炭疽杆菌噬菌体

p　　当国民还笼罩在非洲猪瘟疫情阴霾下，非洲、东欧等国家相继向世界动物卫生组织(OIE)报告：发生炭疽病疫情。/pp　　strongspan style="color: rgb(255, 0, 0) "意大利、亚美利亚、白俄罗斯相继发生炭疽病疫情/span/strong/pp　　9月16日，意大利兽医公共卫生部向OIE报告称，意大利发生了炭疽杆菌疫情。感染动物为牛，疑似病例42例，确认病例3例，死亡3例，/pp　　9月2日，亚美尼亚农业部食品安全局向OIE报告称，亚美尼亚发生炭疽杆菌感染疫情。感染动物为牛，疑似病例10例，确认病例1例，死亡1例。/pp　　8月19日，哈萨克斯坦农业部兽医管理和监督委员会向OIE报告称，哈萨克斯坦发生炭疽杆菌疫情。这次在牛(323例)、马(53例)、绵羊(113例)、猪(126例)中均发现炭疽病疑似病例。/pp　　8月12日，白俄罗斯农业和食品部向OIE报告称，白俄罗斯发生了炭疽杆菌疫情，感染动物为马。/pp　　8月7日，阿塞拜疆食品安全局向OIE报告称，阿塞拜疆发生了炭疽杆菌疫情。感染动物为绵羊，疑似病例140例，确认病例1例，死亡1例。/pp　　… … /pp　　strongspan style="color: rgb(255, 0, 0) "何为炭疽病?/span/strong/pp　　炭疽(anthrax)是炭疽杆菌(iBacillus anthracis/i)引起的人畜共患的急性传染病。炭疽主要为食草动物(牛、羊、马等)的传染病。人接触患炭疽的动物后，可以受染而患病。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 600px height: 259px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201909/uepic/1c4e00fc-fd2e-41e5-b582-afa92414f8c8.jpg" title="微信图片_20190918142301.jpg" alt="微信图片_20190918142301.jpg" width="600" height="259" border="0" vspace="0"//pp style="text-align: center "图片来自网络/pp style="text-indent: 2em "常见的炭疽有三种类型：皮肤炭疽，肺炭疽和肠炭疽。分型不同临床症状也不同。皮肤炭疽主要是皮肤斑丘疹，水泡，水泡破溃后皮肤出现黑色结痂，结痂脱落后成疤，同时伴有发热、头疼、淋巴结和肝脾肿大等。肺炭疽的主要表现为高热、呼吸困难、血样痰及胸痛等。肠炭疽的主要表现为恶心呕吐、腹痛、腹胀和血水样便等。/pp　　不管哪种类型炭疽病都具有传染性，而且病情较重，不及时治疗病死率高!/pp　　世界动物卫生组织(OIE)将其列为必须报告的动物疫病，我国将其列为二类动物疫病。/pp　　对于如此具有高传染及高病死率的疾病，除了临床症状检查比对，实验室会用哪些方法检测?/pp　　strongspan style="color: rgb(255, 0, 0) "实验室检查方法/span/strong/pp　　span style="color: rgb(255, 0, 0) "1.外周血象/span/pp　　(1)白细胞计数：一般为(10～20)× 10*9/L，有的增至(60～80)× 10*9/L。/pp　　(2)白细胞分类计数：中性粒细胞显著增多。/pp　　(3)血小板计数：血小板可减少。/pp style="text-align: center"img style="max-width: 100% max-height: 100% width: 500px height: 295px " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201909/noimg/e66c2ee0-aeee-40dd-bf1f-e74daf7fcb9d.gif" title="unicel-dxh-800-25.gif" alt="unicel-dxh-800-25.gif" width="500" height="295" border="0" vspace="0"//pp style="text-align: center "血液分析仪/pp　　span style="color: rgb(255, 0, 0) "2.细菌学检查/span/pp　　(1)涂片检查：酌情采集分泌物、痰液、粪便、血液和脑脊液作涂片染色镜检，可见粗大的革兰阳性杆菌。/pp style="text-align: center"img style="max-width:100% max-height:100% " src="https://img1.17img.cn/17img/images/201909/uepic/86f37d8d-cb82-439a-a118-83bb9a2314c8.jpg" title="C114040.jpg!w300x300.jpg" alt="C114040.jpg!w300x300.jpg"//pp style="text-align: center "涂片检查用显微镜/pp　　(2)细菌学培养：取分泌物、痰液、粪便、血液和脑脊液等进行细菌学培养，可有炭疽杆菌生长。/pp　　(3)细菌学鉴定：其鉴定方法有串珠湿片法、荧光抗体染色法和噬菌体裂解试验等。/pp　span style="color: rgb(255, 0, 0) "　3.动物接种/span/pp　　将上述标本接种于家免、豚鼠与小白鼠皮下，24h后出现局部的典型肿胀、出血等阳性反应。接种动物大多于48h内死亡，从其血液与组织中可查出和培养出炭疽杆菌。/pp　　span style="color: rgb(255, 0, 0) "4.血清学检查/span/pp　　近年来用荧光抗体法检测特异性抗体作快速诊断。/pp　　span style="color: rgb(255, 0, 0) "5.Asco1i沉淀试验/span/pp　　主要用于检验动物皮毛与脏器是否染菌。/pp　　span style="color: rgb(255, 0, 0) "6.其他辅助检查/span/pp　　X线摄片：肺炭疽可见支气管肺炎、胸腔积液、纵隔影增宽等。/pp　　那么如何才能预防炭疽?最重要的一点就是不接触传染源。/pp　　炭疽的传染源主要是病死动物，strong病死的牛、羊肉以及来源不明的肉制品千万不能食用，正规渠道购买的牛羊肉都是经过检疫的，只要烹饪时能煮熟煮透，就可放心食用/strong。发现牛、羊等动物突然死亡，不接触、不宰杀、不食用、不买卖，立即报告当地农业畜牧部门。/p

开学季又到了实验汪又要去“搬砖”了如何优雅的搬砖还不用求助师兄师姐当然是关注“小奥课堂”栏目啦今天小奥为各位介绍的 是一篇干货满满的 噬菌体展示方法实践手册 “噬菌体的扩增与定量” 这是一份难得的学霸笔记 请收好（收藏）！ Part 1杂交瘤、单细胞克隆和噬菌体展示技术是抗体发现的三种主流技术，其中噬菌体展示技术作为诺奖级别的技术，在生物创新医药研发过程中有着十分重要的作用，极大的加快了抗体类药物研发的进程。噬菌体展示技术不仅在新的抗体和多肽的发现及优化过程中有着核心的作用，还能和传统的动物免疫技术相结合，与纳米抗体、全人源转基因小鼠发现平台进行有效对接，能够广泛用于抗体、抗体偶联药物和CAR-T/TCR-T等领域。本文将针对噬菌体展示技术的噬菌体增殖和扩增实验细节进行探讨、分享具体实验过程的经验，以其原理为根本来指导实验过程，以精益求精的实验过程，增加噬菌体展示技术在抗体发现过程中的成功率。Part 2 ——噬菌体文库 扩增及展示的基本原理 | 现在普遍应用的噬菌体展示抗体片段的体系称之为“3+3体系”（3为噬菌体的p3衣壳蛋白）；3+3代表着p3衣壳蛋白有两个来源：噬菌粒（phagemid）M13KO7辅助噬菌体(Helper Phage）菌粒（phagemid）上的p3蛋白融合了抗体片段的基因，是文库多样性的关键；辅助噬菌体(Helper Phage)上的p3蛋白为噬菌体天然的p3蛋白。*噬菌粒是一种比较小的质粒载体，在大肠杆菌感受态中有较高的转化效率，并且能够在大肠杆菌中扩增。 含有噬菌粒的大肠杆菌被辅助噬菌体(Helper Phage)感染后，会利用大肠杆菌的酶系统、原料和能量进行扩增,最终包含噬菌粒的噬菌体从大肠杆菌释放出来，该子代噬菌体的p3衣壳蛋白会展示抗体片段。Part 3 ——在噬菌体扩增过程中 遇到的难题和对应的解决方案 | 噬菌体的建库过程实际上是抗体片段基因多样性的传递过程： 从血样中抗体基因的多样性传递到噬菌粒的过程，是噬菌粒文库构建的内容； 从噬菌粒的多样性传递到含有噬菌粒的大肠杆菌的多样性，是噬菌粒质粒电转大肠杆菌的内容； 从含有噬菌粒的大肠杆菌的多样性传递到噬菌体的多样性则是噬菌体扩增的内容，也是本文实验经验关注的问题。噬菌体的扩增最终目的是将噬菌粒中单一拷贝的抗体片段基因通过噬菌体的扩增过程变成10-100个拷贝，且这些拷贝基因能够在噬菌体表面的p3蛋白上展示出抗体蛋白片段。在噬菌体的扩增过程要使得文库的多样性得以保持和传递，需根据文库的初始大小确定在扩增过程中含有噬菌粒的大肠杆菌的数目和体积，对应加入的辅助噬菌体的多少进行有效感染，以及扩增后加入多少含有噬菌粒的噬菌体进行淘选等需要一一计算评估的问题，不同文库大小的噬菌体库在扩增过程中需要的扩增体积是不一样的。一份固化的实验方案很有可能会导致文库多样性的丢失。 要弄清楚这些问题，首先要具备以下几点基础的前置知识：（??以下内容全部划重点！！！）1. TG1大肠杆菌在OD600的读数：1OD代表的菌浓度为1e9个/ml。2. 噬菌体/辅助噬菌体在TG1处于对数生长期时有比较好的感染效率，TG1处于对数生长期的OD600值在0.4-0.8。3. TG1在对数生长期的生长速度是20分钟一代，需要密切关注TG1的生长，及时取菌进行实验。4. 辅助噬菌体和TG1的比值MOI在20：1时能够保证所有TG1被感染上。5. 含有噬菌粒的噬菌体能够感染正常的TG1大肠杆菌，并将噬菌粒留在TG1中并随着TG1的扩增进行扩增，在无辅助噬菌体的情况下无噬菌体的扩增。6. 噬菌粒质粒含有青霉素抗性，辅助噬菌体含有卡那霉素抗性。7. 含有噬菌粒的噬菌体可以通过感染正常的TG1，梯度稀释涂青霉素抗性的琼脂板进行滴度测定。8. 3+3模式下含有噬菌粒的噬菌体展示出p3融合抗体片段蛋白的效率比较低，只有5%-10%,在进行淘选时，加入的噬菌体的滴度应是文库多样性的100倍以上。 还有一个比较关键的问题是噬菌体作为一种病毒，很容易以气溶胶的形式扩散到空气中污染实验室的环境，从而感染F因子阳性的大肠杆菌。 （心疼一下生物汪，冒着生命危险搬砖啊！） 在噬菌体展示的相关实验需要在相对封闭的实验室进行以避免噬菌体对于大肠杆菌的污染，特别是在培养正常的TG1大肠杆菌时。噬菌体的灭活方式通常是紫外照射半小时以上。（合格的生物汪，是个莫得感情的病毒杀手！） Part 4 ——噬菌体扩增和定量 具体实验过程的分享 | 以下是以一个文库大小为1E9的噬菌体文库进行扩增的实验方案。*如果文库过大或者过小，可依比例增减扩增体积。 Day 1（搬砖秃头的第一天）1. 取含有噬菌粒的TG1菌种1ml (菌数目为1E10)加入含有100ml 2xYT-GA培养基250ml摇瓶中，使用奥豪斯摇床37度220rpm摇菌摇床至OD600为约0.5。2. 取OD600为约0.5的菌液20ml (菌数目为1E10),按照MOI为20：1加入pfu为2E11的辅助噬菌体M13 K07，37度220rpm振荡半小时进行感染。3. 取感染后菌液到50ml离心管使用奥豪斯离心机5816R 3200g离心10分钟，去除培养基，以除去培养基中的葡萄糖对噬菌粒中p3蛋白融合了抗体片段蛋白表达的抑制。4. 用2xYT-AK培养基重悬菌团，将培养基加至400ml，用1L摇瓶在30度220rpm过夜摇菌。 Day 2（搬砖秃头的第二天）5. 将400ml菌液均分至大的离心瓶中，使用奥豪斯离心机5816R 10000g离心10分钟，取上清，10000g再次离心10分钟，去除残留的菌体碎片。6. 取90ml PEG溶液加入400ml上清液中，在4℃孵育1小时并伴随着柔和的振荡，然后使用带低温控制功能的奥豪斯离心机5816R 4℃10000g离心1小时。7. 去上清，用10mlPBS重悬噬菌体后，加入2.5ml PEG溶液再次沉淀.8. 冰上孵育20分钟，然后使用带低温控制功能的奥豪斯离心机5816R 4℃ 10000g离心半小时。9. 去上清液，用吸水纸吸干残留的PEG溶液，加入1-2ml的PBS重悬噬菌体，进行滴度测定。滴度测定：1. 在分隔的实验室，取正常的TG1大肠杆菌加入2xYT的培养基中，使用奥豪斯摇床摇菌至OD600值为0.5，如未能及时使用，可放入4℃ 2小时以备用。2. 将步骤9中扩增噬菌体原液用PBS稀释1E5-1E7倍。3. 取10ul噬菌体稀释液加入490ul OD600为0.5的TG1大肠杆菌中，使用奥豪斯摇床 37℃ 220rpm振荡半小时进行感染。4. 取感染液50ul均匀涂抹在含有2xYT-GA的琼脂板中，晾干后放入37℃培养箱过夜。并将未感染TG1大肠杆菌涂抹琼脂板作为阴性对照。 Day 3（搬砖秃头的第三天）5. 数2xYT-GA的琼脂板中的克隆数，根据稀释倍数计算扩增噬菌体的滴度 噬菌体滴度(pfu/ml)=（克隆数*10*50/10ul）*稀释倍数6. 取1E11-1E12的噬菌体用于淘选。试剂配方：2xYT培养基：Yeast Extract 10.0 g/L+Tryptone 16.0 g/L+NaCl 5.0 g/L2xYT-GA培养基: 2xYT培养基+100 μg/ml 青霉素+ 1% （W/V）葡萄糖2xYT-AK培养基：2xYT培养基+100 μg/ml 青霉素+50 μg/ml卡那霉素PEG溶液：20% (w/v) PEG 6000, 2.5 M NaCl Part 5仪器推荐：（做科研民工的每一天都不孤单，因为有小奥陪伴）噬菌体作为一种病毒，很容易以气溶胶的形式扩散到空气中污染实验室的环境，需要封闭的实验室，实验室所有的仪器需单独使用。奥豪斯恒温轻负载培养摇床转速范围为100-12—rpm,体积集约，功能强大，可为您的样品提供优异的摇荡效果：此外，噬菌体展示实验的过程中会有不同体积、不同转速和需要4℃条件的离心步骤，如果以多 台离心机满足实验的需求会造成实验设备资产的空置，造成极大的浪费！！！奥豪斯5816R多功能离心机和可选转子为噬菌体相关实验提供便利，一台离心机满足所有实验需求！接下来，小奥带你乘坐“帮你省科研经费”这辆车教你正确薅奥豪斯的羊毛 德国原装进口功能强大、离心效果优异的奥豪斯Frontier™ 离心机家族 推出“买一赠一”促销活动促销型号如下微量高速离心机FC5515R（冷冻型号）微量高速离心机FC5515（非冷冻型号）全新紧凑型微量离心机FC5513现在上车，还来得及哦！详情请联系奥豪斯哦！ 想了解更多关于奥豪斯Starter™ 系列产品信息？请进入「阅读全文」留下信息，我们的专业工程师将火速赶来，为您服务！ ▼

噬菌体展示应用相关载体设计的关键：1 相互结合位点的选择在蛋白酶底物噬菌体展示中，一个关键的组分是亲和性结构域，它使我们可以将底物序列和非底物序列区分开。这其中包括蛋白—蛋白相互作用、蛋白—肽段相互作用以及多组氨酸与镍螯合基质的结合。整合这几种不同的系统的要素在于，展示系统是基于高亲和性相互作用而设计的。通常，相互结合的两个物质之间的解离常数（Kd）应该至少在一个较低的nmol/L的数量级上，这样在实验中复合物的解离速度就可以比蛋白酶解的速度慢得多。例如，我们以往在这个领域中的工作中，利用的是一个hGH的高亲和性变异体，此变异体与其受体的Kd值约13pmol/L。然而，对于蛋白酶底物噬菌体展示库，挑选在适当的缓冲液条件下（例如低pH或高pH）能够被破坏的这种相互作用，将有助于选择性地富集非底物序列（被捕获而结合于固体支持物上）和最佳的底物序列（被蛋白酶解而释放）。另外一个必须考虑的是靶蛋白酶（或者其他的一些噬菌粒形成中可能碰到的蛋白酶）必须不会酶切亲和性结构域。由于这个原因，亲和性结构域一般都是一个稳定的球蛋白或者一个短的肽段。2 底物卡匣（cassette）的设计和构建底物噬菌体展示要成功，一个关键在于切割仅仅发生在亲和性（捕获）结构域和噬菌粒之间。幸运的是，丝状噬菌体对蛋白酶解有极强的抗性：在所有已知的蛋白酶中，只有枯草杆菌蛋白酶能够引起噬菌体外膜蛋白的显著降解。为使底物序列更易与蛋白酶作用，在附近的连接序列中引入一定部分柔韧性（segmental flexibility）的设计要谨慎。例如，底物序列GPGG（X）。GGPG位于亲和性结构域和pⅢ基因之间，柔韧的甘氨酸—脯氨酸接头分布于随机序列的两端。在我们的实验中，已经证实截短形式的pⅢ蛋白是有效的，但另外也有报道使用全长pⅢ蛋白也能取得成功。在多价底物噬菌体展示中，一个全长pⅢ蛋白对于感染是必需的。一些其他的重要因素也主导着文库卡匣的设计，包括随机化的密码子、密码子的选择以及文库的大小，这些在第2章中有详细的描述。在许多情况下，我们不可能穷尽含有8个或8个以上的残基的整个底物序列所有可能的排列。然而，在文库仅展示了一部分可得到的序列的情况下，我们也有可能得到关于底物特异性的相关信息。例如，要构建一个包含5个密码子的随机文库，可以先列举其中2个密码子的序列，以此作为参照序列；从中得到的信息可用于第二次的文库构建，即将此两个密码子固定，再列举另外3个密码子和（或）其他的扩展的底物序列。作为替代，可以通过整合已知的特异性决定因素并查明那些现在还较不清楚的因素，从头设计一个更集中的文库。