蛋白质生物信息学分析

基于高通量的质谱技术方法，目前，各种疾病相关的差异蛋白质组数据高速增长。但是要从这些数据中发现生物学规律，挖掘得到疾病相关的生物标记物，以及发现潜在的疾病药物靶标，还有很艰难的数据分析任务需要完成。需要借助生物信息学的工具，去综合现有数据库数据及文献数据的知识，对这些蛋白质进行综合分析。发表于蛋白质组学杂志上的一篇综述From proteome lists to biological impact-tools and strategies for the analysis of large MS data sets. （Rainer et.al,. Proteomics 2010,10.1270-1283）很好地概括了面对海量的蛋白质组数据这个艰巨的任务时，生物学家和生物信息学家共同发展的数据分析策略和方法，从而数据中挖掘出隐藏的生物学知识。文章介绍了数据预处理过程（如ID转换）、功能富集分析、网络分析及蛋白质性质分析（如PTM, domain，motif）等工具；另外，还介绍了随着实验数据增长起来的文献数据的文本挖掘方法。

声明：排列次序按跟贴先后排列，并无排名意图。----------------------------------------------------------------:):):):):):):):)-----------------------------------------------------------------国内生物信息学领域权威：----------------------------------------------------------------*.陈润生：是我国最早从事理论生物学和生物信息学研究的科研人员之一。二十多年来在生物信息学领域进行了系统的研究，曾参加我国第一个完整基因组泉生热袍菌 B4基因组序列的组装和基因标识，曾参加人类基因组1%和水稻基因组工作草图的研究。共发表学术论文100余篇，自1996年以来在国际学术会议上共作大会报告及分组会报告十余次。陈教授写过大量的生物信息方面概述性的论文，算是我的启蒙老师吧。http://www.ibp.ac.cn/c/faculty/02/runshengchen.html*.杨焕明:杨焕明教授一直从事基因组科学的研究。他主持完成的 “人类基因组计划—中国卷”使中国成为这一被称为“二十世纪登月计划”的宏伟项目的成员国，得到了各国领导人和国际科学界的高度赞扬。杨焕明教授及其团队“华大基因”）所承担的人类基因组、水稻基因组以及家猪、家鸡、家蚕基因组等重大项目使我国的基因组研究得以跻身于世界前沿。2003年，“华大基因”又在水稻基因组完成图、家蚕基因组“框架图”的绘制以及SARS冠状病毒的基因组研究及建立诊断方法都做出了新的成绩。杨焕明教授还特别关注基因组研究的社会影响和基因知识的普及。http://www.big.ac.cn/big/center/yhm.jsp?id=25*.罗静初:北京大学生物信息中心教授，博士生导师，欧洲分子生物学网络组织中国节点负责人，英国Briefings in Bioinformatics杂志编委。1947年生，1970年毕业于北京大学生物系。1986年起从事DNA和蛋白质序列计算机分析。1987-89赴美国马里兰大学进修访问，从事蛋白质分子模型和计算机在分子生物学中的应用研究。1991-99先后5次赴英国帝国癌症研究所合作研究，从事蛋白质分子模型、蛋白质结构域分析和数据库构建、蛋白质回环数据库构建等研究。1996年起主持和参加863、973、211、985，以及自然科学基金委、教育部、北京市科委等项目。 发表学术论文30多篇，主持翻译《生物信息学概论》、合作编写《生物信息学》、《分子生物学前沿技术》，开设“实用生物信息技术”研究生课程。我入门时看过的很多生物信息学讲义都是罗教授的，个人觉得罗教授的生物信息学讲义是学习生物信息入门的首选。http://www.bio.pku.edu.cn/collegereview/teacherinfo/teacher/luojc.jsp 郝柏林:郝柏林 1934年6月生于北京市。1959年毕业于乌克兰国立哈尔科夫大学物理数学系。后在中国科学院物理研究所工作。1978年晋升为研究员、副所长。1980年11月当选为中国科学院院士。现任物理学系研究员、博士生导师。兼任中国博士后基金会副理事长、陈嘉庚国际学会常务董事。曾任中国科学院理论物理研究所副所长、所长。主要从事理论物理、计算物理、非线性科学和理论生命科学的研究。涉及固体电子能谱和声子谱、金属红外性质、高分子半导体理论、统计物理模型、相变和临界现象、临界动力学、闭路格林函数方法、动力电网计算、天线计算、地震活动性统计分析、群论知识工程系统、计算机程序设计、混沌动力学和符号动力学、DNA序列分析等领域。http://www.fudan.edu.cn/new_teach/hebolin.htm施蕴渝: 1965年7月毕业于中国科学技术大学生物物理系。1965年9月－1970年2月，卫生部中医研究院，实习研究员。1970年2月－中国科学技术大学生物系助教，讲师，副教授，教授。1979年－1981年意大利罗马大学物理化学系访问学者。1984年6月－1985年1月及1990年3月－9月，荷兰格罗宁根大学物理化学系合作研究。1994年1月法国巴黎南大学，C.N.R.S酶学及生化结构实验室合作研究。1995年11月及1996年3月－4月法国NANCY大学CNRS理论化学实验室合作研究。曾任中国科学技术大学生命科学学院首任院长，中国科学技术大学学术委员会副主任，中国科学技术大学学术委员会结构生物学实验室(中国科学院重点实验室)学术委员会主任，教育部高等学校生物科学与工程教学指导委员会主任委员，中国科学院生物学部常委。国家863项目、国家自然科学基金委项目负责人、973项目中的课题负责人以及中国科学院知识创新项目负责人。http://www.zgkjcx.com/Article/ShowArticle.asp?ArticleID=1702张春霆:著名生物物理学家。1936年9月出生于山东省烟台市。1961年毕业于复旦大学物理系，同年起在复旦大学攻读理论物理专业研究生，1965年毕业。1965—1970年在天津工科师范学院任教，1970—1979年在天津轻工业研究所工作，1979—1982年在法国国立理论物理研究中心作访问学者。从1984年起在天津大学物理系工作至今。1995年当选为中国科学院院士。2001年当选第三世界科学院院士。是意大利国际理论物理研究中心境外研究员，美国科学促进协会会员。主要的学术成就：张教授是我国少数生物信息学家之一。他有较强的数学、物理学和计算机技术基础，以此为背景，从20世纪80年代初开始，他转而研究计算生物学和生物信息学，先后在国外SCI刊物上发表论文70余篇，被引用400余次。他的主要贡献在两个方面：一是提出用双Sine—Gordon偏微分方程组来模拟DNA分子在转录和复制过程中碱基运动的动力学机制，此工作得到近100次的SCI引用。二是提出了DNA序列的Z曲线理论，开拓了一条用几何学方法分析DNA序列的新途径。目前，Z曲线理论在基因组学和生物信息学中已获得了重要的应用，成为生物信息学的一个重要研究方向。在理论分子生物学研究中系统地开创了DNA序列分析中的几何学研究途径，得出了关于天然蛋白质的稳定性与密码子的选用之间存在着强关联等的重要结论。在蛋白质结构类的预测研究中取得了世界领先性的成果，提出了预测HIV蛋白酶对蛋白质的剪切活性部位的有效方法；提出了解释细胞内微管蛋白质装配过程的内部运动机制的精妙理论。张教授的研究成果曾获国家教委科技进步一等奖 (1996)，国家自然科学二等奖 (1997) 和何梁何利科技进步奖 (2001)。他还获天津市劳动模范荣誉称号 (2000)。http://www.tju.edu.cn/survey/zhangchunting.htm李衍达: 李衍达院士出生于1936年10月，1959年毕业于清华大学，1979～1981年作为中国第一批赴美访问学者在麻省理工学院访问。现为中国科学院院士、国务院学位委员会委员、中国自动化学会理事长、清华大学校学术委员会主任、教授、博士生导师。李衍达院士长期从事信号处理理论及地震勘探数据处理方法的研究。他研究的仅用相位谱、 幅度谱或附加部分时域采样点恢复有限长离散信号等问题，在信号重构理论及算法的研究上达到了国际先进水平。他将新的信号处理与模式识别方法用于地震勘探数据处理，取得了开拓性成果。李衍达院士发表了《信号重构理论及应用》等多部著作和论文；先后获国家自然科学奖、国家教委科技进步奖、北京市科技进步奖及教学成果国家特等奖。 http://www.pupk.com/discovery/zt1/data/3337.htm[/siz

蛋白质化学与蛋白质组学夏其昌 曾嵘 等编著2004年4月出版ISBN 7-03-012401-4/Q.133116开，平装，580页定价: 75.00元 本书系统论述了蛋白质化学基础理论和实验技巧，也反映了蛋白质组学研究的最新成果。内容包括：蛋白质的表征，蛋白质的组成分析和序列测定，与此相关的实验方法，包括各种色谱、电泳、质谱技术等，以及应用在蛋白质表征研究和基因工程产品的质检方面的实际范例。在蛋白质组学领域介绍了基本概念、样品制备、双向凝胶电泳的图像分析和定量分析、质谱等常规方法，并介绍了国际上最新的多维技术在研究中的应用；同时充分体现了生物信息学在蛋白质组研究中的重要性。 本书可作为生物学、医学、化学专业大学生，研究生和教学人员的参考书，也是从事生物化学、分子生物学、医学等领域中分离分析工作人员的参考书。