北京蛋白质组研究中心第六期蛋白质组信息学培训班

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分享： 2017/09/11 17:54:38

导读：国家蛋白质科学中心?北京(简称“凤凰中心”)/北京蛋白质组研究中心(BPRC)坐落在国家科技创新示范区——中关村生命科学园，是我国生命科学领域的国家科技基础设施，也是国际人类肝脏蛋白质组计划执行总部、蛋白质组学国家重点实验室和首都科技条件平台。

　　北京蛋白质组研究中心

　　第六期蛋白质组信息学培训班

　　时间：2017年11月7-10日

　　地点：北京蛋白质组研究中心(北京市昌平区科学园路38号，中关村生命科学园内)

　　主办单位

　　国家蛋白质科学中心·北京(凤凰中心)

　　北京蛋白质组研究中心(BPRC)

　　蛋白质组学国家重点实验室(SKLP)

　　中国生物化学与分子生物学会蛋白质组学专业委员会(CNHUPO)

　　国家蛋白质科学中心?北京(简称“凤凰中心”)/北京蛋白质组研究中心(BPRC)坐落在国家科技创新示范区——中关村生命科学园，是我国生命科学领域的国家科技基础设施，也是国际人类肝脏蛋白质组计划执行总部、蛋白质组学国家重点实验室和首都科技条件平台。

　　凤凰中心/BPRC在以院士领衔，入选“千人计划”、国家杰青、北京市科技新星为骨干的专家团队带领下，在生命科学领域不断开拓，建立了高通量、高分辨率、高精度的蛋白质组学，以高性能“天河”超级计算机为核心的生物信息学，蛋白质相互作用，多功能多层次显微成像，流式分选，模式生物构建，抗体药物筛选等技术体系与平台。我们愿与从事生命科学研究的有识之士一起，推动生命科学新发现、新技术、新产品的涌现，实现“创造历史，引领世界”的梦想。

　　培训目的

　　本课程为生命科学研究人员介绍如何合理利用和开发蛋白质生物信息学资源。课程着眼于实际数据库搜索、工具使用、大型数据库分析、生物学网络构建、可视化和数据分析等。采取小班授课，专人指导;理论课与实践课相结合，讲师与学员研讨的方式进行;精心挑选相应的上机软件，提供充足的实际操作机会;让每位学员学有所成。

　　培训对象

　　● 从事生命科学、农学、医学等领域科研工作者和高校教师及研究生

　　● 迫切希望提升生物信息分析能力的学者

　　培训内容

　　质谱数据深度分析、蛋白质注释及功能分析、蛋白质相互作用网络构建及分析、蛋白质组研究主题信息服务和专业数据库研发。

　　课程安排

2017年11月6日
15:00-17:00		软件安装
2017年11月7日
主持人：杨冬邵晨
主题：蛋白质组信息学蛋白质鉴定
时间	主讲人		培训内容
9:00-10:00 讲座	邵晨		● 课程介绍 ● 蛋白质组学 ● 蛋白质组信息学工作流程
10:00-10:45 讲座	邵晨		工作流原理 ● 序列数据库 ● 肽段鉴定 ● 蛋白组装 ● 蛋白定量 ● 质量控制和标准
10:45-11:00	茶歇
11:00-11:45 讲座	杨冬		工作流原理 ● 翻译后修饰 ● 数据挖掘 ● 数据注释 ● 聚类和其他分析
11:45-12:30 练习	杨冬		常用的生物信息数据库和工具
12:30-13:30	午餐
13:30-14:30 讲座	杨冬		Mascot：实践中的搜索工具
14:30-15:15 练习	杨冬		搜索工具的环境
15:15-15:30	茶歇
15:30-16:30 讲座	杨冬		搜索工具实际应用
16:30-17:15 讲座	OmicsBean		题目待定
17:15	结束
2017年11月8日
主持人：朱云平
主题：定量蛋白质组
时间	主讲人		培训内容
9:00-10:00 讲座	常乘		标记定量蛋白质组学：母离子标记方法
10:00-10:45 讲座	常乘		标定定量蛋白质组学：子离子标记方法
10:45-11:00	茶歇
11:00-11:45 练习	常乘马洁冯晓东		MaxQuant上机练习
11:45-12:30 练习	常乘马洁冯晓东		MaxQuant上机练习
12:30-13:30	午餐
13:30-14:30 讲座	常乘		非标定量蛋白质组学
14:30-15:15 练习	常乘		差异表达蛋白的统计分析
15:15-15:30	茶歇
15:30 讲座	常乘		PANDA和PANDA-view介绍
16:30 练习	常乘马洁冯晓东		PANDA和PANDA-view上机练习
17:15	结束
2017年11月9日
主持人：冯晋文
主题：工作流数据发布
时间	主讲人		培训内容
9:00 讲座	冯晋文		TPP(trans proteome pipeline)数据分析平台介绍
10:00 练习	冯晋文		● 基于X!Tandem肽段鉴定 ● 基于peptide Prophet肽段验证
10:45-11:00	茶歇
11:00 练习	冯晋文		蛋白质定量 ● Libra 蛋白质组装 ● Protein Prophet
11:45 练习	冯晋文		实际操作
12:30-13:30	午餐
13:30 讲座	冯晋文		Firmiana简介
14:30 练习	冯晋文		Firmiana上机练习
15:15-15:30	茶歇
15:30 讲座	Henning Hermjakob		数据存储与索引：ProteomeXchange and OmicsDI
16:30 练习	马洁		实际操作：基于Iprox的数据存储
17:15-18:00	Photo time
2017年11月10日
主持人：李栋
主题：网络和通路
时间	主讲人		培训内容
9:00 讲座	李栋		蛋白质网络的构建与分析
10:00 讲座	李栋		蛋白质数据集深度挖掘
10:45	茶歇
11:00 练习	李栋		网络工具介绍： ● KEGG, Reactome ● STRING
11:45 练习	李栋		上机练习
12:30	午餐
13:30 讲座	刘中扬		Cytoscape简介
14:30 练习	刘中扬		Cytoscape上机练习
15:15-15:30	茶歇
15:30－16:30 练习	Henning Hermjakob		Reactome pathway analysis
17:15	结束