Life Tech PGM参与牛津小组发起的癌症测试

牛津大学的一个小组已开始提供测序癌症测试，该测试采用了Life Technologies公司的Ion Torrent PGM——根据英国分层医学项目开发的首个测序产品。
大概一年半之前，英国技术战略委员会向其分层医学项目下的六个肿瘤分析项目提供资金，总额达580万英镑（折合940万美元），其中三个项目与测序有关。
这三个学术/行业项目由Life Technologies公司、牛津基因科技公司和源生物科学公司联合领导开发。其中，Life Technologies/牛津小组在项目开发上更为深入，牛津基因科技公司和源生物科学公司计划于今年发起此类测试。
技术战略委员会对肿瘤分析测试设置了大量要求，包括必须在9种已知癌症基因中至少筛选出22个基因突变，费用不得超过300英镑（折合450美元），具备临床周转时间，测试必须“符合未来需求”。
同时，技术战略委员会也对项目的领导公司提供资助，该项目与英国癌症研究中心协作开展，技术战略委员会权威科学家Graham Bell告诉《临床测序新闻》，这将有助于“联合学术界、本行业和医学界的各专业人士”。牛津小组与英国癌症研究中心共同开展工作，目前已获得9000个患者样本，成立了三个“技术中心”，分别设在加的夫、伯明翰和马斯登的区域测试中心。该技术中心旨在“潜在引导公司进入市场”， Bell说。
牛津/Life Technologies公司
牛津大学的研究人员与Life Technologies小组协同合作，目前完成了针对80名患者的测试验证研究，并通过牛津大学认证的分子诊断实验室向患者提供这一测试。
该测试围绕PGM开展，筛选出46个相同的基因，此类基因为Ion AmpliSeq癌症基因面板的一部分。牛津大学分子诊断实验室的主任Anna Schuh表示，“该实验室从较小数量的样本开始进行研究，每月大概针对50名患者，但是我们计划扩大规模，并在2013年初对此类测试进行广泛宣传，我们正在准备一项针对150个基因的测序测试。”
尽管该测试分析表明相同基因是Ion AmpliSeq基因面板的一部分，但Schuh表示“在将测试应用于临床领域之前，团队需要对测试进行大量调整和改进”。
“目前已对测试进行了大量优化和开发工作”， Schuh说，“包括在优化引物组合、生物信息学和质量保证等方面做了大量工作”。
“为获得正确的引物组合，仍需在许多细节上下工夫”，Schuh表示。此外，团队还在生物信息学领域开展了大量工作，尤其是调用缺失。
“现行可用的软件工具基本上会过滤掉其无法处理的读数”，由于调用缺失过程中读数遗失，通常会造成实际缺失。为此，“无法检测到诸如EGFR这样的重要缺失，50%的肺癌患者出现此类缺失”， Schuh进一步说明。
由于该测试着眼于46种常见基因突变中的热点突变，Schuh将其描述成“热点+”测试。该测试捕获了基因热点中的150个上游和下游碱基对，可以检测出诸如EGFR缺失和MET扩增等结构变异，对抗EGFR抑制剂的效果进行预测。
“为对测试进行验证，团队采用Sanger测序和焦磷酸测序相结合的方式围绕变异开展测试，以便对80名患者的测试结果进行比较”，Schuh表示。
“通过Sanger测序和焦磷酸测序可以检测出来的所有变异，在PGM中同样可以检测出来”，Schuh说。 “此外，由于采用PGM可以检测出Sanger测序无法检测到的低级突变，较之其他方法，PGM可以检测出更多的突变”， Schuh进一步表明。
由于实验室已采用传统方法对肺癌、结肠直肠癌和黑色素瘤患者进行基因突变筛查，并证明其具有临床实用性，因此，该测试最初仅向此类患者提供。
此外，该测试针对各突变花费仅100 至150英镑（折合161至242美元），而针对46个基因的下一代基因测试却需花费300英镑（折合450美元），“这比常规测试便宜多了”，Schuh说。
2013年，实验室计划开展针对150个基因的测试，该测试最初由牛津和Life Technologies小组在技术战略委员会的资助下计划进行。 Schuh表明，“团队选择开展针对46个基因的测试，是因为团队认为在实验室通过Sanger测序进行基因筛查、针对46个基因的测试和针对150个基因的下一代基因面板这三个测试中需要一个过渡过程。”
牛津大学生物医学研究中心的基因组学和病理学项目负责人Jenny Taylor在11月在旧金山举办的美国人类遗传学协会大会上说，将在500名患者中对针对150个基因的面板进行回顾性测试，之后实验室将开展针对1000名患者的前瞻性研究。
牛津基因科技公司
当牛津/Life Technologies小组在开发和实施其测试的同时，同样受英国技术战略委员会资助的牛津基因科技公司计划在2013年初完成对50个基因试验的验证，牛津基因科技公司临床和基因组解决方案的副总裁James Clough告诉CSN。
 “学术合作伙伴目前正在对基因面板的再生性和试验性能进行测试，采用已知的盲基因型对样本进行测定”，Clough说，“如果验证顺利，则最早可在2013年夏季向患者提供基因面板，以此作为中心的标准肿瘤分析方法的平行测定方案”。
除通过学术合作伙伴提供基因面板外，Clough说牛津基因科技公司最终将会提供临床下一代测序服务。“在此模式下，公司将成为‘技术处理实验室’”， Clough补充说。试验将在牛津基因科技公司的实验室开展，但是临床决定仍由肿瘤医师做出。
“牛津基因科技公司的基因排列服务可用于临床用途，公司目前正在探索如何提供临床测序服务”， Clough说。
“有多种方式可以提供临床测序测试，例如向各类癌症患者提供综合基因面板，或者将大型基因面板分成几个小面板，以用于各个特定目的”， Clough补充说。
“仅提供一种面板的好处在于您可以对所有样本进行相同的处理，简单明了”，Clough解释说，“但是，将面板分成适用于具体用途的几个小面板可能会更划算，尤其是在需要大范围测序的情况下”。
“例如，一个面板可能包含大量基因，其中部分基因是没有用处的”， Clough进一步说明，“如果有用处的基因需要1000倍的覆盖，这样一来，制作单独的面板就很有必要了。”
“更进一步说，一个关键问题是这些测试如何偿付，提供此类测试可能造成什么影响。对于这一问题，我们将在2013年在英国开展的测试中做出明确答复”，Clough说。
此外，Clough还表明，需要开展更多的研究以证实下一代基因测序对患者疗效产生影响。
“之所以这样做的一个重要原因是有助于我们了解我们如何以高效划算的方式成功攻克癌症”， Clough解释说。
源生物科学公司
作为受技术战略委员会资助的第三家公司，源生物科学公司计划在2013年下半年发起针对100个基因的测试。
“目前，公司正在对其选用套件进行‘调整’，以优化性能并确保覆盖范围均匀”，源生物科学公司研发经理Tom Burr告诉CSN。
 “公司希望提供测试以作为认证服务”，Burr说。
“我们是英国的一家大型供应商，可提供分子诊断测试。 向客户提供此类测试是公司业务发展的自然而然之举”，Burr解释说。
“源生物科学公司针对100个基因的面板包括共同基因靶向和我们认为将来可能具有用处的另外一组基因靶向，尽管现有基因面板中并没有此类基因靶向”，Burr补充说。
虽然Burr并没有对此类基因靶向进行详细解释，但他说此类基因靶向对研究人员探索新疗法具有重要意义，在基因面板中囊括此类基因靶向有助于将该面板与其他肿瘤靶向面板区分开来。
“公司希望将其测试投入市场，供英国国家健康服务处的个人临床医生使用”，Burr还说，“由临床医生决定是否为新诊断的患者或更严重癌症的患者采用此类测试。根据技术战略委员会的明确规定，该项测试将花费300 英镑（折合450美元）或更少”。