cfDNA样本通常在LabChip® GX TouchTM微流控核酸分析仪或其他系统上进行质控分析,但存在一个常见问题是,提取样本中的盐以及其他有机或生物成分的残留可能导致高分子量内标信号下降或高分子量内标峰完全消失,进而导致cfDNA定量和片段大小测定不准确。为解决此问题,我们引入50bp的DNA片段作为内标,用于cfDNA定量。我们还优化了凝胶筛分基质,可以最快的检测速度和最高灵敏度,实现单、双核小体cfDNA的基线分离。cfDNA assay的浓度定量准确度和精确度与市售竞品方法相当或更优。此外,LabChip cfDNA assay被证明可用于分析使用多种市售提取试剂盒制备的cfDNA样本。
LabChip cfDNA assay的浓度检测线性范围为5-100pg/μL,可检测样品板中浓度低至2.5pg/μL (S/N>3) 的cfDNA样本。定量准确度在目标浓度的±20%以内,片段大小准确度在目标片段大小的±10%以内。LabChip cfDNA assay是一种可靠的高通量、自动化、易用型检测方法,可在1.5小时内对一次芯片制备中多达96个cfDNA样本的浓度和片段大小进行量化检测,并提供cfDNA样本中污染物的定性信息。