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公司动态

M2生物芯片点样仪助力微型多重免疫试剂盒研发生产

体外诊断即IVD(In Vitro Diagnosis),是指在人体之外,使用体外检测试剂、仪器等对人体样本(血液、体液、组织等)进行检测与校验,获取临床诊断相关信息,进而对疾病进行预防、诊断、治疗检测、后期观察以及健康评价。根据检测原理和检测方法的不同,IVD可分为生化诊断、免疫诊断、分子诊断、微生物诊断、血液诊断、POCT(即时诊断)等。其中生化诊断和免疫诊断是基于小分子之间的相互作用即基因水平进行检测,具有高灵敏度和高特异性特点。新西兰生物诊断公司Pictor,成立于2005年,致力于卫生保健、诊断和检测,其专利的微型多重免疫分析检测技术(Multiplexing and miniaturized ELISA),同全球各大研究机构、高校以及生物医药公司积极合作,推出多种关于人、家畜传染性疾病检测试剂盒。Pictor的核心技术 PictArray(微型多重免疫分析检测),在研发和生产过程中将多重的抗原表位标记物,通过M2  Automation的生物芯片点样仪在一定温湿度下,高精密定位喷点在多孔板内多个特殊设计的玻片凹槽中(凹槽直径um级,玻片经过修饰),后续通过软件分析得到抗原抗体的结合数据。Pictor高级研究专家 Jimena Tejerina博士同M2 生物芯片点样系统iOne-1200合影(摄于2022年3月15日)M2-Automation生物芯片点样仪生产相关ELISA试剂盒产品介绍:1.SARS-Cod-2血清学多重抗体检测试剂盒,唯一一款可在一次反应中同时检测抗核抗体的平台。2.ToRCH检测试剂盒又称为优生四项检查(“T”指的是弓形虫Toxoplasmosis,“O”指的是其他病原微生物Others,“R”指的是风疹病毒Rubella,“C”指的是巨细胞病毒Cytomegalovirus,“H”指的是单纯疱疹病毒Herpes simplex virus),常作为妇女怀孕期生殖道感染的常规检查项目。3.PictArrayTM M. bovis ELISA牛支原体感染检测试剂盒。M2-Automation成立于2003年,总部位于德国柏林,是一家创新技术开发公司,专注于微量/超微量、非接触式自动化移液和生物芯片点样技术。仪器准确性、精确性高,重复性好,全程自动化点样,同时可根据客户需求进行定制。▼更多 M2-Automation 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2024.04.11

推动大规模设备更新和消费品以旧换新行动方案,Action!

推动大规模设备更新和消费品以旧换新行动方案,Action!环亚生物为您服务,等待更新!国务院关于印发《推动大规模设备更新和消费品以旧换新行动方案》的通知于2024年3月11日下发。推动大规模设备更新,坚持鼓励先进、淘汰落后以促进产业高端化、智能化、绿色化发展,坚持标准引领、有序提升以对标国际先进水平。(摘自国发〔2024〕7号文件)环亚生物科技有限公司,自2011年成立以来,一直致力于引进全球创新的科研设备,以服务我国的生物相关领域,如分子生物学或测序前DNA样品回收仪(美国Sage Science)、 活细胞动态成像(德国innoME)、便携式数字病理切片扫描仪(芬兰Grundium Ocus)、全自动蛋白免疫印迹系统(美国Prebio Blotcycler)、生物芯片点样仪&扫描仪(英国Arrayjet、法国Innopsys)等各种解决方案,以及相关的售后、应用支持和和外包服务。 等待您的信息更新!美国 Sage Science全自动DNA脉冲场电泳回收仪奥地利 AL-LABORTECHNIK高分辨率潜水电泳仪 德国 InnoME活细胞动态成像及分析系统芬兰 Grundium便携式数字病理切片显微扫描成像系统美国 Prebio全自动蛋白免疫印迹杂交系统生物芯片系列产品▼更多产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

企业动态

2024.03.18

Origins高分辨率潜水电泳仪助力重建澳大利亚西北部印太瓶鼻海豚种群发展历史

文献速递|Origins高分辨率潜水电泳仪+ddRAD-seq重建澳大利亚西北部印太瓶鼻海豚(Tursiops aduncus)种群发展历史【Molecular Ecology】Reconstructing the colonization history of Indo-Pacific bottlenose dolphins (Tursiops aduncus) in Northwestern Australia重建澳大利亚西北部地区印太瓶鼻海豚的种群历史瓶鼻海豚(Tursiops spp.)又称宽吻海豚, 其T.truncatus 亚种多栖息在澳大利亚较深水域中,而T.aduncus亚种即印太瓶鼻海豚分布于较浅的沿海地带。人们对印太瓶鼻海豚在西澳大利亚海岸线的种群历史知之甚少,便猜想是源自澳大利亚北部的海岸线扩张。为了考证这一猜想,研究者使用ddRAD-seq(double-digest restriction-site-associated DNA sequencing)方法生成了一个基因组SNP数据集。由此产生的数据集,包括112个个体的103201个等位基因SNPs,这些个体均来自西澳大利亚鲨鱼湾和小天鹅湾之间的11个沿海和2个近海地点。通过种群基因组分析显示,与预期一致,即沿海岸线有明显的距离隔离,且海岸线的基因组多样性指标也有所减少,其中鲨鱼湾的减少最为明显。同时种群数量统计分析表明,印太瓶鼻海豚沿着海岸线的扩张始于最后一次冰川盛期前后,并向南发展,导致鲨鱼湾的种群数量稀少。我们的研究结果与全球瓶鼻海豚的海岸种群历史一致,且强调随着与冰川周期相关的全球海平面和温度变化,栖息地逐渐被释放,海豚能够迅速占领新的海岸生态位。期刊:Molecular Ecology发表年份:2023年样本:印太瓶鼻海豚(Tursiops aduncus)测序部分:片段筛选:Origins高分辨率潜水电泳仪+Spreadex EL600 gel测序类型:ddRAD-seq(double-digest restriction-site-associated DNA sequencing)测序仪器:Illumina HiSeq2500(SE150)文中ddRAD-seq文库的构建使用Origins高分辨率潜水电泳仪结合Spreadex EL600 gel预制胶,回收307-404p目标片段,增加检测同源序列的可能性,构建印太瓶鼻海豚的种群发展历史。在该文中,研究人员从澳大利亚西北部海岸线的两个近海和11个沿海采样点采集了112个瓶鼻海豚个体的SNP数据。另外调查了沿海岸线现存的瓶鼻海豚种群的遗传结构和种群历史,评估了种群之间的遗传连通性,并阐述了快速且连续的植根沿海事件向南推进的可能情景。澳大利亚西北部的海岸线跨越了亚热带和热带水域的盐度、生产力、栖息地复杂性和海面温度的自然梯度,具有独特的天然环境。同时发现沿海岸线的主要遗传集群似乎与不同的中尺度生物区域相关。因此,澳大利亚西北部的海岸线为这些种群的基因组变异功能研究提供了一个理想的“天然实验室”。未来的研究应努力通过应用海景基因组学方法明确地将海岸线上的基因组变异与环境变量联系起来,这有助于研究人员对澳大利亚瓶鼻海豚的地方适应程度及其功能意义的认识。原文:Wittwer, Samuel, et al. "Reconstructing the colonization history of Indo‐Pacific bottlenose dolphins (Tursiops aduncus) in Northwestern Australia." Molecular Ecology (2023).Origins高分辨率潜水电泳来自瑞士Elchrom Scientific公司,集成了整体的温度控制系统,即通过半导体元件和自动温度控制系统,精准控制电泳过程中的温度。同时整合循环泵系统,确保整个电泳区域温度和pH值恒定,形成均匀的、线性电场,这使得该设备具有高分辨率和高重复性,可广泛用于植物、微生物物种的分群和鉴定,以及疾病相关基因的研究等。环亚生物科技有限公司为该产品在中国区的独家代理商,自2011年成立以来,诚挚为国内用户提供专业安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,期待您的来电垂询。▼更多 Origins 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2024.03.14

Blotcycler助力WB实验条件的优化

Western Blotting(WB)蛋白质免疫印迹杂交,是采用印迹技术将聚丙烯酰胺凝胶电泳分离后的蛋白质转移到膜上,再根据抗原-抗体特异性反应,即一抗/二抗复合物特异性检测复杂样品中某种蛋白的方法(流程如图1)。WB是最常用的蛋白质分析技术之一,广泛应用于蛋白表达水平的检测。图1:Western blotting实验流程WB实验过程长,步骤多,结果严重依赖操作者的经验积累和细节把控。为了获得稳定、可靠和可重复的结果,必须优化WB流程的所有步骤。美国Precision Biosystems推出的全自动蛋白质免疫印迹杂交系统Blotcycler,将传统的手工过程自动化处理,极大降低了人为因素的干扰,提高了结果的重复性。在诸多环节中,温度选择同样重要。一抗孵育条件有4℃过夜,室温或37℃下1-2小时(h)几种,其中4℃过夜效果最佳。因此在手工操作流程中,考虑到实际操作的便利和可行性,实验者会采用全程室温,或者一抗4℃过夜孵育其余封闭、二抗孵育和洗膜均在室温下进行。通过对比实验发现,与全程室温或只有一抗4℃孵育相比,多数情况下全程(包括封闭,一抗孵育,二抗孵育和洗膜)4℃,可获取到更好的结果。洗膜过程在4℃下进行,可以避免特异性抗体-抗原结合的过度解离,同时有效减少非特异性结合,提高结果质量。实验者采用透明细胞肾癌(ccRCC)细胞系的细胞提取物与兔多克隆抗PARP抗体进行WB实验。在完全一致的电泳转膜后,将a膜进行手工封闭孵育和洗膜操作,一抗4℃下过夜孵育,其余步骤均在室温下完成,b膜采用Blotcycler全程4℃下自动化处理,其结果如图2所示:采用手工程序处理的印迹膜,结果检测到多个非特异性条带,见图2a;而Blotcycler全程4℃下自动化处理的印迹膜,仅检测到未切割的PARP蛋白(113kD)以及C端和N端切割的PARP片段(分别为89kD和24kD)的条带,见图2b(数据来自Precision Biosystems)。图2: a,所有步骤(封闭,孵育,洗膜)均手工操作,一抗孵育4度过夜,其余步骤均室温;b,所有步骤(封闭,孵育,洗膜)均在4度,Blotcycler自动化处理另外,全程4℃下进行,可以有效提高信噪比和相对灵敏度。实验者采用HeLa细胞的全细胞裂解液和h-IL2进行多重荧光WB平行对比,在完全一致的电泳转膜后,将a、b两张膜分别在室温和4℃下Blotcycler自动化处理。其结果如图3,对两张膜进行荧光强度归一化处理后发现,全程4℃处理的b膜具有更高的信噪比和更好的相对灵敏度,如图3c(数据来自Rockland Immunochemicals, Inc)。图3: a,所有步骤(封闭,孵育,洗膜)均在室温下进行;b,所有步骤(封闭,孵育,洗膜)均在4度下进行;a和b中,泳道1为marker,泳道2为HeLa细胞的全细胞裂解液,泳道3为重组h-IL2,泳道4为HeLa细胞全细胞裂解液和重组h-IL2的混合样本;c,用MW标准对两张膜进行荧光强度归一化处理后的结果;从以上数据可以看出,Blotcycler全自动蛋白质免疫印迹杂交系统不仅能避免人为误差,提高结果的重复性,也可以通过优化封闭、洗膜的温度条件,消除非特异条带,提高相对灵敏度,产出高质量的结果来自美国Precision Biosystems公司的Blotcycler,是一款全自动的蛋白质印迹杂交系统,Western Blot洗液工作站,可整机置于4度环境,自动化完成封闭、孵育、清洗和一抗回收的一系列工作,彻底解放您的双手。专利的流体清洗减少二抗在膜上的附着,降低背景,提高信噪比和灵敏度;自动化的操作流程避免了手工操作带来的误差,保证了批次内和批次间实验的高度重复性;高通量操作和多条件的设定可以辅助您优化Western Blot 实验的条件;开放的实验平台,无需其他额外投入。Blotcycler是从事Western Blot实验的科研工作者最佳选择。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Precision Biosystems产品大中华区独家代理商,负责Blotcycler在大中华区的营销和售后支持。▼更多 Blotcycler 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2024.01.09

文献速递:Blotcycler洗液工作站完美契合WB实验,用于兴奋剂检测的条件比较和优化

文献速递:Blotcycler洗液工作站完美契合Western Blot实验,用于兴奋剂检测的条件比较和优化Comparison and optimization of SAR‐PAGE tests for erythropoietins in doping analysis【WILEY】兴奋剂检测(SAR-PAGE法测定红细胞生成素)的条件比较与优化期刊:WILEY(IF:5.90)发表年份:2019单位:国家体育总局反兴奋剂中心(中国反兴奋剂中心)摘要:  促红细胞生成素(EPOs)刺激红细胞的生成,增强运动员体能及耐力,属于世界反兴奋剂机构(WADA)清单S2中列出的违禁品。根据目前的WADA技术文件,筛查和确认所有EPOs类型的唯一方法--基于分子量分离的肌氨酰聚丙烯酰胺凝胶电泳(SAR-PAGE)后进行蛋白印迹杂交(Western Blotting)。免疫纯化和蛋白转移的效率对于确保EPOs筛查的选择性和灵敏度至关重要。本研究对SAR-PAGE步骤进行了一些比较和优化,即根据不同的免疫纯化方法,优化第一次印迹实验的转膜条件,对尿液和血液样本的选择性、重复性和灵敏度进行了比较,同时建立并比较了尿液和血液分析的快速流程。与常用的恒流方法相比,1.0 mA/cm2  进行60 min然后1.56 mA/cm2 进行20 min的两步转膜流程可有效提高印迹效率。不同的免疫纯化方法在选择性和敏感性方面无显著差异。考虑到操作复杂性、时间和成本等因素,对尿液的筛查和确认分别使用StemCell®纯化试剂盒纯化后进行单次印迹和磁珠纯化后进行双次印迹。血液样本的筛查和确认分别使用磁珠和MAIIA®试剂盒纯化后进行双次印迹。对尿液和血液分析进行双次印迹的快速流程可确保高灵敏度和高选择性。研究中使用Blotcycler进行标准印迹杂交替代人工操作,保证严格统一的标准程序,有效提高单印迹杂交的稳定性和重复性。原文Comparison and optimization of SAR-PAGE tests for erythropoietins in doping analysisXinmiao Zhou, Lisi Zhang, Sen He, Li Shen, Chunji HeFirst published: 30 October 2019https://doi.org/10.1002/dta.2703来自美国Precision Biosystems公司的Blotcycler,是一款全自动的蛋白质印迹杂交系统,可自动化完成封闭、孵育、清洗和一抗回收的一系列工作,彻底解放您的双手。专利的流体清洗减少二抗在膜上的附着,降低背景,提高信噪比和灵敏度;自动化的操作流程避免了手工操作带来的误差,保证了批次内和批次间实验的高度重复性;高通量操作和多条件的设定可以辅助您优化Western Blot 实验的条件;开放的实验平台,无需其他额外投入。Blotcycler是从事Western Blot实验的科研工作者最佳选择。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Precision Biosystems产品大中华区独家代理商,负责Blotcycler在大中华区的营销和售后支持。▼更多 Blotcycler 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2024.01.09

zenCELL owl——长时间实时无损检测细胞活力

进行细胞活力检测时,多用到如MTT、CCK8等化合物终点法,评估药物/毒素等对细胞存活率的影响。以MTT法为例,活细胞线粒体中的琥珀酸脱氢酶,能使外源性的MTT还原为水不溶性的蓝色结晶甲臜,并沉积在细胞中,死细胞无此功能。继而二甲基亚砜(DMSO)溶解细胞中的甲臜,用酶标仪在490nm处测定其吸光值,可以间接反应活细胞的数量,故又称之为MMT比色法。作为检测细胞存活和生长的方法,终点法灵敏度高,成本低,广泛应用于细胞毒性实验、药物筛选、生物活性因子检测等。然而终点法也存在一定弊端,如操作步骤多,反应耗时长,采样时间点有限容易错过细胞生理变化过程中的重要事件等,其中影响最大的是细胞在检测时需要被致死处理,其生物学变化过程被干扰打断,无法用于后续实验,所获数据缺乏连贯性。例如在同一实验中,实验者希望获取不同浓度毒素作用下的干细胞存活率,同时需要观测某一浓度毒素作用下的干细胞分化过程。又如在药化实验中,获取细胞的增殖曲线数据后,对同批细胞进行蛋白提取。这些都需要在细胞活力检测时,采用无损检测的方式,以便进行后续的各项操作。zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统可以很好的满足这类需求。该系统基于非标记、非侵入方法,原位实时记录细胞生长的动态变化过程,以及定量的分析数据。zenCELL owl小巧易用,是每个细胞间都值得拥有的活细胞监测设备。以下是采用zenCELL owl进行活细胞无损增殖监测的动态视频,监测间隔为5min,监测总时长为2天。细胞在完成数据采集后,还可用于后续实验操作。zenCELL owl进行细胞增殖检测(点击图片,观看视频)采用zenCELL owl进行药化实验,与传统终点法相比:1. 实验操作简洁,只需细胞铺板,用药物处理后,置于培养箱内,用zenCELL owl进行监测,通过电脑终端采集数据并查看细胞动态。中间除更换培养液等常规必须操作外,无需任何其他操作,最大限度保证细胞在培养箱内原位生长不受外界影响。2. 实验数据丰富,如每个时间点的细胞数量(贴壁、脱壁及总细胞数)和细胞汇合度,每个孔对应的细胞数量及细胞汇合度的曲线,24孔通量自动采集数据同时支持分组和分组数据的比对,并可导出细胞生长的动态视频。3. 实验过程轻松简单,整个实验期间,每孔的细胞数据根据实验需求设置采集间隔, 实现高频次数据采集,夜晚、周末也可持续观测。4. 在整个数据采集期间,细胞无需进行处理,数据采集完成后,可进行下游实验,如诱导分化,提取蛋白等,保证了数据的连续稳定、同时更高效 。5. 设备可连续长时间培养箱内运行,性能稳定可靠,满足实验周期需求。zenCELL owl进行药化/增殖/增殖抑制实验,可一次性获取丰富的数据结果:通过视频可清晰的体现细胞在药物处理后的形态以及数量变化,通过分组对比数据及曲线可对细胞增殖/增殖抑制进行定量分析,同时细胞无需致死处理,同一批细胞可直接进入下游实验,不仅保证数据结果的连贯性,同时也可简化实验流程,减少工作量。德国innoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统,基于非标记、非侵入方法,原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧,耐温耐湿,可在细胞培养箱内长时间连续工作;通过24个显微成像镜头,对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量的图像、视频、统计学曲线和定量数据,实现细胞增殖/增殖抑制、细胞培养质控/培养优化、迁移/侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl大中华区独家代理商,负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 zenCELL owl 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2024.01.03

zenCELL owl 用于酸性腹水抑制卵巢癌细胞迁移能力的研究

卵巢癌(Ovarian Cancer ,OC),是一种常见的妇科肿瘤,致死率高居妇科癌症首位,全球每年致死人数达15万。其总体预后较差,易复发和转移,主要源于腹膜转移和恶性腹水产生。在卵巢癌的晚期,如III期和IV期,癌细胞转移到腹腔,同时伴有持续炎症产生的恶性腹水。腹水是原癌细胞及癌细胞相关的流体微环境,该微环境的pH值或含氧量等各种因素,以及周围组织代谢物浓度,都可能导致癌细胞的改变和突变,增加肿瘤异质性。值得注意的是,虽然不清楚腹水如何影响肿瘤代谢和复发,但与外周血相比,腹水中肿瘤标志物出现时间可能更早,因此具有很高的诊断潜力。 德国图宾根大学医院的Christoph Trautwein等人应用pH依赖性的探索方法和多种技术,如基于流式细胞术的细胞因子测定和基于核磁共振(NMR)的代谢组学分析,以更深入地表征腹水并确定腹水对卵巢癌的影响,研究成果以“Acidic ascites inhibits ovarian cancer cell proliferation and correlates with the metabolomic, lipidomic and infammatory phenotype of human patients”为题发表在《Journal of Translational Medicine》杂志上。研究者采集了10例卵巢癌切除术患者的恶性腹水标本,1H-NMR的代谢组学、基于血气分析仪的气流分析和流式细胞术,分别对腹水样品进行深入表型分析。通过调节卵巢癌细胞培养基的pH值,培养3D球体细胞和卵巢肿瘤细胞,用扫描电子显微镜(SEM)检查其形态学变化,并用MTT法、粘附法、流式细胞术和划痕法评估不同pH下卵巢肿瘤的代谢活性、粘附、抗凋亡和迁移能力。同时在实验样品中加入10%的恶性腹水,评估腹水在不同pH下对肿瘤细胞的影响。研究者采用德国innoME公司的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统进行划痕迁移实验,测定OAW42卵巢癌细胞在体外不同的pH(6.0/6.5/7.0/7.5)条件下的迁移能力。具体方法:将OAW42细胞接种在24孔板中培养过夜,然后用10μl枪头制造标准伤口。用PBS洗涤细胞两次,在一半的孔内加入10%的恶性腹水,并将细胞培养基滴定至不同的pH(6.0、6.5、7.0、7.5)。将培养板置于37°C的培养箱中,并通过zenCELL owl进行长时间实时动态监测。分别记录6、24和36小时的细胞迁移程度相对于初始划痕的伤口宽度,用%表示。结果表明(图1),在酸性环境中,卵巢癌细胞的迁移能力因pH改变受到抑制,当10%恶性腹水与其共培养时,恶性腹水帮助卵巢癌细胞抵抗该抑制作用继续维持迁移能力。图1 不同pH(6.0/6.5/7.0/7.5)条件下,卵巢癌细胞的迁移能力(%)左图:癌细胞单独培养时的迁移结果;右图培养基中10%恶性腹水与癌细胞共培养的迁移结果本研究证明了呈碱性的恶性腹水促进卵巢癌进展,通过代谢组学和细胞因子研究进行深部腹水表型分析,可以对卵巢癌患者进行精细的分级,有助于更好的理解卵巢癌腹水病理学,继而确定卵巢癌患者的诊断和预后以及他们的治疗目标。德国InnoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统,基于非标记、非侵入方法,原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧,耐温耐湿,可在细胞培养箱内长时间连续工作;通过24个显微成像镜头,对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量图像、视频、统计学曲线和定量数据,实现细胞增殖/增殖抑制、细胞培养质控/培养优化、迁移/侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl大中华区独家代理商,负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接:https://translational-medicine.biomedcentral.com/articles/10.1186/s12967-022-03763-3▼更多 zenCELL owl 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2024.01.03

ArrayJet生物芯片点样仪助力植物浓缩蛋白提取过程中多糖组分的分析

随着全球人口的不断增加,如何利用有限的土地资源并寻找可替代的食物来源,成为各国农业发展的共同方向。例如减少动物源性蛋白的饲养摄入和相关食品的生产,同时加工如植物、昆虫、微生物等相关原材料的蛋白食品来提供营养物质。然而大规模的非动物源性蛋白的生产和加工在诸多方面仍需要改进。大众熟知的大豆,因其良好的加工特性和丰富的营养价值,是目前动物饲料和食品中蛋白的主要来源。考虑到大豆种植的地理限制以及土壤贫瘠化问题,利用绿色植物生产浓缩蛋白已成为替代大豆等传统作物生产蛋白的重要选择。其中豆科植物苜蓿和三叶草,不仅可以在贫瘠的土地上种植、用于畜牧业饲料生产,还可以通过大气固氮来改善土壤质量,同时富含高质量蛋白质,其蛋白质浓缩物显示出与大豆、豌豆等豆科植物同等的易消化特性。由于从含有纤维素和蛋白多糖的细胞中有效分离出蛋白质是一项重大的技术挑战,并且现有的提取工艺还不够成熟,因此,本文通过分析蛋白质提取过程中的不同馏分给优化工艺生产提供理论依据。文章题目为“Tracking digestible and non-digestible cell wall components during protein concentrate production from grass-clover and alfalfa”,于2023年11月发表在Biomass Conversion and Biorefnery杂志,作者来自于哥本哈根大学植物与环境科学系植物糖生物学研究室。在这项研究中,作者系统地研究了从苜蓿(alfalfa)和三叶草(grass clover)提取蛋白浓缩物过程中产生的馏分,结合原位液相分析、显微成像以及微阵列聚合物分析技术,来评估细胞壁多糖、纤维素以及淀粉的含量和组成。植物细胞壁是由多糖、多酚、糖蛋白和聚酯组成的高度复杂结构,故采用CDTA(1,2-环己二胺四乙酸)和NaOH(氢氧化钠)依次从不同馏分(BJ, brown juice;FF, fiber filtrate; FM, fresh matter; GJ, green juice; LPC; protein concentrate; PC, press cake)中提取碳水化合物,前者主要提取果胶和松散结合的蛋白多糖,后者主要针对纤维素。此外,直接对干燥物质进行水萃取,以评估水溶性化合物的存在。提取物使用英国ArrayJet生物芯片点样仪点印在硝化纤维素膜上,每个组份点印四个浓度,两个重复,然后孵育特异性的抗聚糖单抗进行杂交。微阵列聚合物分析(CoMPP)的糖谱数据表现出不同馏分之间存在明显差异,几乎在所有的苜蓿馏分中都大量检测到伸展蛋白(extensins)和阿拉伯半乳聚糖蛋白(AGPs),而在三叶草中只检测到AGPs;在水萃取物中检测到高半乳糖甘氨酸(HG)和鼠李糖半乳糖甘氨酸(RG-I);此外,在所有三叶草馏分中都检测到被LM27抗体识别的杂氧聚糖;CDTA萃取物显示出显著的HG(JIM5, JIM7)和RG-I (LM5, LM6, LM13, INRA-RU1)高表达;纤维素在三叶草的FM和PC馏分中非常丰富,但在GJ中较少。具体见图1.图1:微阵列聚合物分析(CoMPP):从苜蓿(alfalfa)和三叶草(grass clover)的不同馏分(BJ;FF; FM, GJ, LPC,PC)中提取的多糖和糖基化蛋白.a:从苜蓿和三叶草中提取的可溶性组份;b.c:CDTA和NaOH依次萃取的糖和糖蛋白组份;热图显示平均信号强度(颜色强度与信号强度正相关,白色表示低强度、红色高强度).抗体的名称和它们所识别的表位沿x轴显示。本研究采用多种分析技术对苜蓿和三叶草在生产浓缩蛋白过程中多糖组分的研究,并结合微阵列聚合物分析(CoMPP)提供了有关测试原料中多糖组分的详细信息。虽然三叶草和苜蓿具有很强的组成相似性(果胶含量),但它们仍具有独特的多糖表位(葡萄糖醛酸和阿拉伯糖木聚糖)以及不同的多糖组成和含量差异。蛋白质浓缩物中不可发酵的纤维素和蛋白聚糖的存在,可能对最终产品的营养价值和功能特性产生一定的影响。芯片检测和单糖组分分析是一种有效的评价方法,可以确定靶向酶解的多糖靶点,建议利用替代的酶源和微生物菌株来提高绿色植物蛋白质的提取效率。原文链接:https://doi.org/10.1007/s13399-023-05125-5Arrayjet位于英国爱丁堡,专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务。自2000年公司成立即致力于开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台,该系统于2006年上市,目前用户遍布全球27个国家。Mercury系列产品采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样,专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染,更低的上样体积可有效减少样品损失,使您的珍贵样品物尽其用。▼更多 Mercury系列 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.12.27

Pippin系列全自动DNA片段回收仪用于揭秘TGFB1在肠道再生中作用

背景知识:人的肠道上皮细胞具有不可思议的受损自愈能力。肠上皮是单层细胞,可形成隐窝和绒毛结构。稳态时,肠上皮由位于隐窝内干细胞和原始祖细胞的增殖推动,表现出高的更新频率,约每3-5天迭代一次。隐窝细胞的高增殖率使隐窝对急性炎症、化疗或放疗等造成的损伤极为敏感。遭遇损伤后,干细胞通常会丢失,而具有可分化的上皮细胞系迁移至损伤区域,恢复肠道干细胞 (ISCs),其中就包含了对损伤修复再生很重要的隐窝基底柱状干细胞 (CBCs)。了解组织再生的自然机制,对于旨在恢复或替换缺陷胃肠道组织的细胞疗法至关重要。因此,研究肠道内驱动再生反应的细胞,以及肠道组织再生能力的信号机制,是找到新的肠道再生治疗途径关键点。2023年10月,东南大学生命科学与技术学院、“发育与疾病相关基因”教育部重点实验室陈磊教授团队联合美国罗格斯大学Michael Verzi教授团队在《Cell Stem Cell》(IF:23.29)杂志发表了题为“TGFB1 induces fetal reprogramming and enhances intestinal regeneration”的研究论文。该研究探讨了微环境细胞在肠损伤修复过程中的相互作用,并发现了TGFB信号传导在肠损伤后再生修复中的重要作用。同时提出可以体外诱导胚胎样类器官增强其再生能力,通过体内移植这些诱导的类器官来治疗肠损伤的新策略。实验方法:利用遗传小鼠模型、表观遗传学(ATAC-seq&ChIP-seq)、细胞群和单细胞RNA测序(scRNA-seq)以及组织/类器官培养方法,探索了肠上皮细胞、间充质细胞和免疫细胞之间的相互作用,以及TGFB信号传导在肠损伤后再生修复中的重要作用。其中 ChIP-seq的文库制备,由Sage Science公司的 Pippin系列全自动DNA片段回收仪特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段,去除杂带,并且依据Pippin回收仪设置的回收范围,设置生信分析流程中shift size (人为指定reads延伸的长度)参数值,这样有利于提高预测结合位点(peak)的准确性,精准找到目的蛋白结合位点,减少非特异性结合的干扰(图1)。图1. ChIP-seq显示SMAD4与小鼠肠上皮中Sox9和Ctgf的基因座结合在这项研究中,采用高通量测序、小鼠遗传模型、小鼠和人类类器官模型多种方法的组合,发现TGFB信号在辐照后的肠道中被激活,且TGFB1的主要来源是单核细胞/巨噬细胞。并进一步探讨了TGFB信号传导与再生肠上皮的关系,以及TGFB1暴露后肠间质促进再生的能力。接着发现TGFB1通过激活促再生转录因子YAP和SOX9在上皮中诱导胚胎样再生状态,从而在促进肠道再生中发挥关键作用。另外,在肠道类器官移植到肠损伤小鼠体内的实验中,发现TGFB1预处理的肠道类器官比起对照组表现出更强的类器官定植和再生的能力。这些结果表明,TGFB信号的调节可以增强人类肠道的再生(图2)。图2. TGFB1在肠道再生中作用机制图示综上所述,该研究发现TGFB可以诱导YAP-SOX9再生信号相关的回路,在肠道损伤修复过程中具有重要作用。通过诱导胚胎样类器官来增强类器官的再生能力,提高类器官体内移植对肠损伤的治疗效果。该研究对肠损伤的再生医学或细胞疗法具有潜在的临床意义。引用文献:Chen, Lei, et al. "TGFB1 induces fetal reprogramming and enhances intestinal regeneration." Cell Stem Cell 30.11 (2023): 1520-1537.Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自动核酸电泳分析回收系统,该系列在保留PippinHT高速高通量的特点之上,配置选择上更加灵活,既可以为短片段回收的用户提供更具性价比的产品,也可以通过模块配置升级实现片段筛选回收、电泳图谱分析、核酸浓度测定等更多更全面的功能。▼更多 Pippin系列 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.12.27

全自动DNA片段回收仪多型号协同助力同源四倍体马铃薯基因组结构与遗传研究

Sage Science全自动DNA片段回收仪多型号协同助力同源四倍体马铃薯基因组结构与遗传研究背景知识马铃薯是全球消费量最大的非谷类粮食作物。大多数商业马铃薯品种是同源四倍体,具有高度杂合的基因组,严重阻碍了遗传分析和改良。栽培马铃薯主要是无性繁殖,加上四倍体遗传,传统的马铃薯育种效率低下,与玉米和水稻等其他主要作物相比,这大大限制了马铃薯育种的进展,导致马铃薯市场多沿用数百年前的品种,缺乏多样性和疾病抵抗力。自从单倍体马铃薯的第一个参考基因组(DM1-3 516 R44;(以下简称DM)于2011年发布后,越来越多的研究聚焦于各种野生和栽培二倍体马铃薯材料的基因组组装,为马铃薯的基础研究和育种提供了宝贵资源。然而解决马铃薯同源四倍体基因组中的四个单倍型仍然是一个挑战。中国农业科学院深圳农业基因组研究所黄三文团队,在2022年7月于植物领域国际权威刊物Molecular Plant上发表了题为“Genome architecture and tetrasomic inheritance of autotetraploid potato”的文章,重点报道了马铃薯的基因组结构和四倍体遗传研究。该研究团队采用了从头组装策略,结合了PacBio高保真HiFi读取初步组装和遗传图谱辅助多倍体图拼接,获得了3.15Gb基因组组装,N50长度为18.78Mb,并在48条染色体上锚定了3.03Gb的序列。这一高质量的参考基因组为详细研究自多倍体基因组的组成铺平了道路。实验方法据估计,马铃薯栽培品种C88的基因组大小约为3GB,将其离体苗的基因组DNA提取后,采用Sage Science 公司的多通道回收Sage ELF选择性回收14-17kb片段,利用PacBio Sequel II测序平台测序共生成了96.20 Gb的HiFi reads, N50长度为16.70 kb。对于Ultra-long Nanopore文库,采用SageHLS HMW 超长片段回收仪进行分选,产生153 Gb的ONT读段用于组装,N50长度为66.3 kb。继而对C88植株的花、根、茎、幼叶和匍匐茎等组织分离总RNA,由Blue Pippin全自动DNA片段回收仪得到cDNA的大小,在PacBio Sequel II平台上完成测序(测序数据附表1)。附表1  C88测序数据:结论利用先进的测序技术和多倍体图谱分析方法相组合,成功实现了马铃薯C88一个染色体级别、单倍型解析基因组组装。通过对四个单倍型的比较分析,揭示了四倍体基因组中广泛的序列和表达差异。研究还发现了马铃薯同源着丝粒的不同进化轨迹,并检测到了不均匀分布在1034个自交后代中的双重还原事件,是四倍体自交遗传的特征。通过区分母系和父系单倍型集合,作者模拟了马铃薯四倍体杂交育种优势的起源,发现了3110个具有有害突变的四等位基因座,这些突变在杂合状态下被两个亲本掩盖。此项研究为了解自多倍体基因组的结构提供了新的见解,并为马铃薯的育种提供了指导。讨论得益于测序技术的进步,已有一些四倍体马铃薯品种的染色体规模单倍型基因组组装结果被释放出来。越来越多可用的基因组为了解栽培马铃薯和其他自多倍体物种的生物学提供了重要的资源。本文中讨论的Otava基因组和C88基因组组装,都用到了最新的HiFi测序技术。他们之间的差异在于组装策略的不同。在Otava组装中,相位化的reads被分成不同的组,并分别重新组装。而在C88组装中,相位信息输入到组装软件hifiasm中,并应用多倍体图谱分组来指导整个基因组图谱的组装和生成新的contigs。C88基因组在连续性(以contig N50为指标,18.78 Mb对比7.1 Mb)和完整性(以BUSCO分数为指标,98.4%对比97.3%)方面优于Otava组装。这表明多倍体图谱分组的策略在提高基因组连续性和完整性方面是有效的。因此,C88基因组和Otava基因组为自交多倍体基因组的单倍型解析组装提供了有力的例证。超长测序技术在马铃薯基因组研究中的应用,主要通过获得更长的DNA序列片段来改善基因组组装的质量。这种技术可以提供更准确的序列信息,从而解决马铃薯基因组的连续性和完整性问题。通过超长测序技术,研究人员可以更好地解析马铃薯基因组中的复杂结构和重复序列,揭示其基因组的特点和演化过程。此外,超长测序技术还可以帮助研究人员分析马铃薯基因组中的遗传变异和基因表达差异,进一步理解马铃薯的遗传特性和基因调控机制。原文链接https://doi.org/10.1016/j.molp.2022.06.0090110+kb:Nanopore常规测序文库型号:Blue Pippin Blue Pippin 全自动DNA片段回收仪程序中自带的High Pass模式,即设定好回收的起点,系统可以自动回收起点以上的所有片段,干净彻底的去除小片段DNA,有效提高Nanopore测序效率和质量。Blue Pippin自动回收起点以上的所有片段,干净彻底的去除小片段DNA,有效提高Nanopore测序效率和质量。0210-25kb:PacBio HiFi测序文库型号:Blue Pippin、Pippin HT、Sage ELFPacBio HiFi测序对DNA文库的长度均一性要求较高,最佳片段范围为10-25kb。Sage Science产品中的Pippin HT高速高通量DNA片段回收仪、Blue Pippin全自动DNA片段回收仪 、Sage ELF多通道片段回收仪皆满足该测序要求,而且Sage ELF还可将一样本中不同长度的片段同时回收,最大限度利用样本。Sage ELF同时精准回收一个样本中不同长度的片段03型号:HLS系列Ultra-long DNA片段回收的一个重要应用是在ONT三代测序,可以最大发挥ONT测序长度长的优势。Sage Science公司针对超大片段文库的制备,推出了Sage HLS超大片段回收型号,最大可回收2Mb的DNA片段。下图所示PromethION同Sage HLS联用,N50最大可到143.3kb。Sage HLS片段筛选后Nanopore测序,N50 高达 143.3 kb05长片段DNA样本质控Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多Sage Science产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.19

全自动DNA片段回收仪联用Illumina测序平台,用于母乳miRNA对于婴儿神经系统调控的研究

文献速递:Pippin Prep全自动DNA片段回收仪联用Illumina测序平台,用于母乳miRNA对于婴儿神经系统调控的研究Human Breast Milk microRNAs, Potential Players in the Regulation of Nervous System【Nutrients】人类母乳小RNA,神经系统调控的潜在参与者期刊:Nutrients(IF:5.90)发表年份:2023物种:母乳(Human Breast Milk,HBM)文库类型:小RNA文库(miRNA Libraries)miRNA文库富集和精准回收:Sage Science公司Pippin Prep全自动DNA片段回收仪miRNA测序:NextSeq 550二代测序仪母乳是外泌体数量最高的生物液体,且富含microRNA(miRNA)。在正常生理和疾病状态下,miRNA都是基因表达网络的关键调节因子,可以影响许多生物学过程,并且有潜力作为疾病筛查的生物标志物。关于神经系统再生的一个关键点是,几乎没有任何生物分子可以作为潜在药物。在哺乳期最初几周,我们知道母乳必须拥有传递促进婴儿大脑发育所需的生物分子和信息的相关神经机理。因此,本文的研究目标就是鉴定新的神经系统调节剂,且新的调节剂可用于研究基于miRNA的神经发育功能。首先,作者根据分娩时间和乳汁状态收集了母乳样本:足月的成熟乳和初乳;中度和极早产成熟乳和初乳;晚期早产成熟乳。然后提取外泌体和miRNA,并实现了miRNA的功能测定和靶点预测。作者在所有样本中鉴定出 132 种不同的 miRNA,经配对分组比较后发现有69 种miRNA有显著的表达差异。这些miRNA与多巴胺能/谷氨酸能突触和神经递质分泌的基因调控有关,并且与调节神经元投射、形态发生和突触囊泡转运的生物学过程有关。本文研究数据表明,miRNA在母乳中含量丰富,可能在婴儿的神经发育和正常功能中发挥重要作用。在miRNA测序文库制备步骤中使用Pippin Prep全自动DNA片段回收仪回收DNA片段,灵活、高效去除引物二聚体及其他非miRNA文库的DNA片段,从而获得高质量的miRNA测序数据原文Freiría-Martínez, Luis, et al. "Human breast milk microRNAs, potential players in the regulation of nervous system." Nutrients 15.14 (2023): 3284.美国Sage Science是全球领先的全自动DNA脉冲场电泳回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收仪的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin Prep 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.12.19

全自动DNA片段回收仪用于疱疹病毒miRNA介导的宿主细胞miRNA加工抑制机制研究

文献速递:Pippin Prep全自动DNA片段回收仪联用Illumina,用于疱疹病毒miRNA介导的宿主细胞miRNA加工抑制机制研究Selective inhibition of miRNA processing by a herpesvirus-encoded miRNA【Nature】疱疹病毒编码的miRNA对(宿主)miRNA的选择性加工抑制期刊:Nature(IF:64.8)发表年份:2022年5月4日物种:疱疹病毒+人(herpesvirus & human)文库类型:小RNA文库(small-RNA library)miRNA文库富集和精准回收:Sage Science公司Pippin Prep全自动DNA片段回收仪miRNA测序:Illumina NextSeq 500摘要简介:人类疱疹病毒通过控制宿主细胞的信号通路和免疫逃避过程,增强其感染性和持续潜伏及重新激活。虽然普遍认为病毒活化-潜伏的开关和病毒非编码RNA之间有密切关系,但具体机制尚不清楚。本文中,通过病毒 microRNA (miRNA) 介导的宿主 miRNA 加工抑制,人类疱疹病毒 6A (HHV-6A)被重新激活,转变为裂解病毒感染,破坏宿主细胞线粒体结构、逃避宿主内在免疫防御,验证了这一理论。文章证明,病毒编码的 miR-aU14 通过与各自的初级 (pri)-miRNA 发夹环直接相互作用,选择性地抑制多个 miR-30 家族成员的加工。随后 miR-30 的丢失和 miR-30-p53-DRP1 轴线的激活引发了线粒体结构的深度破坏,进而削弱了增殖性病毒感染和病毒再激活都必需的I型干扰素的诱导分泌。miR-aU14 的异位表达则再度激活了潜伏期病毒,因此可以将病毒 miR-aU14 确定为疱疹病毒溶解-潜伏开关的主调节因子。研究结果表明,病毒miRNA介导的宿主miRNA加工抑制代表了一种广义的细胞机制,可用于选择性地靶向miRNA家族的单个成员。作者预计靶向 miR-aU14 将为预防 HHV-6 相关疾病中的疱疹病毒再激活提供新的治疗选择。在smallRNAs测序文库制备过程中使用Sage Science公司的Pippin Prep全自动DNA片段分选回收仪回收141bp的DNA片段,准确、高效去除引物二聚体及其他非smallRNAs片段DNA,从而获得高质量的smallRNAs测序数据。原文Hennig, Thomas, et al. "Selective inhibition of miRNA processing by a herpesvirus-encoded miRNA." Nature 605.7910 (2022): 539-544..美国Sage Science是全球领先的全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收仪的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin Prep 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.19

飞行喷墨式生物芯片点样仪

功能用途:生物芯片点样仪是一种采用微量点样的方式,将生物样品有序的固定于支持物(如玻片,硅片,尼龙膜等载体)表面的仪器技术指标:1.非接触式喷墨点样,样品点大小100-500um,体积pL-nL2.一次可以放置数十或数百片标准玻片3.12或32针进样器,是目前世界上速度最快的液体处理仪器4.可控制点样环境(温度、湿度)5.含有HEPA过滤系统,可减少空气中颗粒对片基的污染风险6.含有光学质控系统,评估点样效果7.占地面积(56W x 53D x 60H)应用范围:1.蛋白表达水平检测2.蛋白质-蛋白质及蛋白质-小分子相互作用研究3.抗体筛选及研究、抗体治疗方案制定4.分子诊断-疾病标志物筛选及检测5.新药开发-小分子靶标筛选 发表文献:1. Exploring the polysaccharide composition of plant cell walls in succulent aloesPlants People Planet,20232. Determination of Secondary Structure of Proteins by Nanoinfrared SpectroscopyAnalytical Chemistry,20233. Systematic Evaluation of Antigenic Stimulation in Chronic Lymphocytic Leukemia: Humoral Immunity as Biomarkers for Disease EvolutionCancers, 20234. Longitudinal neutralization activities on authentic Omicron variant provided by three doses of BBIBP‐CorV vaccination during one yearProteomics and systems Biology,20235. Analysis of glycans in a Burnt-On/Baked-On (BoBo) model food soil using Microarray Polymer Profiling (MAPP) and immunofluorescence microscopyFood Chemistry,20236. Protein microarray allergen profiling in bronchoalveolar lavage fluid and serum of horses with asthmaJournal of veterinary,20227. Exploring High-Throughput Immunoassays for Biomarker Validation in Rheumatic Diseases in the Context of the Human Proteome ProjectJournal of Proteome Research ,20228. Systematic evaluation of plasma signaling cascades by functional proteomics approaches: SARS-CoV-2 infection as model.Proteomics clinical applications, 2022.9. The effect of enzyme treatment on polyphenol and cell wall polysaccharide extraction from the grape berry and subsequent sensory attributes in Cabernet Sauvignon wines.Food Chemistry , 202210. Age- and Severity-Associated Humoral Immunity Response in COVID-19 Patients: A Cohort Study from Wuhan, China .Journal of Clinical Medicine ,2022▼更多 Mercury系列 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

参数原理

2023.12.19

DEMO小传——zenCELL owl活细胞动态监测病毒侵染实验

zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统,基于非标记、非侵入方法,原位实时记录细胞生长的动态变化过程,以及定量的分析数据。zenCELL owl小巧易用,是每个细胞间都值得拥有的活细胞监测设备。来自上海的某疾控单位,采用zenCELL owl监测293T细胞的病毒侵染实验,即细胞在不同病毒侵染下形态、数量的变化,从而评估不同病毒感染效率的差异。研究者将293T细胞以105个/孔的量接种到康宁24孔板中,继而加入假病毒侵染,在培养箱内原位监测--总时长3天,间隔10分钟。以下视频展示了细胞接种病毒后,生长状态发生改变的整个过程,视野清晰,细胞动态变化过程一目了然。同时zenCELL owl软件可提供相应的细胞生长曲线及细胞数量等定量数据。zenCELL owl监测视频测定病毒感染力,常规采用半数细胞培养物感染量TCID50(如图1)。将病毒在细胞培养物中连续倍数稀释,观测不同稀释度的病毒是否导致细胞出现细胞病变效应(CPE,如细胞的形变、聚合或融合等现象),统计出现 CPE 的细胞孔数量,并计算占这个稀释度感染细胞孔的百分比,确定病毒TCID50。该方法由显微镜观察5-7天,多用于病毒学研究、疫苗生产以及抗病毒药物研发等。图1:TCID50计算示例用zenCELL owl监测病毒侵染实验,与传统方法相比:1.整个监测过程无需人工值守,只需细胞铺板和病毒接种,然后置于培养箱内zenCELL owl上,通过电脑终端采集数据并查看细胞动态,最大限度保证细胞在培养箱内原位生长不受外界影响。(可更换培养基等常规操作)2.实验数据丰富,如每个监测时间点的细胞数量和细胞汇合度,每个孔对应的细胞汇合度曲线,24孔通量自动监测同时支持分组和分组数据的比对,并可导出细胞生长的动态视频。3.实验过程轻松简单,整个实验期间,每孔的细胞数据间隔10分钟自动采集一次, 实现高频次监测,夜晚,周末也可持续观测。4.设备可连续长时间培养箱内运行,性能稳定可靠,满足实验周期需求。试用后用户评价:整体满意。zenCELL owl监测病毒侵染实验,视频可清晰的体现细胞在病毒侵染后的形态以及数量变化,和之前显微镜观察相比,zenCELL owl采集的图像更加连续、数据更加丰富,且无需人工值守,晚上甚至周末都可连续运行,让实验安排更加灵活。德国innoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统,基于非标记、非侵入方法,原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧,耐温耐湿,可在细胞培养箱内长时间连续工作;通过24个显微成像镜头,对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量的图像、视频、统计学曲线和定量数据,实现细胞增殖/增殖抑制、细胞培养质控/培养优化、迁移/侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl大中华区独家代理商,负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 zenCELL owl 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.14

PippinHT全自动DNA片段回收仪联用Illumina测序平台,用于乳腺癌ctDNA的检测方法

文献速递:Pippin HT系列全自动DNA片段回收仪联用Illumina测序平台,用于乳腺癌ctDNA的检测方法研究Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer【EMBO Molecular Medicine】乳腺癌ctDNA的知情和不知情测序分析比较期刊:EMBO Molecular Medicine(IF: 11.1)发表年份:2023物种:人乳腺癌患者血浆样本中ctDNA(ctDNA in plasma samples from breast cancer patients)文库类型:185 - 280 bp ctDNA(ctDNA)ctDNA文库富集和精准回收:Sage Science公司Pippin HT系列全自动 DNA片段回收仪ctDNA测序:Illumina NovaSeq 6000二代测序仪通过分析循环肿瘤DNA (ctDNA)来监测癌症动态和检测微小残留疾病,已成为肿瘤研究及筛查的主要技术手段之一。而关于ctDNA多种分析方法间的比较却较少谈及。本文中,作者使用乳腺癌患者血浆样本,应用肿瘤知情和肿瘤不知情分析法,比较了多重PCR、杂交捕获和不同深度的全基因组测序方法对ctDNA检测的差异,如分析样本结构变异(SVs)、单核苷酸变异(SNV)和/或体细胞拷贝数畸变(SCNAs)的差异。结果表明,当使用不同的检测方法分析相同的患者样本时,动态ctDNA和等位基因分数 (AF) 高度一致。其中肿瘤知情分析在低浓度下检测ctDNA的灵敏度最高;靶向 1,347 至 7,491 个肿瘤鉴定突变的深度混合捕获测序是最灵敏的检测方法,可检测低至 0.00024%(百万分之 2.4,ppm)的 AF 的 ctDNA。靶向每位患者 21-47 个肿瘤鉴定的 SV 的多重 PCR 可检测到低至 0.00047% AF (4.7 ppm) 的 ctDNA,具有作为临床检测的潜力。在ctDNA测序文库构建步骤中,使用PippinHT系列全自动DNA片段回收仪回收185 – 280bp的DNA片段,最大程度上保留来自肿瘤源的ctDNA,灵活、高效去除接头二聚体,从而获得高质量的ctDNA测序数据。原文Santonja, Angela, et al. "Comparison of tumor‐informed and tumor‐naïve sequencing assays for ctDNA detection in breast cancer." EMBO molecular medicine (2023): e16505.Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自动核酸电泳回收分析系统,该系列在保留PippinHT高速高通量的特点之上,配置选择上更加灵活,既可以为短片段回收的用户提供更具性价比的产品,也可以通过模块配置升级实现片段筛选回收、电泳图谱分析、核酸浓度测定等更多更全面的功能。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收仪的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 Pippin HT系列 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.14

Moxi GO II在CAR-T疗法中的应用

随着对肿瘤研究的不断深入及治疗技术的不断发展,其临床治疗手段包含了传统的手术、放疗、化疗,靶向治疗和综合治疗,再到近些年的免疫治疗,皆为了清除肿瘤、“治愈”癌症。其中,在2012年成功治愈白血病女孩Emily的嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)疗法备受瞩目。何为CAR-T疗法?嵌合抗原受体T细胞(CAR-T)疗法,英文全称Chimeric Antigen Receptor T-Cell Immunotherapy,是一种治疗肿瘤的精准靶免疫疗法,是一种极有前景的细胞免疫疗法。CAR-T疗法通过基因工程技术将T细胞激活,给其装上定位导航装置CAR(肿瘤嵌合抗原受体),将T细胞改造成“超级战士”,即CAR-T细胞,专门识别并高效消灭肿瘤细胞,从而达到治疗恶性肿瘤的目的(图1)。与传统药物或化疗相比,CAR-T疗法对肿瘤细胞的杀伤更为精准,在提高疗效的同时大幅减轻了毒副作用,在临床肿瘤治疗,尤其是血液肿瘤的治疗上取得了显著效果。随着研究的进展,新靶点的不断发现,CAR-T疗法在实体瘤领域也有着卓越的进步。图1. CAR-T疗法原理示意图CAR-T疗法的基本流程标准的CAR-T治疗流程一般持续5周左右,主要分为7步:Moxi GO II在CAR-T疗法中的应用CAR-T疗法过程非常复杂和高端,涉及T细胞的筛选收集、基因改造、活化、培养、扩增、修饰等,每一步都需要精心的设计和质量控制,哪一步出现差错都会影响CAR-T疗法。细胞的精确计数和体积的精准测量对确保疗法的成功起着至关重要的作用。CAR-T疗法中需要细胞计数和体积测定的步骤:图2. CAR-T疗法的基本流程1) 外周血单核细胞(PBMC)的采集通常采用全自动血细胞分离机从患者血液中分离采集PBMC,作为CAR-T细胞改造的起始原料。在此过程中,精确的细胞计数、细胞活率检测对于确定细胞浓度和确保后续步骤有足够数量的高质量细胞至关重要。Moxi GO II快速流式细胞仪采用库尔特原理结合荧光流式检测,提供精确的细胞绝对计数和细胞活率检测。2) T细胞的分离接下来进一步用磁珠从PBMC中分离足够的高质量T细胞。此过程中,细胞的数量和细胞的纯度非常重要。细胞数量影响后续制造过程中的计算和调整,而细胞纯度会直接影响CAR-T终产品的质量。比如,T细胞中混入B细胞杂质,可能会导致病人对CAR-T疗法产生抗性。Moxi GO II快速流式细胞仪可在数秒内完成给出细胞浓度和细胞大小分布结果,为产品评估提供数据支撑。3) T细胞的激活、扩增、转导和CAR-T细胞的收获这一步是为了产生足够多的CAR-T细胞用于治疗。T细胞的激活窗口很短,监测细胞何时准备好十分关键,细胞体积是T细胞活化状态的关键指标。研究者通过监测激活后的T细胞体积,可以比较不同激活方式的差异;通过监测T细胞体积达到某一程度时再进行转导,可以更好地控制CAR基因的转入时间,提高转导成功率。Moxi GO II快速流式细胞仪采用库尔特原理对细胞大小和体积进行检测,无需标记,几秒内即可给出结果,随时监测细胞状态。准确的细胞计数、活率测定也是这些过程所必须的,监测细胞生长、增殖和活力,优化转导效率,对于确定CAR-T细胞产物的产量和生存能力至关重要。采用Moxi GO II快速流式细胞仪可轻松实现这一目标。4) CAR-T细胞的质控在CAR-T产品回输之前,需要对其进行全面严密的质控,包括细胞活力、细胞浓度和细胞大小分布评估。细胞计数和大小测定是评估最终产品效力、纯度和整体质量的关键。细胞大小的偏差会影响其功能和效力。Moxi GO II快速流式细胞仪可在数秒内完成准确的绝对计数和精准的粒径测量,可在CAR-T产品的质控过程中发挥稳定可靠的作用。综上可以看出,在整个CAR-T流程中,细胞计数和大小测定在监测细胞群、优化过程和确保CAR-T细胞疗法的可靠一致性方面发挥着关键作用。准确的细胞分析能够优化给药、质量控制,最终获得更好的疗效。Moxi GO II快速流式细胞仪完美满足以上CAR-T研究中所需的所有细胞分析需求。作为世界上唯一一款将库尔特原理和双荧光检测技术相结合的仪器,Moxi GO II可以在几秒内提供精确的细胞数量和体积数据(CV Moxi GO II快速流式细胞仪Moxi GO II采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量,同时采用488nm激光光源,结合两个PMT通道,525/45nm通道和561nm/LP(或者646nm/LP,可根据需要更换),进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便,无需预热,开机即用,预设程序,触屏操控,运行后10秒即可给出测试结果,使用后也无需清洁维护。无论是经验丰富的流式专家,还是初试身手的实验小白,Moxi Go II都可以助您轻松完成实验。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Orflo Technologies大中华区独家代理商,负责Orflo Technologies产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 Moxi GO II 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.14

Sage ELF全自动DNA片段连续回收仪

功能用途:可将DNA样品按分子量大小精确、多道回收(1)支持三代测序的高精度HiFi文库制备及转录组全长文库制备(2)支持二代测序的各种文库制备(3)可对蛋白样本进行回收回收原理:回收结果:技术规格:1.自动化:仪器自动对程序设置的片段范围进行回收2.回收特点:对同一个样品连续12个组份回收,每个组份可单独建库用于下游实验3.回收精度高:可有效去除引物二聚体、接头二聚体等小分子片段及大分子条带4.上样量:5ug DNA,也可对低至ng级的样本进行回收5.蛋白回收:可对蛋白样本进行回收,范围:10-300kDa6.支持illumina、Life、Pacbio、Nanopore等主流二代、三代测序平台发表文献:1. Proteomic analysis of sialoliths from calcified, lipid and mixed groups as a source of potential biomarkers of deposit formation in the salivary glands.  Clinical Proteomics    (2023)2. An intronic transposon insertion associates with a trans-species color polymorphism in Midas cichlid fishes.  Nature Communications   (2022)3. Generating lineage-resolved, complete metagenome-assembled genomes from complex microbial communities.   Nature biotechnology   (2022)4. Equilibrated evolution of the mixed auto-/allopolyploid haplotype-resolved genome of the invasive hexaploid Prussian carp.  Nature communications   (2022)5. Semi-automated assembly of high-quality diploid human reference genomes.  Nature   (2022)6. The genomic basis of the plant island syndrome in Darwin’s giant daisies.   Nature communications   (2022)7. Structural variants in the Chinese population and their impact on phenotypes, diseases and population adaptation.  Nature Communications   (2021)8. Single-molecule long-read sequencing reveals a conserved intact long RNA profile in sperm.  Nature communications   (2021)9. metaFlye: scalable long-read metagenome assembly using repeat graphs.  Nature Methods   (2020)10. Accurate circular consensus long-read sequencing improves variant detection and assembly of a human genome.   Nature biotechnology   (2019)Sage Science是全球领先的全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 ELF 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

参数原理

2023.12.06

ArrayJet生物芯片点样仪助力植物耐旱能力研究

植物细胞最重要的特征之一是含有细胞壁,细胞壁富含多糖结构,包围着原生质体,具有控制植物形态和调节生理功能的作用。对于多肉植物而言,干旱会迫使它们形成多肉综合征,主要表现为细胞壁的改变。对于多肉综合征与细胞壁结构以及多糖成分变化之间的关系目前尚无明确定论。为了了解植物组织结构进化与其适应干旱环境的内在联系,已经有许多团队从分子生物学、组织学、功能学等多方向开展研究。本次我们介绍的是从不同种类植物的细胞壁及其组分进化的角度,来研究与耐旱能力之间的关系。该文章于2023年8月31日发表在《Physiologia Plantarum》杂志,来自于哥本哈根大学植物与环境科学系的Bodil Jørgensen团队。该团队选取了Crassula(一类景天科植物)作为研究对象,主要研究内容:(1)不同干旱条件下,自然生长的Crassula多糖和糖蛋白组成; (2)Crassula的糖组学多样性对进化和适应干旱环境能力的影响。实验方法作者共采集了56个Crassula类群样本,每个类群至少采集三片叶片作为生物重复。首先,将叶片样本破碎并纯化,然后连续稀释形成浓度梯度并接种到384微孔板中,使用英国Arrayjet公司的 Arrayjet Marathon Classic生物芯片点样仪(现为Mercury 25型号)将样品点印在0.45微米的硝酸纤维素膜上制成多糖芯片。然后使用48个靶向不同的多糖和糖蛋白的单克隆抗体作为一抗与芯片杂交,再用荧光标记的二抗进行孵育。在芯片扫描仪读取芯片后,使用RStudio软件,利用微阵列聚合物谱分析方法(Comprehensive microarray polymer profiling ,CoMPP)、多因素分析法(Multiple factor analysis ,MFA)和随机森林分析(Random forest ,RF)(图1)完成芯片数据分析。为了印证芯片分析的结果,作者进一步使用显微镜观察了不同种Crassula的叶片组织切片,从组织学角度分析细胞壁与耐旱能力之间的关系。同时,也利用高效液相色谱分析了叶片样本中单糖的组分差异与细胞壁之间的关系。图1 微阵列芯片方法的流程示意图,利用Arrayjet Marathon Classic生物芯片点样仪制备植物多糖芯片,进行抗体杂交检测实验结果通过对多糖微阵列芯片与组织结构进行分析,发现致密型和非致密型Crassula物种在叶片糖组学方面具有不同的表型分布(图2),而且细胞壁中果胶和阿拉伯半乳聚糖的表达呈现出显著差异;在与干旱相关性的研究中,发现鼠李半乳糖醛酸聚糖以及阿拉伯糖的表达水平也与干旱程度呈正相关。这些结果提示不同的糖组性状可能通过参与细胞壁的形成影响植物抗旱性。作者将CoMPP的结果以热图的方式呈现,并结合多MFA形成了图2中的结果。有些类似于流式细胞分析的结果,该方法是从多个维度分析样本参数在散点图中的分布情况。作者分析了前五个MFA维度,综合各个维度的结果,结果发现致密型和非致密型两类植物的生长形态的综合差异则会更大。图2 (A)基于CoMPP数据的多因子分析(MFA)得分图,根据两种生长形态(浓度椭圆在0.68水平;星星代表离群值)。(B) (A)阴影区域的扩展视图。紧密型和非紧密型Crassula种沿MFA第1维度(C)和第2维度(D)的箱形图。使用Welch t检验(如果两者均呈正态分布)或Wilcoxon检验评估两组之间的显著差异,用星号表示(***p 在单糖分析中,致密型植物的阿拉伯糖含量显著较高,而非致密型植物的木糖含量较高,葡萄糖则没有明显的倾向。此外,细胞壁中果胶和阿拉伯半乳聚糖的表达呈现出显著差异;在与干旱相关性的研究中,发现鼠李半乳糖醛酸聚糖以及阿拉伯糖的表达水平也与干旱程度呈正相关。最终,结合单糖成分、组织结构分析,作者得出以下结论。利用MFA分析的CoMPP结果表明,致密型和非致密型crasura物种在叶片糖组学方面占据了不同的表型空间(图2)。果胶和阿拉伯半乳聚糖蛋白质(AGP)是驱动两种Crassula产生生长形式差异的主要细胞壁成分。在与干旱相关性的研究中,鼠李半乳糖醛酸聚糖,阿拉伯糖和AGP表位的水平也与干旱的增加呈正相关,这些结果提示不同的糖组性状可能通过参与细胞壁的形成影响植物抗旱性。原文链接:https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/ppl.14007Arrayjet位于英国爱丁堡,专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务。自2000年公司成立即致力于开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台,该系统于2006年上市,目前用户遍布全球27个国家。Mercury系列产品采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样,专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染,更低的上样体积可有效减少样品损失,使您的珍贵样品物尽其用。▼更多 Mercury系列 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.06

Pippin系列全自动DNA片段回收仪用于外泌体small RNA研究

背景知识:细胞外囊泡(extracellular vesicles, EV)是由细胞释放到胞外的脂质双分子层包裹的微小囊泡。近年来,研究者对血液样本中EV分析越来越感兴趣,主要源于细胞分泌的EV携带多种物质如核酸,蛋白质,脂质等,可以作为生物标志物表征病理生理过程。由于血液成分的复杂性阻碍了EV的准确检测,从而减缓了其在临床应用中的发展。目前已有多个研究证明,不同EV回收方法得到的不同回收效率和纯度的EV,会影响血液样本中基于EV的生物标志物分析。虽然研究人员在尝试理清整个EV检测流程中,包括血液采集管(BCT)的类型以及血液处理间隔(BPI)(即血液采集和处理之间的时间)等因素,但真实情况仍未明确。另外,没有适当且可量化的指标用于帮助选择最适合研究目标的BCT和BPI。因此,建立和验证BCT和BPI的标准操作程序(SOP)至关重要,这也是建立可靠临床相关的生物库的先决条件,以及EV相关生物标志物发现和验证的前提条件。2023年3月,比利时根特大学Bert Dhondt等在《Journal Of Extracellular Vesicles》杂志上发表了题为:Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics的研究论文。作者详细评估了11种BCT对9项性能指标的影响,包括血样质量、EV稳定性、EV血细胞来源和EV相关蛋白质组和小RNA转录组特征等,并对三个临床相关样本的BPI进行了额外评估(如图1)。图1. EV血液标准(EVBB)研究实验设计实验方法:从健康人和癌症患者处获取血液样本,经血液指标分析与溶血分析后,合格血液样本进入后续实验。通过已有的分离方案,结合体积排除色谱(size-exclusion chromatography, SEC)和Optiprep密度梯度超速离心(ODG),从血清和血小板贫化血浆(Platelet depleted plasma, PDP)样品中分离EV。继而对分离获得的EV进行物理表征,涉及尺寸和形态,同时液相色谱-串联质谱法和二代测序等对EV进行蛋白组和转录组信息表征。其中 small RNA的文库制备,由sage science公司的 Pippin系列全自动DNA片段回收仪结合3% agarose预制胶,精准回收125-153 bp范围的small RNA,去除杂带,使得测序结果聚焦目标small RNA,清晰展现EV的small RNA图谱。在本文中,作者进行了第一次大规模EV血液标准(EV Blood Benchmarking , EVBB)研究,全面比较了BCT(n=11)和BPI(n=3)对EV分析的影响,目的是建立优化血液EV分析程序,开发并实施反映样本质量、EV回收率、血细胞衍生EV亚型的离体释放以及EV相关分子特征的性能指标。基于这些发现,本文为研究人员提供了一般性建议,即根据情况选择相应的BCT和BPI(图2)。综上说述EVBB研究有助于血液EV研究方法的标准化提供性能指标,作为新开发的BCT、额外BPI以及其他因素分析的框架,并支持EV研究方法的进一步标准化。图2. 选择BCT和BPI进行血液EV分析的一般考虑因素引用文献:Dhondt, Bert, et al. "Benchmarking blood collection tubes and processing intervals for extracellular vesicle performance metrics." Journal of Extracellular Vesicles 12.5 (2023): e12315.Pippin24全自动核酸电泳回收分析系统Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自动核酸电泳回收分析系统,该系列在保留PippinHT高速高通量的特点之上,配置选择上更加灵活,既可以为短片段回收的用户提供更具性价比的产品,也可以通过模块配置升级实现片段筛选回收、电泳图谱分析、核酸浓度测定等更多更全面的功能。▼更多 Pippin系列 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.05

Innopsys生物芯片扫描仪助力遗传疾病原发性纤毛运动障碍的研究

原发性纤毛运动障碍(Primary ciliary dyskinesia, PCD)是一种由基因缺陷导致的纤毛结构和功能障碍的全身性遗传疾病。随着对PCD遗传学的不断研究,目前已证实有40多个基因参与了PCD的发病过程,约70%的患者可通过基因检测得到有效诊断。虽然PCD患者具有不同的基因突变和分子发病机制,但都具有共同的临床特征,如反复的呼吸道感染,及伴有中性粒细胞数量异常。在PDC的多数临床研究中较多集中于动力蛋白轴突重链5 (Dynein axonemal heavy chain 5, DNAH5)这一突变基因,其位于纤毛轴突,然而这些特异性的纤毛基因缺陷与免疫系统异常之间的联系还不清楚。在以往研究中,研究人员一般利用基因敲除小鼠、斑马鱼或小鼠气道类器官构建具有典型突变的PCD模型。但这些方法不仅构建复杂,而且由于物种差异并不能很好的重现PCD在人类中的特征。因此,来自四川大学中国妇幼儿出生缺陷及相关疾病重点实验室的研究团队,利用DNAH5突变患儿的支气管活检样本为研究对象,构建类器官模型并进一步利用组织学、蛋白质组学和分子生物学等手段研究DNAH5突变与PCD发病机制之间的关系,并在2022年《CELL》期刊上发表该文章。首先,作者利用患儿活检样本作为细胞来源,进行细胞传代培养并构建类器官。在此基础上,利用高速显微镜、流式细胞术、WB、数字PCR和测序等技术从各个角度研究不同组别类器官的差异。高速显微镜分析表明,DNAH5突变的气道类器官与正常气道类器官相比,形态异常,空腔壁较厚;微管蛋白染色显示,携带DNAH5突变的患者样本中,纤毛数量显著减少;作者用呼吸道合胞病毒(RSV病毒)感染实验组和对照组类器官,研究DNAH5突变对于病毒感染引起的细胞因子免疫应答的影响,使用法国innopsys品牌的InnoScan 300微阵列扫描仪(现型号为Innoscan 710)对Raybiotech (Quantibody human inflammatory array 3)微阵列芯片进行分析。实验结果表明,RSV感染引起DNAH5突变模型中8种细胞因子(G-CSF、GM-CSF、MCSF、IL-6、IL-11、TIMP-1、TIMP-2和TNFR1)表达下调,1种细胞因子IL-8表达上调(图1)。既往研究表明,这8种下调的细胞因子与呼吸道上皮细胞对RSV感染的免疫应答过程密切相关,结合本研究,说明DNAH5缺陷可导致细胞炎症因子释放减少,进一步降低气道上皮的免疫应答能力,提示这可能是PCD患儿反复发生呼吸道感染的原因。图1 InnoScan 300微阵列扫描结果统计示意图除此之外,通过单细胞RNA测序等实验显示,与正常细胞相比DNAH5突变的基底细胞中,Wnt激动剂表达较低,TGF-β/BMP抑制剂表达较高;对于纤毛细胞,纤毛长度主要受TGF-β通路调节,免疫应答主要受Wnt通路调节,提示Wnt和TGF-β通路的低表达可能是DNAH5突变类器官纤毛功能和免疫应答受损的主要原因。综上所述,患儿类器官构建是研究PCD的有效手段之一,DNAH5突变不仅导致微管结构功能改变,而且影响类器官的免疫应答反应,最终引起患者感染呼吸道系统疾病发病率显著高于正常水平。原文链接:https://doi.org/10.3390/cells11244013Innopsys 成立于1999年。总部位于法国,一直致力于生物医学领域相关仪器和软件的自主研发和生产。Innoscan系列扫描仪,采用先进的共聚焦PMT检测器和多激光扫描光路,可以同时进行多通道荧光检测。不仅有效降低了荧光光漂白现象以及信号损失,还可以有效缩短扫描时间。在基因组和蛋白组表达,基因突变,SNP检测,CGH,细菌病毒检测,肿瘤特异性标志筛查,病理组织筛查等方面都有非常广泛的应用。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Innoscan大中华区代理商,负责Innoscan产品大中华区的营销和售后支持。▼更多 InnoScan 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.12.01

《Nature》主刊——Moxi GO II测定细胞体积助力代谢调控不同物种发育速率的研究

不同物种间的胚胎发育过程相对保守,但发育速率却存在较大差异,与物种的寿命、体型和其他生活史特征有关。在哺乳动物中,体型较大的物种,如人类,发育速率通常较慢,寿命更长,虽然早期小鼠胚胎和人类胚胎发育步骤相同,总体积相似,但人类胚胎的发育速率要比小鼠胚胎慢2-3倍。长期以来,人们一直认为生化反应速率的差异,包括蛋白质产生和降解的速度,是导致物种特异性发育速率差异的原因之一。但是造成不同物种之间生化反应速率差异的原因尚不清楚。2023年1月份哈佛医学院研究团队在《Nature》主刊发表题为“Metabolic regulation of species-specific developmental rates”的文章,对物种发育速率的代谢调节进行研究。研究人员利用多能干细胞(PSC),建立了一套体外系统,重构了小鼠和人类胚胎之间两倍的发育速率差异,并发现在小鼠细胞中,代谢速率更快,同等质量下,代谢速率与发育速率成正比,通过抑制电子传递链来降低代谢速率可以破坏细胞内NAD+/NADH氧化还原平衡,降低总蛋白合成速率,从而降低发育速率;而过表达乳酸杆菌NADH氧化酶lbNOX可以提高翻译速率,加快发育速率。分节时钟是一种在节前中胚层(PSM)细胞中运行的分子振荡器,在脊椎动物胚胎中控制体节形成的周期。研究团队利用多能干细胞(PSC)衍生的胚胎体节段(PSM)细胞建立小鼠和人类体节时钟的模型。他们开发了一套方法,在相同条件下诱导小鼠和人类PSC分化为PSM,他们发现小鼠细胞1-2天可以完成分化,而人类细胞则需要2-3天才能完成分化,小鼠PSM细胞周期的持续时间更短,分节时钟震荡也更频繁,说明小鼠和人类PSM细胞体外分化的发育速率差异大约是2倍(图1)。Figure 1. Cell-autonomous differences in developmental rate between differentiating mouse and human PSM cells图1. 分化小鼠和人PSM细胞发育速率的细胞自主差异研究发现,人类PSM细胞的体积和重量大约是小鼠PSM细胞的两倍(图2) 。通过将代谢速率与细胞的体积或质量进行归一化,发现小鼠细胞质量特定的氧耗率和酸化率(ECAR)是人类细胞的两倍。此外,小鼠细胞的葡萄糖消耗和乳酸分泌速率也显著高于人类细胞,小鼠细胞的呼吸速率更高,线粒体膜电势更低,因此,细胞大小和代谢物质的差异可能是影响蛋白质合成速率的因素。具体来说,小鼠细胞的代谢速率更高,可能导致蛋白质合成速率增加。图2. 与人类PSM细胞相比,小鼠PSM细胞的质量特异性代谢率升高a. 用coulter计数器测量MSGN1-Venus+ PSM来源的小鼠和人PSM细胞的体积综上,本研究部分解释了小鼠和人类早期胚胎阶段的发育速率差异,这种种间发育速率的差异可追溯到遗传原因,未来的研究有望实现从外部调控发育速率,在人类干细胞治疗和体外疾病建模中具有重要应用。文章中研究者采用美国Orflo Technologies公司的Moxi GO II快速流式细胞仪,多次对人类和小鼠的PSM细胞进行精确的体积测量(图3),及将代谢速率与细胞的体积或质量进行归一化处理。图3. 细胞体积测量方法:库尔特原理的Moxi Go II快速流式细胞仪进行细胞大小测量美国Orflo Technologies公司将行业公认的细胞计数金标准——库尔特原理(Coulter Principle),与荧光流式检测技术相结合,推出的新一代快速流式细胞仪——Moxi GO II,提供超准确的细胞计数、细胞活率检测,以及超高分辨率的细胞粒径测量。库尔特原理对颗粒个体进行逐个三维测量,不但能准确测量颗粒的粒径分布,更能进行粒子绝对数目和浓度的测量。由于检测时不受激光衍射、散射因样本颜色或浓度变化的影响,库尔特原理所测粒径大小更接近真实。Moxi GO IIMoxi GO II快速流式细胞仪,采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量,同时采用488nm激光光源,结合两个PMT通道,525/45nm通道和561nm/LP(或者646nm/LP,可根据需要更换),进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便,无需预热,开机即用,预设程序,触屏操控,运行后10秒即可给出测试结果,使用后也无需清洁维护。无论是经验丰富的流式专家,还是初试身手的实验小白,Moxi Go II都可以助您轻松完成实验。美国Orflo Technologies公司是一家非常专业的细胞分析仪器研发和制造企业,拥有多项专利技术,产品以库尔特原理的高精细胞计数仪和超快流式细胞仪为主。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。作为Orflo Technologies中国地区独家代理,环亚生物科技有限公司全权负责Orflo Technologies产品在中国地区的推广、销售,为广大用户提供专业的技术咨询和产品服务。文献全文网页链接:https://doi.org/10.1038/s41586-022-05574-4 ▼更多 Orflo 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.11.30

Prince毛细管电泳仪落户合肥药企,助力蛋白产品研发

康诺生物制药股份有限公司是集研发、生产、销售为一体的高新技术生物制药企业,成立于2017年8月,主要致力于NAD系列产品的研发、生产和销售。 为了更好的进行蛋白产品质控,客户选择了荷兰Prince公司的毛细管电泳仪,该仪器具有:(1)纳升级全自动专利压力浓缩进样(DCI)系统可精确定量,进样相对准确度客户端仪器安装培训: 仪器性能验证:1)样品0.1mg/mL胞嘧啶连续进样三次检测,通过对峰面积的积分值进行相对标准偏差统计,结果显示:进样稳定性较好。2)样品甲基橙和荧光素高压分离检测,通过信噪比、光谱图和分离度评估分离检测稳定性和检测性能,结果显示:信噪比较好,分辨率较高,基线平稳,信号检测良好。PrinCE Next毛细管电泳系统Prince总部位于荷兰,成立于1989年有30多年历史,专注于毛细管电泳技术的不断创新,致力于开发专业的CE平台和自动进样系统,目前全球6000+装机量,提供专业的售后服务和支持。环亚生物科技有限公司作为荷兰Prince Technologies公司在中国区的独家代理商,一直为国内用户提供专业的毛细管电泳仪器的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Prince用户。▼更多 Prince 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.11.22

zenCELL owl用于过继性免疫疗法相关巨噬细胞一步构建的体外评估

过继性免疫疗法(adoptive cell therapy, ACT)是采集自体或异体的免疫效应细胞(如T细胞、巨噬细胞和自然杀伤细胞NK),在体外经工程化改造和扩增等处理后再重新回输到患者体内,以达到靶向识别并杀死癌细胞的治疗方法。现有临床结果表明,ACT疗法在血液瘤治疗中表现优秀。然而实体瘤的免疫屏障和极为复杂的肿瘤异质性(空间和时间),单靶点工程改造的ACT疗法效果非常有限。考虑到免疫效应细胞的体外工程化改造是ACT疗法的关键步骤,需要设计两种或两种以上类型的细胞靶标,在效应细胞上配备多种功能,增强ACT的疗效。由于一个细胞中靶标的空间分布不同,目前的细胞工程技术无法在一步内将这些功能赋予效应细胞,即多功能效应细胞的构建需要整合不同的细胞工程技术,是一个繁琐的分步过程,极大地增加了疗法成本和复杂性,阻碍了其临床转化。因此,我们迫切需要一种精细的细胞工程技术,能够在单个过程中对不同亚细胞水平的多个靶标进行同步工程化改造,以增强针对肿瘤的ACT疗效。中山大学附属第三医院纳米医学中心生物材料与转化医学实验室,郑春雄研究团队受到膜融合这一基本的生物学过程启发,开发了一种简单的多路复用细胞工程技术,通过膜融合方式重塑两个空间异质的细胞靶标,以简单一步法赋予免疫效应细胞两种功能。相关研究成果以“Anti–phagocytosis-blocking repolarization-resistant membrane-fusogenic liposome (ARMFUL) for adoptive cell immunotherapy”为题于2023年8月发表在《SCIENCE ADVANCES》杂志上。已有临床研究表明,用于肿瘤治疗的非工程化M1巨噬细胞,在过继转移受到两个关键因素的阻碍:(i)抗吞噬分子(如CD47)在肿瘤细胞表面过表达,在肿瘤环境中抵抗吞噬作用;(ii)细胞因子(如巨噬细胞集落刺激因子(M-CSF),白细胞介素-4(IL-4)和IL-13),将M1巨噬细胞重新极化为促进肿瘤的M2表型。因此,该文设计了一种抗吞噬阻断复极化抗性膜梭形脂质体(anti–phagocytosis-blocking repolarization-resistant membrane-fusogenic liposome,ARMGFUL),该脂质体与M1表型的巨噬细胞膜融合,形成 ARMFUL 工程化的 M1 巨噬细胞ARMFUL/M1,既能有效吞噬肿瘤细胞,又能有力地维持肿瘤环境中的抗肿瘤M1表型。ARMFUL/M1将抗CD47(aCD47)修饰的脂质壳插入细胞表面,同时将M-CSF受体抑制剂BLZ945递送到细胞质中。表面偶联的aCD47通过阻断肿瘤细胞的CD47来增强巨噬细胞对肿瘤的吞噬作用,位于细胞质的BLZ945通过灭活细胞内M2极化信号通路,促使其在免疫抑制微环境中对M2表型产生极化抵抗力。本研究中,德国innoME公司的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统,用来监测M1巨噬细胞与癌细胞共培养时对癌细胞的吞噬动态过程,并提供相应的图片、视频和数据,对工程化改造的巨噬细胞ARMFUL/M1的吞噬能力进行体外评估。如视频1和2所示,在共培养体系中,巨噬细胞(圆形)识别、追逐和啃噬单个癌细胞(梭形)。ARMFUL/M1组的吞噬细胞簇(巨噬细胞攻击单个癌细胞)数量明显高于其他组(视频1),吞噬细胞簇的数量在10小时处达到峰值(图1右图)。这些评估结果表明,ARMFUL/M1对癌细胞的吞噬能力明显增强,比非工程化巨噬细胞强数倍。视频1 M1巨噬细胞对癌细胞的吞噬过程视频2 ARMFUL/M1巨噬细胞对癌细胞的吞噬过程图1 ARMFUL/M1抗肿瘤疗效的体外评价。左图为巨噬细胞分别在0、20和30小时的吞噬癌细胞的图像,右图为通过zenCELL owl获取图片结果定量的吞噬细胞簇曲线本文提出的膜融合介导的细胞工程技术,使用ARMFUL同步设计具有多种功能的M1表型巨噬细胞,步骤简单,利于临床转化,并有望与CAR细胞疗法相结合,以实现更广泛的生物医学应用。另外,ARMFUL还可以与多种工程试剂组合以构建具有多种功能的过继效应细胞,为定制细胞行为和功能提供通用平台。德国innoME公司自主研发和生产的zenCELL owl活细胞动态成像及分析系统,基于非标记、非侵入方法,原位记录细胞实时生长和定量的分析数据。zenCELL owl体积小巧,耐温耐湿,可在细胞培养箱内长时间连续工作;通过24个显微成像镜头,对24个视野进行连续的动态监测和图像获取。zenCELL owl为用户提供高质量的图像、视频、统计学曲线和定量数据,实现细胞增殖/增殖抑制、细胞培养质控/培养优化、迁移/侵袭等诸多活细胞动态过程的监测。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为zenCELL owl大中华区独家代理商,负责zenCELL owl产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接:https://www.science.org/doi/10.1126/sciadv.adh2413▼更多 zenCELL owl 产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.11.20

Nature Aging: Blue Pippin用于 piRNA调节体细胞促衰老信号研究

背景:长寿具备可塑性,且受外部因素(例如饮食)和内部因素(例如生殖需求)共同影响。生殖细胞和体细胞之间的信号传递可以使个体对生理和环境挑战做出协调反应。生殖系统是通过抗衰老与促衰老信号相互竞争来实现体细胞衰老调节。去除生殖细胞系(germline removal)会通过包括胰岛素和帕霉素信号通路在内的保守途径延长体细胞寿命,而生殖细胞系过度活跃(germline hyperactivity)则通过未知机制来缩短寿命。piRNA(PIWI-interacting RNA),是一种长25~33nt的非编码RNA,通过与PIWI蛋白相互作用而发挥作用。piRNA主要在生殖系统中表达,与基因组稳定性保持、表观遗传学调节、生殖干细胞分化、胚胎发育和多种疾病的发生、发展密切相关。2023年1月,新奥尔良大学 Shi Cheng 和普林斯顿大学 Coleen Murphy 在 Nature 子刊 Nature Aging 上发表了题为:piRNAs regulate a Hedgehog germline-to-soma pro-aging signal 的研究论文。 作者在秀丽隐杆线虫中发现了一个piRNA-Hedgehog信号通路,交配诱导的生殖细胞过度活跃会下调piRNA,使某些Hedgehog配体脱靶,从而加速解除对Hedgehog相关基因的抑制,如编码基因wrt-1和wrt-10。 Hedgehog将生殖细胞系状态传递给体细胞,导致交配诱导的体细胞萎缩和死亡。其中,作者对已交配或未交配的雌雄同体秀丽隐杆线虫的生殖细胞系进行了mRNA和小RNA测序,以确定在已交配的雌雄同体中差异表达的基因和非编码RNA,发掘衰老机制。研究表明Hedgehog信号通路由piRNA调控,以编码先前未知的生殖细胞促衰老信号。交配诱导生殖细胞piRNA下调以及随后Hedgehog通路向体细胞发出的信号使机体能够根据生殖细胞需求调整体细胞资源分配,优化繁殖时机和存活率。交配诱导的piRNA通路变化数据Shi, Cheng, and Coleen T. Murphy. "piRNAs regulate a Hedgehog germline-to-soma pro-aging signal." Nature Aging 3.1 (2023): 47-63. 作者利用序列同源性通过生物信息学识别了一组可能的分泌蛋白,这些蛋白在交配的雌雄同体的生殖细胞系中被错误调节。通过对其中13个分子的靶向筛选,作者确定了两种Hedgehog样配体——WRT-1和WRT-10,这两种配体足以导致生殖细胞系收缩,并且是交配对寿命的有害影响所必需的。特别是,敲低wrt-1基因,能够消除50%的交配对寿命缩短的影响。文中small RNA测序部分使用Pippin系列全自动核酸电泳片段回收系统进行small RNA精准回收,干净去除引物二聚体,揭示了piRNA-Hedgehog信号通路的非常规作用,以及Hedgehog信号在调节寿命和体细胞维持中的新作用。Sage Science是全球领先的研发制造Pippin系列全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围的DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。2023年Sage Science全新推出最新Pippin24全自动核酸电泳回收分析系统,该系列在保留PippinHT高速高通量的特点之上,配置选择上更加灵活,既可以为短片段回收的用户提供更具性价比的产品,也可以通过模块配置升级实现片段筛选回收、电泳图谱分析、核酸浓度测定等更多更全面的功能。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.11.15

Moxi Go II助力哺乳动物细胞培养中细胞质量密度的均匀性和稳定性研究

如何破解细胞大小之谜,一直是生命科学领域的热门话题。很早就清楚细胞大小源于细胞生长和分裂的频率平衡,决定了细胞内的几何结构和细胞器大小,并影响细胞产生蛋白质和其他分子的方式,进而影响生物合成过程。同时细胞大小结合细胞周期的变化,反映了生物体新陈代谢和对环境的生理适应的变化。最近,诸多研究者聚焦于细胞大小中细胞质量或细胞体积的控制机制研究。细胞体积可通过库尔特原理或3D显微镜进行测量,单个细胞的质量定量则是直接记录浮力或干质量(主要由生物合成和降解的总和决定)。如果细胞体积在生长过程中与细胞干质量成比例,则细胞质量密度保持恒定,可以用细胞干质量除以细胞体积来计算。然而细胞的生命活动纷繁复杂,例如生长、分化或衰老,以及细胞类型不同,导致细胞大小和体积的变化,从而引起细胞干质量和细胞体积的比例关系随之改变。因此如何较为稳定的实现细胞质量密度的测量受到了研究者的关注。最理想的方式是直接、准确地测量细胞的质量密度,但是现有的几种方式皆有局限性,误差较大。为此,来自哈佛医学院的Xili Liu等人开发了归一化拉曼成像-Normalized Raman Imaging (NoRI)。NoRI能够对活细胞或光学切片固定细胞中的蛋白质、脂质和水密度进行无标记的直接测量;总质量通过细胞体积上的质量密度积分,基于z堆叠图像计算,灵敏度可达15 mg/ml。相关研究以“The uniformity and stability of cellular mass density in mammalian cell culture“为题,发表在《Frontiers in Cell and Developmental Biology》上。本研究采用三种不同类型的哺乳动物细胞系,HeLa (CCL-2人癌症细胞系),NIH3T3 (CRL-1658,狗上皮细胞系)和RPE-1 (CRL- 4000),小鼠纤维细胞系),使用NoRI显微镜直接测量细胞中蛋白质和脂质的质量密度,研究质量密度如何对细胞外的渗透应激、蛋白质合成的抑制、蛋白质降解的抑制、细胞骨架破坏和其他生理状态变化等各种扰动做出反应。作者将上述三种细胞分别在饥饿培养基(无血清,渗透压350mOsm)、+200mOsm高渗培养基(总渗透压542 mOsm)、+400mOsm高渗培养基(总渗透压742 mOsm)、低渗培养基(渗透压158mOsm)以及雷帕霉素、环己酰胺、诺可唑和Ouabain八水合物等药物中进行处理,处理完成后对细胞的蛋白质合成速率、细胞增殖、SAβ-半乳糖苷酶活性和免疫荧光多项指标进行检测。SE蛋白染色法(固定细胞染色后通过荧光显微镜成像)估算细胞的干质量,Coulter原理测量细胞体积,NoRI显微镜测量细胞中蛋白质和脂质的质量密度以及细胞周期。检测相关图像及数据均由Matlab(Mathworks)或Image J(National Institute of Health)的自定义设置和分析。文章中对于细胞体积的测量,采用了Orflo Technologies公司提供的Moxi Go II,库尔特原理的快速流式细胞仪,具体操作:0.05%或0.25%胰蛋白酶-EDTA胰蛋白酶消化细胞, 重悬于相应的药物或渗透压DMEM中,然后选择预设程序“细胞计数(仅限大小)”完成细胞体积的测量。在Moxi GOⅡ测量结果中,细胞样本中的碎片或死细胞可通过设置细胞的直径门控而排除掉。部分结果如下:图1. 在MDCK和HeLa细胞中,细胞大小随渗透扰动而变化:A,C,在MDCK(A)和HeLa(C)细胞中,通过SE蛋白染色估算的干质量变化。B,D,在MDCK(B)或HeLa(D)细胞中,通过库尔特原理测量的细胞体积变化。在低或+200mOsm高渗培养基中处理1小时或在3μM ouabain中处理5小时后测量细胞。N=8524-16257个细胞(干质量),N=3145-8000个细胞(体积)。(A-D)中的红色虚线表示对照样品的中位数。图2. 细胞骨架扰动增加了HeLa和MDCK细胞中的蛋白质密度。细胞在5μM 细胞松弛素D(+CytoD)或5μM诺可唑(+Noco)中处理1小时。A,I,通过SE荧光估算细胞干质量。B,J,通过库尔特原理测量的细胞体积。C,K,通过OPP脉冲标记与SE蛋白质染色比率(OPP/SE)定量蛋白质合成速率。研究者通过比较细胞体积、细胞干质量和细胞质量密度的变化系数发现,蛋白质和脂质密度在不同类型的细胞内表现都高度一致。虽然细胞质量密度在细胞周期中变化不大,但是和YAP( Hippo通路中的关键转录辅因子)定位之间存在功能联系,又会因外部渗透胁迫、细胞骨架破坏以及细胞的衰老和饥饿等发生改变。这些差异反应可以帮助我们了解生理和病理条件下细胞大小和质量密度调节的本质。Moxi GO IIMoxi GO II采用库尔特原理进行细胞计数和粒径测量,同时采用488nm激光光源,结合两个PMT通道,525/45nm通道和561nm/LP(或者646nm/LP,可根据需要更换),进行细胞活率、细胞凋亡、转染效率、活性氧簇、线粒体膜电位等常规流式检测。仪器设计小巧轻便,无需预热,开机即用,预设程序,触屏操控,运行后10秒即可给出测试结果,使用后也无需清洁维护。无论是经验丰富的流式专家,还是初试身手的实验小白,Moxi Go II都可以助您轻松完成实验。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Orflo Technologies大中华区独家代理商,负责Orflo产品大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接: https://doi.org/10.3389/fcell.2022.1017499▼更多产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.11.15

全自动DNA脉冲场电泳回收仪在医学研究领域的应用

近些年,随着“精准医学”的不断发展和完善,相关基因层面的研究必不可少。基因测序技术凭借其高效、全面、深入的特性,已经成为医学领域常用分子生物学研究技术,例如生殖、肿瘤、遗传病以及病原微生物等研究都离不开基因测序技术,涉及疾病发生、诊断、治疗和监测等。来自美国Sage Science公司的全自动DNA脉冲场电泳回收仪,可高效、精准完成DNA片段的分选和回收,极大提升测序的质量和效率。Sage Science公司深耕DNA片段回收领域多年,其产品具有精、微、高、大、省的特点,且依据目标片段长短和通量分为多种型号,以满足不同使用需求。Sage Science 全自动DNA脉冲场电泳回收仪精 --- 精确度高(回收精确度达93-99%)微 --- 低起始量(低至ng级,控制时间回收,不直接检测样品)高 --- 高回收率(50-80%的回收得率)大 --- 大分子DNA(脉冲场电泳分离回收kb-Mb大小的DNA片段)省 --- 省时间(5分钟的手工操作时间,无需额外制胶和切胶)医学领域应用部分案例分享Illumina测序平台1.miRNA-seq:文章旨在揭示肾母细胞瘤候选驱动基因的表观调控机制。miRNA-seq部分,使用Pippin prep筛选混合后的miRNA 文库,提升文库长度均一性【1】。2.ChIP-seq/ATAC-seq:文章通过整合转录组学和表观基因组分析,表明表观遗传学疗法中重新激活促炎基因表达,可能对抗肿瘤免疫和炎症疾病具有治疗意义。ChIP-seq/ATAC-seq文库构建过程,使用Pippin Prep筛选200-500bp目标片段,提升测序准确性【2】。3.cfDNA甲基化:本研究通过液体活检技术,分析局限性和转移性前列腺癌症患者cfDNA甲基化的差异,显示cfDNA甲基化差异可以进行疾病分型,预测准确率为0.989。Pippin Prep富集cfDNA,提升检测灵敏度【3】。4.HLS-CATCH:文章意在通过家族人群基因分析,了解林奇综合征相关的肿瘤疾病。其中为了提高母本单倍体分型的分辨率,在SageHLS仪器上使用“CATCH 100–300kb extr1h-sep3h.shflow” 进行0.3-Mb基因座的分离,进行目标区域高深度测序【4】。5.全基因组测序:本研究对143个人胚胎干细胞系进行了全基因组测序(WGS),并对SNV和SV进行注释,了解变异与生物学表型的关系,这有助于选择合适的细胞系用于科学研究或者临床应用。Pippin Prep筛选370bp±10%目标片段,提升测序准确性【5】。6.small RNA:该研究通过small RNA测序验证与生育相关的精子small RNA,并探讨了它们改变胚泡发育的潜在机制。small RNA文库构建,使用Pippin HT进行回收,可以去除引物二聚体并获得目标small RNA【6】。Pacbio测序平台1.本文首次将长读长测序用于描述人类胰腺导管上皮癌变过程中结构变化的特征。通过原位Hi-C技术(技术中使用Sage ELF回收8-12kb、14-17kb目标片段)揭示了3D染色质结构的广泛重编程,扩大了对人类癌症SVs发病机制的理解【7】。Nanopore测序平台1.文章通过多种测序技术,揭示细胞间结构变异有助于了解三阴性乳腺癌(TNBC)和高级别浆液性卵巢癌症(HGSC)的表型和进化多样性的起源。Blue Pippin,保留长片段DNA,发挥Nanopore测序仪长读长测序优势,获取更多结构变异信息【8】。相关引用文献:【1】Gadd, Samantha, et al. "Genetic changes associated with relapse in favorable histology Wilms tumor: A Children’s Oncology Group AREN03B2 study." Cell Reports Medicine 3.6 (2022): 100644.【2】Hogg, Simon J., et al. "Distinct modulation of IFNγ-induced transcription by BET bromodomain and catalytic P300/CBP inhibition in breast cancer." Clinical Epigenetics 14.1 (2022): 1-15.【3】Chen, Sujun, et al. "The cell-free DNA methylome captures distinctions between localized and metastatic prostate tumors." Nature Communications 13.1 (2022): 6467.【4】Vogelaar, Ingrid P., et al. "Large Cancer Pedigree Involving Multiple Cancer Genes including Likely Digenic MSH2 and MSH6 Lynch Syndrome (LS) and an Instance of Recombinational Rescue from LS." Cancers 15.1 (2023): 228.【5】Merkle, Florian T., et al. "Whole-genome analysis of human embryonic stem cells enables rational line selection based on genetic variation." Cell stem cell 29.3 (2022): 472-486.【6】Hamilton, Matthew, et al. "Assessing spermatozoal small ribonucleic acids and their relationship to blastocyst development in idiopathic infertile males." Scientific Reports 12.1 (2022): 20010.【7】Du, Yongxing, et al. "Dynamic Interplay between structural variations and 3D genome organization in pancreatic cancer." Advanced Science 9.18 (2022): 2200818.【8】Funnell, Tyler, et al. "Single-cell genomic variation induced by mutational processes in cancer." Nature (2022): 1-10.Sage Science是全球领先的全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多产品详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.11.09

ArrayJet生物芯片点样仪助力小分子化合物与RNA酶结合位点筛选

近年来,RNAs已成为小分子药物靶点研究的热点,这在一定程度上是由于细胞中绝大部分基因(85%)都被转录成RNA,相比之下,编码蛋白质的基因只占有约1-2%。最近有研究表明,不同种类的RNA(如lncRNA、miRNA和mRNA)可以被药物分子靶向。理想的RNA小分子靶标应同时具有配体性和功能性,在某些情况下,小分子靶向配体可以改变RNA的构象和热力学稳定性从而导致RNA功能发生变化。一些位于5'非翻译区的RNA四链体(rG4s)已经被小分子靶向来抑制RNA翻译过程,比如:美国FDA批准的药物--左氧氟沙星。RNA-G四链体(RNA G-quadruplex,RG4)是由富含串联重复鸟嘌呤碱基(G)核苷酸链组成的一类非经典RNA高级结构,其可以通过调控RNA剪切、转运和翻译等过程调节基因表达,参与多项生命活动和疾病的发生发展。DHX15是一种RNA解旋酶,可以促进mRNA成熟以及核糖体生成,除此之外,也与一些癌症息息相关,比如:前列腺癌、伯基特淋巴瘤和急性髓系白血病。但由于RNA解旋酶很难被小分子直接靶向,因此,开发和研究能识别小分子化合物与RNA靶点结合的方法至关重要。该文章于2023年7月刊登在预印本网站,作者来自于美国国家癌症研究所,研究人员首先利用生物信息学方法在DHX15 mRNA的5'非翻译区(5'UTR)发现了一个RG4区域,且通过化合物小分子微阵列(SMM)方法,找到了一个与DHX15 rG4特异性结合的化合物,作者使用英国ArrayJet生物芯片点样仪将14802种感兴趣的小分子化合物点印在环氧基修饰的载玻片上,点样完成后使用封闭液对玻片进行封闭2小时,然后分别与Cy5标记的DHX15以及RG4竞争性配体BRACO19孵育两小时,反应后使用PBS清洗玻片三次,并通过离心机加速干燥,数据使用法国Innopsys公司的生物芯片扫描仪InnoScan 1100AL在635nm处进行荧光信号扫描和分析。根据荧光检测结果以及RNA酶竞争性实验筛选出17种候选化合物,在这些化合物中又通过光淬灭实验最终筛选出一种强有力结合的化合物,如图1。同时为了确定小分子化合物与DHX15的结合强度,作者使用SPR技术来进行分析,使用不同浓度的化合物进行滴定,最终测得结合常数KD为12.6 ± 1 µM。图1.高通量筛选与DHX15 RG4结合的化合物。(A)使用化合物芯片筛选SMM的工作流程示意图。采用竞争性筛选的策略,在BRACO19存在/不存在的情况下孵育RNA。(B)筛选结果的散点图,显示存在/不存在BRACO19时z分数的比较。(C)对SMM筛选的11号化合物进行鉴定。(D)基于筛选数据集的11号化合物评分。在这里,作者通过高通量小分子微阵列的方式发现了一种可以下调DHX15蛋白表达的化合物,而且此前尚未报道过有针对DHX15 mRNA的小分子探针。该方法为新药研发过程即从靶标识别到先导化合物的发现提供了一种新的研究策略。原文链接:https://doi.org/10.1101/2023.07.25.550542Arrayjet位于英国爱丁堡,专注于提供生物芯片应用领域的解决方案及服务。自2000年公司成立即致力于开发新型生物样品喷点方案–喷墨式液体处理平台,该系统于2006年上市,目前用户遍布全球27个国家。Mercury系列产品采用独特的飞行喷墨点样技术实现行业第一的快速、非接触式微量液体处理。同时上万种不同样品可以进行快速点样,专利的上样模块配合高通量的点样喷头保障您的点样操作快速、无污染,更低的上样体积可有效减少样品损失,使您的珍贵样品物尽其用。▼更多 ArrayJet 详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.11.01

文献解读:OCUS应用于小鼠肝脏脂滴代谢的调控机制研究

非酒精性脂肪肝病(Nonalcoholic fatty liver disease,NAFLD)与肥胖、胰岛素抵抗、2型糖尿病和心血管疾病的发展密切相关,并且是许多晚期肝病的主要因素。NAFLD的全球发病率超过25%,且正在迅速增加,已成为危害人类健康的重大代谢性疾病。非酒精性脂肪性肝炎(Non-alcoholic steatohepatitis,NASH)是NAFLD的晚期阶段,在NAFLD中的发病率约为25-30%。针对NAFLD / NASH,目前尚无既定疗法或FDA批准的药物,其发病机理和潜在机制也大多未知。因此,探究并确定一种新的药理方法用于NAFLD / NASH的有效临床治疗是至关重要的。2022年11月,深圳大学苏文研究员、华东师范大学张晓燕教授与大连医科大学管又飞教授团队,在Nature Communications上发表题为“Phosphorylation of 17β-hydroxysteroid dehydrogenase 13 at serine 33 attenuates nonalcoholic fatty liver disease in mice”的文章,揭示了17β-HSD13的蛋白磷酸化对肝细胞脂滴代谢的重要调控机制,并提出了一种新的靶向治疗NAFLD方案。已有研究证明新型肝脂滴蛋白17β-HSD13(属于17β类固醇脱氢酶),特异性表达于肝脏脂滴表面,其过表达可显著促进脂肪肝的发生和发展,提示17β-HSD13可能在脂肪肝的干预治疗中具有重要价值,但其确切功能及相关调控机制仍不清楚。本文研究中该联合团队发现,在肝细胞内17β-HSD13和肝脏重要水解酶——脂肪甘油三酯脂肪酶(Adipose triglyceride lipase,ATGL)及其辅因子CGI-58(Comparative gene identification 58)三者间存在动态的结合,PKA信号通路的激活可以使17β-HSD13的丝氨酸33位磷酸化,从而增加CGI-58对ATGL的激活,进而促进脂滴中甘油三酯的水解和线粒体的β-氧化,从而改善肝细胞内甘油三酯的积累。为了研究17β-HSD13丝氨酸33位磷酸化与NAFLD的功能相关性,研究人员使用CRISPR/Cas9基因编辑技术,构建了33位丙氨酸替代的丝氨酸表达失活型(S33A)小鼠模型Hsd17B1333A/A,并与野生型(Wild type,WT)对照组小鼠Hsd17b13+/+共同饲养5个月,Hsd17B1333A/A小鼠出现显著的脂肪肝表型,经H&E和油红O染色切片扫描(由芬兰Grundium的Ocus便携式数字病理切片显微成像系统进行扫描),结果显示Hsd17B1333A/A小鼠的肝部中央静脉区域大量蓄积更大尺寸的肝细胞脂滴,同时IHC结果也显示F4/80+和CD68+细胞浸润(如图1红框)。结合其他相关实验,证明17β-HSD13的丝氨酸33位磷酸化障碍促进了正常饮食小鼠的肝脏脂质积累和炎症发生。图1 丝氨酸表达失活型小鼠肝细胞脂滴染色结果之后,为确定脂滴水解功能障碍是否会促进NASH的发生和发展,研究人员用高脂肪饮食(High-fat diet,HFD)喂养Hsd17b13+/+和Hsd17b1333A/A小鼠3个月。经组织学检查、油红O和Masson染色分析,Hsd17b1333A/A小鼠比Hsd17b13+/+小鼠表现出更严重的肝脏脂质积累、肝细胞气球化和细胞外基质沉积症状,IHC扫描结果显示,与WT小鼠相比,Hsd17b1333A/A小鼠的肝脏炎症和纤维化进程显著加快(如图2)。利用腺病毒载体AAV在小鼠肝内诱导表达进行协同验证,得到类似结果(如图3)。相关实验证明了Ser33残基是17β-HSD13重要的磷酸化位点,并可能参与到ATGL依赖型脂肪水解的调控中,Ser33残基的靶向突变促进了NASH的发展。图2 HFD喂养小鼠肝组织染色结果图3 腺病毒AAV在小鼠肝内诱导表达后的肝组织染色结果在获得17β-HSD13丝氨酸33位磷酸化调控NALFD的相关结论后,研究人员通过计算机辅助药物设计技术,从FDA批准的小分子药物库中筛选出干预NAFLD的潜在药物—原用于治疗哮喘的瑞普特罗。继而单独对实验组小鼠进行瑞普特罗给药,油红O、H&E和Masson染色相关研究结果显示,相比对照组HF-Ctrl,实验组小鼠HF-R的肝脏脂滴大小和数量均显著减少(如图4)。同时结合蛋白和酯类的表达分析,瑞普特罗可以通过激活PKA信号通路增加17β-HSD13丝氨酸33位的磷酸化,并抑制NALFD的发生和发展,进一步提示靶向17β-HSD13丝氨酸33位磷酸化可能是干预NAFLD的潜在药物靶点。图4 瑞普特罗给药后肝组织染色结果综上所述,此项研究证实了17β-HSD13是PKA新的磷酸化底物,阐明了17β-HSD13丝氨酸33位磷酸化在调控肝脏脂滴代谢中的重要作用,揭示了PKA / 17β-HSD13 / ATGL信号轴在干预脂肪肝发生和发展中的作用机制,为靶向17β-HSD13治疗NAFLD及相关代谢疾病提供了重要的理论基础。文章中小鼠病理组织经H&E染色、油红O染色、IHC免疫组化及Masson染色后,均使用芬兰Grundium公司生产的OCUS便携式数字病理切片显微成像系统进行扫描。芬兰Grundium公司自主研发和生产了全球领先的便携式数字病理扫描显微成像系统--Ocus。设备具有双层可移动载物台,根据自动圈选的区域,结合专利的软件算法采取螺旋路径等非直线扫描模式,快速完成扫描。Ocus每个视野独立自动对焦,可有效避免切片厚薄不均导致的图像问题,且采集的图片自动无缝拼接生成超高清图片,不遗漏任何有价值的信息。Ocus的访问和操作均采用浏览器模式,通过有线、无线或Ocus自带热点的链接,无需安装额外的软件或app,通过手机、Pad或电脑即可实现仪器的访问和操控。同时机器整合了现代的通讯技术,支持多人实时共享高清图片和远程操控仪器,让远程会诊、学术交流和教育更加便利。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入国内。APG BIO具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。APG BIO作为Grundium大中华区独家代理商,负责Grundium产品大中华区的营销和售后支持。   更多资讯请访问文献全文链接:https://doi.org/10.1038/s41467-022-34299-1▼更多 Ocus 详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.11.01

超长片段回收仪HLS最新联用方案—靶向TELL-Seq,简化MHC单倍体分型!

背景知识:1.什么是HLS-CATCH技术?HLS-CATCH技术是利用HLS(来自Sage Science公司的超长核酸片段回收仪)联合CRISPR-Cas9基因编辑技术,获取长片段完整基因,长度范围50kb-400kb。其原理如图1:(1)在HLS上直接裂解细胞,完整的基因组DNA释放;(2)使用CRISPR-Cas9基因编辑技术靶向剪切获取目标长片段DNA;(3)通过HLS直接获取高质量完整的目标长片段(HMW DNA)。后续可以匹配Nanopore、Pacbio、Illumina等测序平台进行序列分析。图1:HLS-CATCH技术原理图2.什么是TELL-Seq?美国Universal Sequencing Technology公司(简称UST)推出的TELL-SeqTM 关联长读长测序文库构建技术(Transposase Enzyme Linked Long-read Sequencing),是一种基于二代测序平台,可以在单个PCR管中对整个人类基因组实现测序的方法(如图2)。但是对于研究单一或者少数基因位点的研究者来说,不够经济高效。因此,美国Universal Sequencing Technology公司与Sage Science公司联合TELL-Seq和 HLS-CATCH技术,开发了一种优化的实验方法:靶向TELL-Seq。即使用HLS-CATCH技术获取目标基因片段后,再进行TELL-Seq,最大限度地节约测序成本和数据分析时间。图2:TELL-Seq 流程图(来源:Illumina)近日,Sage Science公司发布了联合TELL-Seq与 HLS-CATCH技术在MHC(major histocompatibility complex)基因单倍体分型的案例。实验内容:1. gRNA(Guide RNA)设计:针对MHC基因,设计gRNA针对MHC基因座(约4 MB),设计了两种gRNA方案。第一种按照间隔400kb设计剪切位点,每个剪切位点设计3个gRNA(见图3红色框:set3);第二种方案同样按照间隔400kb设计剪切位点,但剪切位点与第一种相比偏移200kb(见图3紫色框:set1)。两种方案分别在HLS独立运行,获取目标400kb片段后,混合进行TELL-Seq。图3:gRNA(Guide RNA)设计图示2.文库构建:构建TELL-Seq Linked Read LibraryTELL-Seq文库构建简单且高效。DNA投入量为1ng,在单个PCR管中3小时即可实现TELL-Seq Linked Read Library构建(图4)。前期HMW DNA获取对于后续单倍体分型分析至关重要,高质量且完整的DNA才能精准定位单倍体类型。图4:TELL-Seq Linked Read Library构建流程实验结果:初步结果显示,经HLS-CATCH技术富集后,获取的测序数据对于目标MHC基因座具有足够的覆盖度(约180×),并且满足单倍体分型测序数据要求。具体情况如图5:图5-1:测序覆盖度分析图5-2:IGV查看MHC单倍体分型图5-3:测序数据分析总览通过三代测序数据进行单倍体分型分析,一直具有高挑战性和高成本的劣势。而TELL-Seq技术的发展,使得在二代测序平台上实现单倍体分型成为可能。靶向TELL-Seq是单倍体分型的得力助手,一方面可以获取高度准确的数据用于分析,另一方面又可以降低成本、检测周期和DNA投入量。应用案例链接:https://sagescience.com/wp-content/uploads/2022/10/TELL-SEQ-MHC-App-Note.pdfSage Science是全球领先的全自动核酸电泳片段回收仪的生产厂家,拥有美国技术专利,各个型号产品可以高效完成不同长度范围DNA片段的精准回收,广泛用于二代测序、三代测序以及多种分子生物学相关领域。环亚生物科技有限公司作为美国Sage Science公司在中国区的独家代理商,自2011年以来将Sage Science的产品线引入国内,一直为国内用户提供专业的全自动核酸片段回收系统的安装测试、应用培训,技术支持与售后维护工作,赢得客户的一致好评与信任。环亚生物科技有限公司将一如既往的支持越来越多的Sage Science用户。▼更多 HLS 详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

应用实例

2023.11.01

Blotcycler助力先天性脑积水相关致病机制的研究

先天性脑积水(Congenital hydrocephalus,CH)也称婴儿脑积水,是一种常见的神经系统疾病,每1000名新生儿中就有约1人患有CH。CH早期对智力无影响,晚期可能会出现表情呆滞、智力迟钝、视力减退和肢体瘫痪,甚至发生并发症而死亡。CH可通过神经外科分流进行治疗,但手术存在较大风险及并发症。因此研究CH的发病机制,开发新的CH预防、诊断和治疗方法显得至关重要。已有研究证明神经分化不平衡是CH发生的主要原因。基于多种模式生物的遗传学研究,发现在胚胎和神经干细胞中大量表达Trim71,一种保守的、干细胞特异的、RNA结合蛋白(RBP),对早期胚胎发生一定的神经分化密切相关。Trim71的RNA结合结构域内有多个CH作用的突变位点,可以改变Trim71的RNA结合能力,然而,这种突变如何导致干细胞分化缺陷和神经形成缺陷的分子机制仍不完全清楚。来自梅奥诊所的Qiuying Liu等人,针对Trim71中两个CH相关突变——R595H-Trim71和R783H-Trim71进行了研究,相关研究成果以“Different congenital hydrocephalus – associated mutations in Trim71 impair stem cell differentiation via distinct gain-of-function mechanisms”为题,发表在PLOS Biology上。因为Trim71突变体引起的CH发病机制在小鼠和人类之间是保守的,因此作者使用小鼠胚胎干细胞(mouse embryonic stem cells ,mESCs)为模型,来研究Trim71中CH相关突变的分子机制。作者通过基因敲除和基因编辑技术,在Trim71中引入R595H或R783H,获得四个突变mESC系,分别代表单等位基因(R595H/+,R783H/+)和双等位基因突变(R595H,R783H),然后采用蛋白免疫印迹杂交(Western Blot)、免疫荧光,CLIP-seq, RNA-seq等手段,与野生型mESCs进行一系列的比较分析。结果发现尽管跟之前的报道一样,Trim71中的CH相关突变R595H和R783H加速了mESCs的分化,增强了神经细胞系的定型,减少了与野生型Trim71靶向mRNA的结合。然而每个Trim71突变体都结合不同的异位靶mRNAs亚群。R595H-Trim71与编码β-连环蛋白的信使核糖核酸结合,并抑制其翻译。增加β-连环蛋白水平可减轻R595H-Trim71 mESCs的分化缺陷,但不能减轻R783H-mESCs中的分化缺陷。这些结果意味着Trim71的RNA结合结构域的功能发生突变,通过不同的病理机制引起CH,CH患者可以根据这些不同的机制进行分层,针对遗传多样的CH病因设计精确的治疗策略。文中所有的蛋白免疫印迹杂交(Western Blot)操作,均通过美国Precision Biosystems公司提供的全自动蛋白质印迹杂交系统Blotcycler完成。部分结果展示:图1. 神经谱系标记在定向神经分化过程中(不同天数)的蛋白质印迹Sox1和Pax6是神经外胚层特异性所必需的两种谱系特异性转录因子,与野生型mESCs相比,在两种Trim71突变体mESCs的定向神经分化过程中表现出更高的表达(图1 红框)图2. WT mESC、R595H-mESC和R783H- mESC的蛋白质印迹R595H-Trim71 mESCs特异性显示β-连环蛋白水平降低,而Ctnnb1 mRNA水平没有变化(图2红框)。图3. 在WT mESCs中表达空载体、Flag-Trim71、Flag-Trim71(R595H)和Flag-Trim71(R783H)的蛋白质印迹R595H-Trim71在WT mESCs中的异位表达降低了β-连环蛋白水平,而没有降低Ctnnb1mRNA水平(图3红框)。来自美国Precision Biosystems公司的Blotcycler,是一款全自动的蛋白质印迹杂交系统,Western Blot洗液工作站,可自动化完成封闭、孵育、清洗和一抗回收的一系列工作,很好地解放您的双手。更为重要和有意义的是:专利的流体清洗可以减少二抗在膜上的附着,降低背景,提高信噪比和灵敏度;自动化的操作流程避免了手工操作带来的误差,保证了批次内和批次间实验的高度重复性;高通量操作和多条件的设定可以辅助您优化Western Blot 实验的条件,例如合适的抗体浓度等,开放的实验平台,无需其他额外投入。Blotcycler是从事Western Blot实验的科研工作者的最佳选择。环亚生物,生命科学产品全国性代理商,不断把国外顶级的创新产品引入中国。环亚生物具备完善的公司运营、产品管理、营销、售前技术支持和售后维修体系。环亚生物作为Precision Biosystems产品大中华区独家代理商,负责Blotcycler在大中华区的营销和售后支持。更多资讯请访问文献全文链接:https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3001947 ▼更多 Blotcycler 详情,请联系我们▼环亚生物科技有限公司地址:上海市闵行区友东路358号闵欣大厦1号楼701/703/705室电话:021-54583565邮箱:info@apgbio.com网址:www.apgbio.com▼更多精彩内容,请扫码关注我们▼

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2023.10.27

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