安捷伦扩展生物学分析软件功能

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分享： 2010/01/05 14:22:23

安捷伦科技公司扩展生物学分析软件，新增遗传关联和拷贝数变异分析功能

    2009年12月7日，北京—安捷伦科技公司（纽约证券交易所：A）发布了其广受欢迎的可用于微阵列数据可视化分析的最新一代桌面软件产品--GeneSpring GX 11，以及其企业版本-- GeneSpring Workgroup 11。

     GeneSpring 11软件专为支持多组学研究而设计，并增加了多项新的功能，包括利用基因分型数据进行基因关联分析、基因组拷贝数分析以及其它有利于多样化数据比较的分析和可视化工具。安捷伦的生物信息学产品线还包括了利用GeneSpring相同平台开发的Mass Profiler Professional，以支持蛋白质组学和代谢组学的数据分析。

    安捷伦科技公司的基因组学高级市场营销总监Chris Grimley说：“在系统生物学研究中，生物信息学一直是采用多组学方法来定义疾病的产生机理的瓶颈之一。在过去，我们从数据中提取生物学知识的能力往往落后于生成数据的能力。GeneSpring 11的开发不仅考虑到这一瓶颈，而且还解决了整合型分析中的其它一些难题。”

     辛辛那提儿童医院的计算医学中心科学主，GeneSpring软件的长期用户Bruce Aronow博士说：“GeneSpring 11软件代表了生命科学领域中数据分析软件的一个重大进步。这是我们看到的第一个支持多组学技术的全能分析软件，它必将会为系统生物学绘制一幅全新的蓝图。”

     在GeneSpring 11软件中，研究人员可以一个窗口内同时分析多种类型的实验数据，如小RNA、基因表达、基因分型以及拷贝数等。这允许用户可以根据需要在数据之间来回切换，而不必单独加载每个实验。该功能还可以帮助研究人员轻松地将数据合并到一个逻辑单元里，并比较不同类型的实验结果。

     GeneSpring 11软件也可以让研究人员找到不同实验数据间的关键联系和一致性。

     虽然其它一些应用软件也支持多组学数据分析，但GeneSpring 11软件的关键优势在于其易用性和分析深度。用户可以利用GeneSpring 11进行多样化数据的比较和数据的生物学诠释。进行数据比较的一个关键工具就是新的基因组浏览器。在该浏览器中，研究人员可以在同一个视图中绘制多种不同类型的数据图，并合并这些信息而实现对不同类型数据的追踪。例如，研究人员能够同时分析拷贝数和基因表达数据以评估其一致性，或者同时分析拷贝数数据和小RNA信息以检查是否在那些扩增或缺失区域中是否存在关键的小RNA。

     跨不同微阵列平台和物种的全自动探针信息转换功能可以帮助研究人员在维恩图（Venn diagram）中通过简单的拖放功能进行实验结果的比较。这种无缝转换还允许研究人员能够快速识别那些在内容中存在显著统计学意义的重叠的基因列表。数据探索的简易性让研究人员能够快速发现具有相似的生物学特征，从而可能具有相似潜在机制的药物治疗、疾病状态或其它实验因素。

    通过扩展其网络分析工具的功能，GeneSpring 11软件进一步增强了其在数据生物学诠释方面的优势。该软件提供的一系列算法和物种特异性通路和相互作用数据库使研究人员能够生成一系列的网络类型，并动态解析能描述他们所关注的基因之间相互作用的生化网络。GeneSpring 11软件还允许研究人员利用医学专业（MeSH）主题词作为输入方式来生成网络。例如，当研究人员使用“心力衰竭”作为输入的医学专业（MeSH）主题词时，软件就会自动生成和心力衰竭相关相互作用的网络图。然后，研究人员就可以判断基因表达数据是如何和这个疾病网络相互贯穿的。

    GeneSpring Workgroup 11的发布还为其企业级产品增加了两个基于互联网的客户端和存储多组学数据的中央数据库。通过数据浏览器提供的一个接口，用户可以利用所配置的搜索栏对存储于工作组数据库中的实验和样本进行搜索。用户可以下载搜索到的相关数据文件，并浏览GeneSpring软件中已公开发布的静态图像。通过基于互联网的接口，互联网客户端允许用户利用GeneSpring软件中所有的图表对存储于工作组中的实验和结果进行可视化操作和动态探索。通过多种获取存储数据的方式，Workgroup软件为科学家们提供了一条更为有效的相互合作的途径，并分享他们的分析结果和知识。