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反向PCR (inverse-PCR)实验步骤

上海远慕生物科技有限公司

2020/06/04 14:06

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inverse-PCR是克隆插入片段侧翼序列非常有效的方法。通常采用的Tail-PCR假阳性太多,而Inverse-PCR一般只要有特异条带,基本上就是目的片段。


基本步骤如下:


1、反向PCR(Inverse PCR)原理:反向PCR是克隆T-DNA插入位点侧翼DNA序列非常有效的方法。


a. 选择合适的限制性内切酶位点。并在T-DNA的边界(左边界、右边界均可)和酶切位点附近设计引物P1、P2;


b. 回收DNA,T4连接酶连接,使酶切后的DNA片段环化;


c. 回收连接后的DNA,用引物P1、P2做PCR,就可扩增到两端为T-DNA插入序列,中间为侧翼序列的片段。


2、限制性内切酶消化:选择合适的限制性内切酶,基因组一定要切成弥散性的条带。在酶切之前,应对基因组DNA定量。


根据T-DNA的左边界序列选择合适的酶切位点EcoRI,BamHI和HindIII/PstI,并在酶切位点上游附近设计引物Z1,Z2,Z3和Z4,然后用这些内切酶分别消化基因组DNA,酶切体系如下:


Buffer for EcoR I2μl
Genomic DNA3μl
EcoR I0.5μl (10u/μl)
ddH2O14.5 μl

20μl


37度 过夜,电泳检测酶切效果。


3、回收DNA


① 将酶切产物转到1.5ml离心管中,用ddH2O洗涤干净,并稀释到250μl;


② 加入等体积的酚和氯仿(V:V=1:1),涡旋混匀,室温静置1min;


③ 最大速度(13, 000 rpm)离心1min;


④ 将上清移到另一管中,加入等体积的氯仿,涡旋混匀,室温静置1min;


⑤ 最大速度(13, 000 rpm)离心2min;


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