Agilent SureSelectQXT WGS 文库制备的质量控制

摘要

本应用简报按照 Agilent SureSelect^QXT WGS 文库制备方案，介绍了 Agilent 4200 TapeStation 系统在工作流程中的样品质量控制 (QC) 性能。基因组 DNA ScreenTape 分析法是对基因组 DNA 起始材料进行系列定量分析并提供完整性信息的可靠方法。安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法可在测序前对扩增的标签文库进行分子量测定和定量分析。数据还表明，采用 DNA ScreenTape 分析法所获得的结果与使用 Agilent 2100 生物分析仪系统和 Qubit 荧光计进行分析所得到的信息相一致。

前言

Agilent SureSelect^QXT 全基因组文库制备试剂盒可生成用于 Illumina 配对末端多重测序的文库。SureSelect^QXT 文库制备对基因组 DNA (gDNA) 的起始量变化非常敏感。本方案建议使用 Qubit 仪器进行两次系列荧光分析来定量。采用基因组 DNA ScreenTape 分析法在 Agilent 4200 TapeStation 系统上运行相同样品，比较这两种方法所获得的结果。gDNA 起始量的偏差会导致所得片段分布不理想，使扩增文库中过大或过小的 DNA 片段所占比例过高。这种效应可以通过由各种 gDNA 起始材料（从低丰度到高丰度）产生的额外文库来说明。

扩增文库使用安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法及 4200 TapeStation 系统进行分析，将其结果与 SureSelect^QXT 方案推荐的高灵敏度 DNA 分析法及 Agilent 2100 生物分析仪系统分析所得结果进行比较。扩增文库的分析结果显示，高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析与 2100 生物分析仪系统获得的分子量和摩尔浓度结果相一致。

结论

本应用简报证明了 Agilent 4200 TapeStation 是可用于 Agilent SureSelect^QXT WGS 文库制备过程中进行样品分析的可靠系统。

高质量 DNA 样品和 gDNA 起始材料高重现性的定量结果是成功制备 SureSelect^QXT 文库必不可少的条件。安捷伦基因组 DNA ScreenTape 分析法可对基因组 DNA 起始材料实现精确定量分析，并在同一 QC 步骤中对样品完整性进行评估。

安捷伦高灵敏度 D5000 ScreenTape 分析法是用于 SureSelect^QXT WGS 扩增文库的分子量测定和定量分析的理想工具。4200 TapeStation 系统除了具有与 SureSelect^QXT 方案推荐的Agilent 2100 生物分析仪系统等效的性能外，还具有高度灵活的样品通量和易用性。