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第三代PCR技术即数字PCR（digtal PCR）技术，可以实现对起始样品核酸的绝对定量。在反应体系中加入荧光染料的同时将反应体系进行分区，实现单分子模板扩增，最后通过阳性反应器数直接读出目标序列的拷贝数，可以对低拷贝基因进行检测，弥补了荧光PCR的不足。因其出色的灵敏度和精确度，数字PCR在检测微量核酸样本，稀有突变，拷贝数变异，复杂样品检测等方面均有广泛的应用前景。
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