单细胞RNA测序不限于新鲜样品，冷冻样品也可行

单细胞基因组学在近年来迅速发展，让人们了解胚胎发育等动态过程中的细胞关系。然而，这种技术对新鲜起始材料的依赖限制了研究设计，因为人们不可能随时随地分离单细胞。不过，最近传来的好消息是，当样品预先冷冻时，从单细胞中生成转录谱的准确性似乎没有受到明显影响。

西班牙和以色列的研究人员收集了新鲜样品的近700个单细胞以及冷冻在二甲基亚砜（DMSO）和液氮中长达6个月的800多个细胞，并开展RNA测序。他们的结果表明，冷冻确实损伤了一些细胞，不过剩余细胞的转录谱与新鲜样品的结果一致。这些结果于近日发表在《Genome Biology》杂志上。

巴塞罗那科学技术研究所的国家基因组分析中心（CNAG-CRG）的Holger Heyn表示：“我们现在可以在治疗过程中保存患者的材料，而不需要立即进行样品处理。”这个团队的合作者开始利用抗冻剂来保存样品，“让我们接触到之前不在范围内的样品”。

目前大多数的单细胞RNA-Seq方法都需要在获得样品后直接处理，因此，Heyn及其合作者认为，在不同的时间或地点评估单细胞中转录本的能力实现了复杂的实验设计，并拓宽了可用标本的范围。

为了研究之前冷冻过的细胞是否可用于RNA-Seq，研究人员分析了1486个单细胞，这些来自人、小鼠和狗细胞系以及原代组织样品。他们使用了Illumina的HiSeq 2000或2500测序仪以及一种称为MARS-seq的单细胞RNA-Seq方案。MARS-seq方法于2014年在《Science》杂志上发布，重点是对3’端RNA进行文库制备。

在单细胞分离过程中，研究人员使用的是荧光激活细胞分选（FACS）。他们报告称，尽管冷冻保存与约20%-60%的分选细胞损伤有关，但来自新鲜样品的670个单细胞与来自冷冻样品的816个单细胞产生了相似的基因数量、转录本数量，以及细胞类型特异的表达谱。

之后，他们将分析扩展到更多的细胞，利用MARS-seq或Smart-seq2（全长RNA测序）来评估新鲜和冷冻样品之间的一致性。他们发现两种样品的结果相似，但K562细胞系产生了不同的结果。Heyn指出，冷冻保存也许是一种可行的方法，因为它允许对不同批次的细胞进行平行分析和比较。

作者总结道，“这种方法为拓宽单细胞基因组学研究的范围提供了一种直接而强大的工具。冷冻保存很容易整合到标准的单细胞基因组学流程中，而无需修改目前已建立的方案。”