蛋白质

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蛋白质相关的厂商

  • 北京青莲百奥生物科技有限公司是一家基于蛋白质组学研究的创新性、平台型CRO企业,致力于临床样本的蛋白质标志物发现和检测,聚焦于低丰度、超微量的血液、外泌体、显微切割等样品类型。全力打造新一代蛋白质组学平台,拥有独特纳米磁珠富集低丰度蛋白技术及蛋白质组学全流程全自动样本处理智能机器人及全自动大数据分析软件,不仅提供上游工具标准化解决方案,还提供临床质谱的诊疗Biomarker开发服务,从临床需求到诊疗产品落地,提供一站式闭环研发服务。 新一代蛋白质组学平台以临床问题为导向、以源头创新为核心驱动力,为诊、疗蛋白质生物标志物在临床端和药企端落地转化,提供完整的解决方案。
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  • ProteinSimple 金牌12年
    400-860-5168转2472
    ProteinSimple是美国纳斯达克上市公司Bio-Techne集团(NASDAQ:TECH)旗下行业领先的蛋白质分析品牌,致力于研发和生产更精准、更快速、更灵敏的创新性蛋白质分析工具,包括蛋白质电荷表征、蛋白质纯度分析、蛋白质翻译后修饰定量检测、蛋白质免疫实验如Western和ELISA定量检测蛋白质表达等技术,帮助生物制药、细胞治疗、生物医学和生命科学等领域科学家解决蛋白质分析问题,深度解析蛋白质和疾病相互关系。联系方式地址:上海市长宁路1193号来福士广场3号办公楼19层2001室热线:021-52293200 接通后请直接按 631邮箱:jing.li@bio-techne.com网址:www.bio-techne.com
  • 北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP)成立于2015年,是国家级高新技术企业,业务范围主要围绕蛋白和小分子代谢物检测两大板块,从事蛋白质和小分子代谢物的理化性质分析及结构解析等相关技术服务,为客户提供高性价比、高效率的技术服务。深耕蛋白鉴定、定量蛋白组(iTRAQ/TMT、label free、DIA/SWATCH)、PRM靶蛋白定量、蛋白和抗体测序、蛋白修饰(二硫键、糖基化、磷酸化、乙酰化、泛素化等)、靶向和非靶向代谢物检测。百泰派克生物科技检测平台包括:检测分析平台、蛋白质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋白质从头测序平台、生物制药分析平台和流式细胞多因子检测平台。公司拥有独立的质谱实验室、色谱实验室、细胞培养室和免疫学实验室,以及高分辨率质谱仪和高效液相色谱。目前已与国内外多家药物研发企业,以及哈佛大学、北京大学在内的国内外高校建立了合作关系,协助客户发表了多篇中英文文章,包括Cell等多家高水平期刊。公司自主检测平台发展至今,已覆盖蛋白质组学、代谢组学、生物制药、生信分析等多组学检测平台,积累了丰富的实践经验,凭借专业的技术和优质的服务水平,客户覆盖北京大学、清华大学、中科院等多所知名院校,也与国内外多家药物研发企业建立合作关系。公司始终致力于为各科研院校、企业和机构提供高效、准确、高性价比的蛋白质(组)研究技术包裹,助力客户在基础研究、分子诊断及其他生命科学研究领域取得突破,为生命科学的发展做出贡献。百泰派克技术平台检测分析平台:多台高分辨率质谱仪、高效液相色谱、气相色谱,NMR。蛋白质组分析平台:Label-free、iTRAQ、SILAC、SWATH、MRM;蛋白质定性定量鉴定、蛋白质差异分析、发现疾病标记物、发现药物靶标。代谢组分析平台:靶向代谢组学、非靶向代谢组学、脂质组学分析;通量达1000种代谢分子、代谢通路分析、代谢靶标鉴定。流式细胞多因子检测平台:CBA、FlowCytomix;微量样品需求,分析多种细胞因子。蛋白质从头测序平台:Obitrap Fusion Lumos质谱仪、PEAKS软件分析;100%序列测定,精准蛋白、抗体测序。生物制药分析平台:生物药物鉴定、变异性分析、纯度分析。流式细胞多因子检测平台:CBA、FlowCytomix;微量样品需求,分析多种细胞因子。
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蛋白质相关的仪器

  • 仪器简介:作为全球最大的实验室过滤及超滤产品供应商,Millipore 可为您提供l. 0.5mL至1000L处理量的实验室除菌过滤装置,可用于血 清、组织培养基及其他溶液的除菌过滤。高通量,低吸附的除菌滤膜,使蛋白质损失最少。可选择即用式过滤器或可更换膜的过滤装置。2. 0.5mL至3000mL处理量的实验室超滤装置,用于蛋白质,核酸的分离、纯化、浓缩和脱盐,专利 的结构设计和新型的超滤膜,使超滤速度更快,产物回收率更高。单片超滤膜和膜包可清洗并反复使用。3. 高通量纯化系统,特别适合大规模样品纯化实验室的应用,可快速有效地同时处理多达96个样品,大大减轻了实验室的负担。主要产品包括:* Amicon 系列超滤离心装置: 浓缩,脱盐一部到位,* DNA Extraction Kit: 从琼脂糖凝胶中回收DNA,只需10分钟即可回收100bp-10,000kb DNA* Micropure -EZ:从DNA中去除常用的42种限制性内切酶,可与Amicon超滤离心装置连用,一步离心即可完成去酶,浓缩及脱盐。* Immobilon 系列转印膜: Ny+ 用于Southern和Northern Blotting PVDF 用于Western Blotting* ZipTip 微量固相萃取吸嘴:只需数秒即可纯化fmol至pmol的蛋白质样品,提高质谱分析的灵敏度* Montage Plasmid kit:用于质粒DNA纯化2 Montage BAC kit:用于BAC DNA纯化2 Montage SEQ kit:用于测序反应后PCR纯化* Montage In-Gel Digest Kit: 同时处理96个1-D或2-D胶中的蛋白质样品* Millex GP33: 超大面积,超高流速的针头式除菌过滤器。技术参数:1.96孔PCR 纯化板---纯化96个样品只需10分钟2.无须离心,只需真空抽干3.不需要使用任何有机试剂及任何盐溶液,也无须洗涤步骤4.纯化后的PCR样品回收率90%(500bp以上)5.纯化后的DNA纯度极佳--Primer的去除率98%主要特点:1.Albumin Deplete Kit--有效去除人血清中65%以上的白蛋2.预装好亲和层析小柱,只需15分钟离心,洗脱操作3.非特异性蛋白吸附极低4.提高低峰度蛋白质在电泳,层析及质谱分析中的解析度5.此Kit同样可适合于其他多种哺乳动物
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  • 最新款 Qubit Flex 八通道核酸/蛋白定量荧光计 已上市!Qubit 4 荧光计采用专门研制的荧光检测技术和Invitrogen™ Molecular Probes™ 染料。这些染料荧光只有与特异性的靶分子结合时,才能发射荧光信号,即使有游离核苷酸或降解核酸存在,这些染料仍能发挥作用。Qubit 4 荧光定量即便在低浓度下亦具有目前最高的DNA 和RNA 定量特异性和灵敏度。? 选择性 — Qubit 荧光定量采用Qubit 分析试剂盒,其包括专利的染料,只有与DNA、RNA或蛋白质结合时方可发出荧光。由于Qubit 技术只报告靶分子( 而不是杂质) 的浓度,因此这种特异性可以使您获得十分精确的结果? 灵敏性 — 最低仅需1 uL 样品,能精确可靠地定量浓度仅为10pg/L 的DNA 和12.5μg/mL 的蛋白质样本? 简单直观 — 反应灵敏的5.7 英寸彩色触摸屏,直观的导航按钮? 迅速 — 全新的双核处理器,5 秒内快速计算样品浓度,最多存储1000 个结果? 个性化 — 个性化设置常规应用,可通过MyQubit 软件和网络工具创建个性化assay,六国操作语言可供选择上市12 年来,Qubit 荧光计一直以其极高的准确度和灵敏性,受到全球上万个实验室的青睐。迄今为止,已经有17,500 篇有关Qubit 的文献引述。最新推出的Qubit 4 荧光计秉承上一代仪器的高准确性,不仅仅可精确测量样品DNA,RNA 和蛋白质含量,还拥有全新的功能,包括:? 适用全新RNA IQ assay — 快速可靠地检测RNA 完整性和质量? 数据导出 — 除U 盘和USB 连接电脑导出数据,还拥有WiFi 功能? 内置试剂计算器 — 快速计算配置工作溶液所需的染料和缓冲液Qubit 操作简单直观ubit RNA IQ Assay快速、准确地检测RNA 完整性和质量RNA 样品的质量评估对于下游的实验的成功尤为重要。全新上市的InvitrogenTM Qubit RNA IQ(Integrity & Quality )试剂盒和Qubit 4 荧光计配套使用,只需两步就可以准确区分完整和降解RNA,快速评估RNA 质量或降解程度。无需特殊的处理步骤,繁杂的样本制备或漫长的等待过程——最少仅需1 uL,浓度为0.5-1.5 ug/uL 的待测样品,即可在4 秒内获得RNA IQ 结果。Qubit RNA IQ 试剂盒采用两种独特的荧光染料——一种与大RNA,完整和/ 或结构RNA 结合,另一种选择性地结合较小、降解的RNA(图5),两种染料结合使用,可快速地评估RNA样品的完整性和质量。使用时,您只需将样本加入RNA IQ 工作液,然后在Qubit 4 荧光计上完成检测。检测结果会提供RNA 样品完整性和质量的总数值或RNA IQ#,以及样本中大小RNA 的百分比值(图6)。与其他RNA 质量分数类似,RNAIQ# 评分范围为1 到10,数值越大,说明RNA 的质量越高,完整性越好。 与电泳法相比,RNA IQ 检测法有何优势?Qubit RNA IQ 为检测RNA 样本是否降解提供一种快速简单的方法。与基于微流体芯片法比较,RNA IQ 法需要的设备便宜,操作简单,更重要的是检测所需的时间大大缩短。通常来说,完成12 个样品的检测,RNA IQ 法约需要10 分钟,而使用微流体法,约需要75 分钟。如果您只是需要简单评估RNA 样品是否降解,可以使用RNA IQ 法快速完成检测,但如果您需要获取具体的RNA 片段大小及分布信息,我们依然推荐您使用基于凝胶或微流体的电泳方法。RNA IQ 检测结果反映样本中大RNA 和/ 或结构RNA 和小RNA的百分比,其数值与电泳法结果正相关(图7)。然而,需要注意的是IQ# 值反映的是样本中大小RNA 的比值,由于计算原理不同,IQ# 值与其他质量评估方法得到的结果之间存在一些差异(图8)。对特定样本或下游应用,我们推荐您最开始同时使用RNA IQ 试剂盒和传统电泳法来确定测量值的相关性。官方渠道购买 — 品质保证,售后无忧从现在起,通过赛默飞世尔科技官方渠道购买全新Qubit 4 荧光计,即享三年免费退换。
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  • Biolot蛋白质纯化系统/蛋白质层系统是为蛋白等生物样品的纯化制备而专门设计的全自动蛋白质层析纯化系统,其系统稳定性能高而且软件易用,配备酸度/电导检测器可准确即时监测分离时的梯度环境,专为进行单次和多次纯化的科学家设计。Biolot蛋白质纯化系统旨在满足您的不同应用需求:不论您是每天只需处理少量样品,还是您的工作量要求仪器能实现更大通量,我们的蛋白质纯化系统统使您可快速制备宝贵且复杂的混合物并获得高纯度、高回收率的完全可信结果。高效的模块化制备色谱系统,广泛应用于天然产物、和蛋白质生物高分子的分离纯化。 Biolot蛋白质纯化系统可用于: ● 多肽纯化 ● 单抗纯化 ● 重组蛋白纯化 ● 天然药物和多糖的纯化 ● 疫苗纯化 ● 血液制品分离纯化 ● 基因治疗药物纯化Biolot蛋白质纯化系统产品性能: 可快速分离蛋白质、多肽等生物大分子化合物 高度灵活的模块化配置,让科研过程更直观 采用高精度柱塞泵、高稳定性、低脉冲 高灵敏度在线检测,可选配UV、PH、电导、示差折光等多种检测器 流路为PEEK材料,生物兼容性好 泵头具有自动清洗功能,避免缓冲液残留、结晶析出 全自动馏分收集器,具有多种收集模式,可配置多种规格收集管 标配梯度程序、客户可根据实验需要进行重新设置 存储和执行色谱分离方法 高度智能化操作系统,使用简单方便 控制软件符合“FDA 21 CFR Part 11 认证”认证要求Biolot100蛋白质纯化系统技术参数:型号Biolot 100系统泵PEEK柱塞泵(高精度、低脉冲)流速范围0.01-100ml/min流速精度± 0.5% 压力范围0—20Mpa压力脉动≤0.2MPa梯度类型台阶、线性变化梯度、可在线修改梯度最小梯度调节±0.5%ABS(双泵)检测器光源进口氘灯+钨灯(系统自动切换灯源)检测波长190~800nm(两波长同时检测)波长精度±1nm吸光度范围-3--3AU (线性 0--2 AU)电导范围0—999.9ms/cmPH范围0—14收集器全自动馏分收集器收集管架2×60支试管(高度150mm,直径15mm)收集模式普通模式、顺序收集、循环收集手动上样阀标配1ml定量环(可选配各种规格定量环)电源85 ~ 264VAC,50Hz控制软件通过RS-232(USB),采用基于Windows XP/Windows7/ Windows8/ Windows10/的PC软件工作站,多模块系统控制、设计符合“FDA 21 CFR Part 11 认证”参考尺寸输液泵:370×240×152mm3 紫外检测器:370×240×152mm3 电导/PH:370×240×100mm3 自动馏分收集器:355×241×320mm3
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蛋白质相关的资讯

  • 谁是蛋白质质谱与蛋白质组学领域世界第一牛人?
    俗话说:文无第一,如果非要整出个蛋白质质谱与蛋白质组学领域世界第一牛人,显然并不是一件容易的事,也注定是一件有争议的事。作为一个半路出家的准业内人,我就本着无知者无畏的革命精神,说一下我自己心目中的第一牛人:Ruedi Aebersold。  考虑到科学网的大多数网友对蛋白质组学并不了解,先简单科普一下,根据百度百科的定义:“蛋白质组学(Proteomics)一词,源于蛋白质(protein)与 基因组学(genomics)两个词的组合,意指“一种基因组所表达的全套蛋白质”,即包括一种细胞乃至一种生物所表达的全部蛋白质。” 1995年(也有1994,1996年之说)Marc Wikins首次提出蛋白质组(Proteome)的概念1,1997年, Peter James(就职于有欧洲MIT之称的瑞士联邦工学院(ETH))又在此基础上率先提出蛋白质组学的概念2。基因组学和蛋白质组学的概念又进一步催生了N多的各种各样的组学(omics),两者的诞生的发展,也使系统生物学成为可能,本文的主人公Ruedi Aebersold与Leroy Hood一起于2000年在美国西雅图创办了系统生物学研究所(ISB),该所的建立不但标志着系统生物学作为一门独立的学科的诞生(此句话貌似不靠谱,参见文后14楼的评论),也带动了包括蛋白质组学在内的多种组学的发展,当然各种组学的发展也同时促进了系统生物学的发展。尽管日本也于2000年在东京建立了系统生物学研究所,但是同为第一个吃螃蟹的,东京的这个所,无论是学术水平还是世界影响都无法和西雅图的那个系统生物学领域的麦加相提并论。闲话少叙,我之所以认为Ruedi Aebersold是蛋白质质谱与蛋白质组学领域世界第一牛人,是基于如下原因:  Ruedi Aebersold对蛋白质组学的最大贡献可谓是同位素代码标记技术(ICAT),现在这一蛋白组定量技术自从1999年在Nature上发表以来,该技术已世界广泛应用,该论文迄今(截至2013年1月11日)已被引用了近3000次。Web of Science的检索结果显示,蛋白组学领域迄今已经至少有超过10万篇论文发表,按照被引用次数排名,该论文位居第三位。有意思的是,被引用次数排第四位的是Ruedi Aebersold和另外一位牛人Mathias Mann(下面会介绍)于2003年发表在Nature上的有关蛋白质质谱与蛋白质组学的综述论文,迄今也已被引用近2800次。而引用次数排第一和第二的两篇论文的通讯作者并算不上是蛋白质质谱与蛋白质组学领域的,蛋白质组学仅仅是他们使用的工具,他们的影响也在这个领域之外。蛋白质组学领域,最重要的专业协会应该算是HUPO (国际人类蛋白质组组织), 最重要的专业会议也当属HUPO世界大会,Ruedi Aebersold曾获HUPO含金量最高的成就奖,他本人也经常是HUPO世界大会的分会主席或大会特邀报告人。当然Aebersold还获得了包括美国质谱协会(ASMS)大奖在内的许多专业大奖。可能有人会列出另外的自己心中的第一牛人(如上述的Mathias Mann),但Ruedi Aebersold无疑至少是领域内公认的前几位的世界级牛人。另外,顺便说一下德国马普所的Mathias Mann(其在丹麦首都也有实验室),Mann和Aebersold可谓是蛋白质组学领域的双子星座,都是该领域的顶级牛人,Mann发表的论文有多篇都在蛋白质组学领域被引用次数前10位,不少被引用次数都上千次。上述的Mann和Aebersold两人能在Nature发表综述论文也说明了他们的江湖地位。Aebersold和Mann所发表的论文总被引次数分别超过了5万和3万次,这个数字在世界所有领域都是惊人的。另外,Mathias Mann在蛋白质组学最大的贡献可以说是发明了蛋白质组体内标记技术SILAC3,这种技术与Ruedi Aebersold发明的ICAT已及另外一种标记iTRAQ是公认的应用最为广泛的蛋白质组学定量标记技术。  今年年近花甲的Ruedi Aebersold是世界蛋白质组学的开拓者之一,现在在上述的ETH的工作,和最早提出蛋白质组学Peter James在同一个大学。作为土生土长的瑞士人,Ruedi Aebersold是在2004年底、2005年初才开始在ETH全职工作的,可谓是瑞士的大海龟。Ruedi Aebersold此前在西雅图的ISB和华盛顿大学工作,作为ISB的元老和共同创办人,Ruedi Aebersold现在还是ISB的兼职教授,发表论文时也还署ISB地址。Mann和Aebersold都是欧洲人,现在又都致力于将蛋白质质谱与蛋白质组学应用到临床,尽管蛋白质组学已有十多年发展历史,现在最大的一个瓶颈可以说在基本无法应用到临床,现有的技术,对于临床应用而言,时间和经济成本都太高(无法高通量、检测成本太贵)。这一块硬骨头显然不是一般人能够啃得动的,需要从临床样品制备、质谱技术到数据分析都要有突破甚至革命性的创新,我很期待,也相信Mann和Aebersold有能力最终使蛋白质组学(尤其是基于此的生物标志物鉴定技术)应用到临床。  我国在蛋白质质谱与蛋白质组学领域在世界上最出名的无疑非贺福初莫属,贺福初的名字在国内搞蛋白质组学应该都知道他的名字,他的头衔很多(如将军、院士),我就不一一列举了,新年伊始他又多了一个牛头衔:万人计划中的科技领军人才。贺的工作和学术水平,我不熟悉,不敢评头论足。他的文章被引用次数最高的是发表在Cancer Research一篇论文,迄今已有126次,但并非是蛋白质组学领域。在蛋白质组学领域,他的被引次数(含自引)最高的论文是2007年发表在蛋白质组学顶级期刊MCP的文章4,迄今已有105次引用。蛋白质质谱领域,我国在世界上最出名的学者估计要数复旦大学的杨芃原了,他的被引用次数最高的一篇论文,是2005年发表在化学顶级期刊德国应用化学的文章5,迄今已被引用70次,杨芃原为该论文的共同通讯作者。我国在蛋白质组学目前被引用次数最高的是南开大学王磊(澳大利亚海归、长江学者)2007年发表在美国科学院院刊(PNAS)的论文6,迄今被引次数已经超过500次。  蛋白质质谱仪主要生产商Thermo Fisher(即原来的Finnegan), 最近新出了本挂历,这本特别的挂历上列了13位在蛋白质质谱与蛋白质组学领域的牛人,上述的Ruedi Aebersold和Mathias Mann都在之列,其余11位简单介绍、列表如下。姓 名工作单位主要贡献Richard D. Smith美国太平洋西北国家实验室1990年首次用三重四级杆质谱Top-down(自上而下)分析完整蛋白John Yates III美国Scripps研究所SEQUEST MS/MS数据库搜索程序Joshua Coon美国威斯康星大学麦迪逊分校发明了电子转移解离技术(ETD)Neil Kelleher美国西北大学Top-down蛋白质组学Kathryn Lilley英国剑桥大学蛋白质组学定量技术Pierre Thibault加拿大蒙特利尔大学应用生物质谱和蛋白质组学到细胞生物学Michael MacCoss美国华盛顿大学(西雅图)稳定同位素标记技术Albert Heck荷兰Utrecht大学基于质谱的结构生物学Catherine Costello美国波士顿大学HUPO前任主席,质谱技术发展及应用Alexander Makarov德国Thermo Fisher Scientific 生物质谱全球研发总监领导研发Orbitrap质谱仪Donald Hunt美国弗吉尼亚大学FT-MS and ETD  简单的说,上述13位世界级牛人都来自欧美,没有一位来自亚洲,也没有一位华人。我不知道以Ruedi Aebersold代表的上述牛人是如何炼成的,但可以肯定的是:他们不是欧美版的“百人”计划,也不是“千人”计划,更不是“万人”计划而“计划”出来的。网上的公开信息表明:Ruedi Aebersold除了在国际专业协会和期刊有学术兼职外,没有任何行政职务,就是一普通教授,但是这不妨碍他成为蛋白质质谱与蛋白质组学领域世界第一牛人。
  • 定量蛋白质组学揭示内质网应激作用下蛋白质的构象变化
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章Quantitative Structural Proteomics Unveils the Conformational Changes of Proteins under the Endoplasmic Reticulum Stress1,文章的通讯作者是来自美国佐治亚理工学院的Ronghu Wu助理教授。在真核细胞中,内质网(endoplasmic reticulum,ER)负责蛋白质组中40%蛋白质的合成和成熟。蛋白质合成或折叠过程中的变化都将影响内质网的稳态,进而导致未折叠蛋白的积累和蛋白分泌效率的降低。在过去几十年的研究中,内质网应激反应被广泛研究,但是内质网应激反应后蛋白质折叠状态的变化却没有被深入研究。基于丰度的蛋白质组学方法不能直接用于分析蛋白质状态的变化,在这篇文章中,作者整合了半胱氨酸(cysteine,Cys)共价标记、选择性富集和定量蛋白质组学,称为半胱氨酸靶向共价蛋白绘制(cysteine targeted covalent protein painting,Cys-CPP),用于研究蛋白质组范围内的蛋白质结构和变化(图1A)。  使用CPP分析蛋白质结构,需要一种具有高反应活性的探针。作者设计了一种针对半胱氨酸的探针,其中包含半胱氨酸反应基团、用于富集的生物素部分和用于生成半胱氨酸特异性识别位点标签的可裂解连接部分(图1B)。以变性处理后的蛋白样品作为蛋白质展开形式的参考,计算肽段在原始样本和变性样本中的比例从而获得宝贵的蛋白质结构信息。  图1.利用半胱氨酸反应探针定量分析人细胞蛋白质组中半胱氨酸暴露率的原理。(A)Cys-CPP的一般工作流程。(B)半胱氨酸残基与探针之间的反应。富集后,进行紫外裂解,在修饰的半胱氨酸上留下一个小标记,用质谱进行位点特异性分析。  半胱氨酸暴露率Rexpo通过每条肽段在原始样本和变性样本中的比值进行计算。结果显示:(1)半胱氨酸的暴露率和溶剂可及性呈现正相关(图2C) (2)在丝氨酸和苏氨酸等极性氨基酸残基旁边的半胱氨酸具有相对较高的暴露率,这与人们普遍认为亲水残基更有可能暴露在蛋白质表面的观点一致 (3)甘氨酸和脯氨酸附近的半胱氨酸具有更高的暴露率,这是因为这两种氨基酸通常出现在蛋白质的转角和环结构中,对半胱氨酸的空间位阻较小 (4)半胱氨酸暴露率与其有/无序区(图2D)或所处二级结构(图2E)的相关性分析均表明,较低的暴露率与更稳定和结构化的局部环境有很好的相关性。这些数据结果共同证明目前的方法可以准确地测得半胱氨酸暴露率,并为蛋白质结构提供有价值的信息。  图2.HEK293T细胞中半胱氨酸暴露率的分析。(A) VAHALAEGLGVIAC#IGEK(#代表标记位点)的串联质谱样本。报告离子的强度使我们可以准确定量一个半胱氨酸的暴露率(左框为报告离子强度的放大视图)。(B)蛋白CCT3中被定量半胱氨酸的定位和暴露率演示(PDB代码:6qb8)。(C−E)比较不同的溶剂可及性(C)、预测无序区(D)和二级结构(E)的半胱氨酸暴露率。  衣霉素(Tunicamycin,Tm)可抑制 N-糖基化并阻断 GlcNAc 磷酸转移酶 (GPT)。由于蛋白质的N-糖基化经常发生在共翻译过程中,在蛋白质折叠的调节中起着至关重要的作用,所以衣霉素会引起细胞内质网中未折叠蛋白的积累并诱导内质网应激。基于此,作者用衣霉素对细胞进行处理,计算并对比了衣霉素处理样本和正常样本中的半胱氨酸暴露率。正如预期的那样,Tm处理样本中许多半胱氨酸的暴露率升高,且Tm对于蛋白质不稳定区域的作用尤为显著。根据Tm处理样本和正常样本之间半胱氨酸暴露率的差值,作者将所有位点划分为5个部分,在Tm处理下,近三分之一的半胱氨酸定位区域没有明显的结构变化(差值在-0.05~0.05之间),而28%的位点则高度暴露(差值0.15)(图3B)。对这两种蛋白质进行基因本体(GeneOntology,GO)功能富集分析(图3C),结果显示:差值在-0.05~0.05之间的蛋白通常是糖异生或折叠过后具有良好结构区域的蛋白,而差值0.15的蛋白则是与囊泡转运相关的蛋白。这表明抑制N-糖基化主要影响经典分泌途径中的蛋白质,与预期相符。  图3.利用Tm抑制蛋白质N-糖基化对蛋白质折叠影响的系统研究。(A)Tm处理和对照样品之间半胱氨酸暴露率的比较。(B) 不同暴露率变化范围内的蛋白质数量。(C)在具有高度展开或稳定区域半胱氨酸的蛋白之间进行GO功能富集分析。  由于Tm对于预先存在的、折叠良好的蛋白质所产生的影响可能远小于对新合成蛋白的影响,分别研究Tm对这两种蛋白的影响是必要的。作者通过将目前的方法Cys-CPP与细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记(pSILAC)结合(图4A),探究了细胞中已存在蛋白和新合成蛋白在内质网应激作用下的不同变化。结果显示:(1)抑制N-糖基化对新合成蛋白的去折叠影响比对已存在蛋白的影响更显著(图4C) (2)N-糖基化除了调节蛋白质的二级结构外,在蛋白质三级或四级结构的形成中起着更重要的作用(图4D)。  图4. 抑制N-糖基化对新合成蛋白和已存在蛋白折叠状态影响的研究。(A)量化新合成蛋白和已存在蛋白折叠状态变化的实验设置。(B) 经Tm处理和未经处理的细胞中新合成和已存在蛋白质的重叠。括号内为每组蛋白质数。(C)不同蛋白质组中暴露率的分布。(D) 在有或没有Tm处理的细胞中、在不同的二级结构下,新合成和已存在蛋白之间半胱氨酸暴露率的差值分布。  本文通过设计一种半胱氨酸靶向探针,定量半胱氨酸残基的暴露率,系统地研究了蛋白质的结构以及结构的变化。结果表明,半胱氨酸暴露率与蛋白质局部结构的相关性非常好。利用该方法,作者研究了Tm引起的内质网应激反应下细胞中蛋白质的结构变化。此外,通过将Cys-CPP与pSILAC结合,研究了在内质网应激反应下原有蛋白和新合成蛋白的结构变化差异,并详细分析了内质网应激对蛋白质去折叠的影响,深入和准确地了解内质网应激下的蛋白质结构变化,有助于深入了解蛋白质的功能和细胞活性。  参考文献:[1] Yin K, Tong M, Sun F, et al. Quantitative Structural Proteomics Unveil the Conformational Changes of Proteins under the Endoplasmic Reticulum Stress[J]. Analytical Chemistry, 2022,
  • 人工智能成功预测蛋白质相互作用 确定100多个新蛋白质复合物
    美国科学家主导的国际科研团队在最新一期《科学》杂志撰文指出,他们利用人工智能和进化分析,绘制出了真核生物的蛋白质之间相互作用的3D模型,首次确定了100多个可能的蛋白质复合物,并为700多个蛋白质复合物提供了结构模型,深入研究蛋白质相互作用有望催生新的药物。  研究负责人之一、美国西南大学人类发育与发展中心助理教授丛前(音译)称,研究结果代表了结构生物学新时代的重大进步。  丛前解释说,蛋白质通常成对或成组工作,形成复合物,以完成生物体存活所需的任务。虽然科学家已经对其中一些相互作用开展了深入研究,但许多仍是未解之谜。了解蛋白质之间所有的相互作用将揭示生物学的许多基本方面,并为新药研发提供参考。  但半个世纪以来,鉴于许多蛋白质结构的不确定性,科学家们很难了解这些相互作用。2020年和2021年,深度思维公司和华盛顿大学戴维贝克实验室独立发布了两种人工智能技术“阿尔法折叠”和RoseTTAFold,它们使用不同的策略预测蛋白质结构。  在最新研究中,丛前等人通过对许多酵母蛋白复合物建模,扩展了人工智能结构预测工具箱。为了找到可能相互作用的蛋白质,科学家们首先搜索相关真菌的基因组,寻找发生突变的基因,然后使用上述两种人工智能技术来确定这些蛋白质是否可以3D结构结合在一起。  他们确定了1505种可能的蛋白质复合物,其中699个结构已被表征,验证了其方法的实用性;另外700个复合物目前获得的数据有限,剩下106个从未被研究过。为更好地理解这些很少被描述或未知的复合物,团队研究了类似的蛋白质,并根据新发现的蛋白质与此前已知蛋白质的相互作用,确定了新发现蛋白质的作用。

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  • 蛋白质与多肽蛋白质粉

    蛋白质与多肽蛋白质粉 人类的营养物质有许多种类,最为重要的为蛋白质,碳水化合物和脂肪,其它则是微量营养物质,如维生素、电解质和微量元素等。虽然每一种营养物质对人体来说都是不可或缺的,但绝大多数的营养学家都会有充分的理由认为,真正最重要的营养物质是蛋白质。一、蛋白质是构成人体的基本物质。 蛋白质是由氨基酸通过肽链相连而构成的,它是人体包括骨骼、肌肉、皮肤和脑的重要物质基础,同时氨基酸也是生成核酸的基本物质。我们知道,核酸既形成遗传密码,也是体内储存能量的基本物质。因而从根本上说,人体是由蛋白质组成的。构成人体蛋白质的生理功能概括有如下三个方面:1)人体组织的主要构成成份:如肌肉、骨骼、血液、皮肤、神经、肝、心等等。2)具有特殊生理功能:可以这样说,人类的一切生理活动都与蛋白质有关。如酶蛋白能催化机体的一切化学反应,包括蛋白质、脂肪、碳水化合物的消化等;载脂蛋白运送脂肪;血红蛋白运送氧;激素蛋白调节代谢与生理活动包括情感;血浆白蛋白调节渗透压、运输金属离子、胆红素和抗生素等。3)供给机体能量:成年人每日约需要更新400g蛋白质,每克蛋白质彻底分解能释放出约4 Kcal的热量。4)为机体提供氮原料:人体内所必需的嘧啶、嘌呤、肌酸、胆碱、肾上腺素、肉碱、牛磺酸等,都是以多肽、氨基酸为原料的。表1. 世界粮食组织(FAD)和世界卫生组织(WHO)根据中国人的体质和膳食结构推荐的中国人蛋白质的摄入量(RNLs)。年 龄蛋白质RNL(g/d) 初生—6个月 1.5-3 1岁 35 3岁 45 5岁 55 7岁 60 9岁 65 10-16岁 75-85 成年女性 65 成年男性 75 妊娠 +15 乳母 +20 根据统计资料:由于贫困、工作紧张、精神压力、减肥节食、以及肠胃疾病、癌症、贫血、肾病、各种结核病、肝硬化、腹水、烧伤、失血等,以及老龄人均不同程度地存在着蛋白质的摄入不足。 上世纪80年代以来,我国营养学家对7个省18个贫困地区,1万名学龄前儿童进行了为期4年的连续调查,发现营养不良现象非常严重,其中蛋白质的摄入量不足WHO规定的60%。近年社会医学工作调查,在发达地区由于生活节奏加快,精神压力异常增加,以及办公室白领阶层的减肥节食,也导致蛋白质摄入不足,代谢异常的人群增加。二、蛋白质缺乏的体征和临床症状 单纯的蛋白质营养不良又叫加西长病,这或许是来源于非洲的单词,单纯的能量不足时叫消瘦;临床上通常把这两种现象叫单纯性蛋白质能量营养不良症或PEM。单纯的PEM症在临床上较少见到,但在慢性消耗性疾病患者中则常见,尤其是在癌症患者和艾滋病的患者中几乎占到90%以上。 现代都市和贫困地区存在着相当数量的蛋白质营养不良族群,他们的临床表现主要是能量损失或不足,如体力不支、睡眠不安、怕冷、怕热、性冷淡、无法进行正常的体力劳动和运动,其次为肌肉组织萎缩、皮肤松驰;腿部、脸部易水肿、脂肪肝、无名皮疹、伤口愈合不良、记忆力下降、视力减弱等。再者免疫力低下易感冒、感染。在做血检时通常会发现这些族群的血浆蛋白处于正常值的下限,其中白蛋白、转铁蛋白、甲状腺素结合前体蛋白和视轴蛋白(retinol-binding protein)均处于低水平时,患者易于感染各种疾病并且出现早衰症状,如果是儿童则感染后死亡率增加30%-40%,对于这类人群WHO的专家最好的建议就是迅速补充优质(或全价)的蛋白质。三、优质蛋白质和劣质蛋白质的区别。 要弄清楚何为优质蛋白质?何为劣质蛋白质?我们要引入什么是必需氨基酸的概念。营养生理学家、生化学家发现构成人体蛋白质的氨基酸共有21种,而这些氨基酸中其中有4种是可以由体内含碳和含氮底物自己合成的,被称为非必需氨基酸,还有10个必需的氨基酸,是人类机体无法制造需要从饮食中摄取的,另有7个是介于这两者之间的被称为条件必需氨基酸。表2. 必需、条件必需和非必需氨基酸 必需氨基酸条件必需氨基酸 非必需氨基酸 亮氨酸牛黄酸 丙氨酸 异亮氨酸酪氨酸 谷氨酸 缬氨酸甘氨酸 天冬氨酸 赖氨酸丝氨酸 天冬酰胺 苯丙氨酸(酪氨酸)脯氨酸 蛋氨酸(半胱氨酸)谷氨酰酸 苏氨酸 胱氨酸 色氨酸 组氨酸 精氨酸 虽然蛋白质广泛存在于许多动物性和植物性食物中,但是必需氨基酸的构成异差很大,WHO把“蛋白质其组成恰好符合人体需要”的蛋白质称为理想蛋白质,在自然界这种理想的蛋白质普遍认为是鸡蛋蛋白,因此就把鸡蛋蛋白作为衡量蛋白质优劣的参照蛋白,科学家把它作为一把尺子来衡量各种蛋白质,并制定出标准,以4种必需氨基酸为最低限来决定其优劣,即色氨酸、苏氨酸、赖氨酸或者蛋氨酸(半胱氨酸)。 通过比较科学发现,肉、鱼、蛋、牛奶、乳酪含有优质蛋白,大豆、花生、豌豆也含有较多的高质量蛋白。进一步研究发现它们都不够完美,因而要求大家对优质的动物性蛋白和植物性蛋白进行了科学搭配才是最完美的全价蛋白质(complete protein)。表3. 部分高质量蛋白

  • 蛋白质组,蛋白质组学及研究技术路线

    基因组(genome)包含的遗传信息经转录产生mRNA,一个细胞在特定生理或病理状态下表达的所有种类的mRNA称为转录子组(transcriptome)。很显然,不同细胞在不同生理或病理状态下转录子组包含的mRNA的种类不尽相同。mRNA经翻译产生蛋白质,一个细胞在特定生理或病理状态下表达的所有种类的蛋白质称为蛋白质组(proteome)。同理,不同细胞在不同生理或病理状态下所表达的蛋白质的种类也不尽相同。蛋白质是基因功能的实施者,因此对蛋白质结构,定位和蛋白质-蛋白质相互作用的研究将为阐明生命现象的本质提供直接的基础。生命科学是实验科学,因此生命科学的发展极大地依赖于实验技术的发展。以DNA序列分析技术为核心的基因组研究技术推动了基因组研究的日新月异,而以基因芯片技术为代表的基因表达研究技术为科学家了解基因表达规律立下汗马功劳。在蛋白质组研究中,二维电泳和质谱技术的黄金组合又为科学家掌握蛋白质表达规律再铸辉煌。蛋白质组学(proteomics)就是指研究蛋白质组的技术及这些研究得到的结果。蛋白质组学的研究试图比较细胞在不同生理或病理条件下蛋白质表达的异同,对相关蛋白质进行分类和鉴定。更重要的是蛋白质组学的研究要分析蛋白质间相互作用和蛋白质的功能。蛋白质组学的研究内容包括:1.蛋白质鉴定:可以利用一维电泳和二维电泳并结合Western等技术,利用蛋白质芯片和抗体芯片及免疫共沉淀等技术对蛋白质进行鉴定研究。2.翻译后修饰:很多mRNA表达产生的蛋白质要经历翻译后修饰如磷酸化,糖基化,酶原激活等。翻译后修饰是蛋白质调节功能的重要方式,因此对蛋白质翻译后修饰的研究对阐明蛋白质的功能具有重要作用。3.蛋白质功能确定:如分析酶活性和确定酶底物,细胞因子的生物分析/配基-受体结合分析。可以利用基因敲除和反义技术分析基因表达产物-蛋白质的功能。另外对蛋白质表达出来后在细胞内的定位研究也在一定程度上有助于蛋白质功能的了解。Clontech的荧光蛋白表达系统就是研究蛋白质在细胞内定位的一个很好的工具。4.对人类而言,蛋白质组学的研究最终要服务于人类的健康,主要指促进分子医学的发展。如寻找药物的靶分子。很多药物本身就是蛋白质,而很多药物的靶分子也是蛋白质。药物也可以干预蛋白质-蛋白质相互作用。在基础医学和疾病机理研究中,了解人不同发育、生长期和不同生理、病理条件下及不同细胞类型的基因表达的特点具有特别重要的意义。这些研究可能找到直接与特定生理或病理状态相关的分子,进一步为设计作用于特定靶分子的药物奠定基础。不同发育、生长期和不同生理、病理条件下不同的细胞类型的基因表达是不一致的,因此对蛋白质表达的研究应该精确到细胞甚至亚细胞水平。可以利用免疫组织化学技术达到这个目的,但该技术的致命缺点是通量低。LCM技术可以精确地从组织切片中取出研究者感兴趣的细胞类型,因此LCM技术实际上是一种原位技术。取出的细胞用于蛋白质样品的制备,结合抗体芯片或二维电泳-质谱的技术路线,可以对蛋白质的表达进行原位的高通量的研究。很多研究采用匀浆组织制备蛋白质样品的技术路线,其研究结论值得怀疑,因为组织匀浆后不同细胞类型的蛋白质混杂在一起,最后得到的研究数据根本无法解释蛋白质在每类细胞中的表达情况。虽然培养细胞可以得到单一类型细胞,但体外培养的细胞很难模拟体内细胞的环境,因此这样研究得出的结论也很难用于解释在体实际情况。因此在研究中首先应该将不同细胞类型分离,分离出来的不同类型细胞可以用于基因表达研究,包括mRNA和蛋白质的表达。LCM技术获得的细胞可以用于蛋白质样品的制备。可以根据需要制备总蛋白,或膜蛋白,或核蛋白等,也可以富集糖蛋白,或通过去除白蛋白来减少蛋白质类型的复杂程度。相关试剂盒均有厂商提供。蛋白质样品中的不同类型的蛋白质可以通过二维电泳进行分离。二维电泳可以将不同种类的蛋白质按照等电点和分子量差异进行高分辨率的分离。成功的二维电泳可以将2000到3000种蛋白质进行分离。电泳后对胶进行高灵敏度的染色如银染和荧光染色。如果是比较两种样品之间蛋白质表达的异同,可以在同样条件下分别制备二者的蛋白质样品,然后在同样条件下进行二维电泳,染色后比较两块胶。也可以将二者的蛋白质样品分别用不同的荧光染料标记,然后两种蛋白质样品在一块胶上进行二维电泳的分离,最后通过荧光扫描技术分析结果。胶染色后可以利用凝胶图象分析系统成像,然后通过分析软件对蛋白质点进行定量分析,并且对感兴趣的蛋白质点进行定位。通过专门的蛋白质点切割系统,可以将蛋白质点所在的胶区域进行精确切割。接着对胶中蛋白质进行酶切消化,酶切后的消化物经脱盐/浓缩处理后就可以通过点样系统将蛋白质点样到特定的材料的表面(MALDI-TOF)。最后这些蛋白质就可以在质谱系统中进行分析,从而得到蛋白质的定性数据;这些数据可以用于构建数据库或和已有的数据库进行比较分析。实际上像人类的血浆,尿液,脑脊液,乳腺,心脏,膀胱癌和磷状细胞癌及多种病原微生物的蛋白质样品的二维电泳数据库已经建立起来,研究者可以登录www.expasy.ch/www/tools.html等网站进行查询,并和自己的同类研究进行对比分析。Genomic Solution可以为研究者提供除质谱外的所有蛋白质组学研究工具,包括二维电泳系统,成像系统及分析软件,胶切割系统,蛋白质消化浓缩工作站,点样工作站等;同时还可以提供相关试剂和消耗品。LCM-二维电泳-质谱的技术路线是典型的一条蛋白质组学研究的技术路线,除此以外,LCM-抗体芯片也是一条重要的蛋白质组学研究的技术路线。即通过LCM技术获得感兴趣的细胞类型,制备细胞蛋白质样品,蛋白质经荧光染料标记后和抗体芯片杂交,从而可以比较两种样品蛋白质表达的异同。Clontech最近开发了一张抗体芯片,可以对378种膜蛋白和胞浆蛋白进行分析。该芯片同时配合了抗体芯片的全部操作过程的重要试剂,包括蛋白质制备试剂,蛋白质的荧光染料标记试剂,标记体系的纯化试剂,杂交试剂等。对于蛋白质相互作用的研究,酵母双杂交和噬菌体展示技术无疑是很好的研究方法。Clontech开发的酵母双杂交系统和NEB公司开发的噬菌体展示技术可供研究者选用。关于蛋白质组的研究,也可以将蛋白质组的部分或全部种类的蛋白质制作成蛋白质芯片,这样的蛋白质芯片可以用于蛋白质相互作用研究,蛋白表达研究和小分子蛋白结合研究。Science,Vol.293,Issue 5537,2101-2105,September 14,2001发表了一篇关于酵母蛋白质组芯片的论文。该文主要研究内容为:将酵母的5800个ORF表达成蛋白质并进行纯化点样制作芯片,然后用该芯片筛选钙调素和磷脂分子的相互作用分子。最后有必要指出的是,传统的蛋白质研究注重研究单一蛋白质,而蛋白质组学注重研究参与特定生理或病理状态的所有的蛋白质种类及其与周围环境(分子)的关系。因此蛋白质组学的研究通常是高通量的。适应这个要求,蛋白质组学相关研究工具通常都是高度自动化的系统,通量高而速度快,配合相应分析软件和数据库,研究者可以在最短的时间内处理最多的数据。

  • 蛋白质化学与蛋白质组学(推荐)

    蛋白质化学与蛋白质组学夏其昌 曾嵘 等编著2004年4月出版ISBN 7-03-012401-4/Q.133116开,平装,580页定价: 75.00元 本书系统论述了蛋白质化学基础理论和实验技巧,也反映了蛋白质组学研究的最新成果。内容包括:蛋白质的表征,蛋白质的组成分析和序列测定,与此相关的实验方法,包括各种色谱、电泳、质谱技术等,以及应用在蛋白质表征研究和基因工程产品的质检方面的实际范例。在蛋白质组学领域介绍了基本概念、样品制备、双向凝胶电泳的图像分析和定量分析、质谱等常规方法,并介绍了国际上最新的多维技术在研究中的应用;同时充分体现了生物信息学在蛋白质组研究中的重要性。 本书可作为生物学、医学、化学专业大学生,研究生和教学人员的参考书,也是从事生物化学、分子生物学、医学等领域中分离分析工作人员的参考书。

蛋白质相关的耗材

  • 蛋白质组学级胰蛋白酶
    用于LC/MS 分析的蛋白质组学试剂安捷伦复杂的蛋白质组学标准品是含有1500 种蛋白的Pfu 蛋白提取物。与我们的TPCK-处理的蛋白质组学级胰蛋白酶一起使用,为LC/MS 生物标志物发现和其它蛋白质组学研究提供了理想的工作流程验证组合。订货信息:
  • 蛋白质标记试剂盒
    蛋白质标记试剂盒Protein Labeling kit 包含荧光染料,试剂和纯化柱,用于蛋白质微阵列的高品质以及产生直接标记蛋白质。简单,易于使用,灵活的实验方案可以与抗体,第二免疫球蛋白,酶和其它蛋白质一起使用。蛋白质标记试剂盒Protein Labeling kit 提供的胺染料是绝佳的Cy3和Cy5染料替代品,可以用于最普及的微阵列扫描仪。染料的吸收和发射波长都适用于扫描器过滤器,无需购买新的过滤设置。编号名称蛋白质2颜色荧光标记试剂盒
  • 安捷伦蛋白质 80 试剂
    使用 2100 生物分析仪系统进行蛋白质电泳是快速、自动进行蛋白质和肽谱表征、质量控制和杂质检测的一种客观、灵活的解决方案。Agilent Protein 80 和 Protein 230 分析可提供与考马斯亮蓝染色法相当的灵敏度。该系统无需 SDS-PAGE 平板凝胶处理、染色或成像步骤,使工作流程更加高效。使用生物分析仪系统评估的样品类型包括蛋白质裂解物、纯化蛋白质和多肽、还原态和非还原态抗体以及蛋白质的稳定性检测。可根据分子量测定范围灵活选择合适的试剂盒。样品消耗量极少,仅需 4 µL 样品即可完成准确分析。可在约 30 分钟内自动分析 10 个样品,快速得到分析结果。可在一次分析中进行完整的数据分析,提供分子量、定量和纯度信息。可在整个宽线性动态范围内提供与考马斯亮蓝染色法相当的灵敏度。可利用安全包满足 GMP 和 GLP 要求,安全包是一款可选的附带软件,满足 21 CFR Part 11 法规认证的要求。
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