蛋白组学试剂

蛋白组学样本前处理工作站是一款具备高通量、高回收率、安全性能强、抗干扰能力强，适用范围广等优势，适用大队列样本的高通量处理设备，可实现质谱蛋白样本前处理的全自动化和标准化操作。蛋白组学样本前处理解决方案适用于血浆、血清、尿液、细胞、组织等类型样本从蛋白到多肽混合物的质谱检测前处理工作，试剂盒利用新型固相烷基化试剂SPA材料与蛋白的特异性共价反应，实现蛋白质的高效捕获，通过清洗磁珠表面，快速去除干扰物质，并进行原位固相酶解，获得蛋白酶解产物，仪器整合制冷模块、磁吸附模块、加热振荡模块、抓扳手，进而实现蛋白质组提取、还原、烷基化、酶解等流程自动化操作，提高蛋白质样品的处理效率和回收率。 优势特点高通量■96通道移液头，一次可处理最多96个样本，高效完成实验流程中吸废等步骤；■兼具8通道移液功能，可以实现试剂的精准分装；■ 全流程4-5小时可完成96个蛋白样本的前处理（具体时间根据具体实验流程）；自动化程度高■ 整合抓板手，用于对标准SBS板子的转移；■ 整合蛋白前处理所需的试剂制冷模块、磁吸附模块、加热振荡模块等功能模块；■均一化操作，减少实验过程中的误差，提高准确性和稳定性；灵活性强■ 盘面包含18个SBS标准盘位，除功能模块外，有15个盘位放置试剂和耗材；■开放式平台，配有多样化适配器，可适配多种不同品牌试剂耗材；■软件界面人性化设计，拖拽式布局，操作简单，每个步骤可独立进行参数设置，实验流程可进行存储，按键式启动运行；安全性■可配置避光外罩，搭配紫外消毒灯；■可根据实验需求选配正、负压HEPA过滤系统，有效避免交叉污染； 数据测试样本批内测试数据材料：293T 细胞实验方法：手工操作3 组，仪器操作3 组Q Exactive质谱结果如下：表1：手工操作和仪器操作后蛋白数及零漏切率对比图1 Venn diagram（蓝色：手工；绿色：仪器）试验总结手工操作和仪器操作蛋白样本预处理后可检测到的蛋白数及零漏切率基本一致，达到预期要求；手工操作与仪器操作蛋白种类皮尔斯相关系数大于0.97，与预期一致；样本批间测试数据图2 96孔板检测示意图如图2所示共处理96个样品，分三组进行实验，随机选取36个样品进行Q Exactive质谱检测，结果如下：图3 36个样本检测蛋白数（个）图4 36个样本零漏切率（%）图5 随机样品日间比较实验总结36个随机样本检测蛋白数3074±89个，零漏切率78.32±2.66%，样本预处理的结果正常且稳定；36个样品的皮尔斯相关系数及日间随机样品皮尔斯相关系数均介于0.955-0.989之间，达到指标要求，具有较好的均一性。 应用领域临床诊断/用药指导/病理机制研究/疾病标志物的发现/药物机理研究

timsTOF fleX 实现 MALDI 引导的空间定位组学高灵敏度：timsTOF fleX 空间定位组学方案，结合特征区域 MALDI 成像和 PASEF 组学分析，能从有限样本中获得高鉴定率。空间分辨率：高空间分辨率的 MALDI 源和平台机械设计获得分子分布图，增加组学空间维度信息。多功能：双离子源设计使您在同一个质谱平台上完成分子空间分布和 ESI 多组学鉴定。microGRID -- 精准、可靠的硬件升级，使高空间分辨成像实验唾手可得实现高空间分辨的成像实验并不是一件容易的工作。布鲁克推出了全新 microGRID 技术 -- 整合了 MALDI 机械平台和 smartbeam 3D 激光器的光束定位系统，进一步提升了质谱成像实验的图像质量，可获得 5 μm 的超高空间分辨率。microGRID 是一款适用于所有 timsTOF fleX 系列质谱仪的选配功能模块，将它整合进布鲁克现有的质谱成像工作流程中，展现出了突破极限的超高空间分辨率。该技术与布鲁克的自动一体化的成像数据采集流程 SCiLS™ autopilot 无缝衔接，使它不仅适用于成像专家，也同样适用于新购入成像仪器的用户及常规的成像数据采集应用。该技术与布鲁克的 SCiLS™ Lab 软件配合使用，可实现对于高分辨成像数据的深度挖掘。从 4D-组学到分子成像的无折中解决方案双离子源设计将无标记分子定位与 PASEF LC-MS/MS 鉴定匹配，解析生物样本的分子变化。 建立在 shotgun 蛋白组学标准上的 timsTOF fleX 将布鲁克一流的 4D-组学分析与尖端的 MALDI 成像技术整合于一个平台，包括高频率的 smartbeam 3D 激光器。配置有双离子源的 timsTOF fleX，把持久稳定的 ESI 分析和组织分子空间分布集成于一体，是进行空间定位组学研究的理想平台。在此之前，没有质谱仪能为组学研究者同时提供这两种能力。 ESI 和 MALDI 的切换操作，只需在软件中开启 smartbeam 3D 激光源，仅需几秒即可完成。简单的切换操作意味着从组学深度鉴定和定量流程到组织高清成像的方便转换，又不影响效率和功能，从而发现真正有用的信息。增加 MALDI 成像新维度，挖掘更多信息由 MALDI 和 ESI 产生的离子，经过同一路径从离子源到达探测器，因此 MALDI 工作流程可以利用 timsTOF HT 的主要优势，包括根据分子碰撞截面 ( CCS ) 来进行捕集离子淌度分离（ trapped ion mobility separation，TIMS ）。调谐和校准可在 ESI 模式下进行，并用于 MALDI 模式，方便了仪器的优化。TIMS 允许根据离子形状分离分子。离子与气流一起进入双 TIMS 装置，在第一个TIMS 分析器通过电场进行累积。实际分离发生在第二个 TIMS 分离器。通过降低电位以时间和空间的方式释放离子。可变扫描速度和淌度范围适应性可对不同种类分子优化，为用户带来更多灵活性。为组学增加空间维度信息将特征区域 MALDI 成像和深度多组学分析结合现在变得容易可行。MALDI 成像适用于类型广泛的分析物，包括代谢物、脂类或聚糖，并与显微工作流程无缝衔接。针对空间定位组学，MALDI 成像可识别特征区域化合物分布。timsTOF fleX 采用双离子源设计，与可靠的高品质消耗品和用户友好软件一起使用，方便了研究工作，节省了研究人员的时间。使用布鲁克 IntelliSlides™ 预制玻片，使 MALDI 成像和空间定位组学流程在 timsTOF fleX 上完全自动化。分离相近质量或同分异构体离子捕集离子淌度谱（ TIMS ）有助于复杂样品（ 如组织切片 ）的分析。通过分离近质量或同分异构的代谢物、脂质、肽段或糖苷，以获得分析物的真实空间定位。高质量分辨率无助于这些问题的解决，timsTOF fleX 提供了唯一的机会来区分同分异构体的分布。碰撞横截面（ CCS ）是 TIMS 给出的测量结果，提供了从另一角度来验证质谱分析结果。CCS 关联软件智能地将空间 MALDI-TIMS 成像数据与多组学结果相匹配，并使鉴定结果与重要的形态学内容相关联。从色谱分离技术到在像素点的原位分析，一切变得触手可得 … … timsTOF fleX 是一台多功能的质谱仪，用于测量样品的分子情况。timsTOF fleX 建立在布鲁克开创性 timsTOF HT 平台上，功能齐全、速度快、灵敏度高的 ESI 质谱，可用于所有 多组学分析。结合了高空间分辨率的 MALDI 源和平台机械专业设计，用于解析分子分布和带来组学分析的空间维度。将蛋白质组学分析转换为空间蛋白质组学，将脂质组学转换为空间脂质组学，将代谢组学转换为空间代谢组学，并获取数据的组织学背景。与其它学科相结合，从你的分析数据中获取更多信息以达到科研目标。为质谱成像初学者量身打造的自动一体化成像数据采集流程 SCiLS™ autopilot我们提供 “ 购入即用 ” 的成像耗材和软件产品，帮您迅速采集数据，并随后挖掘出组织的分子表型信息。我们推出了基于 IntelliSlides 预制载玻片的自动一体化成像数据采集流程，不仅大大减少了对用户输入的操作要求，还能确保所采集数据的高品质和可重现性。我司还推出了预制的 fleXmatrix 基质，高品质的基质可以保证实验效果并简化基质施加过程。作为质谱成像数据处理的 “ 行业金标准 ”，SCiLS™ Lab 软件可以实现原始数据的可视化以及后续的数据统计分析操作。此外，SCiLS™ Lab 可以与 MetaboScape 软件联用，实现了通过数据库检索信息或 LC/MS 实验结果直接对高分辨的 MALDI 成像热图进行快速分子注释的功能。将这种联用机制应用于空间定位组学工作流程中，可实现生物背景信息与整体组学或单细胞组学信息的有效整合。多组学性能和高灵敏度 MALDI 的结合timsTOF fleX 实现 SpatialOMx无论蛋白组学、脂质组学、糖组学还是代谢组学，timsTOF fleX 都是空间定位组学分析的理想平台。使用专利的smartbeam 3D 技术进行快速、无标记的 MALDI 成像，以绘制样品的分子分布图，并鉴定感兴趣的区域，对它们进一步深入分析。由 PASEF 技术支持的 LC-MS/MS 分析可以进行最高水平的鉴定并得到最可靠的结果。肿瘤远比看到的还复杂癌症的微环境是由健康细胞、肿瘤细胞、结缔组织、血管和炎症在不同时间点以不同的比例组合而成。每一种成分都有其独特的化合物分子标记。研究人员对疾病状态的判断在很大程度上依赖于组织病理学的解释，并在生物分子的背景下创建这些图谱，从而在传统的组学和理解疾病之间架起了桥梁。CCS 关联空间多组学发现差异癌细胞和其它疾病状态具有显著的遗传和表观遗传修饰，影响基因组表达层次。无论你观察的是蛋白质组、脂质组还是代谢组，化合物的空间分布都包含了有价值的解释信息。要了解复杂的样品，除了质量和电荷外，还需要有 timsTOF fleX 的离子淌度功能提供无与伦比的分析深度。近质量干扰可被区分，同分异构体可被分离。这有助于组织中近质量脂质的准确定位。原位 MS/MS 以及 PASEF 技术支持的 4D 多组学研究方案使您能够识别更多感兴趣的分析物。SpatialOMx 的自动分子注释工作流程布鲁克的业界领先的应用软件，现在可以直接对组织中的目标分子注释。只需将数据导入到 SCiLS™ Lab 软件，定义感兴趣的区域，并将峰列表数据导出到 MetaboScape。使用 LC-MS/MS 建立的数据库或成分列表对各个峰进行注释，然后导出注释表并送回到 SCiLS™ Lab 进行可视化。从 SCiLS™ Lab 软件中，可以使用通路和熟悉的命名法而不是分子量可视化实验结果，从而缩短从数据到最终结果的时间。

timsTOF Pro 2由平行累积连续碎裂技术（ PASEF ）驱动，使得 4D-蛋白质组学和 4D-脂质组学为无偏向性细胞和血浆蛋白质组学、液体活检多组生物标志物发现，以及整合基因组学、蛋白质组学和表观蛋白质组学拓宽了道路。4D-组学时代 —— 解锁第四维度的价值4D-组学的重大突破速度：PASEF 技术实现了在不影响分辨率情况下达到超过 120 Hz 扫描速度。深度：额外一维离子淌度提高了数据完整性。高通量：超快数据采集速度使其可以使用短梯度实现生物样本的高通量分析。耐用性：独特的仪器设计使得其可以连续分析数千个样品，仪器保持稳定的性能而无需清洁。4D-Proteomics&trade 的新标准：更快速度实现蛋白质组全覆盖基于质谱（ MS ）的蛋白质组学一次可实现样本里成千上万蛋白的定性和定量。然而，受到目前质谱仪的扫描速度、灵敏度和分辨率的影响，实现蛋白质组的全覆盖仍然具有挑战性。timsTOF Pro 2 使用平行累积连续碎列（ PASEF ）的技术可实现极高的扫描速度和灵敏度，只需要少量样本就可以达到蛋白质组学鉴定新深度。双 TIMS 和 CCS 的分析捕集离子淌度谱（ TIMS ）首先是一项重要的气相分离技术，它是在高效液相色谱（ HPLC ）和质谱分离的基础上，带来额外一个维度的分离，可大大降低样品分析复杂度，极大提高峰容量和分析物鉴定可靠性。同样重要的是，TIMS 离子淌度管能对离子实现时间和空间上的聚焦，从而独特地提高灵敏度和扫描速度。双 TIMS 技术可以实现近乎 100% 的离子利用率，离子在前一根淌度管内累积，在后一根淌度管内根据离子淌度值分批释放。这种平行累积连续碎裂（ PASEF ）的过程能够实现碰撞横截面（ CCS ）的分析。CCS 额外一个维度信息能够提供很多进一步的分析可能性，可以从复杂数据库实现化合物的高可信度库匹配以及更低的错误发现率（ FDRs ）。4D-Proteomics&trade 的新标准：更快速度实现蛋白质组全覆盖基于质谱（ MS ）的蛋白质组学一次可实现样本里成千上万蛋白的定性和定量。然而，受到目前质谱仪的扫描速度、灵敏度和分辨率的影响，实现蛋白质组的全覆盖仍然具有挑战性。timsTOF Pro 2 使用平行累积连续碎列（ PASEF ）的技术可实现极高的扫描速度和灵敏度，只需要少量样本就可以达到蛋白质组学鉴定新深度。双 TIMS 和 CCS 的分析捕集离子淌度谱（ TIMS ）首先是一项重要的气相分离技术，它是在高效液相色谱（ HPLC ）和质谱分离的基础上，带来额外一个维度的分离，可大大降低样品分析复杂度，极大提高峰容量和分析物鉴定可靠性。同样重要的是，TIMS 离子淌度管能对离子实现时间和空间上的聚焦，从而独特地提高灵敏度和扫描速度。双 TIMS 技术可以实现近乎 100% 的离子利用率，离子在前一根淌度管内累积，在后一根淌度管内根据离子淌度值分批释放。这种平行累积连续碎裂（ PASEF ）的过程能够实现碰撞横截面（ CCS ）的分析。CCS 额外一个维度信息能够提供很多进一步的分析可能性，可以从复杂数据库实现化合物的高可信度库匹配以及更低的错误发现率（ FDRs ）。极高的稳定性和通量无需清洗许多用于蛋白质组学应用的 MS 仪器需要每月清洁一次，在大样本组中每天 24 小时运行。仪器性能下降即使在较短的时间段内也是显而易见的。timsTOF Pro 2 卓越稳定性意味着仪器可以全天运行很多周，而没有明显的信号和其它性能下降。PaSER Run & Done —— 加快4D-蛋白质组学的鉴定速度PaSER（ 实时平行搜索引擎 ）是一个结合硬件和软件的解决方案，能够实现基于样本序列管理的实时数据库搜索引擎。PaSER 以很快的速度就能提供结果，包括 PTM 搜索。通过使用基于 GPU 的搜索，PaSER 在实时或离线模式下可以提供相同的结果，而无需使用简化的算法或中间步骤。PaSER 极快的搜索速度使得在数据采集结束后数秒就能同步拿到搜库结果，真正实现运行并完成！ PaSER 有效地打破了大队列样本数据分析通量壁垒。此外，实时蛋白组学的非标记定量也可以跨越 PaSER 获得的数据结果集，使其瞬间能过渡到定量蛋白质组学。通过 TIMS Viz 使得淌度偏移质量对齐（ MOMA ）变得可视化 ，从而用户可以鉴定和识别只有 4D-Omics 才能看到的共洗脱多肽。 dia-PASEF 增加鉴定可信度dia-PASEF比传统的 DIA 方法有更高灵敏度和选择性，是因为它将 PASEF 原理也应用进来，结合了 DIA 的优点和 PASEF 离子利用率高的优势。TIMS 分离提高了选择性，而且可以将单电荷母离子排除掉，从而降低本底噪音干扰。利用分子量和碰撞横截面 CCS 值的相关性，dia-PASEF 能够实现高可信度化合物鉴定。在 LC-MS/MS分析中， dia-PASEF 能够采集包含 m/z，离子淌度值（ CCS ），保留时间和离子强度的 4D 数据。前所未有的蛋白质覆盖深度凭借强大的 SRIG（ 不锈钢堆叠环形离子向导 ）装置和新优化的 dda-PASEF 方法 ，timsTOF Pro 2 单针能够达到前所未有的蛋白组学覆盖深度。使用自制 HEK 酶切样本， 上样 200 ng，使用 Aurora - 25cm 色谱柱，在 60 分钟梯度下能够鉴定 超过 7,000个 蛋白和 60,000 条多肽。因此 timsTOF Pro 2 可以通过数据库搜索和运行之间的匹配，无需任何谱图库，在一些日常细胞系蛋白组定量实验中实现很高的蛋白覆盖深度。超高灵敏度的高通量靶向蛋白质组学和常规的靶向蛋白组学分析技术（ SRM 和 PRM ）相比，prm-PASEF 在单针中可极大提高监测多肽数目，同时不影响仪器选择性或灵敏度。靶向质谱（ MS ）技术是蛋白质组学实验中一种强大的技术，用来验证大队列样本中的候选生物标志物。与数据依赖采集（ DDA ）和数据非依赖采集（ DIA ）相比，这可以增加检测灵敏度。可是该技术受到在单针中监测离子数目和液相分离出峰时长以及整体灵敏度间的折中限制。只有通过更长的色谱分离时长或降低质谱的灵敏度和选择性，才能获得大量目标肽的完整数据。prm-PASEF 可以极大地提高单针中靶向监测的多肽数目，这得益于布鲁克 timsTOF Pro 2 的第四维分离可以极大提高选择性和灵敏度， PASEF 技术带来的速度可以增加靶向分析离子数量。超高灵敏度应对最困难的分析挑战随着某些特定细胞、少量细胞群或生物穿刺样本的生物研究越来越重要，低样本量蛋白组定量变得至关重要。而如此低的样本量对于质谱灵敏度提出了很高要求。使用高灵敏度的质谱仪对如此低的样本量进行原型定量至关重要。timsTOF Pro 2 上样 200 ng HeLa 样本，使用 Aurora - 25cm 色谱柱，在 30 分钟梯度下使用 PaSER 能够鉴定超过 74,200 个蛋白和接近 30,000 条多肽。dia-PASEF —— 高通量定量蛋白质组学中实现无与伦比的数据完整性和分析深度使用标准 dia-PASEF 方法多针测试结果有着很高重复性。三种不同的 dia-PASEF 窗口设置下使用 Aurora-25cm 柱在 60 分钟梯度下可实现接近 8,000 个蛋白定量和超过 70,000 条多肽，而且有极高的定量准确性。高灵敏度磷酸化蛋白组学分析和同分异构体分离支持 CCS 的近邻位磷酸化位点定量dia-PASEF 在 timsTOF Pro 2 上的高灵敏度、扫描速度和重现性甚至可以实现低样本量的磷酸化蛋白质组学分析。例如可以实现小鼠脑样本起始总蛋白仅为 25 μg 的磷酸化蛋白质组的非标记定量。使用 Evosep 每天 30 个样本的分析方法，三次重复可鉴定出多达 4,473 个 unique 磷酸化多肽。这些结果为针刺活检的应用带来了希望，可以用信号转导的信息补充癌症蛋白质基因组学数据。这些结果为针刺活检的应用带来了希望。此研究结果由 Stefan Tenzer 教授提供。分析样本量有限时的细胞信号传导当肽段在色谱上发生共洗脱时，由于等重性和信号重合，不能测量 CCS 值的传统蛋白质组学是不能实现磷酸化肽异构体的定量的。PASEF 技术使得基于 TiO2 富集时，使用 150 ug 蛋白富集起始量就能够鉴定 27,768 个磷酸化肽，展现了淌度偏离质量对齐（ MOMA ）的优点。1,946 条鉴定的共洗脱异构体中，20% 的异构体可以被TIMS 完全分离，这可以使得我们可以更好地理解邻位蛋白磷酸化位点信息。