食品组学：食品分析现在和未来的挑战（5）

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　　食品分析中最主要的一个挑战将是：改善我们对食物化合物在分子水平上的作用的有限认识(如它们与基因的相互作用，及其对蛋白质和代谢物的后续影响等)，以便合理设计饮食来控制细胞功能，这对于我们的健康有着非同寻常的影响。在这种情况下，食品组学作为一门新兴学科来研究食物和营养，主要通过应用先进的组学技术来改善消费者的健康和幸福感。因此，食品组学作为一门全面的学科，包含了食品、先进的分析技术(主要是组学工具)和生物信息学。基因组学、转录组学、蛋白质组学和代谢组学的发展为我们现在利用食品组学来解决各种不同的问题带来了极大的机遇。

　　例如：(1)利用营养基因组学方法来理解生物化学、分子和细胞机理，它们是某种生物活性食物成分产生有益或有害影响的基础;(2)利用营养遗传学方法来理解对于特定的膳食结构，不同个体间不同响应的基因差异;(3)了解从上述阶段到疾病发生所涉及到的基因特征，也就是寻找可能的生物标记物;(4)确定生物活性食物成分对于关键的分子途径的影响;(5)建立肠道微生物基因谱全面的作用和功能，这项工作将开启令人印象深刻的研究领域;(6)了解食源性致病菌的应激适应模式，以确保食品卫生、加工和保存;(7)研究食物微生物作为传递系统的用途，包括基因失活和基因缺失的影响;(8)开展对转基因改性作物非计划性能的调查研究;(9)在理想情况下，将食品安全、质量和可溯源性作为一个整体进行综合评估;(10)理解具有农业利益和经济相关性的生物学过程的分子基础，例如，农作物和它的致病微生物之间的相互作用，以及果实成熟阶段发生的物理化学变化;(11)通过一个全面的方法来充分理解采后现象，这种方法可以将基因和环境的反应联系起来，以及可以鉴定基础性的生物网络。在这一方面，可以预期新组学技术结合系统生物学，就像食品组学所提议的，可将采后研究引入一个新的时代。

　　众所周知，遗传基因对人体健康有着重要的影响。然而，饮食、生活方式和环境对表观基因组、肠道微生物有着重要的影响，并影响转录组、蛋白质组、直至代谢组。当遗传基因的影响与营养/生活/环境不能得到适当的平衡，人体健康就会受到影响。食品组学是检测由食物成分引起的不同表达水平发生变化的重要工具。

图3.食品组学研究所使用的分析方法和预期的研究结果

　　食品组学研究食物成分对于特定生物系统(细胞、组织、器官或生物体)影响的理想方法如图3所示。根据这一食品组学研究方法，食物成分的影响结果可通过基因组学/转录组学/蛋白质组学和代谢组学得到，从而了解食物在分子水平上的生物活性和其对人类健康的影响。

　　食品组学的关注点与医学和生物科学相一致，通过充足的食物摄入量和所谓的保健食品的开发来预防疾病。从这方面来说，我们对许多物质对于人体健康影响的论断或许太早，对于其他对健康有影响的因素也是如此，它们的具体影响依然在研究当中。因此，食品组学方法可以帮助我们克服这些限制。为了实现这个目标，我们需要开展更多的研究来发现一种核苷酸的多态性，来识别相关的复杂疾病的基因，扩展对新食品的研究，提供更充分的证据来获得公众的认可。此外，尽管通过全面的食品组学方法可以得到有意义的成果，但实际上目前并没有提出并结合三种表达水平(转录组学、蛋白质组学和代谢组学)的研究论文发表。

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　　图4展示了关于膳食多酚针对HT29大肠癌细胞化学预防效应的全球性食品组学研究结果。该图呈现了HT29大肠癌细胞内主要的生物过程所涉及的基因、蛋白质和代谢产物，这些物质通过转录组学、蛋白质组学和代谢组学等分析方法得到了鉴定，此外，迷迭香多酚治疗可以改变HT29大肠癌细胞内这些主要的生物过程。

　　为了充分证明它的价值，食品组学依然需要通过药物影响(例如通过所谓的个性化营养)被转化为方法或途径。在这一方面，当面对这样复杂的系统，数据的解释和整合并不简单，而且被认为是主要的瓶颈之一。在最近的一项工作中，食品组学方法被用来研究饮食中的多酚类物质对两个人的白血病细胞株的的影响，结果发现，一个人展示了药物敏感表型(k562)，另一个则显示出耐药表型(k562/r)。研究中采用了基于非定标分析方法的全转录组芯片质谱联用技术(通过毛细管电泳−飞行时间质谱CE−TOF MS和高效液相色谱−飞行时间质谱UPLC−TOF MS)来进行转录组学和代谢组学分析。

　　人们使用IPA软件进行功能化的富集分析，对于转录组和代谢组模式的可靠的解释而言，我们可以把这种分析看成是一个在此之前的步骤。这些被研究的膳食多酚改变了1%的基因表达，这些基因被两种白血病细胞系里的转录微阵列所覆盖。总体来说，许多基因的编码第二时期相关解毒酶和抗氧化蛋白的转录诱导模式是不同的，而且在两个白血病细胞系所观察到的代谢模式是不同的，这表明膳食多酚可以对不同表型的白血病细胞产生一种差异性化学预防效果。

　　关于转录因子分析的IPA预测，强调了膳食多酚对于Myc基因转录因子功能的抑制，这也许可以揭示在白血病细胞中被观察到的膳食提取物的抗增殖效应。代谢分析表明膳食多酚对两种白血病细胞系细胞内代谢水平有着不同的影响。通过使用IPA软件将关于标准代谢途径的数据集进行重叠整理，以实现对由转录组学和代谢组学平台获得的数据的整合。这一方法对被膳食多酚调解的代谢路径中几种不同表达水平的基因进行鉴定，从而为这些化合物的影响效果提供更多的证据。

　　尽管食品组学有着巨大的潜力，但也存在着方法难题。事实上，食品组学方法并不简单，需要知识结构有着高度互补性的工作在不同领域的研究人员，特别是分析化学、生物/医学、生物信息学和统计学。

　　此外，食品组学工具需要克服许多极限，来优化食品分析。对于转录组学，高背景噪音淹没了微弱信号，以及DNA芯片当中杂交探针的效率和选择性都需要改进。新的改进包括建立常规的数据分析方法，增加测序的通量和读长。同时也期待这些分析技术所需的费用在未来会持续下降，允许新的应用以及在食品组学研究中大量应用。

　　在蛋白质组学当中，质谱或者质谱与二维电泳、液相色谱、毛细管电泳联用已成为最常用的方法。如果要使蛋白质研究成为常规分析，则需要开发相关的改进技术或替代技术(如蛋白质微阵列)，包括改进肽的分辨率，以实现覆盖更多的蛋白质。除了日常复杂的样品处理与分离技术，质谱对于蛋白质组学研究依然十分重要。在这种情况下，传统的质谱仪器正在逐渐让位于更加复杂和集成的质谱仪器，它们大多数是与一种或更多的仪器组合使用。因为可以从食品组学当中少量的蛋白质组学研究进行推断，我们期待技术的创新可以推动蛋白质组学分析及食品组学的标准化。

　　人们期待着代谢组学的巨大进步，利用几乎不需要进行样品制备的新型质谱接口，以及利用MALDI成像质谱(MALDI-MSI)能够分析组织及单细胞水平的蛋白质的代谢产物，获得特定分子空间分布的信息。样品制备方法以及分析平台的改进(包括更高灵敏度的NMR系统与在线质谱联用的可能性)，将增强食品代谢组学研究的关联性。

　　多维分析技术，如GC × GC或LC × LC，也是分离技术的革命性突破，预计在不久的将来，这一技术在食品组学研究中的应用会增加。与传统的分离技术相比，它们不仅增强了分辨率，而且使峰值数大幅增加，并且增强了分离效果和灵敏度。另外，毛细管电泳技术以及毛细管质谱联用技术(CE-MS)都是代谢组学研究的理想工具，因为它们不需要大量的样品制备，应用范围广，效率高，分辨率高，以及样品消耗量低。此外，CE−MS能够分离强极性及带电荷的代谢物质，而这些物质很难被LC或GC分离。代谢组学面临着许多挑战需要解决，如代谢物数据库的发展和增长，到目前为止，所有的代谢产物中仅有一小部分被鉴别，并收录在代谢物质数据库中，大多数自然产生的代谢物质还仍然是未知的。

　　除此之外，身体处于正常状态和病理状态的代谢物的范围，需要代谢组学领域做出一致的假设，对样品状态和目标代谢物要有统一的标准，以便在新食品组学领域全面认识它的潜力。食品组学与系统生物学结合的挑战，不仅来自于技术水平，如前文提到的，组学研究工具已经取得了巨大的发展和进步，并被期望能有再进一步的巨大发展;还来自于生物信息学方面，它需要进一步的发展，以使系统生物学能在新食品组学研究中发挥所有的潜力。在这一方面，我们还需要做大量的工作，来将我们了解的许多细胞过程知识和它们在不同的分子水平如何发生联系起来。（全文完）

　　注：文章译自美国分析化学杂志。