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Lightscanner 和Lightscanner32 非标记探针法基因分型

2011-05-17 10:13

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资料摘要:

载脂蛋白(ApoE)是一种糖蛋白,包括299个氨基酸,在身体调节胆固醇水平上起主要作用。胆固醇水平过高是冠心病的主要因素,在美国,冠心病是引起死亡的主要因素。ApoE与老年痴呆症也有关系,这种病是因为大脑额叶萎缩,造成神经衰弱。老年痴呆症的普遍表现是痴呆,而且是不能治愈、退化、终端的。ApoE基因有两个SNPs,位于密码子112(c.388 T>C)和158(c.526 C>T)。密码子112和158组合的基因型翻译3种不同类型的蛋白质,通常称为:ε3(正常),ε2(异常),和ε4(异常)。

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低水平突变的检测促使了许多新方法的发展。我们结合现有的三个技术:数字PCR,非标记探针法和MAAB(突变等位基因的偏向性扩增)(见图1)。数字PCR(Vogelstein and Kinzler,1999)需要许多重复的样本使模板稀释至约1拷贝/反应。将原始的数字PCR进行一些改进后可以进行高分辨溶解曲线分析(HRM),要求模板稀释为5个拷贝/反应 (McKinney, 2007)。这表明,如果存在突变的等位基因,一个反应中至少包括20%的等位基因并且可以检测到异源双链的存在。通常数字PCR检测的灵敏度约为2%。并且灵敏度是可以增加的,这主要取决于重复检测的数量。非标记探针法在PCR反应中加入3’端封闭的非标记寡核苷酸(Zhou,2005)。在使用HRM仪器时除了进行扫描之外,非标记探针增加了基因分型的功能(见图2)。非标记探针的灵敏度大约在5%(Wall,2007)。MAAB利用非标记探针增加了稳定性,探针与野生型等位基因完全匹配,和突变的等位基因不完全匹配,使突变的等位基因得到优势扩增。MAAB的灵敏度可以低于1%(McKinney,2009)。本实验中,我们结合这三种方法来增加HRM的灵敏性和有效性。 如需要全文请下载或者登录北京思博全公司网站获取http://www.spectron.com.cn

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