7种粪便DNA提取的方法比较

JaninaFerrand等人发表在Journal of Microbiological Methods杂志上的一篇文章中，对比了7种提取粪便DNA的方法。

实验材料和方法

1. 样品采集

样本从五只8周的C57BL/6品系的小鼠中获得，有两种样本类型，分别为粪便样本和盲肠内容物。将粪便样本取出后立即放于-20℃条件下冻存。盲肠内容物样本经解剖得到后尽快放于-80℃冻存。

2. DNA提取。所用不同方法或试剂盒种类如下：

3.DNA纯度和质量检测。

OD A260/A280比值测定以及0.8%TBE凝胶电泳实验。

实验结果

                   图一 利用七种方法得到的DNA比较

上图一可以看出，在针对粪便样本进行DNA提取中，利用FpS试剂盒得到的DNA得率为58.2μg/g，利用FpF试剂盒得到的DNA得率为63.69μg/g，与其他试剂盒相比DNA得率明显较高。

另外，在针对盲肠内容物样本进行DNA提取过程中，利用FpS试剂盒得到的DNA得率为74.55μg/g，利用FpF试剂盒得到的DNA得率为36.64μg/g，与其他试剂盒以及提取方法（BO）相比，DNA得率遥遥领先，分别位于第一和第二位。

            图二 利用七种方法得到的DNA电泳图结果比较

从以上图二的电泳图可以看出，在粪便样本中，Fps泳道DNA无拖尾现象，表明DNA纯度较高，没有降解，且DNA片段大于5kb，证明提取得到的DNA完整性很高；

在盲肠内容物样本中，Fps和FpF泳道无拖尾现象，无降解，且DNA片段大于5kb，证明得到的DNA纯度高，完整性高，可直接用于下游实验。

实验结论

经过以上7种实验方法的对比可以看出，不同的提取方法中样本的处方式不同，FpS，FpF方法使用了研磨珠与Fastprep-24 （MP Biomedicals）一起使用的方法；BO使用超声波来破碎样本；这些都属于使用仪器设备对样本进行物理破碎。显然通过物理破碎的方法比化学裂解的方法DNA得率高（如MG、QS、EM）。

且只有FpS，FpF这两种方法得到的DNA质量和纯度较好