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靶向序列捕获和新一代测序前对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织进行 DNA 质量控制
2018/11/26 16:06
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方案摘要：
产品配置单：
Agilent 2100 生物分析仪
型号： 2100
产地： 美国
品牌： 安捷伦
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方案详情：
摘要
本文将介绍利用 Agilent 2100 生物分析仪系统的微流控芯片电泳，在新一代测序工作流程的 SureSelect 靶向序列捕获之前或期间，对福尔马林固定石蜡包埋组织及新鲜冷冻组织的 DNA 样品进行质量控制。借助 2100 生物分析仪系统可靠的 DNA 电泳技术，可提供弥散条带谱及详细的文库统计信息，例如峰高、平均弥散条带分子量、分子量分布和 DNA 浓度。FFPE DNA 样品的结果与新鲜冷冻组织和对照 DNA 的 DNA 分析结果具有可比性。
前言
最常用的临床样品保存和存档方法之一是制备福尔马林固定石蜡包埋 (FFPE) 组织。全世界的组织库、医院及实验室内存档的 FFPE 组织样本数超过 4 亿个。组织样本通过解剖或活检进行收集，然后用福尔马林固定以及石蜡包埋以保持其完整性，用于组织病理学研究及显微镜观察。收集到的这些病变组织和正常组织未来可能会成为分子遗传学研究中非常有价值的资源。但是，从 FFPE 样品中进行 DNA 提取面临巨大的挑战。甲醛交联、降解以及单链和双链 DNA 相混合等常见问题会导致适合下游应用的 DNA 材料数量减少。因此，对用于新一代测序 (NGS) 等高灵敏度、成本高昂的应用的样品进行质量评估显得尤为重要。
经验证，2100 生物分析仪是 NGS 工作流程中进行片段 DNA 和 DNA 文库分子量测定以及定量分析的一个重要工具。本文将介绍利用 2100 生物分析仪的芯片电泳技术对 NGS 靶向序列捕获工作流程中的 FFPE 和新鲜冷冻 DNA 样品进行分析。
结论
在 SureSelect 靶向序列捕获的样品前处理工作流程中，2100 生物分析仪被应用于 FFPE 样品的 NGS 样品 QC。可靠的 DNA 芯片电泳可提供弥散条带谱和详细的文库统计信息，例如峰高、平均弥散条带分子量、分子量分布和 DNA 浓度。FFPE、相匹配的新鲜冷冻组织，以及对照细胞系 DNA 所得结果适用于下游的 Illumina 平台测序。
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