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荧光定量PCR熔解曲线出现多峰原因+解决方法
2024/08/08 10:55
阅读：33
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方案摘要：
产品配置单：
一步法RT-PCR试剂盒
型号： 100 rxns
产地：
品牌： 远慕
¥1
参考报价
方案详情：
荧光定量pcr的溶解曲线理解：用Syber Green方法做完PCR后，用来判断产物是否相对专一。应结束后，逐渐加温。和Syber Green分子结合的PCR产物随温度升高逐渐变为单链，就不能在和SyberGreen结合。
一般每加温一度，读一次信号。当温度到达PCR产物的Tm时，产物解离一下增多。曲线的横坐标是温度，而纵坐标是荧光信号的变化，开始加热，信号变化不大，所以几乎是平的。
接近Tm时，突然变化加大，所以出现峰值。再升温，产物全部解离，就又是一条直线了。如果有非特异性产物，在加热过程中就会出现一些比较矮，宽的峰。
荧光定量pcr较为理想的熔解曲线是单峰曲线，如出现多峰有以下原因：
1）非特异性扩增：
主要原因为引物特异性不好、Tm值较低或模板质量不高，可以根据设计原则设计新引物或者通过梯度 PCR 对引物退火温度（Tm值）进行优化，上调Tm值，选购质量较好的离心柱法核酸提取试剂，提高核酸提取质量，等等。
2）引物二聚体 可通过琼脂糖凝胶电泳确认引物二聚体。引物二聚体在凝胶的底部形成扩散条带，通常位于100 bp以下。引物二聚体在熔解曲线内峰值一般位于75℃左右，如该峰显著请按照以下方面进行优化：
A.优化扩增条件，如提高退火温度，可利用梯度PCR，摸索最佳的Tm值。通常两步循环(由 95℃变性步骤直接进入 60℃退火和延伸步骤) 有利于强效扩增，因此引物设计时设定的成功退火温度为 60℃。
B.引物浓度太高，适当降低引物浓度。通常引物的Tm低于目的基因，熔解曲线上峰值在目的基因峰的左边。大多数情况下，每条引物的理想最终浓度为200 nM，但如有需要，可将浓度降至60nM。
C.cDNA模板带有基因组DNA污染：
重新制备cDNA模板。在RNA提取完成后加入DNase对RNA进行处理，然后逆转录为cDNA。
如果排除以上原因还是出现熔解曲线多峰的情况，就要考虑及时更换试剂盒，避免耽误实验进度。
下载本篇解决方案：
PCR非特异性扩增的原因及处理办法
引物设计：引物长度适当，18-24mers，并保证序列独特性，以降低序列在非目的片段中存在的可能性，但长度大于24核苷的引物并不意味着有更高的特异性，较长的序列可能会与错误配对序列杂交，反而降低特异性，而且长序列比短序列杂交慢，影响产量； 引物浓度：引物的浓度会影响特异性。最佳的引物浓度一般在0.1到0.5μM。较高的引物浓度会导致非特异性产物扩增
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