核酸蛋白质定量荧光计

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核酸蛋白质定量荧光计相关的厂商

  • ProteinSimple 金牌12年
    400-860-5168转2472
    ProteinSimple是美国纳斯达克上市公司Bio-Techne集团(NASDAQ:TECH)旗下行业领先的蛋白质分析品牌,致力于研发和生产更精准、更快速、更灵敏的创新性蛋白质分析工具,包括蛋白质电荷表征、蛋白质纯度分析、蛋白质翻译后修饰定量检测、蛋白质免疫实验如Western和ELISA定量检测蛋白质表达等技术,帮助生物制药、细胞治疗、生物医学和生命科学等领域科学家解决蛋白质分析问题,深度解析蛋白质和疾病相互关系。联系方式地址:上海市长宁路1193号来福士广场3号办公楼19层2001室热线:021-52293200 接通后请直接按 631邮箱:jing.li@bio-techne.com网址:www.bio-techne.com
  • MDL立足于生物医学实验、快速检测一站式技术服务,是很早推出整体实验外包的专业服务机构。经过10余年的发展,我们与国内超过百余家的研究机构上千名研究人员共同完成了12000+的实验项目,在中国生物医药实验技术服务领域极具行业影响力。伴随京津冀一体化发展契机,公司实验平台落户天安门正南50公里的固安,我们自行建设了实验动物平台,细胞生物学平台,分子生物学平台,蛋白免疫平台,病理平台,以及快速检测平台。随着二期工程的建设,我们将有超过6000平米的研究中心,能够承载更多更广泛的医学研究工作。MDL已与国内超过300家三甲医院,上千名医生在基础研究领域进行研发和作。与协和医院、北京大学医学部、301医院、海洋大学、哈尔滨理工大学、山东大学、中医科学院、军事医学科学院等研究机构建立了长期关系,为全国的科研人员进行专业技术服务。服务项目动物实验相关、WB、IP和Co-IP服务、蛋白质纯化、蛋白质双向电泳、明胶酶谱、细胞增殖、细胞培养、细胞周期凋亡、平板克隆、免疫荧光、免疫组化、常规及特殊染色、包埋切片爬片、定量pcr、elisa检测服务、普通生化试剂盒检测、全自动生化检测项目等。
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  • 北京百泰派克生物科技有限公司(Beijing Bio-Tech Pack Technology Company Ltd. 简称BTP)成立于2015年,是国家级高新技术企业,业务范围主要围绕蛋白和小分子代谢物检测两大板块,从事蛋白质和小分子代谢物的理化性质分析及结构解析等相关技术服务,为客户提供高性价比、高效率的技术服务。深耕蛋白鉴定、定量蛋白组(iTRAQ/TMT、label free、DIA/SWATCH)、PRM靶蛋白定量、蛋白和抗体测序、蛋白修饰(二硫键、糖基化、磷酸化、乙酰化、泛素化等)、靶向和非靶向代谢物检测。百泰派克生物科技检测平台包括:检测分析平台、蛋白质组学分析平台、代谢组学分析平台、蛋白质从头测序平台、生物制药分析平台和流式细胞多因子检测平台。公司拥有独立的质谱实验室、色谱实验室、细胞培养室和免疫学实验室,以及高分辨率质谱仪和高效液相色谱。目前已与国内外多家药物研发企业,以及哈佛大学、北京大学在内的国内外高校建立了合作关系,协助客户发表了多篇中英文文章,包括Cell等多家高水平期刊。公司自主检测平台发展至今,已覆盖蛋白质组学、代谢组学、生物制药、生信分析等多组学检测平台,积累了丰富的实践经验,凭借专业的技术和优质的服务水平,客户覆盖北京大学、清华大学、中科院等多所知名院校,也与国内外多家药物研发企业建立合作关系。公司始终致力于为各科研院校、企业和机构提供高效、准确、高性价比的蛋白质(组)研究技术包裹,助力客户在基础研究、分子诊断及其他生命科学研究领域取得突破,为生命科学的发展做出贡献。百泰派克技术平台检测分析平台:多台高分辨率质谱仪、高效液相色谱、气相色谱,NMR。蛋白质组分析平台:Label-free、iTRAQ、SILAC、SWATH、MRM;蛋白质定性定量鉴定、蛋白质差异分析、发现疾病标记物、发现药物靶标。代谢组分析平台:靶向代谢组学、非靶向代谢组学、脂质组学分析;通量达1000种代谢分子、代谢通路分析、代谢靶标鉴定。流式细胞多因子检测平台:CBA、FlowCytomix;微量样品需求,分析多种细胞因子。蛋白质从头测序平台:Obitrap Fusion Lumos质谱仪、PEAKS软件分析;100%序列测定,精准蛋白、抗体测序。生物制药分析平台:生物药物鉴定、变异性分析、纯度分析。流式细胞多因子检测平台:CBA、FlowCytomix;微量样品需求,分析多种细胞因子。
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核酸蛋白质定量荧光计相关的仪器

  • 最新款 Qubit Flex 八通道核酸/蛋白定量荧光计 已上市!Qubit 4 荧光计采用专门研制的荧光检测技术和Invitrogen™ Molecular Probes™ 染料。这些染料荧光只有与特异性的靶分子结合时,才能发射荧光信号,即使有游离核苷酸或降解核酸存在,这些染料仍能发挥作用。Qubit 4 荧光定量即便在低浓度下亦具有目前最高的DNA 和RNA 定量特异性和灵敏度。? 选择性 — Qubit 荧光定量采用Qubit 分析试剂盒,其包括专利的染料,只有与DNA、RNA或蛋白质结合时方可发出荧光。由于Qubit 技术只报告靶分子( 而不是杂质) 的浓度,因此这种特异性可以使您获得十分精确的结果? 灵敏性 — 最低仅需1 uL 样品,能精确可靠地定量浓度仅为10pg/L 的DNA 和12.5μg/mL 的蛋白质样本? 简单直观 — 反应灵敏的5.7 英寸彩色触摸屏,直观的导航按钮? 迅速 — 全新的双核处理器,5 秒内快速计算样品浓度,最多存储1000 个结果? 个性化 — 个性化设置常规应用,可通过MyQubit 软件和网络工具创建个性化assay,六国操作语言可供选择上市12 年来,Qubit 荧光计一直以其极高的准确度和灵敏性,受到全球上万个实验室的青睐。迄今为止,已经有17,500 篇有关Qubit 的文献引述。最新推出的Qubit 4 荧光计秉承上一代仪器的高准确性,不仅仅可精确测量样品DNA,RNA 和蛋白质含量,还拥有全新的功能,包括:? 适用全新RNA IQ assay — 快速可靠地检测RNA 完整性和质量? 数据导出 — 除U 盘和USB 连接电脑导出数据,还拥有WiFi 功能? 内置试剂计算器 — 快速计算配置工作溶液所需的染料和缓冲液Qubit 操作简单直观ubit RNA IQ Assay快速、准确地检测RNA 完整性和质量RNA 样品的质量评估对于下游的实验的成功尤为重要。全新上市的InvitrogenTM Qubit RNA IQ(Integrity & Quality )试剂盒和Qubit 4 荧光计配套使用,只需两步就可以准确区分完整和降解RNA,快速评估RNA 质量或降解程度。无需特殊的处理步骤,繁杂的样本制备或漫长的等待过程——最少仅需1 uL,浓度为0.5-1.5 ug/uL 的待测样品,即可在4 秒内获得RNA IQ 结果。Qubit RNA IQ 试剂盒采用两种独特的荧光染料——一种与大RNA,完整和/ 或结构RNA 结合,另一种选择性地结合较小、降解的RNA(图5),两种染料结合使用,可快速地评估RNA样品的完整性和质量。使用时,您只需将样本加入RNA IQ 工作液,然后在Qubit 4 荧光计上完成检测。检测结果会提供RNA 样品完整性和质量的总数值或RNA IQ#,以及样本中大小RNA 的百分比值(图6)。与其他RNA 质量分数类似,RNAIQ# 评分范围为1 到10,数值越大,说明RNA 的质量越高,完整性越好。 与电泳法相比,RNA IQ 检测法有何优势?Qubit RNA IQ 为检测RNA 样本是否降解提供一种快速简单的方法。与基于微流体芯片法比较,RNA IQ 法需要的设备便宜,操作简单,更重要的是检测所需的时间大大缩短。通常来说,完成12 个样品的检测,RNA IQ 法约需要10 分钟,而使用微流体法,约需要75 分钟。如果您只是需要简单评估RNA 样品是否降解,可以使用RNA IQ 法快速完成检测,但如果您需要获取具体的RNA 片段大小及分布信息,我们依然推荐您使用基于凝胶或微流体的电泳方法。RNA IQ 检测结果反映样本中大RNA 和/ 或结构RNA 和小RNA的百分比,其数值与电泳法结果正相关(图7)。然而,需要注意的是IQ# 值反映的是样本中大小RNA 的比值,由于计算原理不同,IQ# 值与其他质量评估方法得到的结果之间存在一些差异(图8)。对特定样本或下游应用,我们推荐您最开始同时使用RNA IQ 试剂盒和传统电泳法来确定测量值的相关性。官方渠道购买 — 品质保证,售后无忧从现在起,通过赛默飞世尔科技官方渠道购买全新Qubit 4 荧光计,即享三年免费退换。
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  • 仪器简介:作为全球最大的实验室过滤及超滤产品供应商,Millipore 可为您提供l. 0.5mL至1000L处理量的实验室除菌过滤装置,可用于血 清、组织培养基及其他溶液的除菌过滤。高通量,低吸附的除菌滤膜,使蛋白质损失最少。可选择即用式过滤器或可更换膜的过滤装置。2. 0.5mL至3000mL处理量的实验室超滤装置,用于蛋白质,核酸的分离、纯化、浓缩和脱盐,专利 的结构设计和新型的超滤膜,使超滤速度更快,产物回收率更高。单片超滤膜和膜包可清洗并反复使用。3. 高通量纯化系统,特别适合大规模样品纯化实验室的应用,可快速有效地同时处理多达96个样品,大大减轻了实验室的负担。主要产品包括:* Amicon 系列超滤离心装置: 浓缩,脱盐一部到位,* DNA Extraction Kit: 从琼脂糖凝胶中回收DNA,只需10分钟即可回收100bp-10,000kb DNA* Micropure -EZ:从DNA中去除常用的42种限制性内切酶,可与Amicon超滤离心装置连用,一步离心即可完成去酶,浓缩及脱盐。* Immobilon 系列转印膜: Ny+ 用于Southern和Northern Blotting PVDF 用于Western Blotting* ZipTip 微量固相萃取吸嘴:只需数秒即可纯化fmol至pmol的蛋白质样品,提高质谱分析的灵敏度* Montage Plasmid kit:用于质粒DNA纯化2 Montage BAC kit:用于BAC DNA纯化2 Montage SEQ kit:用于测序反应后PCR纯化* Montage In-Gel Digest Kit: 同时处理96个1-D或2-D胶中的蛋白质样品* Millex GP33: 超大面积,超高流速的针头式除菌过滤器。技术参数:1.96孔PCR 纯化板---纯化96个样品只需10分钟2.无须离心,只需真空抽干3.不需要使用任何有机试剂及任何盐溶液,也无须洗涤步骤4.纯化后的PCR样品回收率90%(500bp以上)5.纯化后的DNA纯度极佳--Primer的去除率98%主要特点:1.Albumin Deplete Kit--有效去除人血清中65%以上的白蛋2.预装好亲和层析小柱,只需15分钟离心,洗脱操作3.非特异性蛋白吸附极低4.提高低峰度蛋白质在电泳,层析及质谱分析中的解析度5.此Kit同样可适合于其他多种哺乳动物
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  • Qubit Flex八通道核酸/蛋白定量荧光计 产品描述Qubit Flex荧光计可同时准确测量多达 8 个样品,为DNA、RNA和蛋白质定量提供更灵活的通量选择。与单样品微量体积荧光计相比,Qubit Flex荧光计可对多样品同时进行检测,大大节约时间。Qubit Flex荧光计继承了Qubit 4荧光计的卓越准确性和灵敏度,同样采用荧光染料法,可特异性区分定量检测dsDNA、ssDNA、RNA,适合样品珍贵、对准确性要求高的应用领域,如NGS, qPCR, RT-PCR, 基因芯片Microarrays, Northern blot, Southern blot, Sanger sequencing, 转录, 转染, 克隆等。 特点与优点准确且可靠:荧光染料法特可特异性定量dsDNA、ssDNA、RNA、蛋白质,具有更出色的可重复性和低误差率灵敏且特异:比紫外吸光法更灵敏,可区分游离核苷酸或盐离子等杂质,样品仅需低至1μl更节约珍贵样品高效且便捷:3秒即可完成检测,可同时测多达8孔样品,避免单次重复操作,大触摸屏直观易用,大大节约时间50%专门内置四款计算器,帮助简化实验,提高效率:试剂计算器:可帮助算出需要制备多少量的工作溶液以用于所检测的样品量检测范围计算器:基于样品体积及检测类型,呈现最准确的核心浓度范围和可扩展的高低范围摩尔浓度计算器:可根据核酸长度和测得的浓度,快速计算样品的摩尔浓度归一化计算器:可用于测序文库制备中标准均一计算,轻松获得所需的质量、浓度或摩尔质量数据处理更轻松:本地数据可储存10,000样本,轻松通过Wi-Fi, USB, 网线连接导出数据可提供Digital SmartStart™ 3D在线演示教程,可视化互动展示如何安装、操作和维护仪器,随时随地可学Qubit 荧光计及套装订购信息:产品包装货号Qubit Flex荧光计1台Q33327Qubit Flex NGS入门套装1套Q45893Qubit Flex定量入门套装1 套Q45894Qubit Flex 八联管条125 tube stripsQ33252Qubit Flex 储液槽100 reservoirsQ33253Qubit Flex 系统验证分析试剂盒50 assaysQ33254DNA Assay KitsQubit 1X dsDNA HS Assay Kit100 assaysQ33230500 assaysQ33231Qubit dsDNA HS Assay Kit100 assaysQ32851500 assaysQ32854Qubit dsDNA BR Assay Kit100 assaysQ32850500 assaysQ32853Qubit ssDNA Assay Kit100 assaysQ10212RNA Assay KitsQubit RNA IQ Assay Kit75 assaysQ33221275 assaysQ33222Qubit RNA HS Assay Kit100 assaysQ32852500 assaysQ32855Qubit RNA BR Assay Kit100 assaysQ10210500 assaysQ10211Qubit microRNA Assay Kit100 assaysQ32880500 assaysQ32881Protein Assay KitsQubit Protein Assay Kits100 assaysQ33211500 assaysQ33212官方渠道购买 — 品质保证,售后无忧 从现在起,通过赛默飞世尔科技官方渠道购买全新Qubit Flex 荧光计,即享三年免费退换。 如果您在使用过程中需要技术支持,或者您的仪器出现问题或故障,请致电/ 或发送电子邮件至 获取帮助。了解更多,请访问
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核酸蛋白质定量荧光计相关的资讯

  • Invitrogen发布Qubit Flex八通道核酸/蛋白定量荧光计新品
    Qubit Flex八通道核酸/蛋白定量荧光计 产品描述Qubit Flex荧光计可同时准确测量多达 8 个样品,为DNA、RNA和蛋白质精准定量提供更灵活的通量选择。与单样品微量体积荧光计相比,Qubit Flex荧光计可对多样品同时进行检测,大大节约时间。Qubit Flex荧光计继承了Qubit 4荧光计的卓越准确性和精准度,同样采用荧光染料法,可特异性区分定量检测dsDNA、ssDNA、RNA,适合样品珍贵、对准确性要求高的应用领域,如NGS, qPCR, RT-PCR, 基因芯片Microarrays, Northern blot, Southern blot, Sanger sequencing, 转录, 转染, 克隆等。 特点与优点准确且可靠:荧光染料法特可特异性精准定量dsDNA、ssDNA、RNA、蛋白质,具有更出色的可重复性和低误差率灵敏且特异:比紫外吸光法更灵敏,可区分游离核苷酸或盐离子等杂质,样品仅需低至1μl更节约珍贵样品高效且便捷:3秒即可完成检测,可同时测多达8孔样品,避免单次重复操作,大触摸屏直观易用,大大节约时间50%专门内置四款计算器,帮助简化实验,提高效率:试剂计算器:可帮助算出需要制备多少量的工作溶液以用于所检测的样品量检测范围计算器:基于样品体积及检测类型,呈现最准确的核心浓度范围和可扩展的高低范围摩尔浓度计算器:可根据核酸长度和测得的浓度,快速计算样品的摩尔浓度归一化计算器:可用于测序文库制备中标准均一计算,轻松获得所需的质量、浓度或摩尔质量数据处理更轻松:本地数据可储存10,000样本,轻松通过Wi-Fi, USB, 网线连接导出数据可提供Digital SmartStart™ 3D在线演示教程,可视化互动展示如何安装、操作和维护仪器,随时随地可学Qubit 荧光计及套装订购信息:产品包装货号Qubit Flex荧光计1台Q33327Qubit Flex NGS入门套装1套Q45893Qubit Flex定量入门套装1 套Q45894Qubit Flex 八联管条125 tube stripsQ33252Qubit Flex 储液槽100 reservoirsQ33253Qubit Flex 系统验证分析试剂盒50 assaysQ33254DNA Assay KitsQubit 1X dsDNA HS Assay Kit100 assaysQ33230500 assaysQ33231Qubit dsDNA HS Assay Kit100 assaysQ32851500 assaysQ32854Qubit dsDNA BR Assay Kit100 assaysQ32850500 assaysQ32853Qubit ssDNA Assay Kit100 assaysQ10212RNA Assay KitsQubit RNA IQ Assay Kit75 assaysQ33221275 assaysQ33222Qubit RNA HS Assay Kit100 assaysQ32852500 assaysQ32855Qubit RNA BR Assay Kit100 assaysQ10210500 assaysQ10211Qubit microRNA Assay Kit100 assaysQ32880500 assaysQ32881Protein Assay KitsQubit Protein Assay Kits100 assaysQ33211500 assaysQ33212官方渠道购买 — 品质保证,售后无忧 从现在起,通过赛默飞世尔科技官方渠道购买全新Qubit Flex 荧光计,即享三年免费退换。 如果您在使用过程中需要技术支持,或者您的仪器出现问题或故障,请致电800-820-8982/400-820-8982 或发送电子邮件至LifeScience-CNTS@thermofisher.com 获取帮助。了解更多,请访问 www.thermofisher.com/qubitflex创新点:与备受欢迎Qubit 4荧光计相比,Qubit Flex八通道荧光计可以:1. 更高通量:同时准确测量多达 8 个样品的 DNA、RNA 或蛋白质浓度;2. 数据处理更轻松:可储存多达10,000个样品数据,增加了网线连接导出数据;3. 更高效便捷:四款内置计算器,简化实验繁琐过程;Qubit Flex八通道核酸/蛋白定量荧光计
  • 定量蛋白质组学揭示内质网应激作用下蛋白质的构象变化
    大家好,本周为大家分享一篇发表在Analytical Chemistry上的文章Quantitative Structural Proteomics Unveils the Conformational Changes of Proteins under the Endoplasmic Reticulum Stress1,文章的通讯作者是来自美国佐治亚理工学院的Ronghu Wu助理教授。在真核细胞中,内质网(endoplasmic reticulum,ER)负责蛋白质组中40%蛋白质的合成和成熟。蛋白质合成或折叠过程中的变化都将影响内质网的稳态,进而导致未折叠蛋白的积累和蛋白分泌效率的降低。在过去几十年的研究中,内质网应激反应被广泛研究,但是内质网应激反应后蛋白质折叠状态的变化却没有被深入研究。基于丰度的蛋白质组学方法不能直接用于分析蛋白质状态的变化,在这篇文章中,作者整合了半胱氨酸(cysteine,Cys)共价标记、选择性富集和定量蛋白质组学,称为半胱氨酸靶向共价蛋白绘制(cysteine targeted covalent protein painting,Cys-CPP),用于研究蛋白质组范围内的蛋白质结构和变化(图1A)。  使用CPP分析蛋白质结构,需要一种具有高反应活性的探针。作者设计了一种针对半胱氨酸的探针,其中包含半胱氨酸反应基团、用于富集的生物素部分和用于生成半胱氨酸特异性识别位点标签的可裂解连接部分(图1B)。以变性处理后的蛋白样品作为蛋白质展开形式的参考,计算肽段在原始样本和变性样本中的比例从而获得宝贵的蛋白质结构信息。  图1.利用半胱氨酸反应探针定量分析人细胞蛋白质组中半胱氨酸暴露率的原理。(A)Cys-CPP的一般工作流程。(B)半胱氨酸残基与探针之间的反应。富集后,进行紫外裂解,在修饰的半胱氨酸上留下一个小标记,用质谱进行位点特异性分析。  半胱氨酸暴露率Rexpo通过每条肽段在原始样本和变性样本中的比值进行计算。结果显示:(1)半胱氨酸的暴露率和溶剂可及性呈现正相关(图2C) (2)在丝氨酸和苏氨酸等极性氨基酸残基旁边的半胱氨酸具有相对较高的暴露率,这与人们普遍认为亲水残基更有可能暴露在蛋白质表面的观点一致 (3)甘氨酸和脯氨酸附近的半胱氨酸具有更高的暴露率,这是因为这两种氨基酸通常出现在蛋白质的转角和环结构中,对半胱氨酸的空间位阻较小 (4)半胱氨酸暴露率与其有/无序区(图2D)或所处二级结构(图2E)的相关性分析均表明,较低的暴露率与更稳定和结构化的局部环境有很好的相关性。这些数据结果共同证明目前的方法可以准确地测得半胱氨酸暴露率,并为蛋白质结构提供有价值的信息。  图2.HEK293T细胞中半胱氨酸暴露率的分析。(A) VAHALAEGLGVIAC#IGEK(#代表标记位点)的串联质谱样本。报告离子的强度使我们可以准确定量一个半胱氨酸的暴露率(左框为报告离子强度的放大视图)。(B)蛋白CCT3中被定量半胱氨酸的定位和暴露率演示(PDB代码:6qb8)。(C−E)比较不同的溶剂可及性(C)、预测无序区(D)和二级结构(E)的半胱氨酸暴露率。  衣霉素(Tunicamycin,Tm)可抑制 N-糖基化并阻断 GlcNAc 磷酸转移酶 (GPT)。由于蛋白质的N-糖基化经常发生在共翻译过程中,在蛋白质折叠的调节中起着至关重要的作用,所以衣霉素会引起细胞内质网中未折叠蛋白的积累并诱导内质网应激。基于此,作者用衣霉素对细胞进行处理,计算并对比了衣霉素处理样本和正常样本中的半胱氨酸暴露率。正如预期的那样,Tm处理样本中许多半胱氨酸的暴露率升高,且Tm对于蛋白质不稳定区域的作用尤为显著。根据Tm处理样本和正常样本之间半胱氨酸暴露率的差值,作者将所有位点划分为5个部分,在Tm处理下,近三分之一的半胱氨酸定位区域没有明显的结构变化(差值在-0.05~0.05之间),而28%的位点则高度暴露(差值0.15)(图3B)。对这两种蛋白质进行基因本体(GeneOntology,GO)功能富集分析(图3C),结果显示:差值在-0.05~0.05之间的蛋白通常是糖异生或折叠过后具有良好结构区域的蛋白,而差值0.15的蛋白则是与囊泡转运相关的蛋白。这表明抑制N-糖基化主要影响经典分泌途径中的蛋白质,与预期相符。  图3.利用Tm抑制蛋白质N-糖基化对蛋白质折叠影响的系统研究。(A)Tm处理和对照样品之间半胱氨酸暴露率的比较。(B) 不同暴露率变化范围内的蛋白质数量。(C)在具有高度展开或稳定区域半胱氨酸的蛋白之间进行GO功能富集分析。  由于Tm对于预先存在的、折叠良好的蛋白质所产生的影响可能远小于对新合成蛋白的影响,分别研究Tm对这两种蛋白的影响是必要的。作者通过将目前的方法Cys-CPP与细胞培养中氨基酸的稳定同位素标记(pSILAC)结合(图4A),探究了细胞中已存在蛋白和新合成蛋白在内质网应激作用下的不同变化。结果显示:(1)抑制N-糖基化对新合成蛋白的去折叠影响比对已存在蛋白的影响更显著(图4C) (2)N-糖基化除了调节蛋白质的二级结构外,在蛋白质三级或四级结构的形成中起着更重要的作用(图4D)。  图4. 抑制N-糖基化对新合成蛋白和已存在蛋白折叠状态影响的研究。(A)量化新合成蛋白和已存在蛋白折叠状态变化的实验设置。(B) 经Tm处理和未经处理的细胞中新合成和已存在蛋白质的重叠。括号内为每组蛋白质数。(C)不同蛋白质组中暴露率的分布。(D) 在有或没有Tm处理的细胞中、在不同的二级结构下,新合成和已存在蛋白之间半胱氨酸暴露率的差值分布。  本文通过设计一种半胱氨酸靶向探针,定量半胱氨酸残基的暴露率,系统地研究了蛋白质的结构以及结构的变化。结果表明,半胱氨酸暴露率与蛋白质局部结构的相关性非常好。利用该方法,作者研究了Tm引起的内质网应激反应下细胞中蛋白质的结构变化。此外,通过将Cys-CPP与pSILAC结合,研究了在内质网应激反应下原有蛋白和新合成蛋白的结构变化差异,并详细分析了内质网应激对蛋白质去折叠的影响,深入和准确地了解内质网应激下的蛋白质结构变化,有助于深入了解蛋白质的功能和细胞活性。  参考文献:[1] Yin K, Tong M, Sun F, et al. Quantitative Structural Proteomics Unveil the Conformational Changes of Proteins under the Endoplasmic Reticulum Stress[J]. Analytical Chemistry, 2022,
  • FIDA分子互作仪:带你复现Nature青睐蛋白质与核酸互作50分顶级发文思路,还不快学起来!
    研究背景Nature:清北团队合作发现CRISPR免疫增效子,建立Cas9核酸酶生长进化模型CRISPR-Cas系统是一种强大的基因编辑工具,但Cas9核酸酶活性仍需提高。现有的方法存在着种种局限性,例如优化序列可能破坏结构、改变表达方式可能导致副作用、使用辅助蛋白会增加复杂性等。因此,开发新的方法来增强Cas9核酸酶的活性仍是CRISPR-Cas系统研究中的一个重要课题。2024年5月29日,来自清华大学和北京大学的研究团队在Nature上合作发表了题为:Pro-CRISPR PcrIIC1-associated Cas9 system for enhanced bacterial immunity的研究论文研究团队通过生物信息学分析、结构生长轨迹分析、生化实验、冷冻电镜解析和大肠杆菌抗噬菌体实验等手段,发现了一类新型CRISPR免疫增效子PcrIIC1,可以显著增强Cas9核酸酶的活性。研究团队还建立了Cas9核酸酶生长进化模型,揭示了Cas9蛋白结构和功能的演变规律,并阐明了PcrIIC1增强Cas9活性的分子机制。这项研究为我们进一步理解CRISPR系统的进化历程,以及开发基于CRISPR免疫增效子的高效基因编辑工具奠定了基础。研究思路通过生物信息学分析,研究团队观察到一类新型关联基因(Novel-associated genes, NAGs),显著富集存在于较大蛋白体积的II-C型Cas9的基因簇中,并推测这些NAGs可能参与到Cas9介导的细菌免疫过程。图1. 结构生长轨迹分析方法(左)和II-C型Cas9的生长轨迹图(右)通过生化实验和冷冻电镜解析复合体结构表明,来自金黄色细菌属(Chryseobacterium sp.)的CbCas9生长出了一个全新的增强Cas9活性的β-REC2结构域,以及一个全新的能够与其关联基因PcrIIC1互作的CTH结构域。通过蛋白间相互作用,2个CbCas9蛋白和2个PcrIIC1蛋白能够形成异源四聚体复合物。图2. 冷冻电镜分析CbCas9和PcrIIC1结合的三个阶段蛋白质与核酸的分子互作实验表明,与单独的CbCas9相比,CbCas9-PcrIC1复合物表现出增强的DNA结合进而体现出切割活性,对原间隔区相邻基序序列的兼容性更广,对错配的耐受性更强,抗噬菌体免疫性增强。研究利用溶液中标记的分子互作方式获得亲和力,得出与单独的CbCas9相比,CbCas9-PcrIC1复合物表现出增强的DNA结合(图3a)进而体现出切割活性,对原间隔区相邻基序序列的兼容性更广,对错配的耐受性更强,抗噬菌体免疫性增强。图3. PcrIIC1增强CbCas9的DNA结合(a)、切割(b)、PAM兼容性(c)、DNA解旋 (d) 和错配容忍 (e) 能力最后,为了检验CRISPR免疫增效子PcrIIC1对CbCas9抗噬菌体免疫能力的影响,研究人员在大肠杆菌中进行了抗噬菌体实验。以上结果说明CbCas9-PcrIIC1复合体的形成对整个CRISPR-Cas系统的免疫增强至关重要。图4. PcrIIC1显著增强了CbCas9系统的细菌免疫活性FIDA如何更好复现Nature蛋白与核酸互作发文思路流体动力分散技术(FIDA)通过第一性物理原理直接获取分子的绝对流体动力学半径(Rh),通过追踪分子微妙的变化来表征生物分子的行为、特征以及功能。Fida Neo分子互作仪涵盖亲和力表征、亲和动力学表征、分子质量表征三大功能,一次实验即可获得互作与分子质控的数据,让互作的数据有“法”可依。FIDA技术无需固定、无需加热,甚至无需标记,可兼容所有缓冲液,是对现有分子互作技术是一次不一样的升级。FIDA技术可用于CbCas9-PcrIIC1复合物冷冻电镜前样品质控,CbCas9-PcrIC1复合物与DNA的亲和力实验以及动力学实验,以及CRISPR- cas以及核酸复合物的大小和定量表征等方面,具体如下:FIDA多维蛋白复合体表征,快速无稀释优化冷冻电镜样品,丰富您的蛋白质表征数据。FIDA所获得的Rh为绝对的粒径大小,可以直接与后期的电镜数据做比较。此外FIDA内置的 PDB 关联程序,可以将实际获得的 Rh 与数据库中的结构信息进行比较,有助于结构的精细解析。FIDA技术单次运行只需要40 nL 蛋白质在 4 分钟内获得的完整蛋白质 QC 图,包括冷冻电镜样品QC的关键参数表征,例如多分散性指数(PDI),聚集(Agg),粘度(Viscosity),粘附性(Stickiness),完整性(Rh)等指标,FIDA是一种非常有效的支持所有生物物理学和结构生物学的基本工具。图5. FIDA单次测试的得到8个蛋白表征数据冷冻电镜应用:FIDA:4分钟给您无稀释的冷冻电镜样品优化解决方案FIDA和本篇研究中应用的分子互作技术都是一种在溶液状态下通过荧光分子标记表征分子互作的技术。对于蛋白可能需要形成多聚体,在溶液环境下,更能有效的体现蛋白与蛋白或蛋白与核酸互作的真实情况。FIDA 可以使用含盐和洗涤剂的缓冲液条件,具有不同环境中(类体内环境)进行测试的灵活性。这使得研究者能够分析不受缓冲液成分限制的核苷酸,以确保其数据的准确性和可靠性。FIDA 这种在溶液内检测分子互作技术,是理想的结合能力检测,因为它不依赖于潜在的阻碍性表面固定,不受结合域空间方向影响的表征。图6. FIDA实验原理示意图FIDA不仅可以表征互作亲和力,也同时无标记检测CRISPR核酸酶与gDNA相互作用的热力学、亲和力、和结合动力学,全面表征蛋白与核酸互作。FIDA不仅可以完成本研究中得到的CbCas9-PcrIC1复合物表现出增强的DNA结合亲和力,还可在无标记下表征蛋白与核酸的热力学参数与结合动力学,甚至表征结合时蛋白构象变化与获得有关基因编辑过程的分子细节的定量表征。FIDA技术可以处理带负电荷分析物和带正电荷配体,使利用FIDA能够深入了解CRISPR- cas组分之间的结合相互作用,并以更高的准确性和效率表征和优化CRISPR系统。FIDA是一种序列无关的技术-不需要事先了解序列。FIDA的序列独立性质可对未知或未表征的基因组区域进行研究,同时简化工作流程。图7.(A) FIDA实验示意图。ReporterRNA用于识别RNP的大小和饱和点(上),用其报告RNP结构作为竞争分析的起点(下) (B)正向结合(上)和反向滴定(下)期间获得的原始FIDA数据 本研究在分子层面直观的揭示了免疫增效子PcrIIC1的作用。首次发现了一类新型的CRISPR免疫增效子可以通过二聚化Cas9效应器提升Cas9活性,这些结果不仅有助于我们进一步理解CRISPR系统的进化历程,还为未来基于CRISPR免疫增效子的高效基因编辑工具的开发奠定了基础。FIDA对于蛋白质复合体的多维表征和对蛋白与核酸互作亲和力与动力学的的检测,不依赖于分子量变化,样本用量少(仅需40nL),是一种在溶液状态下且不受缓冲液成分影响的多维表征技术。对于在本研究中相似的蛋白可能需要形成多聚体,在溶液环境下,更能有效的体现互作的真实情况。

核酸蛋白质定量荧光计相关的方案

  • NMR波谱在蛋白质和核酸研究中的应用
    核磁共振(NMR)波谱是结构生物学家工具箱中的一个重要工具。它是用于描述蛋白质数据库中列出的十万多种蛋白质、核酸,以及蛋白质或核酸复合物的第二种最常用的实验方法。由于结构与功能有关,这种研究可以揭示各种疾病以及正常过程。
  • 紫外分光光度法测定蛋白质含量
    由于蛋白质分子中酪氨酸和色氨酸残基的苯环含有共轭双键,因此蛋白质具有吸收紫外线的性质,吸收高峰在280nm波长处。在此波长范围内,蛋白质溶液的光吸收值(OD280)与其含量呈正比关系,可用作定量测定。利用紫外吸收法测定蛋白质含量的优点是民迅速、简便、不消耗样品,低浓度盐类不干扰测定。因此,在蛋白质和酶的生化制备中(特别是在柱层析分离中)得到广泛应用。此法的缺点是:(1)对于测定那些与标准蛋白质酪氨酸和色氨酸含量差异较大的蛋白质,有一定的误差;(2)若样品中含有嘌呤、嘧啶等吸收紫外线的物质,会出现较大的干扰。根据蛋白质和核酸的吸收高峰不同,并利用这一性质,通过计算可以适当校正核酸的干扰作用。
  • 内标掺入SILAC法用于小量组织的蛋白质组及磷酸化蛋白质组定量
    在这篇工作中,我们采用内标掺入 SILAC 的定量方法对大鼠胰岛进行了蛋白质组以及磷酸化蛋白质组的定量研究。通过对 SILAC 培养基的成分比例调整,我们优化了 INS-1E 细胞的标记方法。胰岛内包含多种细胞类型,如α 细胞,β 细胞,δ 细胞等,我们发现采用 INS-1E 细胞系(一种β 细胞系)已经可以较好的覆盖胰岛的全蛋白质组和磷酸化蛋白质组。若关心胰岛中的α 细胞的话,则可以标记α 细胞系来作为内标掺入胰岛。此外,我们还可以采用多种细胞系作为内标,这种称为“Super SILAC”的方法来完成对复杂组织蛋白质的全覆盖。 在磷酸化蛋白质组学流程中,我们采用了自制的基于StageTip 的TiO2萃取小柱来灵活的实现小量样品的磷酸化肽段富集。样品量始终是磷酸化以及其他一些翻译后修饰研究绕不过去的话题,一般来说只有增加样品量,并采取适当的预分级手段才能更深度的去覆盖这些翻译后修饰蛋白质组。ThermoFisher 也提供了商业化的 IMAC 试剂盒(Cat # 88300),鉴于 IMAC 和 TiO2 对磷酸化肽段富集有着较好的互补性,这两者联用会对磷酸化蛋白质组的深度覆盖达到更好的效果。

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  • 实验室常用技术参数——核酸及蛋白质常用数据

    核酸及蛋白质常用数据1.核苷三磷酸的物理常数化合物分子量λmax(pH7.0)1摩尔溶液(pH7.0)中λmax时的最大吸收值OD280/OD260ATP507259154000.15CTP48327190000.97GTP523253137000.66UTP484262100000.38dATP494259152000.15dCTP46727193000.98dGTP507253137000.66dTTP48226796000.712.常用核酸的长度与分子量核酸核苷酸数分子量[/

  • 蛋白质印迹技术30年“进化”史

    在发明蛋白质印迹法(Western Blot)出现了30多年之后,这项技术仍然是获取特定蛋白可靠鉴定的关键。许多近期涌现的产品利用各种方法来提高蛋白质印迹实验的可重复性、敏感性、定量性以及速度。有三个人都被认为发展了蛋白质的免疫印迹方法,但其中只有一人才算得上是“Western Blotting(蛋白质印迹法)”的命名者,他就是当时在西雅图哈钦森癌症研究中心Bob Nowinski实验室工作的W. Neal Burnette。“Western Blotting”的命名中暗含了Southern Blotting(Edwin Southern在1975年发明的一项技术,使用胶、尼龙膜和吸水纸去鉴定一个复杂个体中特定的DNA序列)、Northern Blotting(随后发明出的相似策略,用于鉴定RNA)以及位于西海岸(West Coast)的Nowinski实验室三者之意。http://www.ibioo.com/data/attachment/portal/201309/22/095234xzm2pso06fsmtbof.jpgBurnette的技术成果直到1981年才得以发表。他回想起来,当时审稿人“特别”反对使用“Western blotting”这一名称。但尽管如此,这个名称还是沿袭了下来,而且蛋白质印迹技术也成为了最广泛使用的免疫化学技术之一。工作原理蛋白质印迹法的第一步涉及到用凝胶电泳(Gelelectrophoresis)按照大小分离蛋白质,然后通过将膜置于胶上,将蛋白质转移到膜上(通常是硝酸纤维素膜或聚偏二氟乙烯膜),并在膜上加上若干片吸水纸,然后将这套堆层放在缓冲溶液中,这样就能通过毛细管作用将蛋白质向上拉拽到膜上。这也就是所谓的湿法或槽式转印法。另外两项技术是干法和半干转印法,这两种方法比传统的湿转印法更快也更规整,但是对于高分子量蛋白质而言,效率更低。对于半干转印方法来说,膜和胶放置在被缓冲液浸泡过的滤纸层之间,将这些都夹在阴极和阳极之间,电流就能驱动蛋白质转移到膜上。三种方法中,干法转印最快,但转印效率也最低。转印结束后,膜被放在稀释过的蛋白质溶液中用来封闭非特异性的蛋白质结合。然后将膜与一抗进行孵育、洗脱,再与标记了信号检测探针的二抗进行孵育。最后一步是检测,通常采用化学发光或者荧光方法。在化学发光检测中,与酶交联的二抗能够与检测抗原产生光发生反应,可以被胶片或成像装置捕获。而在荧光检测中,抗体探针被荧光集团所标记。荧光检测方法的主要优势在于,它可以同时检测多个蛋白质,并且其信号更加一致。因此与化学发光检测相比,也更有利于量化研究。不少制造蛋白质印迹相关设备、软件和消耗品的公司正在努力推动其中一些或所有步骤的自动化,期望能够将这一实验变得更加简单有效。同时在实验中加入了一些验证点,让研究人员能够随时监测实验进展,甚至重新打造整个过程。科学家们寻求的是高效性、稳健性和策略化,从而能够帮助他们避免浪费宝贵的造价高昂的抗体。加速免疫检测过程转印、抗体孵育、上样和洗脱步骤占据了蛋白质印迹法实验80%的时间,EMD Millipore公司“蛋白质印迹法解决方案”产品经理Michele Hatler这样介绍。这家总部位于加州泰梅库拉的公司推出的SNAP i.d. 2.0蛋白质检测系统加速了整个过程,使用真空装置通过膜推入试剂,而不仅仅依赖于扩散作用。这样就能将免疫检测的时间从4小时缩短到30分钟,Hatler表示。她解释说:“我们真正致力于提高蛋白质印迹工作流程的效率。我们仍然是按照传统的步骤走,只是加了一个真空装置。”Hatler指出,2.0版本是于2012年9月推出的,相比之前的版本有几个方面的优势。它可以使用中等大小的凝胶(8.5×13.5厘米)和迷你凝胶(7.5×8.4厘米),之前则只能用迷你凝胶。“这一设备很便宜,操作也很简便,但切实提高了实验效率,节省了实验时间。” Hatler说。伯乐公司(Bio-Rad)的Trans-Blot Turbo蛋白质转移系统是实验台面大小的仪器,能够提供快速而高效的转印。得益于新的转印缓冲液配方,特殊的过滤材料和增强的电流强度(由一个集成电源调节),这一系统能够在短至3分钟的时间内完成转印,并且印迹结果能与槽式转移相媲美。传统的半干转移系统需要15到60分钟时间,而且通常无法提供高分子量蛋白质转移的有力结果。增加验证点以缓解忧虑蛋白质印迹法的高失败率常常令人感到非常沮丧,尤其是你需要若干天来换取一个结果。“这是一项非常不稳定的技术,”伯乐公司“蛋白质印迹组”市场经理Ryan Short说,“我们对用户调查时发现,一半的用户报告他们用此技术的失败率至少是25%。”Short还说:“几乎没有什么机会可以检查实验过程是否满足期望。由此就产生了焦虑。我们正在引入可视验证点的概念来增加信心和确定性。”这家公司的标准和Mini-PROTEAN免染色预制胶,利用其ChemiDoc MP胶成像系统,使得研究者可以快速观测到他们的蛋白是否正确地载入到凝胶上,进而确证高质量的蛋白质转移,便于决定是否应该转向下一个步流程或是重新开始。ChemiDoc MP系统是为化学发光和多元荧光斑点成像技术所设计,能够在个人电脑上用ImageLab软件来操作。这些验证点“真的很有用”,在实验室使用该系统的加州大学戴维斯分校助理教授Aldrin Gomes表示:“我们可以成像这些免染的凝胶,不用加入额外的染料,而且能够快速判断跑在胶上的样品是否出现问题。我们还能在蛋白质转膜之后再去对凝胶成像,如果其中任何一个步骤出现问题,我们都可以在这一点上停止实验进程。”成像和软件提高定量性当许多科学家仍在使用胶片分析蛋白质印迹时,世面上开始出现越来越多的宽范围免胶片凝胶记录成像系统,这些系统可以用来成像并分析化学发光的印迹、荧光的印迹斑点或者同时检测这两种印迹。许多公司开始纷纷努力,争相制造尽可能便捷的成像仪及其分析软件。很多公司提供了按键式成像捕捉系统,其大小可在实验台上操作。Syngene公司于2012年4月推出了非常简洁的一键操作系统PXi,分析化学发光和荧光印迹。该系统是基于该公司的G:BOX成像系统,并配有GeneSys成像软件。2012年10月,赛默飞世尔公司(Thermo Fisher Scientific)推出了myECL成像仪,使用紫外和可见光透射法,专业的滤镜和电荷耦合器件(CCD)摄影技术去捕获和分析蛋白质印迹以及蛋白和核酸凝胶。

核酸蛋白质定量荧光计相关的耗材

  • 蛋白质标记试剂盒
    蛋白质标记试剂盒Protein Labeling kit 包含荧光染料,试剂和纯化柱,用于蛋白质微阵列的高品质以及产生直接标记蛋白质。简单,易于使用,灵活的实验方案可以与抗体,第二免疫球蛋白,酶和其它蛋白质一起使用。蛋白质标记试剂盒Protein Labeling kit 提供的胺染料是绝佳的Cy3和Cy5染料替代品,可以用于最普及的微阵列扫描仪。染料的吸收和发射波长都适用于扫描器过滤器,无需购买新的过滤设置。编号名称蛋白质2颜色荧光标记试剂盒
  • 安捷伦蛋白质 80 试剂
    使用 2100 生物分析仪系统进行蛋白质电泳是快速、自动进行蛋白质和肽谱表征、质量控制和杂质检测的一种客观、灵活的解决方案。Agilent Protein 80 和 Protein 230 分析可提供与考马斯亮蓝染色法相当的灵敏度。该系统无需 SDS-PAGE 平板凝胶处理、染色或成像步骤,使工作流程更加高效。使用生物分析仪系统评估的样品类型包括蛋白质裂解物、纯化蛋白质和多肽、还原态和非还原态抗体以及蛋白质的稳定性检测。可根据分子量测定范围灵活选择合适的试剂盒。样品消耗量极少,仅需 4 µL 样品即可完成准确分析。可在约 30 分钟内自动分析 10 个样品,快速得到分析结果。可在一次分析中进行完整的数据分析,提供分子量、定量和纯度信息。可在整个宽线性动态范围内提供与考马斯亮蓝染色法相当的灵敏度。可利用安全包满足 GMP 和 GLP 要求,安全包是一款可选的附带软件,满足 21 CFR Part 11 法规认证的要求。
  • 安捷伦蛋白质 230 试剂
    使用 2100 生物分析仪系统进行蛋白质电泳是快速、自动进行蛋白质和肽谱表征、质量控制和杂质检测的一种客观、灵活的解决方案。Agilent Protein 80 和 Protein 230 分析可提供与考马斯亮蓝染色法相当的灵敏度。该系统无需 SDS-PAGE 平板凝胶处理、染色或成像步骤,使工作流程更加高效。使用生物分析仪系统评估的样品类型包括蛋白质裂解物、纯化蛋白质和多肽、还原态和非还原态抗体以及蛋白质的稳定性检测。可根据分子量测定范围灵活选择合适的试剂盒。样品消耗量极少,仅需 4 µL 样品即可完成准确分析。可在约 30 分钟内自动分析 10 个样品,快速得到分析结果。可在一次分析中进行完整的数据分析,提供分子量、定量和纯度信息。可在整个宽线性动态范围内提供与考马斯亮蓝染色法相当的灵敏度。可利用安全包满足 GMP 和 GLP 要求,安全包是一款可选的附带软件,满足 21 CFR Part 11 法规认证的要求。
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