新闻速递|爱丁堡大学临床研究所基因组学中心选择Stilla公司的Naica全自动微滴芯片数字PCR系统进行检测

艾普拜生物

2020/05/11 13:41

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文章转自：Edinburgh CRF Genetics Core

数字PCR（dPCR）是一种终点PCR方法，为核酸的绝对定量和稀有等位基因检测提供了一种替代传统实时qPCR的方法。该方法在反应成分（引物和标记探针检测序列特异性靶标）和随后的扩增方面与qPCR相似，但在测量样本靶点的方式上有所不同。

在dPCR中，核酸样品混合物被分为许多单独的PCR反应（液滴或孔，见上图）。然后进行单个反应的扩增，每个孔或微滴对于目标分子将为正（1）或负（0）。确定阳性反应与阴性反应的数目，并对生成样品中目标分子数目的绝对计数。

dPCR是一种特别有用的方法，可用于检测癌症和疾病中的稀有等位基因，准确检测小型CNV以及稀有mRNA和miRNA的基因表达分析。它也可以用于NGS文库定量以及病原体检测和微生物组分析。dPCR最近还被多家公司广泛用于检测COVID-19。艾普拜生物（ApexBio）还开发了一种与Naica™全自动微滴芯片数字PCR系统兼容的3色荧光通道数字PCR试剂盒，该试剂盒可检测SARS-CoV-2正链RNA基因组的两个不同区域，并同时使用检测人类看家基因的内部参考来监控PCR的有效性。

在爱丁堡大学临床研究所基因组学中心，我们最近从Stilla Technologies公司获得了Naica™全自动微滴芯片数字PCR系统，该系统是一个高灵敏度的数字PCR平台。

在Naica™全自动微滴芯片数字PCR系统中，数字PCR已集成到单个耗材sapphire芯片中。每个端口中的样本（每个芯片4个样本）被划分为一个2D阵列。使用Naica Geode通过限制梯度，可生成出30,000个大小均一的微滴。我们有2台这样的仪器，因此可以一次运行多达24个样品。微滴生成后，立即在芯片上对每个微滴进行热循环。最后，使用Prism3仪器和Crystal Reader软件使用三个不同的荧光通道扫描芯片。这允许对每个样本的三个不同靶标进行多路复用。最后，Crystal Miner软件自动测量每个通道中目标核酸的浓度，数据完全可视化。