自2003年第一台二代测序仪诞生以来,NGS技术经历了近二十年的发展,文库制备技术也基本趋于成熟。虽然NGS建库技术一直在更新,但是文库制备流程依然需要大量的时间进行手工操作。繁琐的手工操作对实验人员的操作水平要求较高,且文库的一致性和可重复性差,是困扰很多实验室研究的一个难题。为解决相关问题,NGS自动化建库方案应运而生。目前,市面上常见的NGS自动化工作站主要以高通量为主,仪器占地面积较大,无法满足所有实验室的需求。Tecan拥有四十多年的自动化开发经验,已开发DreamPrep NGS、Fluent和EVO液体处理平台,可为大型的NGS实验室提供自动化工作站。近日,Tecan发布了专为小通量NGS建库实验室设计的MagicPrep NGS,能够满足从低通量到高通量的自动化文库制备需求。
什么是MagicPrep NGS?
Tecan的MagicPrep NGS是一个完整的自动化NGS文库制备解决方案,由一个简单的台式系统完成。基于墨盒设计的试剂和耗材使MagicPrep NGS可以在10分钟内启动。由于使用了预混试剂卡,用户添加样本后就可以开始运行该系统。据介绍,MagicPrep NGS系统结合了超高的易用性和经过验证的强大技术,可实现超过97%的可靠性,最大限度地减少了用户错误的可能性,提供一致和可重复的结果。
MagicPrep NGS的主要优势
>99%平均成功率*
MagicPrep NGS制备NGS文库操作简便,其预先优化的试剂、脚本和强大的自动化为文库制备提供了一个可靠的解决方案,并能将错误降至最低。*成功率基于平均内测数据得出。样本质量和可变性可能会影响成功率。更多信息,访问tecan.com/magicprep-ngs/reliability
图1. MagicPrep NGS文库成功率。
图1为MagicPrep NGS系统用于对照样本的Illumina测序文库制备。在10多种不同仪器上进行了共59次(472个样本)测试,包括mRNA-Seq和DNA-Seq测试。无论应用程序如何,都计算所有运行的平均库成功率。总的来说,MagicPrep NGS系统的平均成功率大于99%。
什么是文库成功率?
MagicPrep NGS系统旨在为自动化文库准备提供一个简单、可靠的解决方案。经过大量的测试,以优化的试剂配方、自动化脚本和耗材,最大限度地降低文库失败率。
使用推荐的输入量和PCR循环数的对照样本测试MagicPrep NGS文库制备成功率。如果文库的总回收率大于或等于200ng,则认为文库是成功的。使用片段分析仪确认所有文库的预期文库片段分布。
文库的质量与成功受到样本质量、输入量和样本潜在抑制剂的影响。质量较低的样本可能会看到不一样的成功率。
10分钟的简单运行设置
MagicPrep NGS可代替耗费数小时或数天时间的手动移液过程。使用MagicPrep NGS系统,所有文库制备所需的试剂和耗材都预先装在一个试剂盒中,可在10分钟内开始运行。用户只需要提供样本,无需预混试剂,也无需购买其他试剂。
用户只需将样本加入样本板,再将试剂卡和样本板插入仪器,点击运行,即可开始建库。
MagicPrep NGS试剂卡整合了帝肯专利技术和专门设计的新技术,提供简单的无人值守解决方案。该试剂卡包含DimerFree®技术,可以最大限度地减少接头二聚体的形成。无论输入量或GC含量为多少,都能保持一致的DNA酶切片段化。同时,试剂卡还包含高保真文库扩增,可以实现文库的准确复制。
免安装免校准免脚本编写
MagicPrep NGS无需仪器安装,插电即可运行。其触摸屏的可视化图形界面在简化操作的同时也减少了错误的发生,对于实验室新手或者没有NGS建库背景的实验人员非常友好,简单的培训即可上手操作。此外,MagicPrep NGS软硬件一体机的设计也为实验室节省了空间。
MagicPrep NGS系统提供了真正的一站式自动化建库系统,开始运行后无需额外的用户交互,节省时间,由MagicPrep NGS负责完成后续的文库制备工作。另外,MagicPrep NGS仪器可以保护文库不蒸发,存储文库长达65个小时,因此用户可以在任何时候开始文库制备。
可靠性和可重复性
MagicPrep NGS系统采用了一种新型的试剂分装技术与成熟的技术,提供可靠和可重复的解决方案,同时最大限度地减少了用户错误的可能性。MagicPrep NGS提供了一个完全自动化和可复制的实验流程,让实验人员不再局限于单纯的文库制备,而是寻求更多的突破。
图2.MagicPrep NGS系统不同运行的文库一致性。
MagicPrep NGS系统在同一运行和不同运行均能制备一致的文库。在同一台仪器上使用Revelo mRNA-Seq试剂盒制备40个文库(5次运行),以100 ng的K562总RNA文库为起始量。将每个文库的总量绘制成图表,以证明文库得率的一致性。数据显示,每个批次的CV在5.8% ~ 16.8%之间,表明每个批次的8个样本的产量一致。此外,在所有5次运行中生成的文库结果是相似的,证明MagicPrep NGS系统有较好的一致性。
MagicPrep NGS系统提供一套完整且可靠的文库制备方案
试剂卡汇集了帝肯手动试剂盒的全部优势,并经格式化后使用在MagicPrep NGS仪器上,因此可以节省数小时的操作时间。具有以下特点:
• 宽泛的样本输入区间和体积,便于加样
• DimerFree技术减少了接头二聚体的形成
• 双端唯一分子标签(UDI)接头,可灵活应用于样本的多重组合以及index跳跃检测
REVELO mRNA-SEQ FOR MAGICPREP NGS
图3. 在宽泛的输入区间内保持一致的性能。
使用Revelo mRNA-Seq试剂盒制备10 ng、100 ng和1000 ng的 K562总RNA文库。无论输入量多少,所有文库的指标相似。Revelo mRNA-Seq试剂盒提供了从总RNA样本中选择和构建mRNA-Seq文库所需的所有试剂和耗材,与MagicPrep NGS系统共同为自动化制备mRNA-Seq文库提供了一个简单的解决方案。
REVELO DNA-SEQ ENZ FOR MAGICPREP NGS
图4:可靠的酶切DNA片段化,不受CG含量的影响。
使用Revelo DNA-Seq Enz试剂盒,用100ng不同GC含量的三种细菌基因组混合物(金黄色葡萄球菌(32%GC)、大肠杆菌(50%GC)和类球红细菌(68%GC))制备文库。所有基因组都在测序数据中得到了预期的体现。插入片段长度分析显示所有三个基因组的插入大小相似,表明DNA片段化不受GC含量的影响。Revelo DNA-Seq Enz试剂盒提供高质量DNA酶切构建文库所需的所有试剂和耗材,与MagicPrepNGS系统为自动化制备DNA-Seq文库提供了一个简单的解决方案,且DNA片段的一致性不受输入量与GC含量的影响。
REVELO DNA-SEQ MECH FOR MAGICPREP NGS
图5. 不同GC含量样本的结果一致性高。
Revelo DNA-Seq Mech试剂盒被用于从100ng三种GC含量不同的细菌基因组(金黄色葡萄球菌(32%GC)、大肠杆菌(50%GC)和类球红细菌(68%GC))的预片段化混合物中制备文库。测序结果显示,三种细菌基因组的均一性和基因组覆盖率均达到99.9%。每个基因组的读长比例与手动得出的结果相似,表明自动化文库构建过程中的GC偏好低。Revelo DNA-Seq Mech试剂盒提供了预片段化的DNA构建DNA-Seq文库所需的所有试剂和耗材,与MagicPrep NGS系统为自动制备DNA-Seq文库提供了一个针对片段化的基因组DNA的高灵敏解决方案。
[来源:测序中国]
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