文献速递丨naica®微滴芯片数字PCR系统对水质环境相关优势细菌进行绝对定量

在现代水产养殖中，水产养殖系统的水质直接影响鱼类的健康和生产。微生物在去除有机物和氮循环、有毒硫化氢(H₂S)的产生方面发挥着至关重要的作用，但是如果微生物对鱼类致病或发挥益生菌特性，则会直接影响鱼类的健康。

近日，法国Stilla公司和挪威SINTEF Ocean合作在《Journal of Microbiological Methods》杂志上发表了一篇名为“Absolute quantification of priority bacteria in aquaculture using digital PCR”的文章，旨在对水产养殖的相关优势细菌进行检测。

在本文中，作者主要分析了与鲑鱼生产相关的三种不同的细菌：

第一种为鱼类病原体，与鱼类的溃疡性疾病有关的Moritella viscosa，会引起肠性红嘴病的Yersinia ruckeri以及与鱼类的细菌性冷水病有关的Flavobacterium psychrophilum。

第二种为可以从海产品转移到消费者身上的人类病原体，Listeria monocytogenes。

第三种为通过破坏饲养环境威胁鱼类健康的细菌。通常硫酸盐还原细菌（SRB）在厌氧条件下通过将硫酸盐（SO₄^2-）转化为有毒的硫化氢（H₂S）来影响鱼类健康。可通过以Desulfovibrio desulfuricans为参考菌株进行SRB检测。

研究学者利用naica®微滴芯片数字PCR系统的单重和多重检测方式对上述优势菌种进行绝对定量。结果表明Moritella viscosa， Yersinia ruckeri，Flavobacterium psychrophilum检出限在20 fg左右，Listeria monocytogenes和Desulfovibrio desulfuricans DNA检测含量可低至2 fg，同时它们都具有较高的线性动态范围（图1）。多重cdPCR检测结果与在相应的单重分析中检测到的目标基因浓度非常吻合（图2，图3）。此次试验充分证明了naica^®微滴芯片数字PCR系统可以同时精确定量复杂水质样品中多种优势菌株。

▲图1 ：naica^®微滴芯片数字PCR系统定量5种

优势菌种的线性回归图，分别给出相应的方程和回归系数

▲图2：对Yersinia ruckeri（A）Flavobacterium psychrophilum（B）的单、双重分析结果进行比较。

在MMC-DNA背景(1 ng/μl)中添加Yersinia ruckeri ，Flavobacterium psychrophilum gDNA，10倍稀释后进行基因拷贝数定量。

▲图3 ：在1 ng/μl MMC-DNA背景下，单重(圆形)和三重(三角形)测定的靶基因拷贝浓度绘制。

恒等线表示每个点的X坐标和y坐标相等的位置。

文章基于naica^®微滴芯片数字PCR系统完成对多种优势菌株的定量检测。

naica^®微滴芯片数字PCR系统

法国Stilla Technologies公司的naica^®微滴芯片数字PCR系统在进行核酸检测时具有独特的优势。该系统利用cutting-edge微流体创新型芯片—Sapphire芯片（或高通量Opal芯片）作为数字PCR过程的耗材。样品通过毛细通道网格以30,000个微滴的形式进入2D芯片中。3色荧光检测仪器，整个流程只需要两个半小时，并可进行数据的质控和结果追溯分析，获得的数据真实可靠。

naica^®六通道微滴芯片数字PCR系统

法国Stilla Technologies公司naica^®六通道微滴芯片数字PCR系统，源于Crystal微滴芯片数字PCR技术，自动化微滴生成和扩增，每个样本孔可实现6荧光通道的检测，智能化识别微滴并进行质控，3小时内即可获得至少6个靶标基因的绝对拷贝数浓度。