肽测序仪

据外媒2013年10月15日消息，罗氏公司证实其正在关闭454生命科学测序业务，并裁员约100名。　　罗氏在给GenomeWeb的声明邮件中说，&ldquo 454测序仪将在2016年中被逐步淘汰，454位于康涅狄格州布兰福德的工厂也将因此而关闭。&rdquo 　　裁员100人将在未来三年中实施，&ldquo 对于因此受影响的员工，罗氏致力于寻找具有社会责任的解决方案，&rdquo 它补充说。　　直到该业务被关停，罗氏还将提供454仪器、零部件、试剂和耗材的服务和支持。　　罗氏表示，&ldquo 测序是一个快速发展的技术，随着测序部门在建立一个多元化潜在测序技术的努力，罗氏致力于引入差异化和竞争力的产品推向市场，并为生命科学和临床应用提供测序产品。&rdquo 　　罗氏在2007年以1.55亿美元现金和股票从CuraGen收购了454，当时罗氏说，这笔交易将巩固454测序仪的成功，并使其能够用于体外诊断应用。收购454之前，罗氏从2005年开始就是454的独家分销商。　　罗氏并没有透露454业务的收入情况，但在最近几年，随着其他测序技术销量的上升，454测序仪已经被推到了研究的边缘市场。最近，较低通量测序仪，如Illumina的MiSeq和Life Technologies的Ion Torrent系统进一步使得454技术变成无关的技术。　　在过去的几年里，罗氏已作出努力，以继续参与测序技术发展的下一个浪潮。在2010年，罗氏与IBM和DNA Electronics 结成联盟，并在2012年初敌意收购Illumina，最终收购报价达到67亿美元，不过Illumina拒绝了该收购要约。　　在Illumina那碰壁后，罗氏继续尽力抢救测序业务，据报道，在2012年12月，罗氏再次向Illumina&ldquo 求爱&rdquo ，但交易没有成交。　　今年早些时候，罗氏宣布，它已经结束了与IBM和DNA Electronics合作，同时表示将停止在半导体测序和纳米孔测序的研发努力，由此导致康涅狄格州布兰福德工厂裁员约60人。　　该公司表示，在当时，罗氏将454和NimbleGen产品整合至一个新的测序部门，涵盖了生命科学和临床诊断应用。据罗氏应用科学部负责人、新成立测序部门负责人Dan Zabrowski说，&ldquo 我们完全致力于为我们的生命科学业务服务，这个决定没有对任何业务或客户产生影响，我们继续认为测序将在生命科学和诊领域扮演一个重要的角色。&rdquo 　　罗氏也没有完全放弃测序市场，上个月，该公司与Pacific Biosciences达成协议，投资高达7500万美元与Pacific Biosciences合作开发以PacBio SMRT技术为基础的诊断产品。　　罗氏说，&ldquo 我们看到了这种测序技术巨大的潜力，其提供前所未有的阅读长度、精度、速度，可以开发基于临床诊断应用的未来测序仪。&rdquo (编译：杨娟)

p　　如今，基因组测序的新闻已变得司空见惯，不像几年前，基因组草图甚至能登上杂志的封面。随着测序仪的价格不断下探，你也考虑购入一台。挑来选去，不知哪一台更好。在这一期的《BioTechniques》上，Jeffrey Perkel告诉你，一台也许并不够。/pp　　新一代测序仪在上市之初，价格高昂，仅限“土豪”实验室购买。如今，选择多了，价格也便宜了。比如Illumina新近推出的MiniSeq测序仪，售价仅为49,500美元(美国售价)，每次运行有望产生7.5 Gb，足以应对靶向测序的应用。在爱丁堡大学，本科生甚至可以选修一门课程，用Illumina的NGS技术来破译细菌基因组。/pp　　然而，在第一台NGS仪器上市十年后，序列组装仍然是个挑战。即使是5.2 Mb的脆弱拟杆菌(Bacteroides fragilis)基因组，也给爱丁堡大学的本科生带来不少麻烦，这归因于重复和移动的调控元件。不过，研究人员正在学习通过不同的测序技术，来理清这些区域。/pp　　Evan Eichler是华盛顿大学医学院的一名教授，他研究的是传统基因组测序项目往往忽视的基因组区域，比如不稳定的区域。这些区域的两端伴随着长片段重复，在减数分裂的过程中可能没对准，导致插入/缺失，或重复。Eichler表示，目前有证据表明这些区域是基因进化的摇篮，它们甚至在某种程度上解释了人何以为人。同时，这些复杂的区域也与疾病相关。/pp　　当今，研究人员在测序人类基因组时，大多采用短读长的Illumina测序技术。这种策略将基因组剪切成数百万个小片段，平行读取，然后在数据分析环节将每个片段与基因组的独特序列比对，并鉴定出相对于人类参考基因组的变化。这些算法目前还不能实现基因组的从头(de novo)组装，因此，无法捕获大规模的结构变异。/pp　　不过，其他方法可以做到。Pacific Biosciences和Oxford Nanopore的仪器在原理、速度和价格上有所不同，但它们都带来了比Illumina、Ion Torrent长得多的读取片段。PacBio的平均读长达10 kb，有些甚至超过60 kb Oxford Nanopore的MinION读长要短一些，但也在kb级别。/pp　　就每个碱基而言，这些技术比Illumina要贵，“原始”错误率更高，并产生了更少的序列。因此，使用这些技术的研究人员需要开展更多的测序运行。不过，如果他们将长读取和短读取技术相结合，就能解决那些之前无法搞定的区域。/pp　　再回到Eichler研究的第17号染色体。17q21.31含有一段900 kb的倒位和许多重复基因，它们往往会在测序过程中丢失或错误组装。不过，Eichler的团队如今结合使用Illumina和PacBio的技术，不仅大大提高了测序质量，也明显降低了测序成本。Eichler认为，这种策略有助于增加我们对人类遗传变异的认识。/pp　　最近几个月，PacBio和Illumina都推出了新的测序仪。PacBio的Sequel在去年9月推出，比RS II更小巧、更便宜，但通量大大提高。Illumina的MiniSeq也在1月份上市，有望真正降低新一代测序的门槛。如今的你们，有了更多的选择。/p

p style="text-align: center "img width="500" height="362" title="1.jpg" style="width: 500px height: 362px " src="http://img1.17img.cn/17img/images/201601/noimg/624d8c18-130a-4ca9-b8a3-5073ff7943f5.jpg" border="0" vspace="0" hspace="0"//pp　　武汉未来组今天正式宣布引进最新的美国三代测序平台Sequel，借助于独家开发的基于“天河二号”平台的a title="" style="color: rgb(255, 0, 0) text-decoration: underline " href="http://www.instrument.com.cn/application/SampleFilter-S01-T000-1-1-1.html" target="_self"span style="color: rgb(255, 0, 0) "三代测序/span/a基因组组装流程，未来组即将提供“一周一个动植物基因组”的特色服务。/pp　　2016年1月21日，中国首家三代测序服务公司武汉未来组与美国PacBio公司在中国的独家代理商基因公司顺利签约引进了Sequel测序仪。根据协议，未来组将引进至少3台最新的PacBio公司的三代测序平台Sequel，以满足呈指数增长的三代测序服务需求，从而继续领跑中国三代测序服务市场。这是未来组在采用“天河二号”超级计算机，顺利解决高度复杂动植物基因组组装问题之后，又一次进行技术平台的升级，以实现未来组构建中国最有影响力的三代测序平台的战略目标。/pp　　本次引进的三代测序平台，包含3台Sequel测序仪及其附属配套仪器与软硬件，将部署在武汉光谷生物城的未来组生产研发中心，面积超过1000平方米，采用10万级洁净实验室，以确保生产过程中达到最高的环境标准，从而确保最高的测序质量。/pp　　与PacBio RS II平台相比，Sequel测序平台虽然体积只有约1/3，测序通量却提高了7倍。目前每台测序仪的通量超过8,000Gb/年，相当于每年大约可以完成100个动植物基因组的测序(按1Gb估算)。目前，武汉未来组已经开始接受新测序平台的服务预定，在优先保证老客户使用的前提下，公司还将优先支持高度复杂的动植物基因组项目、人类基因组测序项目、复杂微生物组测序项目等领域。同时，该Sequel测序平台也将提供给兄弟公司北京希望组用于精准医疗方面的前瞻性科学研究，成为国内首家将三代测序用于医疗健康领域的机构。/pp　　strong关于第三代测序技术/strong/pp　　第三代测序技术也称为单分子实时测序技术。美国Pacific Biosciences公司是目前唯一正式商业化的第三代测序仪厂商，已在全球范围内为多个基因组学中心提供PacBio RS II测序仪，并于2015年10月推出新产品Sequel测序仪。PacBio测序具有超长读长(平均读长10-15Kb，最长读长可超过40Kb)、无PCR扩增偏差的单分子测序、直接分析碱基修饰等技术优势，已经快速应用于基因组de novo组装、转录组学研究等领域，随着性价比的不断提高，第三代测序技术将在未来的2-3年内快速普及。/pp　　strong关于武汉未来组/strong/pp　　武汉未来组生物科技有限公司(Nextomics Biosciences)成立于2011年8月8日，总部位于武汉光谷生物城，目前在北京生命科学园和美国洛杉矶设立有分支机构，是中国首家第三代测序服务公司。/pp　　武汉未来组通过三代测序生物信息学工具和流程的开发，解决了复杂基因组组装、微生物完成图组装、全长转录组分析、人类基因组变异检测等领域的技术瓶颈，推动了基因组学研究的升级换代，目前已经完成数百个三代测序科研项目，发表了多篇三代测序的科学文献。因为专注于三代测序技术开发和应用推广，武汉未来组已经成为中国三代测序技术应用的领导者。/p