利用 Agilent 2200 TapeStation 系统为新一代测序文库制备及 SureSelect 靶向 序列捕获进行全程样品质量控制

摘要

Agilent 2200 TapeStation 系统可对新一代测序 (NGS) 工作流程中的样品进行全程分析，从最初的起始材料一直到测序前的最终 DNA 文库质量控制 (QC)。本应用简报遵循 SureSelect 文库制备实验方案，展示了基因组 DNA ScreenTape、D1000 ScreenTape 及高灵敏度 D1000 ScreenTape 分析方法对该工作流程中样品的分析性能及适用性。数据证明了 2200 TapeStation 系统是可靠的文库分子量测定及定量分析 QC 平台。数据还证明了这些 DNA ScreenTape 分析方法与 Agilent 2100 生物分析仪的相应分析方法具有可比性，并在其性能指标内。

简介

基于 Sanger 方法的传统测序方法在过去的 20 多年间一直在 DNA 序列测定方法中占据主导地位。但是，随着测序方法及技术的进步，测序通量在 Sanger 测序基础上有了极大的进步，如今全基因组测序可在几周甚至是几天内完成2。这些技术统称为新一代测序，或 NGS。

随着 NGS 技术和方法的进步，测序的费用也得到了大幅降低。但是，测序样品的制备依然十分复杂且耗时。因此，需要对 NGS 的样品制备进行仔细监控以确保能成功进行测序实验。Agilent SureSelect 靶向序列捕获试剂盒通过各种捕获组（包括全外显子、基因组合、蛋白激酶组、定制及其他种类），能为靶标特异性测序提供完整、经验证的样品制备工作流程。文库制备包括分离遗传物质、剪切 DNA 以获取更短的片段、加入测序平台特异性的接头、杂交以富集靶标，以及多重测序标记。整个制备工作流程需要在多个步骤进行质量控制，以确保在测序前成功获得文库。工作流程概览如图 1 所示。

Agilent 2200 TapeStation 系统是用于 NGS 文库制备工作流程解决方案质量和数量评估的理想 QC 平台。2200 TapeStation 系统提供一个自动化电泳系统，可对样品进行快速分析，只需 1 到 2 分钟时间即可完成一个样品分析。本应用简报介绍了按照 2200 TapeStation 系统中的 SureSelect 实验方案，采用基因组 DNA ScreenTape、D1000 ScreenTape 及高灵敏度 D1000 ScreenTape 分析方法对 NGS 文库制备进行质量控制。

结论

通过结合 SureSelect 实验方案，本应用简报说明了 Agilent 2200 TapeStation 系统结合基因组 DNA、D1000 及高灵敏度 D1000 ScreenTape 分析方法是分析 NGS 文库制备工作流程所得样品的理想选择。

• 基因组 DNA ScreenTape 分析方法不仅能评估基因组 DNA 起始材料的质量，还能对数量进行评估，使用单个测试就能替代原先两个独立的测试。

• SureSelect 靶向序列捕获工作流程所得的 NGS 样品的分子量可通过联合 D1000 ScreenTape 分析方法及 2200 TapeStation 系统进行可靠测定。所测得的分子量与 Agilent 2100 生物分析仪中类似分析法所得结果相匹配。

• 最终文库的定量可由 2200 TapeStation 系统中的高灵敏度 D1000 ScreenTape 分析法完成，结果与 2100 生物分析仪的高灵敏度 DNA 分析方法所得结果一致。