探针标记野生型(WT)序列,使用HEX探针标记E542K和E545K突变,使用FAM和Cy5探针标记H1047L突变,使用Cy5探针标记H1047R突变;图一右:三步诊断策略。图2:使用PIK3CA检测在患者cfDNA样本上鉴定PIK3CA突变示例。(a)四种最常见的PIK3CA 突变(E542K、E545K、H1047L和H1047R)的2D图结果,首先使用PIK3CA Assay n°1检测,各自的MAF为16.86%、4.17%、17.13%和1.97%。并使用PIK3CA Assay n°2确认,各自的MAF分别为17.40%、5.25%、19.55%和1.97%。(b)其他突变(N345K、C420R、Q546K、Q546P和Q546R)的2D图结果,首先使用PIK3CA Assay n°1检测,各自的MAF为4.00%、3.83%、35.02%、1.16%和39.2%,并使用WT-MUT Duplex方法确认,各自的MAF分别为6.99%、6.50%、36.84%、0.71%和43.89%。结果分析结果显示,213份血浆中68名患者(32%)至少有一种突变,这与文献中普遍报道的结果一致。有6例患者每个样本有2个突变,共发现74个突变。在本文的检测方法可能检测到的21个突变中,有9个在血浆样本中检测到(图3a、b)。此外,本方法检测的相对频率与COSMIC数据库中列出的频率相当一致,该方法能够快速、经济、有效地对乳腺癌中最常见的PIK3CA致病突变进行绝对定量,覆盖率达90%图3:213例HR + /HER2−转移性乳腺癌患者血浆中PIK3CA突变检测(a)在213例HR + /HER2−转移性乳腺癌患者中,PIK3CA检测发现9个PIK3CA突变阳性病例数。(b)确定的9个PIK3CA突变的相对频率。(c)突变在血浆中浓度(copies/ml)和MAF(%)分布 (5例以上的突变用箱线图表示,5例以下的突变用点表示,2例以上的突变用中位数线表示)。原文:https://doi.org/10.1038/s41598-021-96644-6|欢迎试用|naica️®六色微滴芯片数字PCR系统开放试用,大家可以拨打电话010-57256059或者官网官微申请,诚挚邀请您到Stilla数字PCR中国技术示范与服务中心参观,期待与您相见。naica®六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
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2021.12.03
COVID-19大流行中断了对艾滋病病毒感染者的常规护理,严重影响了对艾滋病病毒感染者的诊断和治疗。如果感染SARS-CoV-2, 艾滋病病毒感染者的发病率和死亡率会增加。据报道,近日在南非发现新冠新型变异毒株Omicron可能由艾滋患者体内进化而来。因此密切监测HIV血浆病毒载量(VL)并筛查SARS-COV-2感染就显得尤为迫切。近日,来自华盛顿大学的Gaurav K Gulati和Nuttada Panpradist等科学家在medRxiv平台上提交文章《Inexpensive workflow for simultaneous monitoring of HIV viral load and detection of SARS-CoV-2 infection》的预印本。通过开发一种新的工作流程,同时定量艾滋病毒载量和检测SARS-CoV-2。文中使用naica®微滴芯片数字PCR系统对RNA浓度进行精准定量,用于新方案的评估。文章中作者基于Boom方法开发了一种内部RNA提取方法,从血浆、鼻腔分泌物(NS)或二者混合物中进行RNA提取,对HIV长末端重复序列(LTR) 、SARS-CoV-2核衣壳基因区域(N1、N2)和人类核糖核酸酶 P(RP)进行RT-qPCR分析,估计血浆病毒载量并对HIV/SARS-CoV-2状态进行分类(HIV为病毒学失败或抑制,SARS-CoV-2为阳性、假定阳性、阴性或不确定)。首先,作者将包含HIV LTR检测扩增区域或N1/N2检测的DNA片段作为RNA生成的起始DNA构建体。使用 T7 RNA聚合酶将DNA构建体转化为RNA。为了对体外转录的RNA浓度进行精准定量,作者使用naica®微滴芯片数字PCR系统对RNA浓度进行绝对定量(图1)。从图中可以看出通过检测OD值并不能对RNA浓度进行精准定量,因此最终利用数字PCR的结果对RNA的浓度进行了校正。图1:数字PCR量化体外转录的RNA标准浓度随后将合成的不同浓度的HIV RNA与血浆样本进行混合构成人造血浆样本,合成的不同浓度的SARS-CoV-2 RNA与NS进行混合构成人造NS样本,分别采用内部提取方法和标准提取方法对血浆样本中HIV、NS样本中SARS-CoV-2和血浆和NS混合样本中HIV和SARS-CoV-2进行灵敏度检测。同时采用133个临床样本,其中40个血浆样本(30个HIV血清阳性),67个NS样本(31个SARS-CoV-2阳性)和26个血浆和NS混合样本(26个HIV阳性,10个SARS-CoV-2阳性)进行评价(图2)。结果表明:内部提取对HIV的检测限为200拷贝/mL,对SARS-CoV-2的检测限为100拷贝/mL。对于血浆样本,两种方法测量的HIV病毒载量水平呈正相关(人造样本的R2:0.98, 临床样本R2: 0.81)。在对NS样本使用内部提取方法时,排除不确定结果,与标准提取方法相比,95%的一致性(25个阳性,6个假定阳性和31个阴性)。对于血浆和NS混合样本,两种方法测量的HIV病毒载量水平呈正相关(人造样本的R2:0.98, 临床样本R2: 0.71)。SARS-CoV-2检测结果显示阳性和阴性分类是100%一致性。图2:使用两种不同提取方法从血浆和NS混合样本中共同提取的RNA中获得的HIV LTR 和SARS-CoV-2 Cq值的比较.(a)比较标准与内部提取方法性能的实验设计方案。(b)来自内部提取方法的SARS-CoV-2 LTR、N1、N2和人 RP (阴性样本的对照)测定的Cq值。(c)基于两种提取方法的结果对样本进行分类。通过两种方法提取的样本中测得的(d)LTR、(e)N1和(f)N2的散点图。综上所述,作者开发的内部提取方法可以从单独的血浆或血浆和NS混合样本提取RNA来确定艾滋病病毒感染者是否存在SARS-CoV-2感染,从而有可能简化HIV管理和SARS-CoV-2检测。将这两种病毒的检测结合起来可以有效的减少COVID-19对艾滋病毒治疗的影响。medRxiv是由耶鲁大学(Yale University)、非营利研究和教育机构冷泉港实验室(The Cold Spring Harbor Laboratory,CSHL)和BMJ出版集团(英国医学会下属专业医学出版机构,British Medical Journal)创建的,服务器由CSHL拥有和操作。medRxiv为研究人员在期刊出版前分享、评论和接收有关其工作的反馈提供了一个平台。medRxiv旨在提高科学发现的开放性和可及性,加强研究人员之间的协作,记录想法的来源,并通过更及时地报告已完成的研究,为正在进行和计划的研究提供信息。原文:https://doi.org/10.1101/2021.08.18.21256786naica®六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
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2021.12.02
大家好!首先跟大家做一个自我介绍:我是扩增曲线,来自荧光定量PCR,是用于描述qPCR动态进程的曲线,我有两种形态,一种是线性图谱:横坐标是循环数,纵坐标是荧光强度值;另一种是对数图谱:横坐标是循环数,纵坐标是荧光强度值的对数。大家根据我来确定Cq值,最终确定初始模板的含量。新冠疫情以来,我可是发挥了重要的作用,诊断技术的金标准,骄傲的很呢。在引物、模板、缓冲液、酶等都充足的理想状态下,PCR扩增产物理论上是呈2的倍数增长的,所以我应该是长这个样子的:▲ 图1. 理论的扩增曲线线性图谱但是呢,理想很美好,现实却很骨感,随着PCR循环数的增加,DNA聚合酶的失活、dNTP和引物的枯竭等诸多因素影响了PCR扩增效率,实际的我是长这样的:▲ 图2. 实际的扩增曲线线性图谱不过S型的曲线,曼妙的身材,我还是很满意的。大家也根据我将PCR进程分为4个时期,分别为基线期,指数增长期,线性增长期和平台期。我的特征还是很明显的:基线期平整;指数期起峰,陡度较大;线性期慢慢趋于平整;平台期基本平整。▲ 图3. 扩增曲线的各个时期如果大家在每次实验中都能遇到如此美丽的我,那就是“你好我好大家好”的欢快场景了。但是在实验过程中,大家可能会看到各种奇形怪状的我,分析不出原因,导致实验止步不前,因此茶饭不思,郁郁寡欢。其实主要还是大家对我不太了解。我,作为大家的科研小助手,单纯善良,心思简单,没有那么多套路的。之所以出现奇奇怪怪的我,都是有原因的。接下来可都是满满的干货吆!笔记要做起来了吆!一. 没有Cq值出现1. 反应循环数不够:一般设定在35个循环以上,也可根据实验情况增加循环数。2. 引物/探针设计不当或发生降解:优化引物/探针的设计;或通过PAGE电泳检测其完整性。3. 模板浓度低或降解导致:对未知浓度的样品应从系列稀释样本的最高浓度做起;同时样品制备时尽量避免引入杂质和反复冻融。二.Cq值偏大1. 模板浓度低:建议提高样本的上样量。2. 扩增效率低:反应条件不适宜或引物探针设计不当,建议通过绘制标准曲线确认扩增效率,同时对反应条件和引物探针设计进行优化。3. PCR产物太长:一般采用80-150bp的产物长度。如果扩增产物过长,建议用三步法程序扩增或优化引物。4. 反应体系中可能有PCR反应抑制物:建议将模板梯度稀释后加入反应体系,或者重新制备纯度更高的模板。三.扩增曲线末尾起跳,但没有完整扩增1. 可能存在污染:建议对样本进行复检。2. 如果是阴性对照,可能是引物二聚体或污染导致;如果是正常样本,说明浓度过低或者加样量不足。四.复孔重复性差1. 加样误差导致:定期校准移液器;同时可先配制除模板以外的其他试剂的预混液,然后进行分装再加入模板,其次加大模板上样体积,以上均可降低移液误差的影响。2. 模板浓度越低,重复性越差。建议提高模板量,使Ct值在15-30之间。现在大家对我的了解是不是又多了一些呢?是不是对qPCR实验又充满了信心呢?那就赶紧行动起来吧!Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统,没有他就没有我那么多标致的图片,快快申请试用,感受它的魅力呀!▲ 图4. Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统申请试用我们的仪器可以申请试用哦!关注“深蓝云生物科技”公众号,点击“云活动”→“试用中心”即可。图源:部分来源于网络,侵删
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2021.12.01
血脑屏障 (BBB) 是哺乳动物的一种特殊结构,通过调节血液和血液之间离子、氧气和营养物质的流入和流出,将大脑与血液分开,并维持中枢神经系统 (CNS) 的稳态。该屏障主要由脑微血管内皮细胞 (BMEC)、星形胶质细胞和周细胞组成。转化生长因子β1 (TGFβ1) 是转化生长因子β (TGFβ) 家族成员之一,是一种多效性细胞因子,在多种病理和生理过程中发挥重要作用。Hedgehog信号通路是重要的信号传导通路,在多个物种中是保守的,并且在生理和病理过程的许多方面发挥着重要作用。典型Hedgehog信号由三种分泌配体Shh、Ihh和Dhh激活,细胞间信号由转录因子Gli1、Gli2和Gli3转导。在中枢神经系统中,Hedgehog信号通路决定了神经管的形成和发育。目前,已有研究表明Hedgehog信号与TGFβ1级联反应在癌症发展和转移中的相互作用。那么Hedgehog信号和TGFβ1级联反应之间的串扰是否会影响血脑屏障的功能呢,目前还尚不清晰。华中农业大学兽医学院农业微生物学国家重点实验室和湖北省预防兽医学重点实验室联合在Brain Sciences杂志上发表了一篇名为《Astrocyte-Derived TGFβ1 Facilitates Blood–Brain Barrier Function via Non-Canonical Hedgehog Signaling in Brain Microvascular Endothelial Cells》,该文阐明了TGFβ1 介导的星形胶质细胞和大脑内皮细胞之间的细胞间交流,这一发现将拓宽关于血脑屏障内稳态的现有知识,也可能有助于进一步改善血脑屏障功能障碍的治疗策略。作者通过构建人脑微血管内皮细胞 (hBMECs) 与U251的单培养和共培养模型,证实了星形胶质细胞衍生的TGFβ1增强了BMECs的屏障功能。实时荧光定量PCR、免疫印迹和酶联免疫吸附试验等多种实验表明TGFβ1在BMECs中触发Smad2/3的激活增加了Gli2的表达,Gli2是Hedgehog信号转导的关键转录因子。Gli2与ZO-1启动子结合,增强ZO-1的表达,从而维持血脑屏障。星形胶质细胞来源的TGFβ1触发BMECs中的TGFβ1-TGFBRII-Smad2/3-Gli1/2-ZO-1轴并维持正常的BBB功能。文中作者通过免疫荧光技术,利用Echo Revolve正倒置一体显微镜进行免疫荧光观察。使用50ng/mL的重组TGFβ1 (rTGFβ1) 来刺激单层hBMECs,BMECs用绿色CD31标记,结果表明与对照组相比,ZO-1表达显著增加。用4mg/kg的TGFβ/Smads信号抑制剂SD208处理小鼠,图中虚线环表示BMECs中的Gli1或Gli2的表达量,结果表明与对照组相比,ZO-1、 Gli1和Gli2表达量均减少。内皮屏障功能方面发挥重要作用,提高了对血脑屏障功能的研究。这一发现也可能表明未来有可能使用TGFβ1和Hedgehog信号级联来辅助治疗血脑屏障功能障碍。参考文献:Fu J, Li L, Huo D, et al. Astrocyte-Derived TGFβ1 Facilitates Blood-Brain Barrier Function via Non-Canonical Hedgehog Signaling in Brain Microvascular Endothelial Cells. Brain Sci. 2021;11(1):77. Published 2021 Jan 8. doi:10.3390/brainsci11010077
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2021.11.25
我们都知道在实时定量PCR(qPCR)中,可以通过Cq值和标准曲线得出样本的初始拷贝数。但Cq值与样品中靶标的拷贝数有关,也会受到PCR反应的效率和仪器检测灵敏度的影响。高灵敏度的仪器可以减少检测样品所需的循环数,节省时间并提高效率;同时也可以减少假阴性的存在。Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的设计初衷,就是为了高灵敏高性能而生,每个孔配有单独的激发和发射光纤,可有效提高灵敏度并降低背景噪声干扰(图1左)。此外跟同类产品相比,Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统使用全孔检测技术,每个孔可采集约100,000个数据点,使每个qPCR扩增曲线能够准确、可重复和灵敏地表示荧光强度,从而提高荧光数据的可靠性(图1右)。▲ 图1. 高性能光路系统为了进一步表明Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的灵敏度,与同类产品进行了以下比较实验:使用酵母的三个RNA靶标进行检测,分别是高丰度的Actin基因、低丰度的6Y’端粒基因,以及单拷贝的TEL06R端粒基因。材料和方法从10mL酵母培养液中制备出RNA,将3µg RNA逆转录成cDNA作为模板备用。对于Actin,在Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统上使用的cDNA按1:20稀释;其他的cDNA均按1:10进行稀释。引物如下:▲ 表1. Actin、6Y’端粒基因和TEL06R端粒基因的引物对采用4个4倍系列稀释的cDNA模板和一个无模板对照来计算qPCR扩增效率,反应体系和扩增程序如下:结果和讨论在高丰度Actin和低丰度6Y’端粒基因的检测中,Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统和同类产品的扩增效率非常相似(表2)。然而,在单拷贝TEL06R端粒基因的检测中,发现同类产品得到的Cq值偏大,位于35-38之间,导致计算出的扩增效率大于200%,不能作为参考数据;Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统则计算得出E=96%(表2)。▲ 表2. 各基因的扩增效率及R2值同时结果表明,尽管Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的Actin cDNA上样量仅为同类产品的一半,但Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的Cq值小于同类产品的Cq值,两者相差0.65(表3)。针对低丰度的6Y’端粒基因和单拷贝的TEL06R端粒基因,两者的Cq值差异较大,差值分别是2.25和4.02(表3)。这些结果表明,随着基因起始拷贝数的减少,Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统灵敏度的提高变得尤为重要。▲ 表3. 各基因的数据对比灵敏度也会直接影响数据的准确度和再现性。随着PCR循环数的增加,非特异性产物或引物二聚体扩增的可能性也增加。尤其是使用非特异性荧光染料(如SYBR green)检测PCR产物时,更需要避免过多的循环数。因此,在早期循环中检测扩增的能力大大提高了数据的可靠性。具有单孔检测的Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统设计用于最小化背景噪声和最大化灵敏度,以实现qPCR反应中最高的特异性和精确度。快快申请试用,让它帮助你优化qPCR实验吧。
应用实例
2021.11.24
CRISPR-Cas9技术彻底改变了基础生物研究和应用生物技术的许多领域。但在临床基因治疗实施中脱靶效应的检测仍然存在难题。德国汉堡大学-艾本多夫医学中心(UKE)干细胞移植、细胞和基因治疗研究所的学者们近日在知名杂志《Molecular Therapy》上发表“LATE–a novel sensitive cell-based assay for the study of CRISPR/Cas9-related long-term adverse treatment effects”的文章,建立了称为LATE(长期不良治疗效果鉴定检测)的新型检测方法,该方法使用Stilla naica®微滴芯片数字PCR系统检测低频的脱靶事件,且有助于分析Cas9脱靶切割效应的影响,并可在单细胞层面进行评估。为了证明LATE方法有助于检测Cas9脱靶切割后的功能影响,研究人员进行了小规模的原理验证实验:明星基因TP53基因敲除后会导致细胞表现出相对生长优势,这是主要的致瘤性标志之一,因此可以作为验证“LATE”检测脱靶能力的指示。本文选取TP53进行CRISPR靶向实验,并转染到有限稀释后的原代人类新生儿包皮成纤维NUFF细胞中,通过“LATE”方法重复检测到低频(图 1. LATE检测原理LATE检测的原理包括 (1)用编码荧光蛋白、设计的核酸酶(Cas9)和gRNA的慢病毒载体转导原代人类新生儿包皮成纤维细胞 (NUFF),(2) 使用流式细胞术分析转导率并连续监控长达10周,(3)读取结果,随着转导细胞数量的增加,作为基因组编辑效应的细胞获得生长优势在这一过程中,“LATE”读取到的阳性结果(获得生长优势的细胞)会不会由TP53以外的基因被“脱靶敲除”引起,或者是序列存在其他的突变,例如插入诱变从而导致细胞获得生长优势呢?为了研究“LATE”检测的阳性结果与TP53插入缺失之间的联系,研究人员设计了GEF-dPCR(gene-editing frequency digital PCR)实验,即Drop-Off分析方法,该方法可以量化gRNA结合位点以及脱靶位点的插入缺失频率。图2. NUFF细胞获得的生长优势与TP53中的插入/缺失频率相关 (A)TP53外显子4片段和GEF-dPCR中使用的FAM、HEX标记探针的示意图。(B) TP53插入/缺失频率,数据由GFR-dPCR测量获得。(C) 脱靶TP53插入/缺失频率,由GEF-dPCR测量获得。对于TP53 gRNA结合位点的检测,GEF-dPCR使用两个双标记水解探针,一个HEX标记探针与远离gRNA识别序列的区域结合,易发生插入缺失的位点设计FAM标记的探针(图2A)。文中使用Stilla naica®微滴芯片数字PCR系统进行GFR-dPCR方法检测,实验方法详见原文第12页。随后进行Stilla naica®微滴芯片数字PCR系统检测,结果显示随着时间的推移,TP53插入缺失的频率随之增加,转导后第7天插入缺失率为1%–22%,在52天后达到44%–85%的峰值,该变化趋势和细胞获得生长优势的趋势一致。(图2B)研究人员还对TP53脱靶位点的插入缺失频率进行了检测(图2C)。上述dPCR检测结果也与NGS测序方法和RGB荧光标记方法一致,从而说明“LATE”能够检测TP53介导的gRNA的不良脱靶效应,但这些gRNA并没有被常用的在线预测工具标记为“危险信号”。随后,作者还验证了“LATE”可用于任何类型的设计核酸酶以及不同的CRISPR/Cas变体,并且可以扩展用于其他细胞类型,尤其是高度相关的原代hMSC。因此,“LATE”实验方案可用于验证特定细胞类型中特定设计核酸酶的脱靶效应的影响。图3:LATE检测可应用于hMSCs和h-TERT永生化细胞综上,“LATE”可以作为一种简单、快速和经济的技术手段,用来评估CRISPR/Cas系统带来的生理“副作用”影响,辅助临床前的安全性研究,是对基于NGS的全基因组脱靶检测方法的有效补充,特别是补充了流式和数字PCR的检测结果。原文:https://doi.org/10.1016/j.omtm.2021.07.004期刊介绍:《Molecular Therapy》是美国基因治疗学会(ASGT)的月刊,是基因转导、载体开发与设计、干细胞制造、基因、肽、蛋白、寡核苷酸的开发、细胞疗法、疫苗开发、临床前目标验证、安全性/有效性研究和临床试验等领域的领先期刊。《Molecular Therapy》致力于促进遗传学、医学和生物技术的科学发展,影响因子为6.698。
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2021.11.22
最近,有不少小伙伴说使用荧光显微镜太麻烦了,需要提前开汞灯进行预热,需要手动更换滤光片,荧光特别容易淬灭,稍微厚一点的样本拍出来的效果特别不好。为什么使用荧光显微镜会如此不方便呢?今天我们就来一探究竟。说到荧光显微镜首先想到的问题就是荧光光源及滤色块。这是为什么呢?所有的一切都要从荧光观察的原理说起。不管是自发荧光还是荧光染料,它们发光的原理是一致的,都是吸收某一波段的光,提高自身的能量,然后再以特定的波段将能量以光的形式对外释放。正是因为荧光成像的特殊性,显微镜荧光成像过程中对光源要求很高,需要通过滤色块对光源进行过滤,这样势必导致光源能量的损失,因此这就对荧光光源的能量有着很高的要求。传统的光源有汞灯、氙灯,它们可以为荧光观察提供足够的能量,正是因为其高能量的特性,必然伴随着很多不可避免的缺陷:1、能量高,功率大,需要预热与预冷。这就极大的增加了使用者的时间成本,同时极高的功率降低了使用寿命,增加了使用成本。2、高能量光源需要在稳定极高电压下被激发,因此光强不能随意调节,需要通过添加挡光片进行调节。这就意味着传统荧光光源强度不能根据需求在任意强度进行调节。3、高能量的状态存在爆炸的可能性,具有一定使用风险,同时容易对观察的样品产生较强的光毒性。随着科技的发展尤其是高能LED的诞生,越来越多的荧光显微镜开始使用高能LED作为显微镜的荧光光源。因为其可以固定发射某一波段的光,所以通过滤色块损失的能量极少。这就意味着LED作为荧光光源,既可以克服传统光源的缺点,又保证了荧光观察所需强度。那么有没有操作便捷的荧光显微镜呢?答案是:必须有的啦。Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜,带你解锁不一样的荧光观察技能。Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜就是采用高能LED光源,开关在毫秒间,可以大大减少样品在光照下的暴露时间。光源一致性好,寿命长,即开即用,光毒性低,对活细胞样品非常友好。针对不同的荧光染料,需要使用合适的滤光片来捕捉荧光信号。在不同荧光通道的切换方面,Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜是一键自动切换。针对需要进行多重荧光观察的样品,为了更加迅速的对脆弱的荧光样品进行捕捉,Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜搭配自动荧光系统,多通道荧光自动切换,自动多通道图像叠加,体验感极佳。最后在图像采集方面,Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜采取双相机模式荧光明场自动切换,荧光样品通过单色相机进行成像,确保了其最佳的采集方式。(关于荧光为何选取单色相机详见本公众号的-如何用显微镜拍出良好的照片。)以上就是Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜对荧光观察的解决方案,简单又实用。你以为这就结束了?不!最好的要留在后面。针对成像条件复杂的样本,Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜也给出了教科书级别的解决方案,简直亮瞎了双眼。通过Z-Stacking软件控制Z轴马达电机对样品进行Z轴层扫,获得不同聚焦平面的图像并自动整合为大景深的立体图像,获得超过二维平面效果的三维立体图像,显著提升较厚样品的图像质量。独有的DIGITAL HAZE REDUCTION实时数字化图像处理功能,增加宽场荧光显微镜图像锐度,抑制噪声减少模糊,提高荧光检测分辨率,清晰展现样本细微结构,颠覆传统成像效果。
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2021.11.18
qPCR扩增曲线一般分成四个阶段:基线期、指数期、线性期和平台期。那么每个阶段PCR产物量的变化都有什么区别呢?哪个阶段最重要呢?小编这就一一道来。基线期PCR起始时,刚开始前几个循环的荧光信号还没有发生变化,接近一条直线,将其称之为基线,一般是3-15个循环。在基线期内,扩增的荧光信号被背景荧光信号所掩盖,无法判断PCR产物量的变化。指数期扩增的荧光信号高于背景荧光信号,扩增曲线起峰,开始进入指数期。在指数期内,每个循环积聚的产物准确加倍(假定100%反应效率)。该阶段的PCR反应具有高度特异性和精确度。因为所有试剂均充足,反应的动力学推动反应有利于扩增子加倍,所以产物出现指数级扩增。只有在这个阶段,Cq值与初始模板量的对数之间存在线性关系,所以在此阶段进行定量分析最合适。线性期(高变异性)随着PCR反应体系各成分的消耗,其中的一种或者多种成分限制反应,导致反应开始减缓,并且每个循环的PCR产物不再加倍,该阶段不再是指数级扩增。平台期反应停止,不再产生更多产物,并且如果放置时间够长,PCR产物将开始降解。因为每个样品具有不同的反应动力学,所以每支试管或每个反应将在不同的时间点进入平台期,最终的产物含量也各不相同。由于线性期和平台期的扩增产物已不再呈指数级的增加,PCR的产物量与初始模板量之间没有线性关系,所以也不能通过这两个阶段的PCR产物量计算出初始模板量。想要知道初始模板量的多少,还要依赖指数期的Cq值进行计算。▲ 图1. qPCR 反应的重要阶段如图所示,标准的扩增曲线是呈现S型的。曲线是否符合标准,不仅跟样本起始量、qPCR体系配制、反应程序等相关,更依赖于一套高品质的实时荧光定量PCR系统。对于实时荧光定量PCR系统来说,高度检测灵敏度、高度重复性和高度稳定性,是每一台qPCR仪的追求。高性能的Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统完全符合以上要求,该系统来自美国Azure Biosystems公司,融合了高品质的帕尔特温度模块和基于光纤传输的光学检测系统,为您的科学研究提供高精准、高灵敏可靠结果。提供Azure Cielo-3通道和Azure Cielo-6通道,可根据实验需求灵活配置。同时配有10.3”触控系统,主机本身可独立运行、连接、远程交互,让您随时随地知悉实验进程和及时获得实验结果。▲ 图2. Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统高度的灵敏度使用探针法,同时在Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统和其他品牌产品上检测GAPDH基因,结果表明:A)Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统对单拷贝基因的检出率更高。B)Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的Cq平均值要低于2个Cq。▲ 图3. 单拷贝基因检测对比(n=96)高度的重复性源于优异的孔间均一性。105拷贝数GAPDH模板,GAPDH引物扩增,96孔重复结果。Cq平均值=19.1,变异系数(Cv)=0.002。▲ 图4. 96孔重复扩增曲线 A)线性图 B)对数图 高度的稳定性稳定可靠的温度模块和光学系统,确保仪器连续运行1000轮qPCR实验,数据依然稳定可靠,重复性高度一致。对GAPDH进行检测并连续计算Cq值得出平均值和Cq值的标准偏差。Cq值=22.4+0.01。▲ 图5. 长时间连续工作数据稳定
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2021.11.17
对于珍贵的生物样本来说,使用有限的生物样本获取更多的数据结果,能够帮助科研学者和诊断人员获得更全面的信息,同时降低运行成本,提高工作效率。11月18日,法国Stilla Technologies公司将举办naica®六色微滴芯片数字PCR系统线上Seminar,本次Seminar邀请了Eugène Marquis癌症中心学者分享数字PCR在肿瘤基因PIK3CA突变检测方面的研究进展,免疫表型中心学者进行数字PCR在表观遗传学和基因编辑领域的应用研究报告;同时,还将举办线上naica®数字PCR实验培训,届时欢迎大家前来学习。【关于Stilla Technologies】法国Stilla Technologies是总部位于巴黎的欧洲生物创新技术公司,具有跨学科专业知识的全球团队,利用先进的微流体化学,分子生物学和计算机科学等技术,拥有80多项全球专利,致力于提供突破性且灵活的naica®系统来加速下一代基因检测的开发。为全球的研究人员和临床医生提供高精度的遗传分析解决方案来改善健康状况。【关于深蓝云】北京深蓝云生物科技有限公司作为法国Stilla Technologies公司在中国的数字PCR技术示范与服务中心,在北京和苏州建有标准PCR实验室,致力于为用户提供新型生命科学研究仪器和分析产品以及优化的整体应用解决方案。深蓝云生物配备着专业的技术支持和应用支持,依托生命科学产品和解决方案,专注为用户提供分析产品和完善的售前咨询和售后服务。naica®六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
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2021.11.17
双十一刚过,肯定有不少小伙伴剁手了吧。双十一不只是电商的购物狂欢节,还是令人心痛的单身日。小编作为单身狗着实羡慕那甜美的爱情。所以我只能化悲愤为力量全身心的投入到工作中去。作为仪器工作者本以为显微镜就是我最好的伙伴,后来发现我还是太年轻了,在这个讲究CP感的时代里,我着实被宽场显微镜里最甜的CP秀了满满一脸。作为报复的手段,我要把他们的故事讲给大家听,宽场显微镜最甜CP-景深扩展与反卷积,接下来我就好好扒一扒它们的前世今生。首先有请我们的男主角闪亮登场。景深扩展又称Z-Stacking,在说他的故事前,我们需要明白什么是景深。当镜头对着处于焦面物体拍摄时,被拍摄物体与其前后的景物有一段清晰的范围,这个范围我们将其称为“景深”。为了让大家更好的理解,我在这里给大家举个例子。图源:网络,侵删就像图中一样,我们在观察与拍照过程中,有时仅可以看清楚花瓣,有时花瓣根茎叶都可以看清楚,这就是因为景深大小不同所致,大景深看清的物体多如左图,小景深看清的物体少如右图,那为什会产生这样的区别呢?一个镜头只有一个焦平面。处于焦平面上的物体经过物镜会在目镜或相机芯片上形成一个点,非焦平面上的点会形成一个模糊圆,这个圆术语叫做弥散圆(circle of confusion),怎么去理解这段话呢?如图所示,黑色线条为焦平面,焦平面上的点经过物镜,在相机芯片或视网膜上形成一个小圆点,两条绿色的线分别是非焦平面,非焦平面点经过目镜会形成一个圆圈,这个圆圈就是弥散圆(circle of confusion)。如果我们远离这张图片,那会发生什么呢?我们中间的这个小点就看不到了,上下的两个圆斑会越来越小,一直小到和这个点一样大的时候,我们这时候就认为它不是斑,而是点了。如果弥散圆小到人眼或芯片无法鉴别看起来就是一个点,那这个弥散圆称为容许弥散圆,可产生容许弥散圆的平面之间的距离称为景深。我们再简单一点,显微镜的景深就是当前镜头,可以看清楚样品的厚度。对于观察者来说,同视野下能看清楚样品的厚度越厚越好,越厚就证明镜头的景深越大。在显微观察中是否可以无限制追求大景深呢?答案是否定的。因为景深与物镜的NA值负相关,而NA值与物镜的分辨率及放大倍数正相关。关系如下图所示:图源:网络,侵删如何在高倍镜下获得大景深的图像呢?这就轮到我们的男主出场了—景深扩展。在宽场显微镜中,增大显微图像景深的通常做法是对样品进行不同厚度位置的扫描,并采集程序列图像,以一定的规则进行融合,通过计算重建一幅大景深图像。图源:网络,侵删目前显微镜实现景深扩展的基础是什么?硬件基础:显微镜景深扩展分为手动景深扩展与自动景深扩展。对应的硬件基础分别为手动准焦螺旋(手动Z轴)与电动准焦螺旋(电动Z轴)。软件基础:Z轴控制与图像处理。如果想把我们男主角的魅力发挥到极致,电动Z轴必不可少。因为与手动景深扩展相比电动的优势有:1、一致性更高 2、步进精度更高 3、可重复性更好 4、操作更为简便。从上文的介绍中大家明白了景深扩展优化了显微镜在竖直方向的成像效果,那与他在一起的反卷积的功能也就呼之欲出了:优化宽场显微镜水平方向的成像效果。接下来有请我们的女主角登场,同样的,在讲她的故事之前,我们要明白宽场显微镜存在分辨率的极限。图源:网络,侵删从分辨率的公式中可以看出分辨率与NA值正相关。还记得上文中提到的景深与其负相关吗?所以说从家庭背景的角度上景深扩展与反卷积就开始彼此纠缠了。书归正文,通过分辨率公式我们可以得出分辨率的极限是200nm,为了纪念公式的提出者—德国的光学物理学家恩斯特阿贝,人们把这个极限值称为阿贝极限。人们为了突破分辨率极限诞生了以共聚焦显微镜为代表的超高分辨率显微镜。它们通过改变照明结构来突破宽场显微镜的分辨率极限,以获取更加清晰的观察结果。今天我们讨论的是宽场显微中的最甜CP,共聚焦显微镜改变了光路结构不在今天的讨论范围内。那除了硬件改变来提高分辨率,可不可以不改变宽场显微镜的光路结构,通过软件来实现分辨率的突破呢?答案是有的,那就是我们的女主角反卷积。图源:网络,侵删我们先看上面的图,如图所示理想的镜头成像时,一个对焦平面上的物点会投影为一个像点,但事实上理想的镜头是不存在的,镜头总是存在一些缺陷会导致一个物点会投影为很多点,一个点经过镜头后成的像由点扩散函数PSF(Point Spread Function)来描述。是不是听起来有些懵?简单给大家做个比喻,有美女或帅哥站在你的面前,理论上你可以清楚地看到他的容貌,但实际过程中你和美女帅哥之间多了一块毛玻璃,这块毛玻璃就是扩散函数,那能不能把这块毛玻璃打碎呢?可以的,这就需要用我们的女主角反卷积了。图源:网络,侵删如图所示,我们会有一个很自然的想法就是,如果我们有实际镜头的成像,另外还知道了镜头的PSF,即我们知道了上式的b和c,是否可以得到更加理想的成像x呢?这个过程称为去卷积Deconvolution。经过上面的介绍,相信大家就会明白为什么我会把景深扩展与反卷积称为宽场显微镜最甜CP了吧。男主角景深扩展充满活力地在Z轴方向上下翻飞,优化显微镜竖直方向的成像效果。女主角反卷积稳重包容在水平方向突破自我。这里我还要提一点特别重要的,很多小伙伴认为反卷积作为一种算法没有硬件的改变是不是随意搭配任何机型都可以实现。其实不然,每一个公司的每一个型号上的每一颗物镜都只有唯一的反卷积公式。最后总结一下,想必大家应该明白我为什么去写这篇文章了。在显微观察过程中存在很多不同的功能,我选择跟成像质量最相关的功能拿出来跟大家说一下,就是希望小伙伴们在学习与工作中更好的去使用显微镜。口说无凭眼见为真嘛,大家可以用自己实验室的显微镜试一下这对CP的魅力,这两个功能虽然在市面上很常见,但是能集二者与一身的显微镜并不多,怎么解决呢?欢迎大家来试用我们的ECHO显微镜吧。Revolve Generation 2正倒置荧光显微镜Revolution正倒置一体智能显微成像系统
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2021.11.16
荷兰乌得勒支大学,荷兰鹿特丹伊拉斯谟癌症研究院,荷兰癌症研究院等科学家团队在《Genome Medicine》(2021年影响因子11.117)杂志上发表文章“Optimizing Nanopore sequencing-based detection of structural variants enables individualized circulating tumor DNA-based disease monitoring in cancer patients”,提供了一种即时的、高灵敏的个体化疾病监测解决方案,基于癌症基因组三代测序技术实现潜在SV标志物筛选,随后通过naica®微滴芯片数字PCR系统绝对定量检测转移性前列腺癌患者血浆中ctDNA(循环肿瘤DNA)的SV标志物,并实现持续监测。通过实时监控SV的变化,来评价肿瘤治疗的动态反应。通过四个病例的特异性SV的数字PCR监测,表明SV动态变化与已有的肿瘤治疗反应标志物如PSA具相关性并能更早发现复发。应用亮点1.naica®微滴芯片数字PCR系统能够用于血浆ctDNA中的特异性SV生物标志物的检测。2. naica®微滴芯片数字PCR系统三色荧光通道同时检测SV结构变异,上游野生型和下游野生型三个靶标位点。3.naica®微滴芯片数字PCR绝对定量患者SV标志物,适用于肿瘤治疗反应监测,更早提示复发。三通道数字PCR绝对定量检测血浆cfDNA中肿瘤特异性SV实验设计A、血浆cfDNA中肿瘤特异性SV的数字PCR绝对定量检测路线。B、三通道数字PCR的引物和探针设计检测。野生型上游和野生型下游等位基因与变异等位基因。设计了三个标记不同荧光染料的探针,特异性检测变异等位基因或野生型上游和下游等位基因。循环肿瘤DNA循环肿瘤DNA(ctDNA):肿瘤细胞释放入血的游离DNA(cfDNA),大小约为160-180 bp。与正常的游离DNA(cfDNA)相比,ctDNA的不同之处在于携带肿瘤特异性的遗传学改变(SNV,CNV,Indel,SV),约占0.1-1%,ctDNA已被证明与肿瘤负荷呈正线性相关性。有多例病例报道,ctDNA在临床症状出现前几个月发现癌症复发,通过ctDNA的液体活检,有望监控肿瘤负荷,确定疗效和耐药性,检测微小残留病,并了解肿瘤异质性和克隆进化。结果与结论利用naica®微滴芯片数字PCR系统进行4例前列腺癌患者两个时间点,即基线期和进展期时,血浆cfDNA中两个肿瘤特异性结构变异位点SV-A和SV-B的检测,VAF变异等位基因频率如图C,每mL血浆中变异等位基因拷贝数如图D。C、显示四例前列腺癌患者血浆ctDNA中SV-A和SV-B的VAF变异等位基因频率。D、显示四例前列腺癌患者每毫升血浆中SV-A和SV-B变异等位基因拷贝数。监测4名前列腺癌患者的血浆ctDNA中特异性SV变异水平,每个患者有两个SV,并与PSA和ALP等临床生物标志物进行比较。患者Pros1和Pros5的SV-A和SV-B的VAF监测结果显示与肿瘤负荷相关,患者Pros1和Pros4比PSA更早地提示疾病的进展。下图为患者Pros1血浆ctDNA中的SV持续监测结果。E、患者Pros1两种SV的VAF、治疗、实验室指标(前列腺特异性膜抗原(PSA)、碱性磷酸酶(ALP))和临床疾病进展(PD)。* Cabazitaxel:卡巴他赛,是一种紫杉烷类化疗药物,主要用于治疗激素难治性转移性前列腺癌。展望作者在文中表明:临床医生非常清楚癌症治疗方案动态监测的重要性,但缺乏即时监测肿瘤治疗反应的有效工具,因此尽管医生能够及时发现了病情变化并做出反应,但却为时已晚。本文提出了一种克服这些限制因素的新方法,并为即时个性化疾病监测提供解决方案。每个患者持续监测了两个SV,结果表明使用SV量化ctDNA以监测治疗反应具备潜在临床效用。这种方法可以提高疾病监测的敏感性,使其满足更智能治疗方法的要求。更多详情查看原文:DOI:10.1186/s13073-021-00899-7法国Stilla Technologies公司naica®微滴芯片数字PCR系统,六色荧光通道,少量样本中获得更多生物信息,了解详情请点击:https://mp.weixin.qq.com/s/rVt1F50ILi3wFY9FdndyBwGenome Medicine影响因子:影响因子查询网址:https://www.iikx.com/sci/biology/18358.html
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2021.11.12
什么是实时荧光定量PCR(qPCR)?在PCR反应体系中加入荧光基团,利用荧光信号积累实时监测整个PCR进程,最后通过Cq值和标准曲线对起始模板进行定量分析的方法。一.使DNA产物发出荧光的常用标记方法① 非特异性荧光染料—SYBR Green荧光染料也称DNA结合染料,SYBR Green 是一种结合于所有DNA双螺旋小沟区域的具有绿色激发波长的染料。游离的SYBR Green几乎没有荧光信号,但结合双链DNA后,其荧光信号可呈数百倍的增加。随PCR产物的增加,PCR产物与染料的结合量也增大,其荧光信号强度代表双链DNA分子的数量。▲ 图1. SYBR Green染料法发光原理② 特异性荧光探针—TaqMan探针qPCR中最常用的荧光探针为TaqMan探针,其基本原理是依据目的基因设计合成一个能够与之特异性杂交的探针,该探针的5'端标记荧光基团,3'端标记淬灭基团。完整的探针,两个基团的空间距离很近,淬灭基团的靠近会通过空间上的荧光共振能力转移(FRET)而显著降低由荧光基团发射的荧光。PCR扩增时,探针一般先于引物结合到目的基因序列上,结合位点位于其中一个引物结合位点的下游。随着引物的延伸通过Taq DNA聚合酶的5'外切酶活性,探针发生水解,荧光基团和淬灭基团进行分离,从而增强了荧光基团的信号。每经过一个PCR循环,就会有更多的荧光基因从探针上脱离,荧光强度会随着PCR产物的增加而增加。因此,根据PCR反应体系中的荧光强度即可得出初始DNA模板的数量。▲ 图2. TaqMan探针法发光原理二.荧光定量PCR系统如何记录荧光信号所有的实时荧光定量PCR系统都有三个共同的组成部分:温控系统,光源系统和检测系统。温控系统用于PCR扩增,执行高温变性,低温退火和中温延伸的步骤;光源系统用于激发荧光染料或荧光基团,使其发出信号;检测系统采集荧光信号。温控系统每完成一个循环,光源和检测系统则先后进行激发和采集,从而实时记录每一个循环荧光信号的变化。随着PCR反应的进行,产物逐渐积累,荧光信号逐渐增强。▲ 图3. 实时荧光定量PCR系统检测原理那么Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统,采用了高能LED作为光源系统,可保证光源强度高,光源一致性好;高品质的帕尔贴温度模块作为温控系统,升降温速率快,可设置12列跨度30°C的温度梯度;卓越的CMOS拍照+光纤信号传输作为检测系统,CMOS检测灵敏度高,光纤传输速度快,无光损失和噪音干扰,无需ROX校准。Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的高配置保证为您的科学研究提供高精准度、高灵敏度和高可靠性的实验结果。▲ 图4. Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统三.如何根据荧光信号得出初始模板量实时荧光定量PCR系统所监测到的所有循环的荧光信号可以绘制成一条曲线,即为荧光扩增曲线。扩增曲线一般分为基线期、指数期、线性期和平台期。指数期内,每个循环PCR产物量大约增加1倍(假定100%反应效率),该阶段的扩增反应具有高度特异性和精确度,所以重复性好。▲ 图5. 扩增曲线qPCR软件会在指数期划定一个阈值线,阈值线对应一个荧光强度值,即阈值。在qPCR过程中,各扩增产物的荧光信号达到设定的阈值时,所经过的扩增循环数即是Cq值。Cq值与初始模板量的对数成线性关系。样本初始模板量越多,荧光信号达到阈值所经历的循环数越少,即Cq值越小。▲ 图6. Cq值与初始模板量的关系
应用实例
2021.11.09
维也纳兽医大学的研究者们进行了一项回顾性研究,用以评估马细小肝炎病毒EqPV-H在蒂勒氏病以外的组织病理学异常的马和驴肝脏中是否存在及其相关性,研究者们希望通过该研究确认新发现不久的EqPV-H是否会导致其他的肝脏疾病,并且通过EqPV-H的感染情况进一步分析EqPV-H病毒的感染模式。亮点:1.通过采用新技术的回顾性研究,对之前收集的样本进行分析,找到EqPV-H病毒可能与肿瘤性疾病存在关联。2. 凭借naica®微滴芯片数字PCR系统的直接绝对定量和对抑制剂的高耐受性,快速、高效的进行拷贝数的检测,确定组织样本中的病毒含量。3.通过对不同部位病毒含量的检测进一步佐证了EqPV-H病毒的嗜肝性,以及其慢性感染的可能性。马细小肝炎病毒是什么?蒂勒氏病是一种与马相关的急性、爆发性肝坏死疾病,该疾病1918年在南非发现,后续也不断有马出现该病,且主要与马源性生物制品如马血浆、破伤风和肉毒中毒抗毒素的给药有关,因此推测该病应该与一种传染性的病原体相关,但一直没有找到该病原体。直到2018年,科学家在一匹接受破伤风抗毒素后死于蒂勒病的马的血清和肝脏样本中检测到一种未知病毒,新发现的病毒被命名为马细小病毒肝炎EqPV-H。通过对最近的蒂勒氏病例检测发现,该病毒在染病马匹中均存在。且该病毒具有嗜肝性,血清和肝中的病毒载量最高。其他方面的研究也支持了该病毒是蒂勒氏病的病原体的假说。本文则主要通过对之前的标本进行分析,探寻EqPV-H作为一种新发现的病毒,其是否还有一些其他的病理作用,是否与其他肝脏疾病相关?回顾性的EqPV-H检测结果如何?研究者们收集了各类因肝组织病理学异常的临床样本,将其分为7组,包括肿瘤疾病,炎症性疾病、肝硬化、循环障碍、毒性和肝代谢疾病、多种疾病(1-5组中2种以上的病理学特征)和正常肝组织。在这些收集到的92例肝脏样本中,只有2例发现了EqPV-H病毒,且两例均诊断为腹部肿瘤。但癌症与机会性感染的高易感性是相关的,因为肿瘤性疾病伴随的全身虚弱和免疫抑制可能促进EqPV-H继发感染,所以EqPV-H是否可能是马科动物原发性肝肿瘤发生的诱因,需要进一步的研究来评估。通过对这两例样本的进一步分析发现,在这匹马的脾脏组织(肿瘤转移部位)以及心脏和肺组织中也可以检测到非常低的EqPV-H。这与之前的研究相一致,肝脏中病毒载量最高,其他组织中含量较低但也可持续存在,这意味着该病毒可能存在慢性感染。进一步通过naica®微滴芯片数字PCR系统对病毒的载量进行绝对定量分析,EqPV-H核酸阳性的两个肝脏样本,病毒载量分别为5×103和9.5×103GE/百万细胞,略低于其他研究中肝脏样本1.26×104GE/百万细胞到2.04×109GE/百万细胞的病毒载量,这可能是慢性感染的另一个迹象。▲ naica®微滴芯片数字PCR系统检测肝脏1号和2号样本中EqPV-H和细胞校正基因TTC17绝对定量结果。由于这项研究是回顾性的,所有的组织样本在室温下被石蜡包埋1至17年,这可能会影响可检测病毒的数量。但仍然在其中2匹肿瘤性疾病的马样本中检测到EqPV-H病毒,这表明EqPV-H感染和肿瘤性疾病之间可能存在关联甚至相互作用。尽管这篇文章最终并未得出某种疾病与EqPV-H的确切关系,但是通过naica®微滴芯片数字PCR系统这样的新技术和新发现的病毒EqPV-H对以前的样本进行回顾性研究,仍然发现了一些之前从未了解到的新内容,也为其他的研究提供了新的思路和方向。期刊《viruses》Viruses (ISSN 1999-4915) 是一个国际性开放获取期刊, 至今已被SCIE、PubMed 、Scopus等各类数据库索引,其最新影响因子为3.465。作为病毒学研究的高级论坛,该期刊旨在帮助研究人员细致的展示他们的前沿发现和观点,并使其迅速传播。naica®微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica®微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要2.5小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。naica®六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
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2021.11.08
在应对病毒性大流行疾病时,为了有效控制病毒传播和减少感染人群,快速且可靠的诊断是至关重要的。那么目前检测COVID-19的 "黄金标准 "依赖于一种成熟的技术,即反转录定量聚合酶链反应,也叫RT-qPCR。简而言之,这一程序包括RNA提取、逆转录成互补DNA或cDNA,以及用热循环仪对转录本(病毒基因组的特异性)进行实时定量。为了早期检测和诊断,实时荧光定量PCR仪必须能够检测非常少量的病毒RNA。研究表明,检测限(LOD)或以>95%置信度检测到的最低RNA浓度,表示每1μL可能只有1拷贝的病毒RNA。因此,我们准备用COVID-19 RNA来确定Azure Cielo™的LOD。材料和方法Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统的LOD或分析灵敏度使用FDA批准的COVID-19 genesig® Real-Time PCR assay进行检测,如使用说明书(IFU)所述。使用试剂盒提供的阳性对照模板(PCT)生成6点标准曲线,如下所示:▲ 表1. PCT系列稀释液SARS-CoV-2全基因组RNA从欧洲病毒全球档案馆(EvaG)获得,并按照IFU中的描述进行连续稀释,每个稀释液进行20次重复。结果和讨论通过表1的PCT稀释液得到标准曲线(图1),将病毒RNA/μL的拷贝数与Cq值关联起来。▲ 图1. 标准曲线数据显示,在12.5cp/μL、1.25cp/μL和0.625cp/μL时,Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统均检测到20/20(100%)的重复,Cq平均值分别是30.49(图2,绿色)、33.66(图2,黄色)和34.80(图2,橙色)。在0.06cp/μL时,检测到12/20(60%)的重复,Cq平均值37.12(图2,红色)。▲ 图2. 病毒拷贝数与Cq值的关系结果表明,针对SARS-CoV-2 RNA的检测,Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统的最低检测限LOD为0.625cp/μL,表明Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统可用于快速可靠地检测COVID-19。Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。
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2021.11.04
荧光显微镜的软件界面让你伤透脑筋,不知该怎么调整?荧光通道切换需要调整的东西太多,切换时总出错?观察时间太长,眼睛总是盯着目镜酸涩难忍?如果你有这些烦恼,那就来试试Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜吧。Revolve Gen2化繁为简,功能整合,明场、荧光、正置、倒置四位一体;并且采用流畅智能的拍摄软件,进一步可叠加DIGITAL HAZE REDUCTION(DHR)实时数字化图像处理功能,增加宽场荧光显微镜图像锐度,抑制噪声减少模糊,提高荧光检测分辨率;可通过精确Z-Stacking功能实现全景深样品观察,较厚样品荧光检测效果出众。Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜采用交互式设计的智能电动荧光系统,实现毫秒级荧光自动切换,即保证成像质量又可保护用户样本。便捷的一键控制解决了荧光观察前的繁琐调试。同时可以一键切换相机系统,独特的双相机配置,实现了明场和荧光的一键切换和匹配拍摄。宽场荧光显微镜荧光拍摄清晰度不够,共聚焦拍摄速度又太慢,而且荧光容易淬灭,是否可以加快拍摄速度,避免荧光淬灭,同时可以得到足够清晰的图片?是否实现较厚样本的快速超高清全景深观察?Revolve Generation 2正倒置一体电动荧光显微镜将实现您的想法☑ 独有的实时DHR数字降噪技术,通过数字化图像处理,在镜下实时显示高分辨图像,清晰展现样本细微结构,颠覆传统成像效果。☑ Z轴高精度自动层扫,配合实时DHR数字降噪技术,在保持高分辨率的同时,对较厚样本进行全景深扫描合成,实现全景深观察。新一代Revolve正倒置一体电动荧光显微镜,拥有流行的触屏操控方式,配备智能荧光成像系统,将Z-Stacking全景深成像和DHR数字处理功能有机联合,提升分辨率告别照片模糊,为您打造全新的成像体验。
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2021.11.03
每个孩子都是一本“十万个为什么”,每个小朋友心中都充满了各种各样古灵精怪的问题:宇宙有多大?为什么植物大多数都是绿色的?秋天,树叶为什么会脱落?细胞长什么样子?为了解开小朋友们心中的谜团,我们将Echo Rebel正倒置一体显微镜带到了校园,走进了课堂,开展了显微镜的科普知识讲解活动,让孩子们可以自由探索奇妙的微观世界。本次活动主要以“显微镜探秘 ——显微镜下的神奇世界”为主题,讲解了关于显微镜的基础知识,了解了什么是细胞,以及通过例子展示了显微镜下的细胞是什么样子的,最后向小朋友们展示了显微镜的基本操作。▲Echo Rebel正倒置一体显微镜在课堂上,小朋友们全神贯注,认真听讲,踊跃发言。针对他们提出的问题,王老师耐心的进行一一讲解。在王老师向大家演示了显微镜的操作之后,小朋友们进行了实际操作,现场气氛非常活跃。王老师说,活动的大部分时间都是在小朋友们的实操中展开,他们的动手能力很强,使用Echo Rebel正倒置一体显微镜观察不同的样本,探索肉眼看不到的微观世界,极大的激发了小朋友们的学习兴趣。简单、容易上手的显微镜不但激发了小朋友们的好奇心、想象力和创造力,而且让孩子们在自由探索奇妙的微观世界的同时还提高了动手能力,引领他们在未来攻克科学难题,攀登科学高峰。
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2021.11.03
数字 PCR (dPCR)可以提供比传统qPCR更高的精准度和灵敏度,尤其是在肿瘤学应用中,dPCR能精准且可靠地检测到较低浓度样本中的稀有突变等。目前,使用Drop-off方法可以同时检测基因组内发生的多个序列插入、缺失或碱基突变,最大限度地提高单个检测中样本的数据输出,节省时间和检测成本。本文以naica®微滴芯片数字PCR平台为基础,对使用Drop-off方法检测基因缺失进行阐述。首先,为大家介绍一下Drop-off方法原理:☑ Drop-off是指利用探针在一个反应中检测基因组序列的同源基因突变(包括核苷酸的缺失,插入和替换)。☑ Drop-off方法包括两个TaqMan 探针:一个与野生型序列互补而与突变位点不发生互补的Drop-off探针和一个与突变型和野生型基因都互补的Reference探针(如下图A)。☑ 当野生型等位基因存在时,Drop-off探针和Reference探针都将与目标序列杂交,产生双重阳性信号(如下图B,蓝色群)。相反,如果存在突变的等位基因,即使一个核苷酸的突变也会阻止Drop-off探针与之杂交,因此只有Reference探针与目标基因结合,从而得到一个阳性信号(如下图B,绿色群)。A.Drop-off和Reference探针及引物在目标基因上的示意图(FP:上游引物,RP:下游引物)B. Crystal Miner 2D图中显示来自双阳性野生型等位基因的荧光簇(天蓝色:蓝色和绿色)和突变等位基因的荧光簇(绿色)及阴性微滴簇(黑色)。Drop-Off探针仅和野生型序列互补,而跳过突变序列(图B,纵坐标的蓝色通道);Reference探针与突变和野生型等位基因进行互补(图B中横坐标的绿色通道)。野生型浓度CWT可以直接从双阳性微滴中PWT的比例得出。但是,Drop-off突变体浓度Cmut必须从确信包含突变等位基因的微滴比例Pmut中得出。由于野生型和突变等位基因可能被分配到同一个微滴里面,因此采用双阳性微滴对突变体进行定量是不准确的,只能通过排除双阳性微滴来确定Pmut(将突变阳性群体定义为对Reference探针呈阳性但对Drop-off探针呈阴性的微滴)。上文已对检测原理和检测方法进行了阐述,那么如何对Drop-off检测结果进行分析呢?1、使用高灵敏naica®微滴芯片式数字PCR系统的蓝色和绿色两个通道对突变等位基因(MAF)进行绝对定量。2、使用Crystal Miner分析软件进行量化分析计算。A 、通过自主圈群功能选中三种微滴群体并进行命名-突变型阳性(绿色),双阴性(黑色),野生型双阳性(天蓝色:蓝色和绿色)。B、通过naica Crystal Miner软件获得Drop-off突变型的浓度Cmut(绿色),以及野生型浓度CWT(天蓝色)。C、计算MAF Drop-off突变,即MAF Drop-off=Cmut/(Cwt+Cmut)。(如想了解关于Cmut和Cwt详细计算方法,可点击链接:https://www.gene-pi.com/tutorial/drop-off-assay/)小提示:如果不排除双阳性的微滴并将其归为阴性微滴中, Drop-off突变体的MAF则会被低估,对于任何Cmut<100cp/µL,这一系数几乎是恒定的(例如在样品中CWT为500 cp/µL时,低估了25%)。保留双阳性微滴既不会降低测得的Drop-off突变体浓度的相对不确定性,也不会降低LOD。应用亮点:☑ 通过使用naica Crystal Miner圈群功能,可以对Drop-off突变进行精准定量。☑ 排除模棱两可的微滴,在不降低测量精度的前提下避免了低估Drop-off突变体的浓度。☑ 本次检测使用了naica®微滴芯片数字PCR系统的蓝绿两个通道,第三个检测通道还可以添加一个内部对照或同时量化一个MAF点突变。如想学习更多Drop-off知识,可以通过以下方式获取Drop-off计算方法:http://www.cycloudbio.com/product/36748.htmlnaica®微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica®微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要2.5小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。naica®六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
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2021.11.03
我们实验室用的正置明场显微镜主要用于组织切片,油镜的观察;倒置显微镜常用于观察培养皿、培养瓶和孔板。两台显微镜不仅占地而且用起来还比较麻烦,目镜筒的高度不可调,几张片子看下来感觉脖子都要断了,通过目镜筒来观看,一会卡眼镜一会看不见,要么就是单眼看而且还不清晰。▲ 图源:网络,侵删哇咔咔,Rebel正倒置一体显微镜来啦,解决以上烦恼,与众不同——此显微镜方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置的切换,听起来有点玄幻,有视频为证:▲Rebel正倒置一体显微镜 功能详解:景深扩展:电动Z轴,搭配Affinity软件,适用于观察厚样品,突破景深限制。大图拼接:适用于低倍镜观察大样品时,仍然无法观察全貌的情况,将同一焦平面下(XY轴)的局部观察图进行拼接,得到一张完美全景图,了解样品更多的信息。 网络化分享:无限投屏:可以把显微镜上看到的图像同步投屏在大屏幕上,适用于课题分享和线下教学。网络可视化:即使相隔万里也可以随时随地、多人多点实时查看高品质的图像和图片的传输。移动显微工作站:自动细胞计数:只需轻轻一点即可在几秒内快速进行细胞计数,存活率计算,可信度高,不挑耗材,啥都行。小小的机身,大大的能量,Rebel你值得拥有!
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2021.10.28
分子生物学研究对提取RNA要求较高,纯度高、完整性好、含量高的RNA是获得实验成功的关键和前提。小编给各位小伙伴总结了以下RNA提取常见问题及RNA质量的评估方法:常见的RNA提取方法有异硫氰酸胍-苯酚法(Trizol法)、离心柱法和磁珠法。Trizol法是动物组织及动物细胞总RNA提取最常用的方法。Trizol法裂解能力较强,尤其适合小样本及特别难提取的组织,如皮肤,动物结缔组织等总RNA的提取;另外Trizol作为一种通用型的裂解试剂,还可以用于植物组织、细菌、真菌等组织的提取。离心柱法是一种十分稳定的RNA提取方法,电泳条带较为均一,但分子量较小的RNA会被过滤掉。磁珠法是使RNA与纳米磁珠结合,在磁场作用下,磁珠-核酸复合物与液体分离,再把核酸从磁珠上洗脱下来。对于含多糖多酚的植物组织如油茶、茶叶、油菜等还可以使用CTAB法进行总RNA的提取。那么在RNA提取过程中如何防止RNA降解,保证RNA质量?如何避免RNA降解?1.避免RNA酶的产生:A 、避免内源性RNAase:内源性RNAase是造成RNA降解的最重要原因。收集样本时,内源性RNA酶释放,降解RNA,降解速度与酶含量和温度有关,所以收集样本时必须马上进行内源RNA酶的失活。内源性RNAase失活方法:①迅速研磨破碎后加入裂解液中保存;②立即切成小块投入液氮中保存;③使用RNAlater保护剂等。B、避免外源性RNAase:使用无RNase的塑料制品和枪头,玻璃器皿要消毒避免交叉污染,注意:戴帽子、戴口罩、橡胶无菌手套,在清洁灰尘少的试验台提取。2.提高RNA提取效率:A 、组织RNA提取:选用新鲜组织,这样RNA提取的效果比较好;如果不是新鲜的(最好在半年之内,-80℃或者液氮中冻存的)组织,注意不要反复冻融,从冰冻状态拿到0-4℃,待组织解冻后,用DEPC泡过的剪刀剪一小块组织,称重后,放到预冷的匀浆器中,进行匀浆处理。注意:速度不要太快,要有间隙,否则由于摩擦产热,RNA遇热会加速降解。如果一次做多个标本的RNA提取,也要这样做,更不能急。后面的步骤和细胞RNA提取一样。B、培养细胞的RNA提取:贴壁细胞,需要先用胰酶消化后,然后收集到离心管中,离心,去上清然后用PBS多洗2-3次,以去除多余的胰酶。悬浮细胞,直接用吸管或者加样枪吹打,以使细胞基本可以被吹下来。然后离心去上清,不需要用PBS洗。如何确认RNA质量的好坏?1. RNA溶液纯度的检测:RNA溶液在280、320、230、260nm下的吸光度分别代表了核酸、背景(溶液浑浊度)、盐浓度和蛋白等有机物的值。一般我们通过OD260/OD280的值来判断RNA纯度:OD260/280的值在1.9-2.1之间,认为RNA纯度较好;OD260/280的值小于1.8时,表明蛋白质杂质较多;OD260/280的值大于2.2时,表明RNA已经降解;注意:如果用TE溶液洗脱RNA,会使OD260/280的值偏大。2. RNA完整性的检测:1)通过琼脂糖凝胶电泳检测28s和18s条带,28s条带宽度为18s条带的两倍;2)通过色谱方法检测,RIN值:28s/18s为1.8-2.0,表明RNA完整性较好,基本无降解发生。RNA电泳带型的特征:☑RNA应该呈现出3条rRNA带。分别是5、18、28SrRNA条带。☑28s亮度是18s亮度的一倍,其他比例关系均提示RNA有一定程度的破坏。☑不能有多的带出现,出现多的带有两个可能:一是DNA污染带;二是rRNA破坏断裂带。☑rRNA之间可以看到很淡的、雾蒙蒙的mRNA拖带。☑ 琼脂糖凝胶被RNAase处理后电泳带基本消失,没有明显的、边缘清晰的带残留(如果有残留就是明显的DNA污染,而且是很大量的 DNA污染。参考文献:[1]Vermeulen J, De Preter K, Lefever S. Measurable impact of RNA quality on gene expression results from quantitative PCR[J]. Nucleic Acids Res 39 2011 :e63.Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。▲ Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统
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2021.10.26
为提高医学学术诊疗水平,促进学科的建设和发展,定于2021年10月29-30日在广东· 惠州市康帝国际酒店召开广东省医学会第六次医学科研实验室建设与管理学学术会议。我们深蓝云生物科技将携相关产品在17号展位恭候您的参观咨询。本次大会主题“继往开来,创新发展”,邀请省内外知名专家就医院中心实验室发展方向探讨-实验室的安全案例与防范对策、新发病毒的临床和基础结合研究之路、医院实验室协同发展促进临床转化与自主创新的探索与思考、大数据环境下的机遇与冷静等热点问题及科研实验室的各类前沿课题研究进展进行交流分享。 产品展示 naica®全自动微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。▲ naica®六通道微滴芯片数字PCR系统ECHO正倒置一体显微镜ECHO正倒置一体显微镜兼具正置和倒置显微镜的功能,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;无传统目镜设计,拥有明场,相衬,荧光,偏光等观察方式,可兼容活细胞观察,病理切片,免疫组化,免疫荧光,荧光原位杂交等。▲ ECHO正倒置一体显微镜Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。▲ Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统
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2021.10.26
显微镜是生物实验室中必备的设备,但显微镜的类型和配置众多,需求和配置如何相互对应?又该如何去选择适合自己实验室的显微镜?让我们跟随深蓝云一起,看看显微拍摄的设备需求吧。问题1:我经常需要观察细胞,应该用什么样的显微镜?回答:细胞种类众多,但是大多数活细胞观察时都是未染色细胞。未染色的细胞为透明状态,普通明场显微镜观察不到,这种情况下,需要使用相差的观察方式。相差模式将光波通过细胞折射率和厚度不同的各部细微结构产生的相位变化变为振幅差来观察活细胞和未染色的标本。问题2:我们课题组即需要对病理切片进行观察,也需要对培养的细胞进行观察,这两种方式需要什么样的设备?回答:切片类型的样本建议采用正置观察方式,即物镜位于载物台上部,而细胞一般放置于培养瓶、培养皿中,所需要的空间更大,更适合使用倒置观察方式。因此对常规显微镜就需要一台正置显微镜、一台倒置显微镜。不过ECHO正倒置一体显微镜,既可以正置也可以倒置,一台就可以满足两种需求啦。问题3:既需要明场拍摄也需要荧光拍摄需要怎么选?回答:▲荧光产生原理图▲ 荧光光路示意图单色相机拥有更高的灵敏度以及光通量,而彩色相机拥有更好的对比度和色彩还原能力。荧光观察时需要用特定波长的激发光激发材料产生荧光,并通过滤色片最终得到特定波长的荧光,而这种荧光一般较弱,观察时需要高灵敏度的相机,因此配置采用单色相机。单色相机无法识别真实颜色,不适合进行明场拍摄,因为明场拍摄需要更好的对比度,彩色相机才可以满足此需求。如果想获得最好的荧光与明场观察效果,最佳的选择是搭配双相机系统。这里说一下哦,ECHO正倒置一体显微镜突破了常规显微镜的设计,同时配置了双相机系统,自动切换,保证无论明场还是荧光都可以获得最佳的观察效果,同时满足您的多种需求。问题4:市面上荧光显微镜的光源多种多样,我该选择哪种?回答:大多数荧光显微镜的光源波长需求都在可见光范围内,在这个范围内,LED光源要明显优于其他光源,其在不同波长范围可以做到光强一致,且寿命更长,无需预热和冷却,作为冷光源,其可以做到随开随用,且光毒性低,适合大多数实验室配置。问题5:可供选择的荧光通道那么多,我该如何选择荧光通道?回答:对于荧光通道的选择,需要根据用户想要观察的荧光波长来进行确定,如用户后续需要DAPI染色,需要进行GFP蛋白的观察,这些观察都有其对应的荧光波长范围,符合该波长范围的荧光通道就可以选择,如DAPI通道,FITC通道。问题6:物镜该如何选择?荧光观察配置什么物镜?回答:▲ 物镜物镜的分类方式很多,这里先说一个根据色差校正进行的分类,色差校正能力由高到低分别是复消色差显微镜,半复消色差显微镜(萤石物镜),消色差物镜,消色差能力越强,带来的最直观提升是NA值越高,因此分辨率更好。半复消色差物镜的校正范围为400-500,是常见荧光发射光的波段,适合进行荧光观察,因此对于荧光显微镜,一般配置半复消色差物镜。以上是一些关于如何选择和配置显微镜的常见问题,后续我们还会更新一些更加深入的信息。部分图源:来自网络,侵删。
应用实例
2021.10.21
数字PCR是第三代PCR技术,和qPCR技术相比具有灵敏度高、精准度高、对抑制剂耐受性更强等优势,不依赖于标准品和标准曲线,并可直接对起始核酸进行绝对定量,尤其适用于对低丰度样品的检测。目前,数字PCR在医学、制药、环境、食品检测等多个领域展现出了良好的应用前景。集多重优势于一体的数字PCR实验该如何实施呢?今天呢,我们就一起来看一下数字PCR实验的第一步:模板的制备。图源:gene-π数字PCR学习网站模板制备是数字PCR实验成功的关键一步。模板提取、质量控制、避免污染和保存都是模板制备过程中的重要因素。1、清除环境污染大多数Taq聚合酶的敏感性都比较高,一旦存在污染可能会发生外源DNA扩增并影响整个实验。而外界环境中存在多种污染源,因此必须遵守严格的实验规程并做好清除污染措施。为了避免DNA污染,应遵循以下常规PCR建议:☑ 定期使用3%漂白剂溶液和水/乙醇清洁实验室工作台和设备,或根据应用情况使用DNase/RNase;☑ 尽可能将管盖好;☑ 涡旋后进行离心;☑ 设置无模板对照。2、模板提取数字PCR的DNA和RNA模板提取方法与实验室中各种提取方法是兼容的,包括苯酚氯仿法,各种试剂盒提取方法。☑ 在提取过程中,尽量简化步骤,缩短提取时间;☑ 减少化学因素对核酸的降解;☑ 减少物理因素对核酸的降解,如机械剪切力和高温;☑ 防止核酸的生物降解。3、质量控制模板提取之后,我们需要对模板的纯度和质量进行检测,以保证得到最佳的实验效果。例如分光光度法可以验证提取的DNA溶液的良好吸光度(A260/280)的比例。常用的方法还有PicoGreen荧光染料定量检测、琼脂糖凝胶电泳、毛细管凝胶电泳和3':5'分析等,尽量避免污染物和潜在抑制剂的存在。4、保存提取的DNA模板的存储也是一个重要的监控因素。保存时需要避免核酸降解,如胞嘧啶脱氨和8-Oxo-2'-脱氧鸟苷的形成,因为氧化损伤可能导致在PCR扩增过程中的碱基转位。缓冲液和温度条件对样品的质量也有影响,一般提取的DNA模板用TE溶解并-20℃保存。除了上述这些,样本本身固有的其他参数也可能会对数字PCR实验产生影响:A 、富含GC的模板因为GC键非常稳定,如果模板包含富含GC的区域可能导致模板不能完全扩增。因此,为了使模板获得更好的变性,可以尝试在PCR混合物中添加DMSO或甜菜碱。B、高分子量DNA与qPCR一样,模板的复杂性可能会影响检测性能,例如质粒和长片段基因组DNA。对DNA片段进行限制性酶切可以平衡模板差异,并防止对目标分子的低估。但要保证扩增子序列中不能有酶切位点,对已经片段化的DNA(例如来自福尔马林固定、石蜡包埋组织或细胞游离的DNA)进行酶切可能导致信号丢失。通常高分子量的DNA或质粒作为模板可能会影响阴阳性微滴分区,建议在进行数字PCR之前使用化学或酶切方法进行DNA剪切,而且剪切步骤可以直接在PCR mix中进行。C、DNA拷贝数的转换在数字PCR实验中,需要对模板浓度进行检测,以避免浓度过高造成检测结果饱和(全部都是阳性微滴)。当浓度足够高时,常用的方法如荧光法和分光光度法,可用于定量核酸,从而初步预估使用数字PCR的适合测量浓度。值得注意的是,这种方法测量的是组成核酸碱基单位体积的质量。因此,使用测量质量的方法来确定基因组拷贝数,需要进行相应的换算。当以质量为基础的核酸定量与dPCR结果进行比较时,或从任何用于计算分子拷贝数的方法中得出的结果时,必须包括用于计算基因组分子量的清晰描述,以及用于计算该值的方法。在数字PCR中,DNA拷贝数的计算只需要知道被研究基因组的质量,然后应用以下公式即可:反应体积中拷贝数=反应体积DNA质量(ng)/研究基因组质量(ng) 。这里还有在线网站供大家参考:http://cels.uri.edu/gsc/cndna.html详情可参考深蓝云公众号的推文:技术小站 | 浓度到拷贝数的换算。D、逆转录酶在逆转录酶数字PCR (RT-dPCR)中,RNA转录本需通过一步法或者两步法转化为互补DNA (cDNA)进行使用。在一步法中,逆转录和PCR均在同一分区中按顺序排列。即使每个RNA分子产生多个cDNA拷贝,结果也不会被高估。在两步法中,先进行批量转录,然后对cDNA进行微滴分区,在单独的反应中进行dPCR。逆转录酶的步骤可能是一个主要的错误来源,应在实验设计中考虑。通过上述的介绍,大家是不是发现数字PCR的模板制备并没有那么复杂呀,感兴趣的小伙伴可以先把模板制备好,然后联系我们,赶紧来体验一下数字PCR的魅力吧。快速学习网址:足不出户,网页自动翻译让您轻松快速掌握Gene π数字PCR学堂。参考文献:1 Cai, Y., Li, X., Lv, R., Yang, J., Li, J., He, Y., & Pan, L. Quantitative Analysis of Pork and Chicken Products by Droplet Digital PCR. BioMed Research International, 2014, 810209. http://doi.org/10.1155/2014/810209. PMID: 252431842 Pérez-Barrios, C., Nieto-Alcolado, I., Torrente, M., Jiménez-Sánchez, C., Calvo, V., Gutierrez-Sanz, L., Palka, M., Donoso-Navarro, E., Provencio, M., Romero, A. Comparison of methods for circulating cell-free DNA isolation using blood from cancer patients: impact on biomarker testing. Transl Lung Cancer Res. 2016 Dec; 5(6):665-672. doi: 10.21037/tlcr.2016.12.03. PMID: 281497603 Demeke, T., Malabanan, J., Holigroski, M., Eng, M. Effect of Source of DNA on the Quantitative Analysis of Genetically Engineered Traits Using Digital PCR and Real-Time PCR. J AOAC Int. 2017 Mar 1;100(2):492-498. doi: 10.5740/jaoacint.16-0284. Epub 2016 Dec 22. PMID: 281181374 Holmberg, R.C., Gindlesperger, A., Stokes, T., Lopez, D., Hyman, L., Freed, M., Belgrader, P., Harvey, J., Li, Z. Akonni TruTip® and Qiagen® Methods for Extraction of Fetal Circulating DNA-Evaluation by Real-Time and Digital PCR. PLoS One. 2013 Aug 6;8(8):e73068. doi: 10.1371/journal.pone.0073068. Print 2013. PMID: 23936545.5 Rajasekaran, N., Oh, M. R., Kim, S.-S., Kim, S. E., Kim, Y. D., Choi, H.-J., Byum, B., Shin, Y. K. Employing Digital Droplet PCR to Detect BRAF V600E Mutations in Formalin-fixed Paraffin-embedded Reference Standard Cell Lines. Journal of Visualized Experiments : JoVE, 2015, (104), 53190. Advance online publication. http://doi.org/10.3791/53190. PMID: 26484710.6 Devonshire, A. S., Whale, A. S., Gutteridge, A., Jones, G., Cowen, S., Foy, C. A., & Huggett, J. F. Towards standardisation of cell-free DNA measurement in plasma: controls for extraction efficiency, fragment size bias and quantification. Analytical and Bioanalytical Chemistry, 2014, 406(26), 6499–6512. http://doi.org/10.1007/s00216-014-7835-3. PMID: 24853859.7 Group T D , Huggett J F . The Digital MIQE Guidelines Update: Minimum Information for Publication of Quantitative Digital PCR Experiments for 2020[J]. Clinical Chemistry(8):8.
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2021.10.19
为充分展示近年来我国农业生化与分子生物学领域的最新研究成果,提供同行学术交流平台,加快我国农业生化与分子生物学学科创新,提升相关科研和教学水平;为国家“乡村振兴”战略提供助力,全国农业生物化学与分子生物学第二十次学术研讨会将于2021年10月22-24日在四川 · 绵阳市长虹国际大酒店举办。本次会议由中国生物化学与分子生物学会农业专业分会主办,植物病虫害生物学国家重点实验室协办,西南科技大学承办。围绕着种业创新的生物化学、分子生物学基础研究;生态环境、农副产品安全的生物化学、分子生物学基础研究;生物资源利用、新型生物制剂(农药、肥料、饲料、疫苗等)创制的生物化学与分子生物学基础研究等内容展开交流。我们深蓝云生物科技将携相关产品恭候您的参观咨询。naica®全自动微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。▲ naica®六通道微滴芯片数字PCR系统ECHO正倒置一体显微镜ECHO正倒置一体显微镜兼具正置和倒置显微镜的功能,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;无传统目镜设计,拥有明场,相衬,荧光,偏光等观察方式,可兼容活细胞观察,病理切片,免疫组化,免疫荧光,荧光原位杂交等。▲ ECHO正倒置一体显微镜Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。▲ Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统
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2021.10.19
中国动物学会原生动物学分会第十一次会员代表大会暨第二十一次学术讨论会将于2021年10月20-24日在山东青岛黄海饭店 (山东省青岛市延安一路75号)举办。本次会议由中国动物学会原生动物学分会主办、中国海洋大学承办、山东大学(威海)协办。本次会议旨在为国内同行提供一个交流、合作的机会,集中展示两年来在原生生物/原生动物学及相关领域的最新研究成果和进展。会议内容主要包括自由生活和寄生原生动物的分类与系统学、细胞与分子生物学、多样性与进化、生态学、基因组学、发育与分化,以及寄生原生动物的流行病学、防治以及致病性等。我们将携相关产品恭候您的参观咨询。展示产品naica®全自动微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。▲ naica®六通道微滴芯片数字PCR系统ECHO正倒置一体显微镜ECHO正倒置一体显微镜兼具正置和倒置显微镜的功能,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;无传统目镜设计,拥有明场,相衬,荧光,偏光等观察方式,可兼容活细胞观察,病理切片,免疫组化,免疫荧光,荧光原位杂交等。▲ ECHO正倒置一体显微镜▲ ECHO全自动正倒置一体荧光显微成像系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。▲ Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统▲ 深蓝云基因检测--解决方案
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2021.10.19
细胞是生物体基本的结构和功能单位,是生物学研究的基础。传统的细胞观察是通过倒置相差(荧光)显微镜来观察细胞生长或给药前后的形态变化。但是,传统的活细胞观察方式,仅能观察到细胞瞬间的生理信息,无法反映其长时间、连续、全面、动态过程的全部信息。▲ 图源:网络,侵删随着科学的进步,人们对活细胞观察的需求和要求越来越高。如细胞三维培养观察(类器官培养观察),药物筛选等。且在药物筛选实验过程中,需要观察给药后,细胞的形态变化、生长、分化、迁移、凋亡、蛋白的表达分布和细胞器观察等。这需要显微镜长时间观察和聚焦不同焦平面的细胞,并且光毒性要小,因为用荧光观察细胞内的蛋白分布时,荧光会对细胞产生一定的损伤;对一些细胞聚集成团的厚样品来说,需要显微镜具有Z-Stcaking和三维重塑功能且分辨率要求高;同时药筛具有高通量需求,在多孔板内药筛实验中,活细胞观察需要显微镜快速在多样品孔之间进行切换、自动聚焦和荧光通道切换等,这些活细胞观察需求对显微镜功能模块要求极高。▲ 图源:网络,侵删请注意!Revolution正倒置一体电动化智能显微成像系统所设计的功能模块完美契合活细胞观察,近为之而生,搭载的实时DHR技术,使分辨率得到进一步突破,简单多功能的联用让您感受不一样的操作体验。HyperScan高速拼接大视野成像功能,即可以快速扫描整个样品孔又能解决高倍镜下视野小的问题。孔板导航成像功能(Multi-well Point)结合延时摄影成像功能(TimeLapse)、自动对焦与长时间锁焦,再搭配活细胞工作站和全自动载物台,可以实现孔板中活细胞长时间观察又可以一次性研究筛选多种不同浓度的药物对细胞的影响。Z-Stacking+DHR功能再结合自动LED荧光系统,可以更加清晰的观察细胞内不同蛋白的分布,进行三维重塑,同时降低荧光光毒性和光漂白。高速高灵敏相机捕捉微弱荧光信号,使图片结果更准确更清晰。Revolution正倒置一体电动化智能显微成像系统是一台专业的智能活细胞观察显微成像系统,对从事研究活细胞观察研究的您,必须拥有一台高颜值、高性能、易操作的研究级显微系统,Revolution您值得拥有!
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2021.10.14
2021缪斯(MUSE)国际设计奖近日揭晓,美国ECHO Revolve正倒置一体电动荧光显微镜凭借出色的设计荣获2021缪斯(MUSE)国际设计奖铂金奖。ECHO Revolve正倒置一体电动荧光显微镜是世界上第一款多功能显微镜,将四台显微镜合二为一,可轻松在正置和倒置之间进行转换。使用户不再因为所拍摄样品的不同而分别购置正置和倒置两类显微设备,一机满足多种样品成像,具备眀场、暗场、相衬、荧光和偏光等功能,是真正的多面手。同时显著降低了设备成本,节省实验空间。传统显微镜操作繁琐,很难上手。ECHO Revolve正倒置一体电动荧光显微镜打破传统,采用12.9英寸Retina显微屏,触控操作,智能控制,成像更便捷,给您带来前所未有的使用体验。使枯燥的实验变得简单有趣,轻松获得您想要的图片。美国缪斯设计奖创办于美国纽约,是一项针对来自各设计领域创意专业人士及公司的国际设计竞赛,该奖项由美国国际设计奖项协会(IAA)主办。据官方统计:缪斯设计奖共收到来自全球100多个国家/地区的近3.8w个参赛作品,是极具国际影响力的奖项。ECHO Revolve正倒置一体电动荧光显微镜获得此奖,说明ECHO Revolve正倒置一体电动荧光显微镜在设计理念,仪器功能上得到大家的认可和肯定,ECHO Revolve正倒置一体电动荧光显微镜必将在自己的领域发挥极致,大放异彩。来源:https://design.museaward.com/winner-info.php?id=6364|申请试用|我们的仪器可以申请试用哦!扫描下方二维码关注“深蓝云生物科技”公众号,点击“云活动”→“试用中心”即可。
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2021.10.09
第二十一届中国生物制品年会(CBioPC2021)将于2021年10月14-16日在江苏 · 南京国际博览中心(江苏省南京市建邺区江东中路300号)举办。本届年会由中国疫苗行业协会、中国药学会生物药品与质量研究专业委员会、中华预防医学会生物制品分会、中华预防医学会疫苗与免疫分会、中国医药生物技术协会疫苗专业委员会、中国微生物学会生物制品专业委员会共同主办。会议围绕生物医药前沿技术设置主会场并开设14个平行分论坛,邀请生物医药领域最权威专家进行学术报告交流,会议期间同时安排生物医药新技术与新成果展示。我们将携相关产品在U27恭候您的参观咨询。naica®全自动微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。▲ naica®六通道微滴芯片数字PCR系统▲ naica®全自动微滴芯片数字PCR系统ECHO正倒置一体显微镜ECHO正倒置一体显微镜兼具正置和倒置显微镜的功能,方便小巧,一机多能,可以非常便利地通过旋转实现正倒置配置的切换;无传统目镜设计,拥有明场,相衬,荧光,偏光等观察方式,可兼容活细胞观察,病理切片,免疫组化,免疫荧光,荧光原位杂交等。▲ ECHO正倒置一体显微镜▲ ECHO全自动正倒置一体荧光显微成像系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。▲ Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统诚 · 邀 · 您 · 莅 · 临与您不见不散——展位:U27
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2021.10.09
近日,“Décideurs Magazine”发布:法国和欧洲迅速崛起且最具价值的“将彻底改变健康的初创企业Top10”,该评选基于在卫生、健康、生物技术和医疗技术行业的应用前景。法国Stilla Technologies公司名列“将彻底改变健康的初创企业Top10”,荣获“将为医疗诊断带来飞跃改变”的称号。Stilla Technologies公司是专注于开发新一代、高分辨率的基因检测工具的欧洲生物技术公司,于2013年创立,围绕着优化现有的DNA突变检测和量化解决方案,致力于提供突破性且灵活的naica®全自动微滴芯片数字PCR系统来加速下一代基因检测的开发,为全球的研究人员和临床医生提供高精度的遗传分析解决方案来改善健康状况。Stilla Technologies公司在中国与深蓝云生物&艾普拜生物(Cycloud-Apexbio)签署战略合作,并在2020年筹集超过2000万欧元的资金加速推进naica®全自动微滴芯片数字PCR系统的先进商业化平台及临床应用的持续性开发。naica®微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司的naica®微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片(或高通量Opal芯片)作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器,整个流程只需要2.5小时,并可进行数据的质控和结果追溯分析,获得的数据真实可靠。naica®六通道微滴芯片数字PCR系统法国Stilla Technologies公司naica®六通道微滴芯片数字PCR系统,源于Crystal微滴芯片式数字PCR技术,自动化微滴生成和扩增,每个样本孔可实现6荧光通道的检测,智能化识别微滴并进行质控,3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。
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2021.10.09