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高分辨率熔解曲线突变检测农业应用

2009-04-14 09:32

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高分辨熔解曲线分析技术在农业领域中的应用 高分辨熔解曲线分析技术(High Resolution Melting Curves Analysis)是近年来发展起来的一种检测基因突变和刷选SNP的新方法。这种方法也可以与标记和非标记探针结合对已知位点的突变和SNP进行检测以及用于SSR(STR)等短串联重复分子标记分析。 该技术已经被大规模应用于医学领域中,用来分析和筛选导致人类疾病的基因的突变研究。一系列的研究证明,高分辨熔解曲线分析技术是筛选SNP和进行基因分型工作的迅速、廉价而有效的方法。 目前,高分辨熔解曲线分析技术开始越来越多的被应用在农业领域的研究中,并且取得不少成绩。其中比较有代表性的研究单位有英国洛桑农业试验站、中国科学院发育与遗传研究所、中国农业科学院植物保护研究所、中国林业研究院热带林业研究所等。 下面,简单介绍一下高分辨熔解曲线在农业领域中的应用。 小麦是世界上普遍种植的粮食作物,对人类的可持续发展有重要的影响。英国环境、食品和农业事务部小麦遗传改良工作组(Defra Wheat Genetic Improvement Network)与英国洛桑农业试验站合作建立了采用高分辨熔解曲线进行基因突变分析的研究平台。研究者采用化学诱变剂甲磺酸乙酯(ethyl methanesulfonate,EMS)对春小麦进行诱变,然后采用高分辨熔解曲线分析的方法(LightScanner™ 系统和LCGreen Plus染料)对处理后的样品进行扫描,证明这种方法在研究小片段的基因靶序列时有很高的灵敏度与成功率,并且在研究那些外显子较小而内含子很大的基因时特别有效。

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低水平突变的检测促使了许多新方法的发展。我们结合现有的三个技术:数字PCR,非标记探针法和MAAB(突变等位基因的偏向性扩增)(见图1)。数字PCR(Vogelstein and Kinzler,1999)需要许多重复的样本使模板稀释至约1拷贝/反应。将原始的数字PCR进行一些改进后可以进行高分辨溶解曲线分析(HRM),要求模板稀释为5个拷贝/反应 (McKinney, 2007)。这表明,如果存在突变的等位基因,一个反应中至少包括20%的等位基因并且可以检测到异源双链的存在。通常数字PCR检测的灵敏度约为2%。并且灵敏度是可以增加的,这主要取决于重复检测的数量。非标记探针法在PCR反应中加入3’端封闭的非标记寡核苷酸(Zhou,2005)。在使用HRM仪器时除了进行扫描之外,非标记探针增加了基因分型的功能(见图2)。非标记探针的灵敏度大约在5%(Wall,2007)。MAAB利用非标记探针增加了稳定性,探针与野生型等位基因完全匹配,和突变的等位基因不完全匹配,使突变的等位基因得到优势扩增。MAAB的灵敏度可以低于1%(McKinney,2009)。本实验中,我们结合这三种方法来增加HRM的灵敏性和有效性。 如需要全文请下载或者登录北京思博全公司网站获取http://www.spectron.com.cn

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