蛋白质的快速降解使得细胞在受内源或者外源刺激时可以对蛋白质丰度进行快速调节。短半衰期蛋白质在细胞内很多生物学过程起重要作用,比如细胞周期的每一步都受短半衰期蛋白质的严密调控。稳定同位素瞬时标记结合质谱是测量蛋白质半衰期的常用手段。但受技术本身的一些限制(长标记时间,样品复杂度,tRNA重置,以及内源氨基酸重利用等),稳定同位素结合质谱法对短半衰期蛋白质的覆盖度非常低,更适合于中长半衰期蛋白质的研究。短半衰期蛋白质仍然是人类蛋白质组中缺失的一部分。
2021年10月8日,哈佛大学医学院Steven P. Gygi研究组(李嘉铭博士为第一作者,Brian L. Harry为共同通讯作者)在Molecular Cell上在线发表文章Proteome-wide mapping of short-lived proteins in human cells,对人类细胞中翻译抑制条件下的短半衰期蛋白质进行了大规模鉴定。
作者使用了广谱蛋白质翻译抑制剂Cycloheximide结合16通道串联质谱标签的方法,利用FAIMS结合实时搜库策略在人源HEK293T, U2OS, RPE1以及HCT116细胞系中对蛋白质半衰期进行了测量。串联质谱标签结合FAIMS以及实时搜库策略可以兼具蛋白质覆盖度以及半衰期测量的精确度,最终作者在每个细胞系中定量到约9000个蛋白质,每个细胞系中约400-500个蛋白质被鉴定为短半衰期蛋白质(半衰期小于8小时),其中约100个蛋白质的半衰期小于2小时。最终在4个细胞系中一共鉴定到1017个短半衰期蛋白质。
系统性分析发现,和其它蛋白质相比,短半衰期蛋白质丰度较低,热不稳定,在进化上更年轻,具有更低的mRNA和蛋白质相关性,存在于较小的蛋白质复合体中。后续差异分析发现103个短半衰期蛋白质在细胞系之间存在显著不同的稳定性。其中,ATRX蛋白质和GMDS蛋白质被证实分别在U2OS细胞和HCT116细胞中以truncation形式存在,并且和全长蛋白质相比,truncation形式的ATRX蛋白质和GMDS蛋白质具有非常低的稳定性。
由于广谱蛋白质翻译抑制剂可能引起应激,使得某些测得的半衰期和实际半衰期存在差别,作者将本文的结果和以往稳定同位素结合质谱法的结果进行了比较。首先,和预期相符,稳定同位素法结合质谱法对短半衰期蛋白质的覆盖度非常低;其次,在有限的被两种方法共同定量到的蛋白质中,本文的半衰期结果和稳定同位素法表现出了非常高程度的一致性。这说明本文定量到的短半衰期蛋白质的半衰期非常接近实际条件下的半衰期。
每一个短半衰期蛋白质背后都代表着一个蛋白质快速降解的机制,本文提供了一个人类细胞中快速降解蛋白质的详细图谱,后续对降解机制的详细研究会为蛋白质降解作为治疗手段提供思路。
[来源:BioArt]
2015.10.12
2015.03.06
analytica China 2024 组团开启 科研也要组队GO,5人成团享好礼!
2024.09.30
携好友 赢好礼 analytica China 2024预登记注册, 扩邀享专属好礼!
2024.09.30
版权与免责声明:
① 凡本网注明"来源:仪器信息网"的所有作品,版权均属于仪器信息网,未经本网授权不得转载、摘编或利用其它方式使用。已获本网授权的作品,应在授权范围内使用,并注明"来源:仪器信息网"。违者本网将追究相关法律责任。
② 本网凡注明"来源:xxx(非本网)"的作品,均转载自其它媒体,转载目的在于传递更多信息,并不代表本网赞同其观点和对其真实性负责,且不承担此类作品侵权行为的直接责任及连带责任。如其他媒体、网站或个人从本网下载使用,必须保留本网注明的"稿件来源",并自负版权等法律责任。
③ 如涉及作品内容、版权等问题,请在作品发表之日起两周内与本网联系,否则视为默认仪器信息网有权转载。
谢谢您的赞赏,您的鼓励是我前进的动力~
打赏失败了~
评论成功+4积分
评论成功,积分获取达到限制
投票成功~
投票失败了~