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核磁共振波谱仪主要应用于有机化学结构与核磁共振谱图相关特征信息的对应关系，是化学结构分析的重要工具。台式核磁共振还可以分辨由 J-J 耦合产生的微小分裂，从中得到化学结构信息，无需液氮 液氦，维护费用低、能满足有机化学结构分析教学实验和普通的科研工作。主要用于低分子有机化学结构分析和有机化学与物理化学的教学仪器。
核磁共振波谱仪具有深入物质内部，而不破坏样品的特点，并随着核磁共振理论及波谱仪器的迅速发展，核磁共振波谱仪的应用领域正日趋增长。最初的波普仪器，仅用于研究核物理，唯一的目的是测定全部可能有的原子核磁矩。而八十年代，它已被广泛应用于有机化学、物理学、医学、分子生物学、石油化工、食品、军事等各个领域。现在核磁共振波谱仪，已是人们探索物质微观世界的奥秘所必不可少的重要手段，因此核磁共振波谱仪的发展相当迅速。
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