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近日,深圳华大基因研究院宣布,我国科学家将参与全球最大微生物基因组研究项目,对来自全球的20万个样本进行环境DNA测序或宏基因组测序,从而建立一个全球性的基因图谱,并承担核心工作。该项目旨在全方位、系统性研究全球范围内微生物群落功能及进化多样性,以便更好地造福社会及人类。与以往的微生物研究有所不同,该项目的研究对象不仅集中于海洋和人体环境中微生物群落,还包括土壤、空气、淡水生态系统等整个地球表面的绝大多数的微生物群落。华大基因将负责亚洲地区所有样本的收集和鉴定,并对整个项目提供DNA提取、扩增、建库、宏基因组测序以及研发生物信息学分析流程所需的计算资源。这些信息学分析流程将为项目研究产生的海量数据提供一个分析框架。项目负责人、芝加哥大学和阿贡国家实验室的教授杰克·吉尔伯特博士表示:“华大基因在测序能力、测序技术和信息分析等方面已展现出卓越的能力。此项目是一个前所未有的最大的基因组测序项目,作为全球最大基因组学研究中心,华大基因的参与至关重要。”华大基因理事长杨焕明院士表示,微生物对地球上所有的生命具有至关重要的作用,而我们对微生物的复杂性和多样性认识不足,征服这个未知的领域非常有必要。华大基因拥有国际先进水平的测序平台和强大的生物信息学分析能力,可以为促进人类对微生物群落重要性的了解贡献力量。(来源:科技日报)
基因组测序和序列的组装,为快速研究该致病菌株的致病机理创造了条件。与此同时华大基因与德国汉堡-Eppendorf医疗中心合作,也宣布完成了对致病菌株的测序工作。Guenther说:"在有限的时间里完成了对微生物的全基因组测序,极大的方便了研究者从一个整体的水平上去研究微生物,进而揭示在这些目标微生物的基因组究竟发生了哪些改变。"事实上也的确如此,科学家根据从基因组测序的数据所获得的证据,将本次的致病型大肠杆菌鉴定为致病型大肠杆菌的一个新杂交品种,并且携带了一些抗性基因。"从宏观的基因组水平上来研究这类细菌,将在很大程度上革新我们对传染病暴发的认识,3-4天内完成对某种微生物的全基因组测序及基因标注,将会开启一个新的研究领域。"在新奥尔良召开的美国微生物学会年度会议上,一些研究者指出,分子鉴定的方法正被用来打造基因组传染病学这一领域,基因组传染病学致力于重构传染病暴发的过程,以求在将来能够对传染病能进行实时有效的监控和快速反应。
历时6年,300余研究者花费5300万美金,牛的基因组序列终于呈现在世人面前,相关的文章发表在Science杂志上。这是继2000年人类基因组破解以来,又一动物基因组序列被破译。负责人称,牛的基因组的破译不仅有助人们更深入了解牛的驯化过程,提高牛肉,牛奶的质量改善人类的生活质量,还有助了解人类的疾病。最新的一期Science杂志刊登了两篇独立研究牛基因组的文章,一篇Genome-Wide Survey of SNP Variation Uncovers the Genetic Structure of Cattle Breeds;一篇The Bovine Genome Sequencing and Analysis Consortium,该项目对牛的基因组进行了分辨率精细的测序。另外还有一篇评论性的文章,The Genome Sequence of Taurine Cattle: A Window to Ruminant Biology and Evolution,将研究焦点放在对牲畜进化和驯养历史的追踪工作上。研究人员发现,牛的基因组含有至少2万2000个基因,其中大约有14345个基因在7种其它的哺乳动物种系中具有对应的基因。 这些发现显示,在牛的进化和驯养过程中,基因的数量和构成的变化是如何改变牛的生物学系统并对它们的繁殖、免疫能力、乳汁分泌和消化造成了最为显著的影响的。 这些研究人员还对来自19个不同地理和在生物学上混杂繁殖的497头不同牛只DNA中的3万7470种差异进行了调查。他们发现,母牛的进化与我们人类本身的进化截然不同,它们从一个有着非常大的有效祖先群体到近期发生的快速的群体下降,而不是反过来的那种一种情形。 文章的作者将这种进化归因于与以往驯化活动、因农业专门化所作的选择以及与动物豢养的形成相关的遗传学瓶颈。 但是,牛品种中的多样性的现有水平看来至少与那些在人类群体中的水平一样地强健有力。 在一篇Perspective中,Harris Lewin对这些发现进行了更为详细的探讨,并重点介绍了其对人类健康和可持续性农业的意义。