目前已开发多种工具可以进行PCR引物的设计,但大多数工具只考虑避免发夹结构形成、3'末端核苷酸的选择、引物解链温度等问题,并没有考虑内在扩增子的特征以及没有预测给定扩增子和引物对的PCR扩增效率。
Izaskun Mallona等人[1]使用了一种基于90个引物对组合的统计方法,扩增来自细菌、酵母、植物和人类的模板,扩增子大小在74到907bp 之间,以确定影响PCR效率的参数。最终开发了一个拟合数据的广义加法模型,并构建了PCR Efficiency在线分析工具(http://130.60.24.89/efficiency.html),允许从给定序列开始获得针对PCR 优化的寡核苷酸,并可以预测出扩增效率。
有个这款小工具,还怕做不好PCR实验吗?现在快快试用我们的数字PCR系统和实时荧光定量PCR系统,你们就知道预测工具好不好用了。
naica®微滴芯片数字PCR系统
naica®微滴芯片数字PCR系统,以Sapphire芯片(全自动)或Opal(高通量)芯片为耗材,形成由25,000-30,000个微滴组成的单层二维阵列,该单层微滴阵列形成后直接进行PCR扩增实验。反应完成后对微滴进行三通道成像,从而对起始核酸浓度进行绝对定量。仅需2.5小时即可获取结果。
Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统
Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司,配备高品质温度模块,采用光纤和CMOS的检测系统,高能LED的激发,提供高灵敏和可靠的数据。
参考文献:
[1] Izaskun M , Julia W , Egea-Cortines M . pcrEfficiency: a Web tool for PCR amplification efficiency prediction[J]. BMC Bioinformatics, 2011, 12(1):404.
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