新手须知（下）：qPCR操作技巧分享

上一篇文章跟大家介绍了qPCR实验中引物设计及加样的相关操作技巧，今天我们再跟大家分享其他的实用技巧，这些入门级知识一定要掌握牢固哦。

1、阴性对照的技巧：

阴性对照一般是指用水代替模板的反应孔，体系中除了模板，包括了其他的反应组分。由于qPCR的高灵敏性，阴性对照有出现扩增信号的情况，那么在针对这类问题时，我们需要判断其原因所在。

使用染料法进行qPCR实验时，首先查看阴性对照的溶解曲线主峰是否跟阳性孔的主峰位置一致。如果一致，要看两者Cq相差多少，比如，针对某一种引物的实验样品Cq值为28. 5，阴性对照的Cq值为33. 6，由于Cq值相差大于5，如果按95%的扩增效率计算，两者模板量相差28倍之多，对分析数据影响不大，所以实验样品的Cq值还是可以采用的；但是，如果两者的Cq值仅相差 1~2，这说明阴性对照中有较大的模板污染，则需要考虑更换试剂或引物，分区加样，重新实验。如果不一致，阴性对照主峰对应的Tm值小于阳性孔的Tm值，则可能是引物性能不好，无模板或使用低浓度模板下会出现引物二聚体，这种情况则需要考虑更换引物，保证引物特异性以及扩增效率。

▲ 图1：溶解曲线主峰位置基本一致时，S3是实验样品，NTC是阴性对照，

两者Cq相差大于5，实验样品的Cq值还是可以采用的。

▲ 图2：溶解曲线主峰位置不一致时，STD-1是高浓度样品，STD-5是中浓度样品，

STD-8是低浓度样品，NTC是阴性对照。随着模板浓度降低逐渐出现引物二聚体，导致扩增效率不准确。

使用TaqMan探针法进行qPCR实验时，由于探针法的高特异性，如果阴性对照出现扩增信号，很大可能是模板污染或气溶胶污染导致，操作时注意分区加样，避免污染。

2、结果分析的技巧：

进行相对定量分析时，最常用到的是 2-ΔΔCq法，但是这种方法比较粗放，因为它的前提是假定所有引物的扩增效率都为100%。更为准确的定量则需要考虑不同引物扩增效率的差别。可首先用梯度稀释的模板测试各引物的扩增效率E，获得实际扩增效率之后，后续实验只需要在软件中直接输入扩增效率E值，即可计算更精准的相对定量值。

在Azure Cielo™ 实时荧光定量PCR系统中可在分析界面输入扩增效率E值，完成更精准的相对定量值的计算，如图所示：

Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统

Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统来自于美国Azure Biosystems公司，配备高品质温度模块，采用光纤和CMOS的检测系统，高能LED的激发，提供高灵敏和可靠的数据。

▲ Azure Cielo™实时荧光定量PCR系统