ChIP 抗体选择指南！

单克隆抗体 vs 多克隆抗体

单克隆或多克隆抗体都可用于ChIP。由于单克隆抗体识别靶蛋白上的单一表位，因此它们通常提供高水平的特异性，低非特异性结合和低背景信号。此外，由于克隆性质的低变异性，单克隆抗体通常在批次之间更一致。

然而，如果由于存在其它染色质相关蛋白，可能导致被单克隆识别的表位是不可接近的或需要识别的表位被ChIP方案中的步骤掩蔽（例如交联），则单克隆不会有效地结合蛋白。幸运的是掩蔽不常见，因此单克隆适用于ChIP，可以产生出色的结果。

与单克隆抗体相比，多克隆抗体通常识别靶蛋白上的多个表位，并且即使通过交联掩蔽少数表位，也可以更有效地检测靶标。然而，因为多克隆识别多个表位，这可能会增加发生非特异性结合的可能性。

此外，多克隆抗体的特异性可能漂移，除非在制备或纯化之前汇集抗体衍生的血清。为了减轻这些挑战，一些抗体制造商对多种动物进行免疫，然后筛选和汇集血清，证明适当的亲和性和特异性。为了确保一致性，可以将最终抗体的性能与以前的批次进行比较。

考虑其他免疫测定的性能数据

并不是所有的抗体都具有显示ChIP性能的数据，但并不总是表明它们在ChIP中不起作用。为了节省筛选多个候选抗体的时间，考虑来自其他免疫测定的数据，可作为抗体在ChIP中工作良好的可能性的指标。蛋白印迹和免疫沉淀测定将告诉您抗体是否识别正确的靶标；免疫荧光分析将帮助您确定抗体是否识别其天然状态的靶标，这对ChIP很重要。

在多种应用如免疫沉淀，免疫荧光或免疫组织化学中验证的抗体，比仅通过Western印迹验证的抗体更有可能产生阳性ChIP结果。当然，这些应用中的性能并不能保证ChIP的成功，因为成功的ChIP抗体必须识别可接近的抗原表位，这些表位不应该受ChIP通常使用的交联方法的影响。

想知道一支抗体的ChIP数据是否可用，可考虑以下问题。

1.得到该数据使用的抗体批次是否与你购买的批次相同？

2.有没有人使用这种抗体进行ChIP？

3.有没有已知的用于验证浓缩的阴性IgG对照和阳性对照引物组？

验证抗体特异性

在最终确定抗体选择和进行实验之前，评估抗体的特异性很重要。组蛋白抗体尤其如此。

此外，很多杂志越来越要求将组蛋白抗体特异性表现作为文章发表的条件，因此进行独立筛选测定以检测潜在的交叉反应性是重要的。可以通过以下测定评估抗体的特异性：Peptide Dot Blots，Peptide Inhibition Assays，Peptide Microarrays，Peptide interaction assays。

ChIP抗体选择要点总结：

单克隆抗体和多克隆抗体都可以应用于ChIP实验；

理想的ChIP抗体是经过ChIP验证；

在多种免疫测定（如IP或IHC）中验证的抗体比仅在Western印迹中验证的抗体值得信赖的应用于ChIP实验；

进行独立的特异性筛选。