应用分享 | 用于SARS-CoV-2检测的低成本自动化RNA提取方案

为大家分享，OT-2在新冠核酸检测方面的应用研究报告《评估两种用于SARS-CoV-2检测的低成本自动化RNA提取方案》，拉巴斯大学医院研究人员在这篇论文中详细介绍了SARS-CoV-2测试中用于高通量RNA提取的两种低成本自动化方案。其中有关于使用Opentrons的描述：“我们在10天内收集了141个SARS-CoV-2阳性样本。内部自动化操作流程基于磁珠提取技术，与Opentrons OT-2液体处理机器人或MagMAXTM Express-96系统一起使用。”

研究背景：

随着新冠肺炎的大流行，我们需要进行大规模的qPCR检测，以发现阳性并追踪接触者，以阻止社区传播。在进行qPCR检测之前，临床样本通常需要进行RNA提取。由于每天检测的数量庞大，手动进行RNA提取的方法对于大多数机构而言是不可行的，因此，自动化系统被广泛应用。然而由于自动化系统成本非常高，这将会阻碍大规模测试。此外，由于需求的增加，提取试剂的库存短缺可能导致诊断严重延误。

在本次研究工作中，我们描述了两种用于自动RNA提取的低成本替代品。第一个方案是使用到Opentrons的OT-2，这是一个能够自由设计方案的自动化开源液体处理机器人，第二个方案是使用核酸提取器MagMAX断续器Express-96 。OT-2内部的协议可以在104分钟内以全自动方式处理多达48个样品。

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RNA提取成本与人工操作时间：

‍‍使用OT-2提取96个样品的核酸操作流程的总成本为107欧元（试剂：37欧元和实验室器皿：70欧元），人工操作时间为10分钟，提取时间为3.5小时（系统脚本每次运行只能处理48个样品，因此必须分两次完成。值得注意的是，OT-2系统（包括模块和移液器）的初始投资比MagMAX要低得多，约为10000欧元，MagMAX约为50000欧元。

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结论：

‍‍‍‍在这项工作中，由于团队设置用于RNA提取的OT-2系统需要密集的编程，Opentrons提供了一套经济高效的实验方案，使用开源程序Python语言编写操作流程，能够在单次运行中提取48个样品。这项工作中使用的脚本被上传到在线开源协议库中，在那里可以找到这些和类似应用程序的许多协议。这应该有助于其他工作人员避免或减少编程步骤。该协议几乎不需要动手操作时间，并且使用易于获得的试剂。此外，与其他液体处理系统相比，OT-2需要的投资成本较低，使其适用于中低资源设施。‍‍‍‍

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