正确使用Quantity One 进行蛋白定量的执行步骤有哪些?

上海远慕生物科技有限公司

2018/08/21 08:56

阅读：303

凝胶电泳是每个做分子生物学的研究者天天都要打交道的基本技术。电泳之后的信息处理与电泳本身同样重要。那么,如何正确使用 Quantity One 进行蛋白定量？

目前有大量软件可以用于分析电泳结果，最备受推崇的应该属 Biorad 公司的 1D 凝胶分析软件 Quantity One，其最大的优点是可以完全抛弃人为主观因素进行全自动定量，同时它的很多功能渗透了艰深的数理理论以及概率统计的原理。

Quantity One 的定量方式：

首先，根据不同电泳条带的光密度值绘制光密度曲线，然后计算光密度曲线下的面积作为电泳条带的定量根据；
其次，它能够大程度地排除不同泳道之间的背景差异，让各个泳道上的不同电泳条带在一条几乎相同的起跑线上进行对比。

执行步骤：
由于 Quantiy One 只能识别黑白的 TIF 文件，且发表论文时，很多杂志也要求提供 TIF 等格式的图片；
因此，建议大家从一开始扫描就统一存储为 TIF 格式的图片。
步骤主要分为四块，分别是创建泳道、不同泳道的背景排除、创建条带、高斯建模与结果分析。

注意：
从理论上来说「Rolling Disk Size」的取值越小，它的去除背景效果越好，当然也不能取太小的值，个人感觉 5～20 是一个比较好的取值范围。
我们可以对每条泳道依葫芦画瓢进行以上类似的背景排除工作。但有时候如果觉得可以使用同样的标准，即相同的「Rolling Disk Size」进行排除，那么我们可以「LaneBackground Subtraction」对话框中选择上方的「All Lanes On（same level）」选项。然后在「Rolling Disk Size」中填上一个合适的值，点击「Done」按钮确认就可以了。此时，该电泳图片上的所有泳道都以相同的标准进行了背景去除。