【安捷伦】别怪我没告诉你，肽谱分析真的“肽”重要了

中国药典和欧盟药典在蛋白质药物成品检验中规定肽图需要与标准品一致，因为属于鉴别项目，不需要定量比较，所以很多人觉得可以“依葫芦画瓢”尽力就好。事实上，生物类似药的肽谱是需要与原研药完全一致的，另外很多实验员在做肽谱分析时重现性很差，需要实验操作者综合考虑蛋白质本身、实验目的以及预期结果，需要实验员具备优质的样品前处理技术、强大的技术分离能力和信息，才能够获取最佳的蛋白水解消化物分离，并进行肽段的可靠表征分析。所以，别怪我没告诉你，肽谱分析真的“肽”重要了，也是难度很高的一个检测项目。干货太多，今天先从蛋白质酶解的独立开发方案说起。

关于蛋白质酶解的独立开发方案，

把浓缩过的“精华”给你

图为蛋白质酶解的 5 大步骤

样品前处理要“量体裁衣”

根据蛋白质的大小或结构，样品的前处理方法不尽相同。 在特定的条件下，可能需要进行样品富集，或从所添加的物质和稳定剂（用于产品剂型中）中分离蛋白质，尤其是在这些添加剂会干扰肽谱分析过程时。针对这些流程，现已开发出许多方法，每种蛋白质均具有一套对应的纯化措施或处理方法。但是，酶解前通常会使用一些更常用的方法进行样品纯化，包括去除/富集、透析和凝胶过滤脱盐。

去除和富集策略

去除和富集策略分别被开发用于去除样品中的高丰度蛋白质或分离目标蛋白质。更多的时候，去除用于蛋白质组学应用，用以降低生物样品（例如，血清）的复杂性，此类样品中含有高浓度的白蛋白和免疫球蛋白。

去除策略可以利用免疫亲和技术（例如，免疫沉淀、免疫共沉淀及免疫亲和色谱法）。另一方面，富集技术会根据独特的生化活性、翻译后修饰  (PTM)  或胞内的空间定位分离细胞蛋白的亚类。翻译后修饰（例如磷酸化和糖基化）可使用亲和配体（例如，金属离子亲和色谱  (IMAC)  或固定化凝集素）分别进行富集。为引入独特的蛋白质化学，其他技术需使用代谢或酶促结合修饰后的氨基酸或 PTM。

利用透析和脱盐优化样品处理

不论是简单的样品还是复杂的样品，常需要通过透析或脱盐对样品进行优化处理，以确保它们酶解过程的兼容性。例如，由于质谱法 (MS) 将测定带电离子，因此必须在 ms 前进行除盐（特别是钠盐和磷酸盐），最大程度减少它们对检测的干扰。

透析和脱盐产物可进行缓冲液交换、脱盐或小分子去除处理，以防止对后续过程的干扰。透析是降低样品盐浓度的常规流程。具体步骤是先将样品装入透析袋（袋膜具有特定的孔隙）中，袋口打结，然后将其置入水浴或缓冲液中，通过扩散使盐浓度达到平衡。大分子无法扩散出透析袋，会留在袋内。如果使用水浴，袋内小分子的浓度会缓慢降低直到透析袋内外浓度相同。达到平衡后，即可撕破透析袋，将其中的溶液倒入收集容器中。虽然透析体积可达几升，但对于大量样品却并不实际，因为会需要几天时间才能将盐完全去除。

凝胶过滤  (GF)  是最实用的实验室流程

凝胶过滤 (GF) 是最实用的实验室流程，可在酶解前对样品进行脱盐。该方法是一种非吸附的色谱技术，可根据分子大小进行分子分离。脱盐可被用于完全去除或降低样品中的盐浓度或其他小分子量成分，而缓冲液的更换则会使用一种新的缓冲液替换样品中的缓冲液。

凝胶过滤法是最简单的色谱操作法之一，因为样品均在度洗脱条件下处理。在其分析形式中，凝胶过滤法（也称为体积排阻色谱）可分离分子量差异大于两倍的分子（例如，蛋白质）。在这些应用中，目标分离物质的体积差异非常大（即蛋白质与盐相比）。

通过选择凝胶过滤填料，可完全排除较大的分子，同时允许较小的分子自由扩散至 所有的孔隙中。色谱柱使用缓冲液进行平衡，它与样品的缓冲液可能相同，也可能不同。将样品加载至色谱柱后，再添加更多的色谱柱缓冲液（洗脱缓冲液），携带样品分子自上而下地流过色谱柱。较大的分子（不能进入填料的孔隙中）首先从色谱柱中洗脱出来，然后是扩散入孔隙的较小分子，相对于较大的分子，小分子的洗脱时间更长。如果洗脱缓冲液与样品使用的缓冲液不同，则较大的分子会从原始盐中替换出来，并被这种新的缓冲液洗脱，从而从最初的样品缓冲液中完全分离出来。

一张图告诉你，化学裂解和酶解怎么选？

裂解肽键的方法有两种 ― 化学裂解和酶解，但是到底怎么选，这取决于需要分析的蛋白质和您所期待的结果。一张图告诉你，如何选择酶解试剂。

为使蛋白水解酶有效地裂解肽链，需要利用各种试剂对样品进行变性、还原和烷基化。而在酶解的部分还需要对酶解的 PH、酶解时间及温度、还有裂解酶的浓度等因素充分考虑。

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