突变株快速筛选

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突变株快速筛选相关的耗材

  • 新羿 人EGFR突变基因检测试剂盒
    人EGFR突变基因检测试剂盒(数字PCR法)用于体外定性检测非小细胞肺癌患者的组织样本基因组DNA及血浆样本游离DNA中EGFR基因突变,可检测19外显子缺失突变(Ex19Del、共检测29种基因型)、21外显子L858R突变及20外显子T790M突变、18外显子G719X突变(3种突变型)、20外显子插入突变(5种基因型)、S768I突变、21外显子L861Q突变、20外显子C797S突变(2种突变型)。试剂盒采用新羿生物自主专利的微液滴数字PCR技术,具有简便、快速、准确、易普及、特异性高等优点,灵敏度高达0.1%,更适合血液EGFR突变基因检测。本试剂盒参照了FDA伴随诊断试剂标准,是高品质、严格质控的伴随诊断产品,可用于辅助筛选可用EGFR酪氨酸激酶抑制剂(TKI)进行治疗的非小细胞肺癌(NSCLC)患者,同时可对肺癌患者进行高灵敏度早期复发监测,及用药期间耐药性突变监测。订购信息产品名称目录号规格 人EGFR基因T790M突变检测试剂盒1220124测试 人EGFR基因19外显子缺失/L858R突变检测试剂盒1220324测试 人EGFR基因G719X突变检测试剂盒1220924测试 人EGFR基因L861Q突变检测试剂盒1221124测试 人EGFR基因S768I突变检测试剂盒1221324测试 人EGFR基因20外显子插入突变检测试剂盒1221524测试 人EGFR基因19外显子缺失检测试剂盒1221924测试人EGFR基因L858R突变检测试剂盒1222124测试
  • 新羿 人BRAF基因突变检测试剂盒
    本试剂盒用于定性检测成人非小细胞肺癌、结直肠癌、甲状腺癌的石蜡包埋组织切片DNA及血浆样本游离DNA中BRAF基因600氨基酸处的6种点突变(BRAF V600E/K/R/D/M/G)的7种基因型(其中V600E有两个基因型c.1799TA和c.1799_1800TGAA)。BRAF 是人类最重要的原癌基因之一, 研究表明在黑色素瘤、非小细胞肺癌、结直肠癌等多种恶性肿瘤中存在BRAF突变,BRAF基因突变主要为15号外显子第600位密码子V600E(1799TA)点突变(占BRAF基因突变类型的80-90%),该突变导致BRAF蛋白被异常激活,从而使患者接受EGFR-TKI药物和EGFR单抗类药物治疗失效。其他罕见突变包括V600K/R/D/M/G,占10%左右。对BRAF基因特定位点的突变进行检测,可对分子靶向抗肿瘤药EGFR酪氨酸激酶抑制剂等进行疗效预测,进而对肿瘤患者的临床个体化用药方案提供指导。订购信息产品名称目录号规格人BRAF基因V600E突变检测试剂盒1223124测试人BRAF基因V600突变筛查试剂盒1223324测试
  • 新羿 人NRAS基因突变检测试剂盒
    本试剂盒用于定性检测成人结直肠癌的石蜡包埋组织切片DNA及血浆样本游离DNA中NRAS基因2、3号外显子上的13种突变。NRAS基因是RAS基因的一种,是人体肿瘤中常见的致癌基因。该基因的突变常见于多种恶性肿瘤,在结直肠癌患者中的突变率为1~6%。NRAS突变主要位于第2、3、4外显子上,NRAS突变的患者对EGFR单抗药物敏感性显著降低。因此,NCCN指南指出,临床工作者在联合化疗使用抗EGFR单抗(帕尼单抗/西妥昔单抗)治疗mCRC患者前,需检测NRAS基因。NRAS基因突变患者不可使用这两种药进行治疗。NRAS基因突变检测可提高肿瘤临床治疗的针对性,从而精准医疗,降低治疗费用,节省治疗时间。订购信息产品名称目录号规格人NRAS基因突变检测试剂盒1224324测试

突变株快速筛选相关的仪器

  • CHOZN GS-/-是采用Sigma独有的CompoZr锌指核酸酶(ZFN)技术建立的细胞株。ZFNs是一类工程DNA结合蛋白,它通过结合用户指定的位点并造成双链断裂(DSB),从而实现靶向基因的编辑。其后,细胞可采用内源性DNA修复过程,非同源性末端接合(NHEJ),或同源介导的双链修复来修复目标双链断裂处。这些修复过程可以被引导以产生精确的靶向基因编辑,从而形成特定基因缺陷(敲除),整合或修饰的生物体或细胞株。谷氨酰胺合成酶(GS)是生物制药行业中最常用的筛选标签之一。通过将重组蛋白的编码基因的表达与外源GS基因的表达偶联,生产重组蛋白的细胞株可以被筛选出来。在GS缺陷宿主细胞之中,只有那些成功转染外源GS基因的细胞在缺乏谷氨酰胺条件下培养才能存活。在具有内源性GS基因的宿主细胞中,可以使用MSX(甲硫氨酸砜亚胺)来抑制内源GS活性,使得这些细胞系可以使用GS筛选。然而在生物制药行业中,无MSX工艺更具优势。为了实现无MSX GS筛选,我们需要一种GS敲除的宿主细胞株。利用ZFN技术,SAFC设计了一种新的CHO K1 GS-/-细胞株。这种CHOZN GS-/-细胞株适合在化学成分限定EX-CELL CD CHO Fusion培养基中悬浮培养,并保持了野生型CHO K1的稳健特性。特点与优点:- 首个商业化的GS-/-CHO细胞株- CHOZN GS-/-是使用ZFN技术靶向突变开发的细胞株- 适合在化学限定,无动物源成分的培养基中悬浮培养的细胞系- 细胞源自于ECACC CHO K1- cGMP标准生产,完善的病毒检测,完整的可追溯资料- 全面的实验方案,为您详细说明筛选策略- 技术专家随时为您排除问题了解更多,可参见本页面核心参数 – 样本下载中的资料手册。
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  • 高低温试验箱TEB-408PF 快速温度突变1、 产品概述快速温变试验箱TEB-408PF是一款高精度的温度测试设备,广泛应用于电子、电器、电池、塑胶、包装等行业的温度测试。该设备采用先进的PID控制算法,实现了快速、准确地控制温度,为用户提供了一种可靠的温变测试方案。快速温变试验箱TEB-408PF二、技术参数1. 温度范围:-20℃~+150℃2. 温度波动度:±0.5℃3. 温度均匀度:±2℃4. 升温时间:从-40℃升至+100℃≤30分钟(非线性)5. 降温时间:从+50℃降至-40℃≤40分钟(非线性)6. 内胆尺寸:1000mm(W)×1000mm(D)×1000mm(H)7. 外形尺寸:约1200mm(W)×1300mm(D)×2200mm(H)8. 电源:AC380V, 50Hz, 3P9. 制冷剂:R404A10. 载物托盘:3块(可定制)11. 样品架:2层(可定制)12. 控制器:TEB-408PF智能控制器,彩色触摸屏操作界面,可编程控制,具有多段PID控制、曲线记录、数据导出等功能。高低温试验箱TEB-408PF 快速温度突变三、产品特点1. 高精度温度控制:采用PID控制算法,可实现快速、准确地控制温度,提高测试精度。2. 大容量载物托盘:配备3块载物托盘,可同时进行多个样品的测试,提高测试效率。3. 可定制样品架和托盘:可根据用户需求定制不同规格的样品架和载物托盘,满足不同样品的测试需求。4. 智能控制器:配备TEB-408PF智能控制器,操作简单方便,可实现温度曲线的记录和导出,方便数据分析和处理。5. 安全保护功能:设备具有多重安全保护功能,如超温保护、传感器故障检测等,确保设备和样品的安全。6. 节能环保:采用先进的制冷技术,具有优异的能效比,可有效降低能源消耗;同时设备符合环保要求,无污染。7. 可靠性高:设备采用高品质材料和零部件,经过严格的质量控制和性能测试,确保产品的可靠性和稳定性。高低温试验箱TEB-408PF 快速温度突变四、使用注意事项1. 使用前应检查设备外观是否完好,电气连接是否牢固。2. 使用时应确保设备周围无杂物,保持通风良好。3. 设备应由专业人员进行操作和维护,遵守相关操作规程和安全规定。4. 在进行温变测试时应严格按照测试程序进行操作,避免因操作不当导致测试结果不准确或损坏设备。5. 设备应定期进行维护保养,确保设备的正常运行和使用寿命。低气压试验箱温度湿度循环试验箱盐雾试验箱光照老化试验箱高低温交变试验箱快速温变TEB-408PF快速温变试验箱TEB-408PF是一款高精度温度测试设备,具有PID控制算法,可快速、准确地控制温度。设备技术参数包括温度范围、温度波动度、温度均匀度等,并配备智能控制器、安全保护功能和节能环保等特点。使用前应检查设备外观和电气连接,由专业人员操作和维护,并定期进行维护保养。
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  • 一、技术背景:危险化学品在生产,运输,存储和消费过程中容易引发爆燃安全事故,如何进行多样品的快速量热筛选,确定其反应危害,准确地评估潜在的爆炸性。通过HS_T450型快速筛选量热仪***检测,可对反应过程进行热动力数据分析、热失控分析、压力危险评估等,它是一款用于评价放热样品危害性程度、***的***筛选量热仪,具有DSC/DTA不具备的大样品重量及压力数据,可以系统地评估系统潜在的爆炸性,另适用于绝热加速测试前的快速量热筛选。 二、适用范围:适用于化工、电池、含能材料、亚稳态复合材料等固态或液态可燃物质的材料组分间的反应过程热动力数据分析、热失控分析、压力危险评估等。 三、主要技术参数: (1)升温速率:0.5℃/min~10℃/min (2)温度分辨力:≤0.001℃ (3)压力范围:0~10MPa (4)样品池规格:8mL (5)控温范围:0~420℃ (6)样品池材质:哈氏合金 (7)接口:以太网 (8)电源:AC220V/50Hz四、仪器技术特点: (1)仪器具有双通道设计,测试更高效、***; (2)较差示量热具有样品量大和压力数据; (3)软件系统支持多种恒温、扫描、双梯度扫描控温模式; (4)软件系统可获得温度/压力突变起始点、峰值温度/压力、温度/压力上升速率及反应热等数据; (5)仪器具有超压、超温报警自保护功能,及实验状态指示; (6)仪器具有快速降温功能; (7)设有自动锁止功能,联动炉内压力、温度达到安全区间才可开启; (8)分析曲线工具软件。
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  • 【原创大赛】我的基因定点突变方法总结与实验心得

    【原创大赛】我的基因定点突变方法总结与实验心得

    基因定点突变,顾名思义,就是把目的基因上的一个碱基有目的的替换为另一个碱基。体外定点突变时目前分子生物学领域中一种快速有效地手段。产生定点突变操作及所需仪器简单,随着技术的发展,方法也越来越快捷简便。定点突变除了可以生成点突变,多点突变外,还可以人为产生碱基删除和添加等。体外基因定点突变是实验室中优化改造基因,研究基因功能的常用方法之一。通过改造基因序列,可以对相应氨基酸序列进行改变,进而影响蛋白质的结构和功能,探讨突变氨基酸位点在蛋白结构和功能中所起的作用。在我多年的实验中,体外基因定点突变是其中一项重要的内容。在这里,我与大家分享一下我的实验方法和心得体会。多年来,我所采用的基因定点突变的方法主要有三种,这可能也包括了目前所有的定点突变的方法。基因定点突变使用的主要仪器就是PCR扩增仪(biometra),而这是每一个分子生物学实验室的必需品,也就是大家吃饭的家伙。下面从繁到简对我所采用的突变方法进行一下简单描述。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/12/201212032022_409068_1306303_3.jpg我所使用过的定点突变方法简单的说就是三步,两步和一步PCR法。三步PCR法是我早期在实验室使用的定点突变方法。利用三步PCR法构建一个点突变,需要4条PCR引物:L1,L2,R1和R2。L1和R1是目的基因5‘和3‘端的引物,分别包含起始和终止密码子。突变点设计在引物L2和R2的正中间位置,L2和R2是完全互补的两条PCR引物,长度一般在28-40 bp之间,推荐长度31-35 bp,这样可以保证突变的两边有效搭在一起。http://ng1.17img.cn/bbsfiles/images/2012/12/201212032026_409072_1306303_3.jpg三轮PCR均采用常规PCR反应条件,第一轮分别以L1和R2,L2和R1扩增获得目的片段L和R。第二轮PCR,不需要引物,仅加入模板L和R各100 nmol,进行约20 轮的PCR反应,获得产物m1。第三轮PCR以m1为模板,L1和R1为引物进行PCR扩增。最终得到目的产物m。得到的PCR产物进行克隆转化得到进一步扩增,便获得了突变的目的基因。在随后的实验中,我将三步PCR法简化为两步法PCR。两步法PCR和三步法PCR一样,需要引物四条,引物设计也与三步法相同,只是在第一轮PCR获得产物L和R之后不再单独进行第二轮PCR,而直接在PCR体系中加入等mol的产物L和R

  • 【资料】污染物致突变性检测

    简介:污染物对人体的潜在危害,引起人们的普遍关注。世界上已发展了百余种短期快速测试法,检测污染物的遗传毒性效应。B.N.Ames等经十余年努力,于1975年建立并不断发展完善的沙门氏菌回复突变试验(亦称Ames试验)已被世界各国广为采用。该法比较快速、简便、敏感、经济,且适用于测试混合物,反映多种污染物的综合效应。众多学者有的用Ames试验检测食品添加剂、化妆品等的致突变性,由此推测其致癌性;有的用Ames试验检测水源水和饮用水的致突变性,探索较现行方法更加卫生安全的消毒措施;或检测城市污水和工业废水的致突变性,结合化学分析,追踪污染源,为研究防治对策提供依据;有的检测土壤、污泥、工业废渣堆肥、废物灰烬的致突变性,以防止维系生命的土壤受致突变物污染后,通过农作物危害人类;检测气态污染物的致突变性,防止污染物经由大气,通过呼吸对人体发生潜在危害;用Ames试验研究化合物结构与致变性的关系,为合成对环境无潜在危害的新化合物提供理论依据;检测农药在微生物降解前后的致突变性,了解农药在施用后代谢过程中对人类有无隐患;还有用Ames试验筛选抗突变物,研究开发新的抗癌药等等。 关键字:突变性检测,Ames试验一、目的和原理  鼠伤寒沙门氏菌(Salmonella typhimurium)的组氨酸营养缺陷型(his-)菌株,在含微量组氨酸的培养基中,除极少数自发回复突变的细胞外,一般只能分裂几次,形成在显微镜下才能见到的微菌落。受诱变剂作用后,大量细胞发生回复突变,自行合成组氨酸,发育成肉眼可见的菌落。某些化学物质需经代谢活化才有致变作用,在测试系统中加入哺乳动物微粒体酶①,可弥补体外试验缺乏代谢活化系统之不足。鉴于化学物质的致突变作用与致癌作用之间密切相关,故此法现广泛应用于致癌物的筛选。  二、步骤和方法  Ames试验的常规方法有斑点试验和平板掺入试验。  1.菌株鉴定 用于测试的菌株,需经基因型和生物学性状鉴定,符合要求才能投入使用。  目前推荐使用的一套菌株是TA97、TA98、TA100和TA102。鉴定前先进行增菌培养。为鉴定结果可靠,需同时培养野生型TV菌株,作为测试菌基因型之对照。增菌培养用牛肉膏蛋白胨液体培养基,接种后于37℃,100r/min振荡培养12h左右,细菌生长相为对数期末,含菌数应为1×109个/ml~2×109个/ml。  鉴定项目:  (1)脂多糖屏障丢失(rfa)用接种环或一端挠起的接种针以无菌操作术取各菌株的增菌培养液,在营养琼脂平板上分别划平行线,然后用灭菌尖头镊夹取灭菌滤纸条,浸湿结晶紫溶液,贴放在平板上与各接种平行线垂直相交。盖好皿盖后倒置于37t温箱,培养24h后观察结果。  (2)R因子 划线接种,贴放滤纸条及培养等均同上,唯滤纸条浸湿的药液不同,为氨苄青霉素钠溶液。TA102除pKM101外,还有pAQ1,载有抗四环素的基因,故另用滤纸条浸湿四环素溶液后贴放于划线接种的平板上。  (3)紫外线损伤修复缺陷(△uvrB)在营养琼脂平板上按上述方法划线接种后,一半接种线用黑玻璃遮盖,另一半暴露于紫外光下8sec,然后盖好皿盖并用黑纸包裹平皿,防止可见光修复作用。培养同上。  (4)自发回变 预先制备底平板;向灭菌并在水浴内保温45℃的上层软琼脂中注入0.1ml菌液;混匀后倾于底平板上并铺平。平皿倒置于37℃温箱培养48h。  (5)回变特性——诊断性试验 上层软琼脂中除菌液外,还注入已知阳性物之溶液,需活化系统者并加入S9mix,余同上。  组氨酸营养缺陷型由自发回变即可知。  2.斑点试验 吸取测试菌增菌培养后的菌液0.1ml,注入融化并保温45℃左右的上层软琼脂中,需S9活化的再加0.3ml-0.4mlS9mix,立即混匀,倾于底平板上,铺平冷凝。用灭菌尖头镊夹灭菌圆滤纸片边缘,纸片浸湿受试物溶液,或直接取固态受试物,贴放于上层培养基的表面。同时做溶剂对照和阳性对照,分别贴放于平板上相应位置。平皿倒置于37℃温箱培养48h。在纸片外围长出密集菌落圈,为阳性;菌落散布,密度与自发回变相似,为阴性。  3.平板掺入试验 将一定量样液和0.1ml测试菌液均加入上层软琼脂中,需代谢活化的再加0.3ml-0.4ml S9mix,混匀后迅速倾于底平板上铺平冷凝。同时做阴性和阳性对照,每种处理做3个平行。试样通常设4个~5个剂量。选择剂量范围开始应大些,有阳性或可疑阳性结果时,再在较窄的剂量范围内确定剂量反应关系。培养同上。同一剂量各皿回变菌落均数与各阴性对照皿自发回变菌落均数之比,为致变比(MR)。MR值≥2,且有剂量-反应关系,背景正常,则判为致突变阳性。  三、应用  1.斑点试验只局限于能在琼脂上扩散的化学物质,大多数多环芳烃和难溶于水的化学物质均不适宜用此法。此法敏感性较差,主要是一种定性试验,适用于快速筛选大量受试化合物。  2.平板掺入试验可定量测试样品致突变性的强弱。此法较斑点试验敏感,获阳性结果所需的剂量较低。点试获阳性结果的浓度用于掺入试验(每皿0.1ml),往往出现抑(杀)菌作用。  3.致变作用迟缓或有抑菌作用的试样,培养时间延长至72h。  4.挥发性的液体和气体试样,可用干燥器内试验法进行测试。  5.目前,Ames试验作为检测环境诱变剂的一组试验中的首选试验,广泛应用于致突变化学物的初筛。但是,与今天快信息、高效率的社会要求相比,该试验程序还嫌繁琐,方法不够简便,有待于创建新的更为快速灵敏、简单易行的环境诱变剂短期生物测试法。

  • 基因定点突变step by step

    8 kb)的原理我上面已经说了,只是补充了一些我认为的注意事项。如果你更有钱的话,那么你可以叫其它公司帮你做定点突变服务,大约是改一个点1000元左右。

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  • 天木生物DREM cell设备成功助力高产谷氨酰胺酶突变株超高通量筛选
    工业微生物常用于重要的生物和化学制品的生产,优良菌株的选育是生物产业的核心工作之一。近年来合成生物技术的快速发展使得高性能工业菌株基因型的理性构建性显著增加,但如何从海量候选菌株库中高通量筛选到规模生产用的工业菌株仍面临挑战。多孔板(MTP)筛选系统和流式细胞术(FACS)是研究者常用的筛选手段,但MTP通量较低,而FACS难以用于检测胞外分泌的代谢物。液滴微流控技术在微生物育种领域的应用,成功实现了大容量突变库的全面评价以及高效筛选,不仅在筛选通量方面实现了大幅度提升,有效提高了菌株选育工作效率,而且在筛选成本方面也展现出巨大优势,可显著降低筛选过程中试剂耗材的用量,将单克隆的筛选成本降低至十分之一或百分之一,实现高通量、低消耗的优良工业菌株选育。天木生物基于液滴微流控技术开发了皮升级单细胞分选平台--DREM cell(Droplet entrapping microfluidic cell-sorter)具有体积小、通量高、体系封闭、无交叉污染等特点,越来越成为科学研究和企业生产的重要技术手段。近日,清华大学张翀、安徽工程大学薛正莲研究团队应用DREM cell将液滴微流控技术与基因编码荧光生物传感器相结合,成功实现了高产谷氨酰胺酶突变株的超高通量筛选,相关研究成果以“Combining genetically encoded biosensors with droplet microfluidic system for enhanced glutaminase production by Bacillus amyloliquefaciens”为题,发表在生物化工领域专业期刊《Biochemical Engineering Journal》上。研究团队开发了一种利用谷氨酸拟荧光蛋白传感器 iGluSnFR 的谷氨酰胺酶荧光检测方法,相较于传统的高效液相色谱法,速度提高了700倍。基于iGlusnFR传感器,结合DREM cell单细胞分选平台实现谷氨酰胺酶生产菌株的高通量筛选,单次实验可筛选10万克隆,效率远远超过传统孔板筛选技术。最终项目团队对常压室温等离子体(ARTP)诱变的解淀粉芽孢杆菌全基因组突变文库进行超高通量筛选,成功获得了一株谷氨酰胺酶产量提高47%以上的突变株。该筛选平台,与微孔板筛选系统相比,筛选率提高500倍,试剂用量减少2万倍,并且可以节省大量的多孔板、培养皿、枪头等耗材。▲图丨液滴微流控高通量筛选平台流程图背景信息研究团队所使用的液滴微流控细胞分选仪(DREM cell)是天木生物基于液滴微流控技术开发的皮升级液滴微流控单细胞分选平台,可将待筛选细胞进行包被形成单细胞微液滴,结合荧光筛选模型,可以在细胞水平完成微生物的高通量分离、培养、检测、分选等。▲图丨液滴微流控细胞分选仪(来源:天木生物)高通量皮升级液滴单细胞分选系统(DREM cell)相比于传统筛选方法,筛选效率可提升1万倍,试剂消耗量可下降至百万分之一,在筛选通量显著提升的同时,单克隆筛选成本大幅度降低。该仪器不仅可广泛应用于细菌、酵母、动物细胞等的高通量筛选,还可以应用于蛋白、核酸、抗体等生物大分子筛选等相关研究领域。项目技术参数液滴体积1-1000pL荧光激发与检测可选波段:(1)激发波长488nm,检测波长525±15nm,灵敏度1μM荧光素/单液滴(2)激发波长532nm,检测波长578±11nm,灵敏度100nM试卤灵/单液滴液滴生产频率0-10000个/s液滴分选频率0-1000个/s微注入速度0-1000个/s样品低温控制系统4℃恒温控制,±0.5℃工作环境常压状态下,室温,30%≤湿度≤80%,洁净暗室整机功率600W应用范围细胞、酵母、细菌、蛋白、核酸等
  • 天隆新品升级!40分钟快速检测+精准锁定新冠Delta突变株
    截至2021年10月10日,全球新冠确诊病例累计超2.3亿,死亡人数超486万例。在全球经历了一波接一波新冠疫情的冲击下,一系列突变毒株不断涌现。其中,Delta毒株(即印度B.1.617.2毒株)传播力强、潜伏期短、病毒载量高、发病进程快,已经成为全球疫情流行的最主要毒株。截至10月5日,世卫组织公布已有192个国家和地区出现Delta变异株感染者。针对Delta毒株的特点,必须使用更快速、更精准、更全面的核酸检测“利器”,来阻止病毒的蔓延。天隆科技对已有新冠核酸检测试剂进行快速升级,40分钟左右即可完成核酸检测,检测时间大大缩短,并且检测灵敏度和特异性不受影响。此外,天隆科技针对Delta突变病毒,还专门开发了鉴别试剂,检测靶标为Delta毒株的主要突变位点S基因的E484Q和P681R两种位点及新冠病毒的N基因,可快速锁定突变毒株,有利于相关部门判断疫情形势,并更好判断患者预后。天隆科技所研发的常规新冠检测试剂亦能覆盖常见的突变毒株,如Delta变异毒株(即印度B.1.617.2)及英国B1.1.7等。以上产品均已获得欧盟CE权威认证,荷兰、乌克兰、哈萨克斯坦、印度尼西亚等国家注册认证,是辅助诊断新冠肺炎的有效“利器”。作为基因检测和分子诊断领域的创新领导者,天隆科技可提供新冠核酸检测整体解决方案,涵盖从样本采集、核酸提取、核酸检测及实验室建设等全套设备、试剂及整体方案,并在全球70多个国家和地区得到应用,为世界新冠疫情防控贡献了中国力量!
  • Omicron突变株序列公布, 这个基因突变最大!
    1月30日,COVID-19和SARS-CoV-2流行病学和基因组数据网站Outbreak.info更新了目前全球各大数据的新冠Omicron突变株测序结果,快来看看,你家试剂是否会漏检~(1)开放阅读框ORF1a和ORF1b开放阅读框的ORF1a和ORF1b RNA通过基因组RNA合成,再接着分别翻译合成pp1a和pp1ab蛋白。这两种蛋白会被蛋白酶裂解,形成16个非结构蛋白。非结构蛋白会形成复制-转录复合物,使用正链基因组RNA为模板进行复制,然后形成新的病毒粒子基因组。通过转录翻译合成结构蛋白(S蛋白、E外膜蛋白、M膜蛋白、N核衣壳蛋白)。S蛋白、E蛋白、M蛋白进入内质网,N蛋白与正链基因组RNA结合形成核蛋白复合物。在高尔基体内完成病毒颗粒的组装,然后通过高尔基体和囊泡释放新生成的病毒到细胞外,进而感染别的细胞。从已上传的11组Omicron突变株的测序数据来看,ORF1b在P314L和I1566V这两位点全部发生了突变。 (2)S蛋白基因S蛋白是冠状病毒最重要的表面蛋白,与病毒的传染能力及发病机制等密切相关。S蛋白的主要功能是与宿主细胞表面受体结合,引起自身构象变化,使疏水性的融合肽与细胞膜接近并融合介导病毒进入细胞内。S蛋白基因也是目前Omicron突变最多的地方,从报告数据来看, 突变达到24处。 去年曾有新冠研究人员称,他们在新冠病毒的S蛋白(刺突蛋白)中发现了4个插入片段,这4个片段是新冠病毒(2019-nCoV)所独有的,其他冠状病毒中没有这些插入片段。然而,作者声称,所有的4个插入片段中的氨基酸残基均与人类免疫缺陷病毒1型(HIV-1)的复制蛋白 gp120或 Gag中的氨基酸残基具有相同性或相似性。 HIV-1是导致人类艾滋病的主要病毒。有学者推测此次发现的 Omicron变异毒株就是艾滋病毒和新冠病毒“碰撞”的结果。但是,该病毒是否从HIV患者体内进化而来,目前并无确切研究说明。 (3)E基因和N基因新冠病毒主要由结构蛋白和非结构蛋白组成,结构蛋白包括 E 基因编码的包膜蛋白、M 基因编码的膜蛋白、N 基因编码的核衣壳蛋白、S 基因编码的刺突蛋白。 N蛋白与病毒基因组RNA相互缠绕形成病毒核衣壳,在病毒RNA的合成过程中发挥着重要的作用。同时,N蛋白相对保守,在病毒的结构蛋白中所占比例最大。N蛋白基因在冠状病毒内相对保守,会和其他病毒基因有交叉,容易导致单基因阳性。而ORF1ab基因具有较好的特异性,同时检测两个基因能有效避免误诊。从已经上传的测序数据来看,E基因的突变仅有1处,N基因的突变有4处,是否会影响到具体试剂盒的检测性能,就要看各个厂家自己的探针和引物设计的位置了。如何确定是否会漏检?目前大家所关心的点在于Omicron的出现是否会导致现有的检测试剂盒出现漏检的情况,据业内人士反馈,IVD试剂企业会在拿到Omicron(奥密克戎)毒株的全基因序列之后,检查引物是否在 Omicron毒株的保守区域,如果与引物互补配对的新冠RNA序列没有碱基突变,那么引物可能不需要调整。 我国获批的实时荧光定量 PCR 法试剂盒检测靶标主要针对新冠病毒基因组开放性读码框 ORF1ab、N 基因、E 基因保守区域进行引物设计,从目前数据来看,这三个区域的突变位点并不是很多。另一方面,很多引物设计软件都可以预测核酸扩增效率(Omicron序列已知),通过生信分析+软件模拟即可大致确定是否会出现漏检,当然更严谨起见,通过合成包含Omicron毒株全基因序列的质粒,用自家试剂盒进行检测也是非常重要的,但实际PCR检测结果的因素有很多,是否会产生漏检还要看真实样本的检测情况了。
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