研究蛋白质组在不同生物状态下的动态变化对于阐明蛋白质在疾病发生与发展过程中的作用极其的重要。基于质谱的蛋白质组学方法已经被广泛的应用于各种生物问题的研究。在线反相色谱质谱(RPLC-MS)一般是蛋白质组学研究的首选技术。目前，基于RPLC-MS的蛋白质组学方法并不完美, 还有一些技术挑战亟待解决。首先，来源于同一个基因的不同的蛋白质形式 (proteoforms)具有不同的生物功能，所以大规模的准确分析蛋白质形式极其重要。但是对于RPLC-MS来说，这是一个艰难的任务，因为它对蛋白质形式分离有限的峰容量和灵敏度。其次，准确直接的分析完整的内源性的蛋白质复合物对于理解细胞内的生物过程至关重要，但是RPLC-MS可以发挥很有限的作用，因为在RPLC分离的过程中蛋白质复合物已经不能保持完整的形式。因此，发展新型的，高峰容量与高灵敏度的，可以用于大规模直接表征蛋白质形式与蛋白质复合物的蛋白质组学方法势在必行。毛细管区带电泳质谱技术(CZE-MS) 被认为是一个重要的极具潜力的选择。 在此次演讲中，将介绍应用新型超低流速鞘流液接口和离子源（永道致远科学技术有限公司CMP Scientific品牌EMASS-II ion source）的CZE-MS技术而开发的蛋白质组学新方法，并对CZE-MS用于蛋白质组学的历史及其主要挑战和机遇，对如何改善CZE-MS对大规模的分析蛋白质形式和蛋白质复合物的方法进行讨论，和对基于CZE-MS的蛋白质组学的未来发展方向进行一些思考。