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应用分享 | 蛋白质组学自动化样品制备
于《ACS Partner Journal》发布的，由哈佛医学院Xinyue Liu，Steven P. Gygi和Joao A. Paulo共同开发的基于Opentrons移液工作站的SP3-TMT定量蛋白质组样品前处理自动化流程。在该报导中，他们使用酵母细胞进行研究，并对比了自动化流程和传统手动过程制备样品的结果。
研究概述：
高通量样品处理工作流程以及流水线工作的开发对于利用基于质谱的应用的新兴行业发展和创新而言是非常重要的。对此，我们开发并实现了一个半自动化的、基于顺磁珠的等压标签样品制备平台。我们对机器人辅助平台进行基准测试，将6个常见亲本实验室酵母菌菌株，在三份TMTpro16-plex实验中的蛋白质丰度谱，与一组手工处理样品的相同实验进行比较。
对比结果：
两组实验定量的蛋白质和肽数量相似，重复性好。利用这些数据，我们建立了一个交互式网站来探索6个酵母菌株的蛋白质组谱。我们还为社区提供了用于Opentrons液体处理器上自动化常规蛋白质组学工作流程的开源模板。Opentrons提供了一个应用广泛、价格实惠的且具备可重复的样品处理蛋白质分析应用方案。
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